genome.fa.s178.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold178
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1196275

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
468432--468482	19	2.7	20	84	9	70	39	19	11	29	1.87
470493--470537	22	2.0	24	82	8	58	60	4	11	24	1.49
474393--474418	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
474778--474818	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
475080--475141	20	3.0	20	85	2	88	19	46	27	6	1.74
476556--476600	22	2.0	22	91	8	74	35	0	28	35	1.58
477155--477209	20	2.7	20	82	2	65	45	14	12	27	1.81
477261--477285	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
477242--477305	33	2.0	32	90	3	101	37	21	12	28	1.90
479161--479194	9	3.8	9	88	11	52	44	0	26	29	1.55
485234--485300	33	2.0	33	88	5	100	32	26	11	28	1.92
486279--486305	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
486371--486401	13	2.4	13	94	0	53	32	16	9	41	1.80
486355--486423	33	2.1	33	83	5	86	33	13	14	39	1.85
488414--488562	79	1.9	80	83	5	196	32	13	24	28	1.93
490883--491016	49	2.7	50	89	1	207	40	14	17	26	1.89
491647--492096	62	7.3	62	85	3	561	27	19	26	26	1.99
491660--492096	123	3.6	123	86	2	565	28	18	26	26	1.98
491647--492095	185	2.4	185	88	1	643	27	19	26	26	1.99
491951--492257	162	1.9	162	85	2	429	27	18	28	26	1.98
492102--492292	61	3.1	61	85	2	258	25	18	30	25	1.98
492201--492313	62	1.9	58	80	10	131	26	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
493269--498633	159	33.9	157	64	13	1190	36	14	18	30	1.91
493054--498675	476	11.8	476	84	2	6901	36	14	18	30	1.90
501757--501876	52	2.3	52	94	0	204	28	16	19	35	1.93
501885--501909	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
501929--501995	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
501951--501975	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
502292--506395	158	25.9	157	65	14	508	36	14	18	31	1.90
502237--507574	475	11.2	476	86	3	6506	36	14	18	30	1.90
512510--512572	33	1.9	33	90	6	101	14	46	0	39	1.45
514166--516034	789	2.4	789	97	0	3454	37	14	18	29	1.90
515251--518123	476	6.1	476	84	3	3487	37	14	18	29	1.90
519737--519868	42	3.1	42	86	2	176	45	1	44	8	1.43
519746--519831	24	3.8	23	70	14	72	44	1	44	10	1.46
524839--526570	480	3.6	473	84	4	2292	36	13	19	30	1.90
526363--526725	158	2.3	157	80	5	383	38	14	17	30	1.89
525987--527177	633	1.9	635	85	3	1666	36	13	18	31	1.89
526506--530053	476	7.5	475	84	3	4396	37	13	19	29	1.90
526522--530053	949	3.7	950	87	2	4737	36	13	19	30	1.90
524943--536846	159	75.2	158	65	14	2367	36	13	19	29	1.90
529999--534964	476	10.4	473	85	3	6286	37	13	19	29	1.90
530043--534964	949	5.2	948	89	2	6832	37	13	19	29	1.90
534300--535581	634	2.0	634	86	3	1758	37	13	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
534386--535754	634	2.2	634	82	4	1539	37	13	18	30	1.89
534914--536584	475	3.5	476	84	3	2084	36	14	18	29	1.91
538714--538789	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
538713--538798	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
538704--538822	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
545272--548080	476	5.9	474	81	4	3245	36	14	19	29	1.91
548083--553980	474	12.4	475	86	3	7340	36	14	19	29	1.91
554234--554258	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
554214--554280	33	2.0	33	85	0	89	32	10	14	41	1.80
554341--554450	52	2.1	52	93	0	184	34	18	15	31	1.92
560784--560902	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
560817--560892	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
560808--560893	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
560799--560869	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
562539--567742	476	10.9	477	80	7	5456	36	14	19	30	1.91
662992--668217	476	10.9	477	82	5	6012	36	14	19	30	1.91
662992--668217	951	5.4	951	84	4	6463	36	14	19	30	1.91
669830--669905	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
669829--669914	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
669820--669938	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
677348--677466	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
677381--677456	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677372--677457	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
677363--677433	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
678762--682848	476	8.6	474	83	4	4863	36	14	18	30	1.91
682638--683113	243	2.0	243	87	2	688	39	13	18	28	1.89
682874--688840	475	12.7	473	83	5	6771	36	13	19	30	1.90
688443--689234	394	2.0	397	85	2	1085	36	13	19	30	1.91
687968--689712	870	2.0	874	89	1	2667	36	14	18	29	1.91
688833--691524	948	2.8	940	83	5	3399	36	13	18	30	1.90
693274--693349	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
693273--693358	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
693264--693382	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
700848--700923	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
700847--700932	24	3.8	24	73	17	85	41	2	45	10	1.51
700871--700941	18	3.6	18	71	20	52	43	2	43	9	1.52
700838--700956	42	2.8	42	90	0	184	42	2	46	8	1.47
705939--714477	476	18.2	474	82	5	9447	30	19	13	36	1.90
714226--714742	264	2.0	266	84	2	691	29	18	15	36	1.91
714538--714867	159	2.1	159	83	3	423	30	16	15	37	1.90
715178--715226	19	2.5	19	86	3	62	36	16	12	34	1.86
726873--726948	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
726863--726981	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
726938--726987	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739285--739403	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
739318--739393	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
739309--739394	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
739300--739370	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
746532--746641	42	2.6	42	89	0	175	41	2	45	10	1.52
746547--746613	21	3.2	21	66	16	57	43	2	41	11	1.57
747160--747269	42	2.6	42	89	0	175	41	2	45	10	1.52
747175--747241	21	3.2	21	66	16	57	43	2	41	11	1.57
752848--753159	155	2.0	155	85	1	419	30	16	15	37	1.90
753003--754612	475	3.4	470	82	3	1872	29	18	14	37	1.91
752830--756670	159	24.3	159	68	10	1221	30	18	14	37	1.90
754564--757866	475	7.0	473	84	4	3932	30	17	13	37	1.89
753933--755245	634	2.1	632	83	1	1653	30	17	14	37	1.90
757620--758113	247	2.0	247	99	0	970	30	20	11	38	1.87
763512--763630	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
763545--763620	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
763536--763621	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
763527--763597	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
765248--768591	159	21.2	159	67	10	1149	31	17	13	37	1.89
765239--766437	476	2.6	461	84	5	1613	31	17	14	37	1.90
765755--767071	634	2.1	635	86	3	1803	30	17	14	36	1.90
766864--768172	629	2.1	630	84	3	1690	31	16	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767553--768594	476	2.2	472	85	4	1397	32	17	13	36	1.89
769430--769502	20	3.7	19	81	7	67	39	15	15	30	1.87
770399--770463	33	2.0	33	90	0	103	24	18	32	24	1.97
771944--771969	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
778061--778114	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
778079--778220	63	2.3	63	93	0	248	30	20	22	26	1.98
778163--778306	43	3.3	43	99	0	279	29	20	24	25	1.99
778292--778346	19	2.8	20	80	5	67	36	16	16	30	1.91
782007--782125	42	2.8	42	90	0	184	8	45	3	42	1.51
782022--782092	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6