genome.fa.s178.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold178
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1196275

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783852--784548	158	4.4	157	68	11	391	30	19	13	36	1.90
783741--784961	474	2.6	473	87	2	1732	29	18	14	37	1.90
786196--786990	407	1.9	409	86	3	1129	32	18	13	35	1.89
786605--789144	474	5.4	476	84	2	3132	30	19	13	36	1.90
787271--788938	159	10.5	157	68	9	606	30	19	14	36	1.91
789860--789934	20	3.7	20	76	16	91	36	18	14	30	1.91
789882--789947	20	3.1	22	73	18	77	36	15	19	28	1.92
789862--789947	41	2.1	42	97	2	165	36	16	17	30	1.92
789985--790009	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
794157--794217	21	3.0	21	80	2	52	21	24	0	54	1.45
800668--800786	42	2.8	42	90	0	184	10	43	2	43	1.51
803595--803690	20	4.5	23	67	18	82	35	16	17	30	1.93
803595--803690	42	2.3	42	94	0	165	35	16	17	30	1.93
804397--804973	290	2.0	289	89	2	890	31	18	13	36	1.89
804799--807815	159	19.1	157	66	15	789	30	19	13	36	1.91
804682--807815	474	6.6	474	90	1	4877	30	19	13	36	1.91
810202--811255	349	3.0	349	99	0	2099	23	15	23	37	1.93
813015--813073	9	6.9	9	71	11	52	42	1	44	11	1.51
812996--813101	42	2.5	42	90	0	167	40	1	46	11	1.51
819247--820391	159	7.2	159	64	15	507	29	17	15	36	1.91
818898--820754	479	3.9	479	95	0	3110	29	18	15	36	1.91
822475--822593	42	2.8	42	88	0	175	43	2	44	9	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827559--830747	472	6.7	473	85	3	3769	30	19	13	37	1.90
827747--830736	159	18.9	158	65	12	786	30	19	13	36	1.90
832271--832313	20	2.2	20	95	0	77	44	20	4	30	1.72
832349--832716	182	2.0	182	96	0	673	31	19	15	34	1.92
834143--836206	158	13.1	158	65	16	467	29	19	13	37	1.90
833411--837832	474	9.3	476	90	1	5950	30	19	13	36	1.90
837589--838092	274	1.8	274	85	2	708	28	19	13	38	1.89
840403--847845	475	15.8	475	82	4	8219	31	19	13	36	1.90
851535--851653	42	2.8	42	92	0	193	10	46	1	42	1.47
857539--857614	12	6.9	11	77	15	61	39	1	48	10	1.46
857538--857623	24	3.8	24	73	17	85	41	1	45	11	1.48
857559--857619	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
857529--857647	42	2.8	42	90	0	184	42	1	46	9	1.46
857583--857628	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
862835--864358	477	3.2	472	83	4	1800	31	18	14	35	1.90
864017--864675	317	2.1	317	99	0	1300	32	18	13	35	1.90
864017--864765	317	2.4	317	93	1	1101	31	18	13	35	1.90
863540--865150	792	2.0	794	87	1	2320	31	18	14	36	1.90
863056--866361	158	20.9	159	65	10	804	31	17	13	36	1.90
864320--867472	475	6.6	475	86	4	4000	31	18	13	36	1.90
866339--866373	18	1.9	18	88	0	52	25	28	8	37	1.85
869045--869686	158	4.0	157	66	13	358	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868906--870121	477	2.6	473	87	3	1731	30	18	14	36	1.91
869893--870356	235	2.0	233	98	0	901	29	19	14	36	1.91
870482--873986	158	22.1	158	67	9	992	31	18	14	36	1.90
870148--874168	474	8.5	476	88	2	5602	31	18	14	36	1.91
870135--874166	950	4.2	951	87	2	5932	31	18	14	36	1.91
875783--875858	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
875782--875867	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
875773--875891	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
880847--880939	24	4.2	22	70	18	68	9	45	2	43	1.49
880830--880948	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
880863--880938	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
882554--884041	476	3.1	471	83	5	1764	30	19	13	36	1.91
885152--886072	458	2.0	460	89	1	1429	29	18	13	37	1.89
891098--891141	18	2.4	18	81	7	54	9	47	0	43	1.35
891131--891213	33	2.5	33	80	3	87	13	36	0	50	1.41
893417--895112	159	10.7	155	68	11	426	31	19	13	35	1.91
893594--895244	159	10.4	156	68	12	541	31	19	13	35	1.91
893346--895298	476	4.1	476	88	2	2766	31	18	13	35	1.91
895350--902776	476	15.5	474	77	7	6334	30	18	14	35	1.92
900744--902368	158	10.2	158	66	15	458	29	17	15	37	1.90
904078--905877	476	3.8	474	84	4	2182	30	18	14	36	1.91
905073--906742	865	1.9	858	84	4	2223	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908154--910721	476	5.4	476	85	2	3238	30	19	13	35	1.91
910735--912312	475	3.4	472	73	11	1265	37	13	18	31	1.89
920848--922437	476	3.3	473	81	6	1881	36	13	18	31	1.90
922447--927971	476	11.6	476	84	3	6845	36	13	18	31	1.90
924345--927899	159	22.4	157	66	13	843	36	13	18	31	1.90
928058--932116	159	25.6	157	68	9	1480	36	13	18	31	1.90
927991--932136	951	4.4	951	87	2	5656	36	13	18	31	1.90
927986--932136	475	8.7	475	87	1	5693	36	13	18	31	1.90
934415--935952	158	9.7	155	67	13	501	36	13	18	31	1.90
933585--935947	949	2.5	944	85	4	3070	36	13	19	30	1.90
934574--936080	317	4.8	312	71	10	1005	36	13	18	31	1.90
941949--942693	159	4.7	156	69	9	429	34	13	20	31	1.91
949375--949493	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
949408--949483	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
949399--949484	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
949390--949460	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
951460--955426	158	25.1	159	67	12	813	31	18	13	36	1.90
951093--955680	475	9.7	476	87	2	6450	31	18	13	36	1.90
951093--958687	949	7.9	950	79	8	7278	31	18	13	36	1.90
951093--958687	475	15.9	475	77	8	6301	31	18	13	36	1.90
955601--955761	81	2.0	81	83	2	207	39	18	11	31	1.85
955682--958687	476	6.4	476	82	4	3402	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958716--960881	475	4.6	471	81	6	2431	31	18	13	36	1.90
960452--961323	442	2.0	442	85	2	1196	31	18	13	36	1.89
960893--965216	475	9.1	476	83	4	4994	30	18	13	37	1.89
960969--963441	159	15.7	157	66	12	486	30	18	13	37	1.89
960893--965216	947	4.6	953	85	4	5371	30	18	13	37	1.89
965556--965672	52	2.2	52	93	0	207	33	19	16	30	1.94
967906--967951	21	2.2	21	84	7	58	52	4	19	23	1.64
969743--969773	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
971985--972030	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
974356--974472	52	2.2	52	98	0	225	31	19	17	30	1.95
974460--974485	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
975591--977708	159	13.4	159	66	12	549	31	18	13	36	1.90
975239--977851	476	5.5	474	85	2	3292	31	17	13	36	1.89
979320--979362	22	2.0	20	86	8	59	39	20	4	34	1.74
985483--985556	21	3.6	20	72	13	60	45	1	18	33	1.58
988203--988254	13	4.5	13	73	26	62	36	17	13	32	1.89
988203--988271	33	2.1	33	89	10	106	36	18	14	30	1.91
989750--990450	158	4.5	156	68	11	399	29	17	15	37	1.90
990887--991608	363	2.0	363	99	0	1417	29	26	12	30	1.93
991635--998349	476	14.2	477	82	4	7612	30	18	13	36	1.90
996127--996173	23	2.0	23	100	0	94	29	12	23	34	1.92
1004058--1004104	18	2.6	18	83	6	51	10	46	0	42	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1004089--1004149	9	7.1	9	78	10	65	13	40	0	45	1.43
1004061--1004179	42	2.8	42	88	2	168	12	42	0	44	1.42
1005937--1005996	13	5.1	13	77	22	78	31	15	15	38	1.88
1005937--1006016	33	2.4	33	100	0	160	32	15	15	37	1.88
1005949--1006017	20	3.8	20	75	25	89	33	14	15	36	1.89
1006046--1006114	33	2.1	32	86	10	95	31	14	17	36	1.90
1006063--1006114	13	4.5	13	71	26	53	34	13	15	36	1.87
1007707--1007743	3	12.3	3	94	0	65	35	0	35	29	1.58
1012300--1012349	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
1014063--1014102	19	2.2	19	86	4	55	42	7	15	35	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6