genome.fa.s178.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold178
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1196275

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502--2723	52	4.3	51	78	5	203	33	12	24	29	1.92
2594--2723	51	2.5	52	85	3	156	33	15	23	26	1.95
2708--2781	27	2.7	28	80	2	87	22	20	31	25	1.98
2536--2896	52	6.9	51	69	14	200	33	13	23	29	1.92
5239--5303	34	1.9	33	87	3	94	44	9	16	29	1.79
5323--5425	19	6.2	17	71	28	87	36	13	10	38	1.80
5330--5422	32	2.9	32	91	0	150	35	15	10	38	1.82
5378--5403	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
5460--5517	21	2.7	22	81	7	75	32	15	15	36	1.89
7978--8051	28	2.5	30	89	6	107	43	12	17	27	1.84
8422--8470	19	2.6	19	86	0	71	30	10	20	38	1.86
8554--8649	50	1.9	50	95	0	174	37	15	15	31	1.89
12827--12853	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
12838--12893	19	2.9	19	86	2	76	33	17	10	37	1.85
12938--12968	13	2.4	13	94	0	53	32	12	12	41	1.81
16482--16508	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
19958--20270	155	2.0	156	79	4	337	28	15	17	38	1.90
24786--24823	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
26903--26933	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
30949--30974	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
33276--33311	18	1.9	19	88	5	56	11	16	11	61	1.57
35363--35771	159	2.6	158	83	3	466	35	13	20	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35924--36607	160	4.3	158	77	7	528	37	11	18	31	1.87
36027--36607	320	1.8	316	79	4	682	37	12	18	32	1.87
42997--43396	202	2.0	202	93	2	684	31	20	11	37	1.88
43538--43605	29	2.4	28	74	13	75	61	5	16	16	1.52
46532--46585	26	2.1	26	89	0	81	38	24	11	25	1.88
48750--48857	59	1.9	59	86	7	161	40	17	12	28	1.87
59925--60234	157	2.0	158	82	6	389	39	12	16	30	1.87
59927--60285	157	2.3	157	78	11	362	38	12	16	31	1.87
62789--62987	98	2.0	98	97	0	371	36	17	18	28	1.93
63587--63659	13	6.1	13	78	18	95	41	15	15	28	1.87
63614--63678	20	3.6	20	73	26	81	41	15	15	27	1.87
63601--63678	33	2.4	33	100	0	156	41	15	15	28	1.87
67536--67611	20	3.8	19	82	6	98	40	11	14	32	1.82
68482--68892	28	14.1	28	78	10	351	23	17	30	28	1.97
68482--68892	89	4.7	87	82	8	424	23	17	30	28	1.97
68482--68892	117	3.5	116	85	4	506	23	17	30	28	1.97
70115--70181	11	5.8	11	78	15	73	1	2	11	83	0.82
70113--70181	12	6.3	11	78	9	61	1	2	13	82	0.85
70114--70180	32	2.0	32	88	8	98	1	2	13	82	0.86
70141--70181	8	5.1	8	85	14	50	0	0	12	87	0.53
70137--70176	20	2.0	20	95	0	71	0	0	12	87	0.54
70138--70177	21	1.9	21	94	0	71	0	0	10	90	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74587--74615	13	2.1	14	93	6	51	6	0	20	72	1.07
75082--75158	20	3.8	20	86	6	111	40	14	15	29	1.87
82335--82387	20	2.6	21	79	11	65	41	11	16	30	1.84
82474--82511	20	1.9	19	89	5	58	31	18	7	42	1.79
83470--83510	21	2.0	21	85	4	57	17	17	14	51	1.77
83475--83515	21	2.0	21	90	4	66	17	12	14	56	1.68
89762--89834	11	6.8	11	80	15	82	87	10	1	0	0.60
89761--89835	12	6.0	12	86	10	82	86	12	1	0	0.63
89764--89835	31	2.4	29	88	6	101	87	11	1	0	0.61
89764--89834	8	8.9	8	83	9	74	87	11	1	0	0.61
89762--89835	1	74.0	1	75	0	67	87	10	1	0	0.60
90848--91487	116	5.5	111	79	10	524	26	27	20	25	1.99
90822--91487	61	11.4	60	79	10	627	26	27	20	25	1.99
90822--91431	177	3.5	175	86	5	795	26	28	20	24	1.99
92206--92251	7	6.6	7	82	9	58	84	2	0	13	0.71
92417--92457	21	2.0	21	90	0	64	41	7	21	29	1.80
94804--96617	262	6.9	262	96	0	3281	28	26	12	32	1.93
94804--96617	785	2.3	786	96	0	3326	28	26	12	32	1.93
96520--96754	79	3.0	78	78	5	265	26	27	14	31	1.95
97944--99503	158	9.9	157	67	11	550	37	14	17	30	1.90
97697--99932	474	4.6	474	83	4	2473	37	14	18	30	1.90
97944--99075	159	7.2	158	66	12	446	37	14	17	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99446--99538	34	2.8	32	73	19	91	37	17	17	27	1.92
99548--101212	617	2.7	620	83	5	2003	36	13	18	30	1.90
100533--117673	475	36.0	474	74	10	4293	36	14	18	30	1.90
101008--105490	635	7.1	635	81	4	4740	37	14	18	30	1.90
100375--107952	159	47.9	159	68	11	2317	37	13	18	30	1.90
100533--106912	476	13.4	475	75	7	3925	37	13	18	30	1.90
106706--107033	158	2.1	159	85	1	435	35	14	17	31	1.90
106706--107109	158	2.6	158	81	3	393	35	15	17	31	1.91
106864--111796	475	10.4	475	82	4	5347	36	14	18	30	1.90
105475--111519	159	38.2	157	66	11	787	36	13	18	31	1.90
106864--111796	951	5.2	948	82	4	5256	36	14	18	30	1.90
111509--112038	289	1.8	289	84	2	715	36	15	18	30	1.91
115701--116081	189	2.0	189	95	0	681	34	13	19	32	1.91
115909--117685	928	1.9	928	85	2	2444	37	14	17	30	1.89
117347--118087	377	2.0	377	83	2	952	36	14	17	30	1.91
117985--118206	107	2.1	107	82	3	259	36	18	16	28	1.92
118091--120400	476	4.7	474	75	10	1947	37	14	18	30	1.90
119372--120400	475	2.2	475	81	3	1160	36	13	18	31	1.89
120214--120590	189	2.0	190	81	2	445	35	11	18	34	1.88
120398--123878	475	7.3	471	74	8	2687	36	14	18	31	1.90
122513--122714	107	1.9	107	83	2	262	34	18	17	29	1.94
123833--123934	53	1.9	53	89	0	159	33	6	22	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124731--125105	189	2.0	190	82	1	466	33	13	19	33	1.91
124913--126346	475	3.0	473	83	4	1735	36	15	17	30	1.91
126869--126906	20	1.9	20	94	0	67	34	18	7	39	1.80
127834--127880	22	2.1	23	84	4	60	27	23	10	38	1.88
140831--140874	21	2.0	22	87	12	65	84	13	0	2	0.73
140834--140901	25	2.7	26	80	13	86	83	10	2	2	0.85
140834--140902	24	2.9	24	85	6	86	82	11	2	2	0.88
141326--146209	28	171.5	28	80	5	4981	27	29	18	23	1.98
141326--146209	86	57.2	85	83	4	4968	27	29	18	23	1.98
141326--146209	114	42.9	113	82	5	4870	27	29	18	23	1.98
149235--149300	25	2.6	26	95	4	125	51	19	12	16	1.75
149680--150912	473	2.6	477	82	3	1433	37	13	17	30	1.89
150734--151109	205	1.8	205	87	3	569	36	12	18	32	1.88
150939--153124	474	4.7	452	78	8	2069	36	14	17	31	1.90
150934--153124	929	2.4	927	86	2	3054	36	14	17	31	1.90
152236--152963	158	4.6	156	68	10	404	37	14	17	30	1.90
155959--160762	476	10.2	474	77	8	4306	37	14	18	30	1.90
160106--160169	30	2.1	30	100	0	128	43	18	15	21	1.87
162329--162447	59	2.0	59	98	0	229	41	13	17	27	1.87
163028--165152	159	13.5	160	66	11	603	36	13	18	31	1.89
163026--165444	476	5.1	474	82	4	2734	36	13	18	31	1.89
165945--166626	158	4.3	157	68	9	414	36	13	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165441--172111	476	14.1	476	84	3	7346	36	13	17	31	1.89
166229--166869	158	4.0	158	67	13	452	36	13	18	31	1.89
173097--173133	13	2.8	13	95	0	65	43	16	10	29	1.82
175211--175241	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
177045--177089	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
179069--179094	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
179741--179859	51	2.3	51	86	0	166	28	12	28	30	1.93
179647--180180	130	4.1	130	80	7	514	33	11	25	29	1.91
179875--179990	51	2.3	51	86	0	169	31	12	25	31	1.93
180001--180117	51	2.3	51	80	2	128	34	11	24	29	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6