genome.fa.s175.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold175
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1254584

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
657832--657868	3	12.3	3	94	0	56	37	0	0	62	0.96
659236--659265	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
661461--661507	23	1.9	26	87	12	73	14	0	10	74	1.07
662065--662100	18	2.0	18	89	10	56	77	13	0	8	0.98
668214--668257	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
670064--670089	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
674001--674045	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
683170--683495	76	4.2	76	85	4	429	33	14	25	26	1.95
683433--683709	51	5.6	50	86	5	325	35	11	25	28	1.90
685925--685978	20	2.7	20	91	5	83	42	14	16	25	1.87
687100--687735	55	11.3	55	84	7	823	25	21	26	27	1.99
687175--687313	27	5.1	27	61	13	68	27	21	23	28	1.99
687032--687738	110	6.3	110	87	6	913	26	21	26	26	1.99
686986--687735	281	2.6	282	89	3	1080	26	20	26	26	1.99
688802--688879	1	78.0	1	76	0	66	2	3	6	87	0.74
688802--688879	24	3.3	23	80	8	77	2	3	6	87	0.74
701254--701608	154	2.3	152	84	4	426	33	14	24	27	1.94
701275--701608	79	4.3	75	83	7	391	33	14	24	26	1.95
701546--701821	51	5.5	48	82	6	300	35	10	25	28	1.90
704111--704204	20	4.7	20	90	5	129	41	13	17	27	1.87
704241--704268	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
704223--704288	33	2.0	33	91	5	107	39	13	15	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
707038--707062	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
707133--707199	33	2.1	32	85	2	89	34	17	14	32	1.91
708770--708794	9	2.8	9	100	0	50	40	0	36	24	1.55
713338--713376	13	3.0	13	96	0	69	35	15	15	33	1.89
715174--715251	31	2.5	31	100	0	156	38	2	37	21	1.68
716047--716090	20	2.1	21	87	8	63	38	18	11	31	1.86
719570--719693	62	2.0	60	87	4	178	58	3	12	25	1.50
723478--723601	52	2.4	51	91	1	203	28	17	17	36	1.93
723610--723634	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
725644--725668	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
725624--725721	32	3.0	32	92	1	160	33	13	18	34	1.89
733255--733280	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
733340--733412	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
733319--733412	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
733319--733394	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
734049--734095	23	2.0	23	95	0	85	48	12	6	31	1.66
735881--735919	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
735905--735983	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
737998--738028	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
742091--742116	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
742176--742248	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
742155--742248	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742155--742230	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
747317--747423	48	2.2	48	83	3	135	39	16	24	19	1.92
747339--747438	48	2.1	48	90	0	155	37	15	27	21	1.92
747550--748084	28	18.8	28	84	6	564	24	17	29	28	1.98
747989--748082	32	3.0	32	92	3	138	20	19	30	29	1.97
751184--751308	52	2.4	52	93	0	205	29	17	17	35	1.93
751185--751328	52	2.8	51	87	4	191	31	17	18	33	1.94
751317--751341	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
751244--751427	86	2.2	84	83	8	221	34	14	16	34	1.89
751403--751427	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
751382--751447	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
751741--752255	28	17.4	30	81	7	374	22	17	31	29	1.96
751854--752256	63	6.7	64	80	10	326	21	16	31	30	1.95
751854--752255	95	4.5	95	78	10	359	21	16	31	30	1.95
752242--752333	28	3.2	29	83	9	91	23	8	36	30	1.85
752263--752342	27	2.9	27	90	3	115	28	10	32	28	1.89
753632--753705	23	3.2	23	75	19	66	12	9	5	72	1.25
756284--756377	20	4.6	22	84	10	105	27	15	14	41	1.87
756283--756377	40	2.4	42	79	13	119	28	15	14	41	1.87
758682--758825	51	2.8	51	80	4	164	30	23	12	33	1.92
758892--758962	28	2.6	27	80	13	81	22	28	21	28	1.99
758948--759064	51	2.3	52	85	10	170	30	26	12	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759006--759216	79	2.7	78	86	3	271	27	26	13	32	1.94
766463--766719	88	2.9	88	78	4	304	30	21	12	35	1.90
772505--772546	19	2.2	19	100	0	84	38	0	11	50	1.40
773099--773555	157	2.9	156	81	7	453	31	21	10	36	1.87
773094--773555	79	5.8	79	78	7	413	31	21	9	36	1.86
773492--773712	116	1.9	116	86	3	320	30	22	9	36	1.87
777743--777768	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
780142--780188	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
780309--780347	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
780333--780412	20	3.8	20	76	15	79	45	15	15	25	1.84
782421--782451	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
784255--784299	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
786517--786542	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
796843--796882	20	2.0	20	85	9	55	80	7	10	2	1.00
802026--802762	71	10.3	71	75	7	477	27	21	14	35	1.93
802080--802759	146	4.7	145	76	8	593	27	21	14	36	1.93
802369--802562	70	2.7	70	78	7	187	25	22	15	36	1.93
805961--806167	89	2.3	88	79	5	204	30	26	10	32	1.90
814138--814225	44	2.0	44	95	0	158	22	13	6	56	1.61
816693--817024	141	2.3	140	83	4	432	43	11	9	35	1.73
816766--817077	141	2.2	140	85	2	396	46	11	8	33	1.71
817787--817837	22	2.3	22	86	0	66	5	17	0	76	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817800--817837	12	3.3	12	82	14	53	2	21	0	76	0.91
818382--818819	165	2.6	165	78	5	413	50	8	10	30	1.68
818630--818681	21	2.6	19	75	19	52	65	5	5	23	1.36
819686--819713	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
819914--820009	30	3.2	30	73	8	97	44	11	20	22	1.84
819915--820125	60	3.5	58	77	7	165	44	13	20	21	1.85
820008--820121	59	1.9	60	80	5	133	44	14	19	21	1.86
820160--820327	45	3.8	44	84	3	210	41	16	25	17	1.90
820143--820327	90	2.1	90	87	0	262	42	16	23	17	1.89
820269--820390	63	1.9	63	86	3	174	43	12	27	16	1.84
820336--820670	45	7.5	44	80	11	317	40	13	25	19	1.89
820231--820435	108	1.9	108	86	0	293	41	13	27	18	1.87
820332--820668	89	3.8	89	81	9	334	41	13	25	19	1.88
820332--820670	134	2.5	133	84	4	405	41	13	25	19	1.88
820332--820712	134	2.8	134	82	6	355	40	14	25	19	1.89
820991--821034	22	2.0	22	86	4	63	15	20	0	63	1.31
829768--829809	22	1.9	22	85	0	57	64	4	7	23	1.38
832202--832478	140	2.0	140	91	0	455	46	11	7	35	1.68
833742--834179	167	2.6	165	80	10	473	49	8	10	30	1.68
833990--834038	23	2.2	22	82	10	55	65	4	12	18	1.41
834893--834918	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
837117--837161	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838965--838995	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
841002--841081	20	3.8	20	75	15	79	27	15	13	43	1.84
841067--841105	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
841226--841272	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
841228--841270	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
847223--847289	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
847243--847267	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
847332--847356	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
847345--847485	52	2.7	51	87	4	210	33	17	17	31	1.94
854145--854176	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8