genome.fa.s178.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold178
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1196275

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179687--180180	260	1.9	260	81	4	593	34	11	24	29	1.91
180479--180509	11	2.8	11	100	0	62	54	9	0	35	1.33
182575--182647	29	2.5	29	81	2	92	41	16	16	26	1.89
183416--183742	61	5.6	60	77	10	243	29	20	24	25	1.99
183428--183719	122	2.5	120	81	6	328	27	20	25	26	1.99
183758--183943	55	3.4	55	89	1	284	20	21	29	28	1.98
183599--183894	149	2.0	150	87	2	425	26	19	28	26	1.99
183862--183948	26	3.3	26	65	16	70	21	20	31	26	1.98
183551--184013	204	2.2	205	87	5	664	25	20	28	26	1.99
185032--185089	1	58.0	1	78	0	62	6	1	1	89	0.61
185032--185086	8	6.9	8	87	8	76	7	1	1	89	0.63
185018--185086	16	4.2	16	85	9	77	5	7	1	85	0.79
185032--185087	25	2.3	24	90	3	85	7	1	1	89	0.63
189359--189413	20	2.8	20	94	0	101	43	14	14	27	1.84
189887--190550	159	4.2	159	68	11	394	37	12	17	32	1.87
189571--192074	475	5.3	475	81	6	2689	37	13	17	31	1.89
191055--192045	473	2.1	475	82	1	1254	36	13	18	31	1.90
192379--192419	21	2.0	21	85	9	57	39	12	7	41	1.70
192459--192529	20	3.5	20	77	11	74	40	16	11	30	1.84
192499--192635	53	2.6	53	92	1	220	39	18	16	26	1.91
192599--192635	19	2.0	19	94	5	67	45	16	10	27	1.80
192659--192689	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192696--192724	14	2.1	14	100	0	58	31	27	6	34	1.83
193165--193231	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
193684--193746	32	1.9	33	87	3	92	30	15	12	41	1.85
193797--193821	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
196811--196884	37	2.0	37	97	0	139	40	17	16	25	1.90
200330--200383	19	2.7	20	88	5	74	33	18	16	31	1.93
200505--200544	21	1.9	20	85	10	53	42	17	0	40	1.49
200904--201003	19	4.9	19	76	19	96	30	36	0	34	1.58
200918--201010	46	2.0	46	95	0	168	25	39	0	34	1.56
202865--202893	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
208980--209010	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
208963--209026	30	2.0	30	91	8	101	34	17	14	34	1.89
209055--209111	19	2.9	19	86	5	69	33	15	17	33	1.92
209728--209770	22	1.9	22	85	4	59	18	2	23	55	1.54
212422--212474	19	2.8	20	82	8	74	33	16	15	33	1.90
212905--218595	476	12.1	475	80	4	5981	36	14	18	31	1.90
218314--218902	297	2.0	296	82	5	726	39	11	19	30	1.87
217838--219372	772	2.0	770	85	2	2062	37	12	18	31	1.89
218610--233828	475	32.0	475	77	7	13059	36	14	18	31	1.90
227383--227881	158	3.2	154	67	12	355	37	13	18	30	1.90
227379--228039	317	2.1	316	85	3	893	37	14	18	29	1.91
226986--228553	792	2.0	789	84	3	2026	37	14	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234032--234096	20	3.2	20	75	0	67	32	9	30	27	1.88
234012--234104	40	2.4	39	78	3	98	33	8	26	31	1.87
234155--234200	20	2.3	21	81	11	60	30	10	17	41	1.84
234330--234740	207	2.0	206	91	2	664	29	18	16	35	1.93
235770--241076	473	11.3	474	78	7	4810	36	13	18	31	1.90
240770--241361	314	1.9	315	84	3	789	37	14	16	31	1.90
241066--246387	946	5.6	947	81	4	5677	36	13	18	31	1.89
241066--246381	475	11.3	474	82	5	5233	36	13	18	31	1.89
244292--245439	157	7.3	157	68	10	525	36	13	19	31	1.90
254180--254603	105	4.1	104	74	11	366	30	20	11	37	1.88
263057--263250	79	2.5	78	81	6	239	32	14	27	25	1.95
263291--263726	51	8.4	51	71	13	264	32	12	26	29	1.92
263494--263567	28	2.6	28	84	0	85	25	20	31	22	1.98
263553--263773	102	2.1	103	81	3	257	33	12	25	28	1.93
263587--263773	51	3.6	50	82	5	178	33	12	24	28	1.92
263182--263936	262	2.9	261	92	0	1262	32	12	26	28	1.93
266285--266310	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
266297--266338	21	2.0	21	95	0	75	28	21	11	38	1.89
266381--266424	21	2.0	22	91	4	72	38	9	13	38	1.77
266441--266493	21	2.5	20	73	11	52	32	16	18	32	1.94
266505--266557	7	7.6	7	85	8	72	13	0	1	84	0.69
266503--266552	22	2.3	23	86	10	77	14	0	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267384--267435	25	2.1	25	100	0	104	36	11	11	40	1.78
267414--272415	475	10.5	474	86	3	6282	30	18	14	36	1.91
267409--272306	159	31.0	157	66	11	1086	30	18	14	36	1.91
267414--272412	948	5.3	949	84	2	7003	30	18	14	36	1.91
273549--273620	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
273609--273777	52	3.2	53	75	11	152	33	12	24	29	1.92
276224--276249	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
276203--276269	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
276292--276316	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
276373--276450	21	3.8	21	98	1	149	30	10	19	39	1.85
277105--277192	26	3.3	26	64	14	70	22	20	30	26	1.98
277059--277643	55	10.3	55	88	5	662	23	21	28	26	1.99
281158--281217	30	2.0	30	100	0	120	26	30	3	40	1.72
291108--291299	79	2.4	79	81	1	215	31	17	27	23	1.97
291251--291322	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
291311--291479	52	3.2	53	75	11	152	33	12	24	29	1.92
293910--293964	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
294577--295352	159	4.9	160	70	8	512	32	17	14	35	1.90
294320--295606	475	2.7	472	88	2	1830	31	17	13	36	1.90
295858--295924	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
296402--296427	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
296503--296558	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296546--296576	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
296600--296736	53	2.6	53	91	1	220	27	17	18	37	1.93
296816--296856	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
297057--302430	159	34.0	159	66	11	964	30	18	14	36	1.90
297057--302505	474	11.5	475	84	3	6672	30	18	14	36	1.90
306781--306818	13	2.7	15	84	12	53	84	7	5	2	0.86
306858--306889	11	2.9	11	90	0	55	87	12	0	0	0.54
307808--308026	31	6.9	31	75	12	185	21	33	15	29	1.94
307809--307932	63	2.0	61	84	9	162	22	31	16	29	1.95
307940--308112	90	2.0	87	85	7	233	22	34	15	27	1.94
308013--308173	62	2.7	60	85	9	220	22	35	14	26	1.94
307909--308209	152	2.0	153	85	7	414	21	35	14	28	1.93
308120--308206	27	3.2	26	87	4	111	20	37	14	26	1.92
308061--308235	89	2.0	89	83	6	221	22	34	14	28	1.94
308253--308373	33	3.7	33	92	4	201	27	33	19	19	1.96
308253--308380	65	2.0	63	92	6	213	28	34	18	18	1.95
308373--308980	49	12.7	49	84	7	770	25	25	17	30	1.97
308440--308507	21	3.2	21	63	19	50	26	27	16	29	1.97
308368--308932	92	6.0	92	86	9	721	25	26	17	30	1.97
308993--309119	67	1.9	68	85	1	175	24	25	12	37	1.90
309880--309946	33	2.0	33	85	0	89	34	10	13	41	1.79
309990--310014	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313320--316149	159	17.8	159	68	9	940	31	17	13	36	1.90
313148--315999	476	6.0	474	84	2	3453	30	18	13	37	1.90
313148--316000	951	3.0	944	84	2	3604	30	18	13	37	1.90
315315--316478	633	1.8	635	83	2	1561	29	18	14	37	1.90
316516--319953	475	7.3	473	83	3	4229	30	18	14	37	1.90
315952--319953	946	4.2	946	84	3	4904	29	18	14	37	1.90
320290--320346	19	2.9	19	87	5	78	31	14	15	38	1.87
320286--320345	20	3.0	20	82	4	77	31	13	16	38	1.87
326393--326437	22	2.2	20	84	8	54	28	0	17	53	1.44
329132--329185	20	2.7	20	88	0	72	31	12	18	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6