genome.fa.s1822.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1822
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013428

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  6  of  7  ( 722 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870383--870676	153	1.9	157	85	4	409	30	17	13	38	1.88
872508--872558	19	2.6	20	81	3	59	31	19	11	37	1.88
873371--873703	154	2.2	154	81	5	388	31	8	9	49	1.66
874998--875465	164	2.8	163	81	4	458	30	8	16	45	1.76
875876--876669	156	5.1	155	80	5	784	26	13	19	40	1.88
875876--876680	312	2.6	309	83	4	926	26	13	19	40	1.89
878000--878078	29	2.7	29	82	0	95	56	11	10	21	1.63
880413--880541	52	2.5	52	96	0	231	34	17	17	30	1.93
887351--887423	26	2.8	25	79	6	65	73	13	5	6	1.21
887379--887424	13	3.5	13	81	0	56	82	13	2	2	0.85
887663--887705	18	2.4	18	88	3	61	81	9	9	0	0.88
887664--887727	27	2.4	25	87	10	83	81	7	10	0	0.88
888777--889325	34	16.9	34	78	10	537	19	34	12	33	1.89
888721--889325	95	6.3	95	80	10	480	20	34	12	32	1.90
888721--889260	155	3.4	155	88	5	726	20	35	12	32	1.89
888870--889325	104	4.6	100	85	8	464	19	34	12	33	1.89
889333--889628	32	9.4	31	84	10	386	29	35	16	18	1.93
889332--889628	125	2.3	127	86	7	428	29	35	16	18	1.93
889616--891026	95	15.0	94	89	7	1590	25	25	17	31	1.97
889783--889850	21	3.2	21	63	19	50	26	25	17	30	1.97
890240--890981	92	8.0	91	88	6	955	25	25	18	31	1.98
890396--890463	21	3.2	20	66	25	50	27	26	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889634--891026	518	2.7	518	94	2	2413	25	25	18	31	1.97
890754--891026	92	2.9	92	90	2	431	25	24	18	32	1.97
891039--891165	67	1.9	68	83	4	168	23	24	12	39	1.89
890954--891380	227	1.9	228	84	5	578	23	24	15	36	1.94
891158--891300	55	2.7	52	75	4	142	24	24	15	35	1.94
894234--894278	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
896082--896112	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
897252--897292	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
897326--897384	20	2.9	21	82	10	77	40	15	15	28	1.87
897372--897506	53	2.6	53	94	3	229	37	18	17	26	1.93
897530--897560	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
897538--897641	34	3.1	32	75	17	111	29	24	8	37	1.85
897648--897673	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
899619--899644	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
903317--903341	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
909159--909257	12	8.8	11	77	19	98	40	0	46	13	1.43
909159--909262	33	3.2	33	97	0	190	41	0	45	13	1.43
909178--909262	9	9.1	9	69	21	59	42	0	44	12	1.43
909211--909290	42	1.9	42	89	0	124	42	0	46	11	1.39
909247--909296	18	2.8	18	81	6	57	44	0	46	10	1.37
916869--917450	163	3.6	160	80	6	540	39	13	11	35	1.81
918027--918287	129	2.0	130	85	5	350	49	8	12	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918158--918526	166	2.2	164	82	8	415	49	8	10	31	1.67
918263--918589	166	2.0	166	81	6	385	51	8	10	29	1.66
919489--920591	42	26.0	42	72	8	275	37	16	26	20	1.93
919489--920575	84	12.8	83	69	11	321	37	16	25	20	1.93
919552--919725	43	4.1	43	85	2	201	37	20	25	16	1.92
919523--919755	85	2.8	83	81	5	252	39	18	25	17	1.92
919773--919890	43	2.8	42	96	1	209	40	14	27	17	1.88
919675--919868	99	2.0	99	84	2	255	36	16	27	19	1.93
920157--920563	209	1.9	211	83	3	527	38	15	25	20	1.92
920211--920521	167	1.9	168	80	3	367	38	15	25	20	1.92
920180--920521	125	2.7	126	76	2	303	37	16	25	20	1.93
924540--924581	15	2.8	16	82	10	61	30	16	2	50	1.58
927858--927977	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
927858--927991	52	2.6	52	85	4	173	28	17	20	34	1.95
928543--928669	67	1.9	68	81	4	159	39	10	25	25	1.87
928682--929301	49	12.7	49	86	2	849	30	17	26	26	1.97
928682--929301	98	6.4	98	91	2	948	30	17	26	26	1.97
929301--929538	33	7.2	33	90	5	367	18	17	35	28	1.94
929302--929537	67	3.6	67	90	5	374	18	17	36	27	1.94
929540--930066	34	15.4	34	84	9	558	35	12	33	18	1.89
929520--930066	71	7.9	69	84	9	586	34	12	33	19	1.89
929540--930048	106	4.9	105	87	5	646	34	12	33	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930057--930113	30	1.9	30	92	0	96	33	19	22	24	1.97
931056--931080	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
931059--931110	16	3.2	16	76	10	52	1	11	5	80	0.96
938278--938397	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
938278--938411	52	2.6	52	85	4	173	28	17	20	34	1.95
939102--939623	49	10.7	49	86	3	716	30	17	26	25	1.97
939623--939860	33	7.2	33	89	5	358	18	17	35	28	1.94
939624--939859	67	3.6	67	89	5	365	18	17	35	27	1.94
939899--939967	37	1.9	36	91	5	104	33	11	36	18	1.87
939842--939970	33	3.7	36	78	12	135	34	10	34	19	1.87
945730--945802	20	3.7	20	85	3	76	42	10	10	35	1.75
945747--945803	20	2.8	20	94	0	96	42	10	8	38	1.71
945861--945885	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
947242--947299	26	2.2	27	81	9	66	75	3	15	5	1.11
950650--950704	19	2.8	19	83	2	65	40	12	14	32	1.84
955085--955111	9	3.0	9	100	0	54	55	22	0	22	1.44
955964--956026	19	3.6	19	72	24	75	36	19	11	33	1.87
955956--956028	32	2.3	32	97	0	137	35	19	10	34	1.87
957193--957227	17	2.1	17	94	0	61	25	8	0	65	1.21
959546--959579	17	2.0	18	88	11	54	38	0	5	55	1.24
964594--964897	28	10.4	29	73	9	145	26	18	27	27	1.98
964643--965374	28	25.3	28	77	6	604	23	16	31	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964630--965374	86	8.6	85	80	5	461	23	17	30	28	1.97
964630--965373	202	3.7	202	77	5	601	23	17	30	28	1.97
964614--965381	144	5.3	142	77	5	698	23	16	30	28	1.96
964643--965381	58	12.8	57	77	5	605	23	16	31	28	1.96
966738--966771	15	2.3	15	90	5	52	0	17	0	82	0.67
972479--972531	20	2.7	20	84	0	70	35	15	13	35	1.86
976053--976114	29	2.2	27	80	5	70	40	12	20	25	1.89
977135--977217	42	2.0	42	83	9	107	16	24	3	55	1.57
978814--978904	36	2.8	32	83	12	105	30	19	13	36	1.90
979432--979476	19	2.4	19	96	0	81	51	20	13	15	1.76
980367--980558	85	2.4	82	82	7	214	31	8	26	33	1.87
982103--982259	29	5.6	29	80	12	150	33	19	5	40	1.76
987150--987215	21	3.1	21	95	0	114	40	18	4	36	1.71
989724--989790	33	2.0	33	91	0	107	34	11	11	41	1.79
989744--989768	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
989831--989855	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
989866--989992	52	2.4	52	93	0	209	35	18	16	29	1.93
994117--994143	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
1003835--1003970	1	136.0	1	80	0	146	89	8	0	0	0.55
1003835--1003970	65	2.2	61	89	9	211	89	8	0	0	0.55
1005405--1005463	27	2.1	28	87	3	84	32	33	15	18	1.92
1005533--1005637	30	3.6	30	94	2	178	32	28	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005407--1005637	60	3.9	59	74	11	193	29	28	16	25	1.96
1005533--1005661	60	2.2	60	86	8	174	34	30	16	19	1.94
1005677--1005908	48	4.9	47	80	10	258	25	25	17	31	1.97
1005778--1005863	42	2.0	42	93	0	145	27	24	18	29	1.98
1005729--1005908	91	1.9	93	91	3	292	27	23	17	31	1.97
1005796--1005863	21	3.2	21	64	22	52	27	26	17	27	1.98
1006802--1006826	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1006782--1006848	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1006889--1006913	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1006922--1007050	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7