genome.fa.s175.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold175
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1254584

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855709--856088	34	11.1	34	79	14	365	20	33	12	33	1.90
855709--856083	68	5.5	68	82	9	442	20	33	13	33	1.91
855712--856133	136	3.1	134	85	8	516	21	34	13	31	1.92
856085--856182	32	3.1	31	91	5	160	27	37	18	16	1.92
855783--856181	68	5.9	65	77	13	228	22	34	14	28	1.94
855853--856166	136	2.3	134	90	5	436	22	35	14	27	1.93
856090--856182	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
856212--856828	49	12.8	49	85	4	844	24	26	17	31	1.97
856210--856893	98	7.0	98	93	4	1068	23	26	17	32	1.97
856558--856828	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
857764--857830	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
857784--857808	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
857873--857897	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
857906--858026	52	2.3	52	95	0	215	34	18	18	28	1.94
861244--861597	52	7.0	52	75	5	210	32	14	26	26	1.95
861325--861886	49	11.9	49	74	12	383	30	16	26	26	1.97
861325--861886	101	5.9	101	79	9	333	30	16	26	26	1.97
861579--861736	39	3.8	39	73	15	136	29	18	25	25	1.98
861526--861784	88	3.0	88	89	2	389	29	18	26	25	1.98
861807--861875	22	3.2	22	64	32	58	34	18	20	26	1.96
861796--861892	43	2.3	43	98	0	185	34	18	22	24	1.96
861798--861865	21	3.2	21	64	32	54	35	17	22	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861702--861881	94	1.9	96	86	5	256	31	18	25	25	1.98
861883--862071	34	5.7	32	77	9	166	35	13	31	19	1.90
861883--862071	33	5.6	32	78	9	159	35	13	31	19	1.90
862048--862162	28	4.0	30	83	7	148	22	15	30	31	1.95
862528--862612	37	2.3	37	95	0	161	42	15	16	25	1.87
863645--863708	1	64.0	1	77	0	65	0	0	10	89	0.50
863647--863708	8	7.8	8	91	5	99	0	0	11	88	0.51
863636--863702	16	4.3	16	89	9	86	0	0	13	86	0.57
863636--863708	17	4.3	17	84	6	94	0	0	12	87	0.54
870066--870122	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
870079--870139	19	3.6	18	75	25	69	32	11	18	37	1.86
870065--870148	32	2.6	32	96	0	150	33	11	16	38	1.86
870193--870218	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
877695--877749	10	5.8	9	82	18	67	85	12	0	1	0.68
877695--877749	19	2.9	18	89	10	76	85	12	0	1	0.68
877681--877746	22	3.0	22	82	6	71	83	10	4	1	0.86
879183--879362	28	6.3	28	82	11	213	32	33	16	17	1.93
879180--879342	30	5.7	28	85	11	206	30	34	16	17	1.93
879177--879342	57	2.9	58	90	3	264	30	35	16	17	1.92
879183--879381	87	2.3	85	87	5	276	31	34	16	18	1.93
879360--879724	69	5.3	69	88	3	531	19	32	11	35	1.88
879366--879723	34	10.4	34	86	4	497	19	32	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879366--879724	137	2.6	137	95	1	621	19	33	11	35	1.88
879751--879831	28	2.7	30	81	14	89	35	28	13	22	1.92
879913--879974	21	2.9	22	72	13	65	27	22	19	30	1.98
879904--879972	22	3.2	22	70	12	61	27	23	18	30	1.98
879846--880152	87	3.4	87	80	7	348	26	22	19	30	1.98
880976--881000	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
880989--881102	19	6.6	19	71	22	108	33	11	16	38	1.85
881008--881118	32	3.5	32	93	3	181	33	12	16	37	1.86
881029--881083	13	3.8	13	75	25	56	36	14	14	34	1.87
881154--881179	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
894125--894699	61	9.6	59	84	5	647	27	26	16	29	1.97
894188--894752	120	4.7	120	83	6	642	27	26	17	28	1.97
894221--894795	61	9.3	65	83	6	247	27	26	17	29	1.97
897499--897697	78	2.5	79	81	3	213	26	26	12	34	1.92
897383--897750	79	4.7	79	74	8	275	26	25	11	36	1.90
897383--897750	157	2.3	158	74	10	349	26	25	11	36	1.90
897683--897795	50	2.2	50	84	1	154	28	27	8	35	1.87
897621--897870	129	1.9	130	83	2	324	27	22	11	38	1.88
897732--897933	79	2.6	80	81	3	230	27	22	12	37	1.90
899258--899313	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
899365--899428	32	2.0	33	90	3	103	45	15	10	28	1.80
903465--903495	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905633--905658	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
905560--905733	86	2.0	86	95	0	312	29	17	16	36	1.92
907720--907762	20	2.1	20	82	4	50	13	23	39	23	1.90
912128--912172	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
914366--914574	86	2.4	86	94	2	359	29	16	15	37	1.90
914474--914499	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
915633--915671	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
915792--915837	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
918101--918156	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
918226--918251	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
918208--918271	32	2.0	33	90	3	103	43	15	10	29	1.81
919972--920069	36	3.0	32	83	14	119	28	22	14	34	1.93
920559--920609	20	2.6	19	84	6	66	43	15	13	27	1.85
925264--925329	20	3.7	20	73	26	83	39	18	15	27	1.90
925284--925310	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
925263--925329	33	2.0	33	100	0	134	40	17	14	26	1.89
925381--925440	19	3.5	18	74	25	67	33	16	13	36	1.88
925374--925445	32	2.2	32	95	0	126	33	16	13	36	1.89
925502--925553	17	2.7	21	77	22	76	32	17	13	36	1.89
926155--926352	49	4.0	49	76	8	195	34	17	24	23	1.95
939845--940200	176	2.0	176	100	0	712	35	14	22	27	1.93
941130--941195	20	3.7	20	73	26	83	39	18	15	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
941150--941176	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
941129--941195	33	2.0	33	100	0	134	40	17	14	26	1.89
942458--942607	30	5.0	31	72	8	123	26	29	15	29	1.96
942442--942607	61	2.8	61	85	2	221	25	29	16	28	1.97
943414--943444	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
943394--943460	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
945930--945958	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
949902--949951	21	2.4	20	76	6	55	22	12	4	62	1.46
952162--952192	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
952142--952208	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
952237--952293	19	2.9	19	84	5	69	33	17	17	31	1.93
952278--952304	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
952259--952323	33	2.0	32	87	3	94	38	16	18	26	1.92
952615--953243	33	19.8	33	69	13	232	22	28	12	36	1.90
952615--952688	34	2.2	34	92	2	123	22	27	9	40	1.85
952745--952804	27	2.2	27	82	5	68	25	31	8	35	1.85
952738--952937	90	2.2	93	81	7	237	22	29	10	38	1.87
952838--952894	27	2.1	27	96	0	105	21	22	14	42	1.88
952773--952927	60	2.5	61	78	7	154	23	28	10	37	1.89
952864--953235	65	5.8	63	74	9	207	21	27	12	38	1.89
952863--953195	128	2.6	129	76	10	347	21	27	12	39	1.88
953228--953746	32	16.5	31	81	9	502	29	33	17	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
953228--953746	94	5.5	96	84	6	595	29	33	17	19	1.95
953249--953758	64	8.1	62	83	7	575	29	33	17	19	1.95
953808--953988	52	3.5	51	84	8	224	22	24	16	37	1.93
954449--954475	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
966472--966550	2	40.5	2	77	5	63	39	2	8	49	1.48
966472--966550	21	3.7	21	84	1	104	39	2	8	49	1.48
970108--970166	19	3.2	19	80	2	66	49	18	11	20	1.79
973229--973267	17	2.3	17	81	0	51	10	0	35	53	1.35
975254--975822	156	3.7	155	74	10	461	40	18	14	26	1.89
975280--975848	155	3.7	154	74	9	392	39	19	14	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8