genome.fa.s175.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold175
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1254584

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178911--178952	11	3.7	11	83	3	57	78	0	19	2	0.86
181816--182058	33	7.6	32	81	5	249	29	33	17	19	1.95
181816--182074	64	4.0	65	78	8	271	28	33	16	20	1.95
181816--182074	97	2.7	95	81	7	294	28	33	16	20	1.95
182057--182220	59	3.0	54	79	10	154	26	29	13	30	1.94
182126--182322	52	3.8	52	76	6	188	27	24	14	33	1.94
183374--183440	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
183394--183418	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
190780--190850	27	2.7	27	93	6	119	87	5	7	0	0.67
190779--190855	38	2.0	39	87	7	113	84	6	7	1	0.83
190780--190850	1	71.0	1	74	0	61	87	5	7	0	0.67
190780--190857	11	7.2	11	79	5	79	85	5	7	1	0.77
191782--191906	32	4.0	31	85	5	128	24	31	15	28	1.95
191824--192264	69	6.7	67	76	13	373	21	34	13	31	1.91
191817--192264	32	13.5	34	80	12	377	20	34	12	31	1.91
191824--192252	133	3.2	131	78	14	391	20	34	13	31	1.91
192156--192243	27	3.1	28	84	10	115	21	38	14	25	1.92
192331--192512	43	4.1	43	83	8	247	25	24	17	31	1.97
192292--192565	92	2.9	92	93	2	467	25	24	17	32	1.96
192640--192821	43	4.1	43	84	8	256	25	24	18	31	1.98
192639--192874	92	2.5	93	93	2	402	25	24	17	32	1.97
192322--192994	309	2.2	309	98	0	1283	24	25	15	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192878--193004	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
193765--193831	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
193785--193809	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
197542--197593	26	2.0	26	100	0	104	23	38	7	30	1.83
200383--200434	26	2.0	26	100	0	104	19	7	19	53	1.68
200806--200839	3	11.3	3	87	0	50	29	29	0	41	1.57
202527--202600	20	3.7	21	75	12	84	31	12	14	41	1.83
203897--203948	20	2.7	20	84	3	70	34	13	13	38	1.84
203992--204061	24	2.9	24	80	4	79	24	20	10	45	1.81
204528--204596	36	1.9	36	91	2	113	34	13	26	26	1.92
204527--204611	36	2.5	34	81	10	102	30	14	24	30	1.94
206193--206251	21	2.8	21	78	21	70	54	1	23	20	1.54
207184--207208	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
207564--207623	29	2.0	30	93	3	104	25	5	18	51	1.66
209144--209194	24	2.1	24	88	0	75	25	23	7	43	1.81
209258--209304	20	2.4	19	79	10	58	34	12	19	34	1.89
209660--209752	36	2.8	33	76	15	100	32	15	22	30	1.94
209663--209754	32	2.7	33	79	12	98	32	15	20	31	1.94
213308--213374	7	9.3	7	74	19	50	76	0	22	1	0.87
213303--213380	24	3.4	24	80	7	81	71	0	25	2	0.98
217933--218444	164	3.1	160	78	10	473	31	10	7	49	1.65
220798--221376	165	3.5	163	79	8	480	47	8	11	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220959--221376	165	2.5	164	82	5	495	48	8	11	32	1.68
224590--224774	93	2.0	93	100	0	370	30	16	14	39	1.87
228980--229030	22	2.3	23	83	10	61	84	3	9	1	0.83
228975--229030	11	4.8	12	80	12	55	82	3	10	3	0.92
230903--230927	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
230884--230948	33	2.0	33	87	3	96	40	16	13	29	1.88
231593--231649	25	2.3	25	100	0	114	21	28	3	47	1.67
233654--233688	13	2.7	13	90	0	52	45	17	5	31	1.71
239803--239827	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
240395--240483	28	3.2	28	88	0	106	35	24	14	24	1.93
240583--240658	28	2.7	28	83	0	89	30	27	17	25	1.97
240682--240756	39	1.9	39	100	0	150	42	13	18	25	1.87
241303--241341	13	2.9	14	80	3	53	76	2	10	10	1.10
241687--241791	51	2.1	50	85	5	140	77	0	21	0	0.83
241727--241791	29	2.2	30	83	5	89	80	0	18	1	0.80
242096--242133	16	2.4	16	86	4	51	21	5	5	68	1.29
245077--245120	23	2.0	23	86	8	65	52	0	4	43	1.22
245093--245135	15	2.6	17	75	24	56	53	0	4	41	1.21
245312--245368	26	2.1	27	83	3	71	43	1	5	49	1.35
245316--245358	19	2.3	19	80	8	52	44	2	2	51	1.27
260796--260821	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
261348--261507	84	1.9	84	83	2	205	30	7	15	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262855--262895	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
266836--266860	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
267602--267694	20	4.8	19	65	19	50	49	1	5	44	1.32
267732--267776	15	3.1	15	78	21	51	57	0	0	42	0.98
268022--268072	23	2.3	22	83	10	68	33	0	7	58	1.27
268337--268380	23	2.0	22	86	4	61	72	2	25	0	0.96
268550--269457	158	5.9	157	79	7	847	33	7	13	46	1.70
269012--269306	141	2.1	138	84	3	376	32	6	13	47	1.69
268851--269457	299	2.0	300	86	0	840	32	6	13	47	1.70
271975--272244	96	2.8	96	82	5	296	35	11	23	29	1.90
276129--276516	88	4.4	86	78	6	348	34	9	25	30	1.87
280008--280050	21	2.0	22	86	13	63	60	4	0	34	1.17
281812--281853	10	4.2	10	93	0	57	28	26	9	35	1.88
281879--281917	13	3.0	13	88	0	60	28	17	17	35	1.94
284007--284068	21	3.0	21	85	0	70	58	0	22	19	1.40
287628--287665	17	2.2	17	90	0	58	23	28	10	36	1.88
287691--287715	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
288183--288274	32	2.8	32	78	12	96	29	14	22	33	1.93
288315--288357	18	2.4	18	92	0	68	32	13	44	9	1.76
290146--290178	15	2.1	17	88	11	52	33	12	0	54	1.37
290775--291226	166	2.7	166	82	5	511	35	17	7	40	1.77
291215--291298	39	2.2	39	84	0	105	41	9	2	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291625--291669	14	3.1	14	76	17	56	57	6	0	35	1.25
291859--291899	6	6.8	6	91	0	64	65	14	0	19	1.26
293465--293507	20	2.2	20	91	8	70	72	0	2	25	0.97
293463--293517	23	2.4	22	82	14	67	70	1	1	25	1.06
294025--294063	19	2.1	19	85	9	53	56	2	5	35	1.35
294493--294520	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
294655--294702	22	2.2	23	81	11	64	56	8	0	35	1.30
295051--295088	14	2.5	16	87	8	53	65	5	0	28	1.14
295749--295797	25	2.0	25	84	8	64	38	14	2	44	1.56
299791--299838	21	2.3	21	78	7	53	37	12	10	39	1.77
302173--302238	33	2.0	33	82	5	80	42	12	13	31	1.81
302227--302324	43	2.3	43	96	0	178	26	19	19	34	1.96
316951--317044	8	11.5	8	76	15	70	84	12	3	0	0.75
316951--317044	11	8.4	11	76	12	77	84	12	3	0	0.75
316955--317044	18	4.8	19	81	13	107	83	13	3	0	0.77
316955--317044	37	2.4	37	85	9	121	83	13	3	0	0.77
316951--317035	1	85.0	1	69	0	53	84	11	3	0	0.74
317948--318022	28	2.7	27	78	10	71	42	20	17	20	1.89
318506--318635	27	4.9	27	81	0	145	20	33	16	29	1.94
318504--318635	54	2.5	54	87	1	185	20	34	16	28	1.95
318637--318728	32	2.9	30	72	13	78	33	25	17	23	1.96
318737--319043	49	6.1	50	73	9	210	25	21	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319815--319840	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
324187--324235	20	2.4	21	86	3	64	42	16	16	24	1.87
326544--326610	33	2.0	33	91	0	107	34	11	14	38	1.84
326564--326588	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
326651--326675	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
334652--334812	76	2.1	78	87	4	229	27	29	13	29	1.94
334770--334842	28	2.6	28	91	0	119	23	31	20	24	1.98
334543--334795	129	2.0	129	82	3	318	28	27	12	31	1.93
334694--334922	104	2.2	104	87	3	325	25	27	17	30	1.97
334798--334969	79	2.2	79	82	5	213	27	22	15	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8