genome.fa.s175.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold175
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1254584

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12--7835	15	529.0	14	75	18	5715	39	41	14	4	1.66
174--368	85	2.3	84	78	13	206	34	44	15	5	1.70
12--7835	7	1058.0	7	75	18	5715	39	41	14	4	1.66
334--7606	68	108.9	68	73	19	2375	39	41	14	4	1.66
7310--7428	22	4.9	25	73	20	94	42	43	11	2	1.54
7471--9390	7	274.9	7	88	7	1379	33	41	10	13	1.79
9375--9784	7	59.3	7	92	4	287	32	54	10	2	1.48
9382--9618	21	11.5	21	95	3	394	30	57	12	0	1.35
10667--10703	3	12.3	3	88	0	56	67	0	2	29	1.04
11323--11377	20	2.8	19	83	5	65	40	1	20	38	1.63
13764--13798	2	17.5	2	87	0	52	51	0	0	48	1.00
17143--17176	17	2.0	17	94	0	59	11	17	8	61	1.54
22159--22345	97	1.9	97	91	2	304	35	10	24	28	1.89
28030--28126	51	1.9	51	91	0	158	48	10	14	26	1.76
28967--28992	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
34175--34338	86	1.9	86	93	0	283	31	15	12	39	1.86
36474--36508	17	2.0	18	88	5	54	37	0	0	62	0.95
40464--40510	23	2.0	23	91	0	76	40	10	10	38	1.75
41298--41333	14	2.6	15	87	12	51	36	5	5	52	1.48
44196--44501	154	2.0	156	80	7	345	26	16	18	38	1.91
44254--44533	154	1.8	155	79	5	334	28	15	17	37	1.91
47549--47655	20	5.7	19	73	22	93	28	15	13	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47566--47635	33	2.1	33	94	0	122	28	17	12	41	1.86
47591--47616	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
47549--47655	53	2.0	52	84	10	137	28	15	13	42	1.85
49939--50118	51	3.5	51	83	2	211	27	23	12	36	1.91
50000--50275	128	2.1	130	85	7	400	27	26	13	32	1.94
50230--50303	27	2.7	27	85	10	89	22	31	20	25	1.98
50291--50407	51	2.3	52	80	4	148	31	25	10	32	1.89
50258--50593	130	2.6	129	75	9	333	27	23	13	35	1.92
53023--53088	1	66.0	1	75	0	60	87	10	1	0	0.60
53026--53081	6	9.5	6	84	11	80	87	12	0	0	0.54
53023--53077	18	3.1	18	94	5	94	89	10	0	0	0.50
53023--53088	18	3.6	17	86	11	87	87	10	1	0	0.60
53026--53081	24	2.4	25	91	8	91	87	12	0	0	0.54
54158--54415	55	4.5	55	77	12	252	26	27	20	25	1.99
54184--54415	122	1.9	117	83	7	297	26	26	20	25	1.99
54335--54518	93	1.9	96	84	11	252	22	28	20	28	1.99
54455--54688	61	3.9	61	86	3	321	26	25	20	28	1.99
54220--54620	215	1.9	216	86	4	587	25	27	19	27	1.99
54064--54689	276	2.3	271	86	3	830	25	27	20	27	1.99
55671--55742	20	3.6	19	85	7	90	30	16	11	41	1.83
58026--58204	51	3.5	51	84	2	236	27	25	11	35	1.91
58219--58338	51	2.4	51	80	5	134	29	26	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58089--58344	130	2.0	130	89	4	392	28	25	12	33	1.93
58318--58393	27	2.8	28	82	11	95	21	30	22	26	1.99
58377--58494	51	2.3	51	85	0	164	27	25	13	33	1.94
58358--58681	130	2.5	129	76	9	343	28	24	12	34	1.92
60526--60566	18	2.3	18	86	0	55	65	12	7	14	1.45
61677--61710	16	2.1	17	88	5	52	64	0	5	29	1.17
65183--65234	27	1.9	27	81	14	63	51	5	23	19	1.67
68288--68403	51	2.3	51	84	3	153	31	12	25	31	1.92
68239--68478	130	1.9	128	85	3	338	32	10	26	30	1.90
68544--68617	28	2.6	28	87	4	87	27	17	33	21	1.96
68467--68659	107	1.8	107	89	0	305	30	12	31	25	1.93
68337--68589	79	3.2	78	84	6	332	30	12	28	28	1.93
68599--68717	51	2.3	51	89	0	184	28	12	30	28	1.93
73261--73307	20	2.3	21	88	3	69	40	8	19	31	1.81
74213--74285	20	3.7	19	80	8	76	30	15	9	45	1.78
74221--74285	20	3.3	19	81	10	78	30	16	9	43	1.80
76641--76823	79	2.3	78	83	5	224	28	26	13	31	1.93
76781--76851	28	2.5	28	90	0	106	23	25	19	30	1.98
76812--77057	79	3.2	77	75	6	221	30	27	11	30	1.91
76702--76946	107	2.3	107	85	5	305	28	26	13	31	1.94
76839--77057	76	2.8	77	78	6	210	31	26	10	31	1.91
83389--83635	124	2.0	123	87	0	350	24	25	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83389--83635	62	4.0	62	86	0	316	24	25	19	31	1.98
86057--86126	28	2.5	28	85	0	95	25	32	15	25	1.95
86082--86316	79	3.0	78	75	6	242	29	26	12	31	1.92
85977--86204	107	2.1	108	83	6	293	28	27	12	31	1.93
85916--86284	186	2.0	185	79	4	406	29	26	11	32	1.92
86267--86383	51	2.3	52	79	4	130	27	23	15	33	1.95
86194--86461	130	2.1	127	79	4	288	27	23	13	34	1.93
86337--86486	79	1.9	79	85	0	210	24	22	16	36	1.94
92367--92413	23	2.1	22	84	11	60	78	6	2	12	1.02
93506--93536	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
100326--100369	18	2.4	18	82	14	54	84	6	4	4	0.88
100313--100367	27	2.0	27	86	10	76	80	9	3	7	1.02
104094--104156	32	2.0	32	90	0	99	34	14	12	38	1.84
105714--105758	22	2.1	21	84	8	56	22	15	6	55	1.63
105703--105758	21	2.7	21	75	13	62	23	14	7	55	1.63
106341--106374	12	2.8	12	90	0	50	23	35	0	41	1.55
107977--108002	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
112196--113098	28	31.5	28	84	4	1115	22	17	30	28	1.97
112196--113098	85	10.5	85	86	3	1188	22	17	30	28	1.97
114302--114384	1	83.0	1	78	0	67	2	1	9	86	0.71
114302--114383	8	9.8	8	81	15	78	2	1	9	86	0.72
114302--114384	10	8.5	10	80	12	93	2	1	9	86	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114317--114382	27	2.5	26	85	7	87	3	1	9	86	0.74
140037--140091	14	3.9	14	87	0	65	34	29	3	32	1.75
140552--140624	32	2.3	32	83	4	85	27	27	20	24	1.99
142420--142461	11	3.7	11	87	3	57	80	2	16	0	0.81
143120--143278	80	2.0	80	100	0	318	39	7	22	30	1.82
143604--143899	155	1.9	155	82	5	375	36	8	11	42	1.73
154664--155291	79	7.9	78	83	6	692	26	23	14	35	1.93
154664--155291	158	4.0	158	85	3	764	26	23	14	35	1.93
154664--155291	237	2.6	236	85	3	782	26	23	14	35	1.93
155604--155634	15	2.1	15	100	0	62	12	19	25	41	1.87
159473--159549	21	3.7	21	100	0	154	35	10	18	36	1.85
159587--159637	19	2.5	21	90	6	79	37	13	15	33	1.87
162056--162409	76	4.6	76	85	5	401	24	25	14	35	1.93
164469--164518	26	2.0	25	88	4	73	74	6	12	8	1.22
165730--165791	30	2.1	30	84	0	79	24	29	12	33	1.92
165797--165991	62	3.2	61	79	5	205	23	24	18	32	1.97
165823--165936	61	1.9	60	90	1	183	25	26	18	29	1.98
165853--166131	140	2.0	139	81	6	332	22	26	18	31	1.97
165914--166068	78	2.0	78	79	5	170	18	27	20	33	1.96
165992--166443	62	7.3	62	86	0	562	23	24	19	32	1.98
165793--166193	202	2.0	201	83	3	511	23	25	18	32	1.97
166468--166694	42	5.3	42	76	7	136	22	25	10	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166492--166720	42	5.4	42	76	9	151	20	25	10	43	1.84
166470--166733	86	3.1	84	77	7	271	20	25	11	43	1.85
167487--167630	50	2.9	49	86	7	182	27	16	13	43	1.85
169776--170332	78	7.1	79	79	5	506	27	23	14	35	1.93
169777--170264	157	3.1	154	80	4	532	28	23	13	35	1.92
176316--176839	42	12.5	41	75	5	286	18	28	17	34	1.94
176301--176798	84	5.9	83	79	4	428	19	29	17	34	1.94
177861--178516	163	4.0	164	85	5	788	27	11	8	52	1.66
177861--178516	167	4.0	165	85	5	808	27	11	8	52	1.66
177861--178522	330	2.0	333	85	5	887	27	11	8	52	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8