genome.fa.s1822.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1822
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013428

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  2  of  7  ( 722 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107899--108028	53	2.5	53	96	1	235	34	16	18	30	1.93
111505--111559	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
112468--112542	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
112465--112542	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
113104--115516	86	28.0	86	88	3	3225	22	16	32	28	1.96
113104--115516	115	21.0	115	90	2	3473	22	16	32	28	1.96
113150--115518	29	82.6	29	89	2	3382	22	16	32	28	1.96
116748--116807	1	60.0	1	79	0	66	0	1	8	90	0.53
116738--116807	22	3.1	23	82	13	83	1	2	8	87	0.71
116738--116808	10	6.7	10	81	15	81	1	2	9	85	0.75
130716--130790	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
130713--130790	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
131921--131974	27	2.1	26	83	10	67	25	37	16	20	1.93
140528--140593	32	2.0	33	91	2	107	37	16	10	34	1.83
147259--147314	15	3.8	14	80	17	60	83	3	12	0	0.76
147243--147330	16	5.5	15	79	15	70	82	5	10	1	0.87
147243--147306	19	3.6	19	81	16	82	81	3	14	1	0.89
147296--147358	14	4.5	13	86	11	81	82	17	0	0	0.67
147296--147358	27	2.3	28	86	8	85	82	17	0	0	0.67
148786--148923	34	4.1	34	85	4	163	19	34	12	34	1.89
148887--149326	29	15.0	30	87	3	619	28	31	16	23	1.96
148860--149326	59	7.9	59	90	2	627	28	31	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148887--149331	205	2.2	207	93	1	752	28	31	16	23	1.96
149389--149688	49	6.1	49	78	9	310	24	25	16	33	1.96
150499--150562	32	2.0	33	93	3	112	35	12	17	34	1.87
150498--150581	19	4.7	19	77	18	99	34	11	16	36	1.86
150624--150648	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
155150--155291	73	1.9	73	83	5	180	37	7	26	28	1.84
155284--155354	28	2.5	28	90	4	108	25	19	29	25	1.99
155224--155438	107	2.0	108	83	8	269	32	14	25	28	1.95
155311--155587	79	3.5	77	75	9	283	33	14	24	27	1.94
155654--155725	28	2.6	28	85	14	89	26	19	30	23	1.98
155471--155776	107	2.9	105	74	11	302	33	14	25	27	1.95
158058--158129	20	3.7	20	82	12	87	41	12	13	31	1.82
158747--159020	43	6.5	41	70	18	134	41	14	25	18	1.88
158819--159054	45	5.4	43	78	9	203	38	15	26	19	1.91
159041--159349	61	5.2	60	79	10	327	25	21	26	27	1.99
159163--159349	55	3.3	55	82	9	230	24	21	26	28	1.99
159035--159349	116	2.7	116	83	6	357	25	21	26	27	1.99
159151--159757	226	2.8	205	82	8	592	25	19	27	27	1.99
159371--159757	55	6.9	55	88	6	501	24	19	27	28	1.99
159472--159614	26	5.3	26	64	15	83	23	20	28	26	1.99
161718--162016	79	3.8	77	77	7	278	27	25	14	33	1.94
161718--162011	158	1.9	158	82	1	374	26	25	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161811--162297	186	2.6	187	84	4	567	27	24	13	34	1.93
161891--162118	107	2.1	108	83	3	282	26	25	15	32	1.95
161999--162205	79	2.6	79	77	7	197	27	25	14	32	1.94
162155--162233	28	2.8	28	86	7	108	24	30	18	26	1.98
162077--162282	107	1.9	107	81	5	247	27	25	14	33	1.94
162216--162332	51	2.3	50	85	8	148	29	23	13	32	1.93
168905--169046	71	2.0	71	82	5	171	36	8	26	28	1.86
169038--169111	28	2.7	29	91	6	118	24	18	32	24	1.97
169063--169315	79	3.2	77	78	5	265	32	13	26	27	1.94
169255--169366	51	2.2	51	93	0	188	30	8	26	33	1.87
169354--169427	28	2.6	28	81	10	80	28	18	27	25	1.98
171786--171874	20	4.6	19	79	13	101	43	13	14	28	1.83
171782--171873	38	2.4	39	87	7	125	43	14	14	28	1.84
172547--172784	43	5.4	43	75	8	189	38	14	27	20	1.91
172589--172711	45	2.8	44	79	13	135	36	13	30	19	1.90
172760--173079	61	5.4	58	84	8	384	26	21	25	26	1.99
172890--173079	55	3.3	55	86	9	272	24	22	25	27	2.00
172768--173079	116	2.6	116	86	7	398	26	21	25	26	1.99
173003--173176	94	1.8	95	90	1	278	24	20	28	27	1.99
172942--173405	171	2.9	154	79	9	427	24	20	28	26	1.99
173098--173515	116	3.7	116	89	3	589	23	20	27	28	1.99
173098--173520	171	2.5	171	82	8	501	24	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173098--173523	55	7.5	55	82	6	483	24	20	27	27	1.99
188869--188975	20	5.7	19	77	18	109	42	11	15	29	1.82
188909--188938	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
188869--188973	53	2.0	53	87	7	151	42	10	16	30	1.81
188889--188958	33	2.1	33	91	0	113	42	10	17	30	1.81
196287--196349	9	6.9	9	83	8	74	85	9	1	3	0.77
196287--196349	18	3.4	18	85	8	83	85	9	1	3	0.77
196286--196338	1	53.0	1	80	0	52	88	7	0	3	0.61
197579--198272	28	24.3	28	81	9	755	28	29	18	23	1.98
197579--198245	143	4.7	142	86	4	868	28	29	17	23	1.97
197579--198272	115	6.1	114	86	4	784	28	29	18	23	1.98
198353--198481	49	2.8	46	83	8	161	20	28	18	31	1.97
199132--199208	20	3.8	20	87	0	118	31	12	14	41	1.83
205518--205585	32	2.1	32	89	5	102	30	14	19	35	1.92
205654--205702	20	2.5	20	86	3	64	42	16	14	26	1.86
205809--205853	23	1.9	23	81	4	54	40	8	8	42	1.67
207165--207213	9	5.3	9	78	4	53	83	6	4	6	0.90
207170--207214	19	2.3	20	81	11	58	82	6	4	6	0.95
207179--207232	17	3.0	18	84	10	58	79	3	9	7	1.03
209038--209180	45	3.2	45	82	4	162	23	19	14	42	1.88
209057--209288	47	5.0	47	79	4	211	20	20	17	40	1.91
209057--209289	94	2.5	94	76	2	238	21	20	17	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209214--209373	47	3.4	45	77	7	122	17	25	18	39	1.92
209752--209818	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
209772--209796	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
209859--209896	13	2.9	13	100	0	76	31	15	15	36	1.90
209905--210032	52	2.5	52	93	3	215	34	17	17	30	1.93
213213--214743	85	18.1	82	71	11	668	20	29	13	36	1.91
213271--214066	171	4.7	167	75	9	600	19	28	13	37	1.91
213752--213905	42	3.6	41	73	10	121	20	27	14	36	1.93
213442--214050	337	1.8	336	81	6	775	20	29	13	37	1.90
214025--214503	169	2.8	169	77	6	411	21	29	12	35	1.91
214244--214729	254	1.9	255	79	4	543	19	28	12	38	1.89
214918--215173	84	3.1	83	84	7	243	16	23	17	42	1.88
214979--215189	84	2.5	84	89	2	309	15	21	18	45	1.85
217079--217125	16	3.0	16	81	12	53	78	0	21	0	0.75
218681--219162	155	3.1	151	77	8	450	24	17	20	37	1.94
223212--223249	20	1.9	20	94	0	67	31	7	21	39	1.82
223330--223376	20	2.4	19	85	7	58	40	8	14	36	1.77
225326--225374	21	2.4	20	83	6	62	61	8	12	18	1.55
229409--229460	20	2.5	22	73	17	58	25	21	3	50	1.65
231121--231171	23	2.1	23	85	7	66	47	9	7	35	1.66
231368--231406	20	2.0	20	94	0	69	33	10	20	35	1.86
231835--231900	35	1.9	34	87	3	96	31	10	24	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234786--234862	33	2.4	32	80	4	82	42	12	6	37	1.69
234864--234998	32	4.2	32	78	4	110	32	12	14	40	1.83
234996--235157	34	4.9	34	71	15	88	32	11	16	40	1.83
235103--235173	34	2.1	34	83	0	88	33	9	12	43	1.76
235113--235186	34	2.2	34	87	0	103	32	6	17	43	1.75
239520--239781	79	3.3	78	79	8	246	25	22	16	35	1.95
239650--239804	79	2.0	79	85	2	213	27	22	14	36	1.93
248791--248919	52	2.5	52	93	0	222	30	16	17	35	1.92
248791--248939	52	2.9	51	87	4	208	31	16	18	34	1.93
248928--248952	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7