genome.fa.s1822.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1822
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013428

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  3  of  7  ( 722 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248995--249044	19	2.6	19	93	0	82	38	20	12	30	1.88
249014--249077	32	2.0	33	93	3	112	34	17	12	35	1.87
249764--249890	49	2.6	49	93	0	218	32	14	29	23	1.95
249623--250110	223	2.2	219	83	4	579	35	15	26	23	1.94
249968--250642	49	14.5	49	78	12	699	31	17	25	25	1.97
250012--250660	92	7.1	92	90	1	1005	30	17	25	25	1.97
250245--250312	21	3.2	21	65	19	50	27	14	27	29	1.95
250655--250854	32	6.2	33	91	3	313	19	17	35	28	1.94
250869--251408	100	5.4	98	80	10	521	30	13	35	20	1.91
250873--251387	131	3.9	131	90	3	798	31	13	34	20	1.91
251415--251656	30	7.7	31	78	11	242	28	17	29	23	1.97
251415--251657	64	3.9	62	92	3	373	29	17	29	23	1.97
252425--252464	10	4.1	10	87	3	55	22	25	7	45	1.78
252622--252668	20	2.3	21	73	23	55	34	12	21	31	1.91
261778--261905	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
261914--261938	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
261979--262045	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
262001--262025	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
264544--264918	62	6.1	62	82	3	434	24	25	19	30	1.98
264544--264900	124	2.9	124	87	2	495	25	24	19	29	1.99
264911--265236	41	7.7	42	71	12	186	20	23	12	44	1.85
264909--265239	82	3.9	83	71	11	208	19	22	12	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265708--265737	11	2.7	11	89	0	51	56	6	20	16	1.62
271007--271032	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
271071--271146	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
271092--271164	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
271071--271164	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
273604--273642	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
273628--273706	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
275721--275751	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
279811--279836	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
279875--279950	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
279896--279968	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
279875--279968	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
281752--281789	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
281903--281945	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
284376--284440	34	1.9	34	100	0	130	46	12	12	29	1.78
289231--289379	52	2.9	51	88	4	226	31	17	18	32	1.94
289368--289392	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
289431--289499	20	3.8	19	73	26	78	47	11	11	28	1.75
289433--289532	33	3.0	33	94	0	164	42	14	12	32	1.82
289455--289512	13	3.9	13	73	26	53	39	13	13	32	1.85
290402--290470	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
290278--290564	49	5.8	49	83	8	318	32	16	25	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290570--291038	30	15.9	29	77	10	330	24	17	28	29	1.97
290598--291038	58	7.5	58	73	9	315	25	16	28	29	1.97
290604--290825	88	2.6	87	92	3	367	21	18	27	33	1.96
290862--291034	29	5.9	29	81	6	170	26	17	28	27	1.98
290755--291029	121	2.3	116	79	6	293	27	16	29	27	1.97
292477--292582	1	106.0	1	75	0	68	1	3	9	84	0.81
292477--292582	17	6.7	15	79	14	106	1	3	9	84	0.81
292478--292579	25	3.8	26	79	11	100	1	3	9	84	0.83
292477--292582	30	3.3	32	79	19	114	1	3	9	84	0.81
292475--292561	45	1.9	45	86	6	122	1	4	10	83	0.83
302273--302299	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
306441--306556	52	2.3	51	95	1	205	30	17	18	34	1.93
306441--306576	52	2.6	52	87	5	188	31	16	18	33	1.94
306565--306589	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
306630--306696	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
306652--306676	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
312874--313059	79	2.4	78	84	2	230	32	16	26	24	1.96
312854--313056	78	2.6	78	83	2	237	30	16	28	25	1.97
313011--313086	27	2.8	27	88	6	100	23	19	31	25	1.98
313070--313200	51	2.5	51	82	9	165	32	10	25	31	1.90
314997--315029	11	3.0	11	87	12	50	0	3	18	78	0.87
315545--315570	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315621--315720	19	6.0	16	71	26	75	35	15	13	37	1.85
315614--315717	32	3.2	32	91	1	163	34	16	13	35	1.88
316970--317024	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
317129--317174	10	4.9	10	76	15	53	50	21	8	19	1.75
317872--318289	28	14.5	28	85	4	494	21	18	31	28	1.97
317873--318289	200	2.1	203	89	3	644	21	18	31	28	1.97
317873--318289	172	2.4	172	86	4	590	21	18	31	28	1.97
319534--319616	1	83.0	1	75	0	58	0	3	10	85	0.71
319533--319615	8	10.0	8	83	12	80	0	3	12	84	0.75
319534--319617	9	8.9	9	80	14	98	0	3	11	84	0.74
319951--319991	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
320071--320207	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
320249--320309	21	2.8	22	90	5	97	27	26	11	34	1.91
324571--324624	26	2.1	26	96	0	99	40	5	33	20	1.76
330753--330871	42	2.8	42	85	2	159	42	1	44	11	1.51
330785--330877	18	4.8	18	71	19	55	41	2	44	11	1.53
337198--338393	159	7.6	157	74	8	655	29	18	13	38	1.89
337306--338507	317	3.8	317	77	7	822	29	18	13	38	1.89
339004--339140	44	3.1	44	96	0	247	37	24	9	29	1.87
344265--344340	12	6.9	11	81	15	79	39	0	47	13	1.42
344285--344345	9	7.1	9	74	10	65	42	0	44	13	1.43
344264--344373	42	2.6	42	95	0	193	40	0	46	11	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344267--344354	12	7.9	12	77	15	59	42	0	44	13	1.44
348192--348751	159	3.6	154	74	7	457	30	18	14	37	1.90
349173--349256	29	2.9	29	87	0	123	60	16	9	13	1.58
351245--351401	52	3.0	52	97	0	287	25	14	22	36	1.93
356102--356174	18	3.9	18	70	10	65	60	17	2	19	1.48
356363--356420	18	3.3	17	79	15	64	46	8	0	44	1.34
357527--357941	217	1.9	219	85	4	579	41	18	15	25	1.89
358047--358143	51	1.9	51	89	0	149	45	18	9	26	1.80
359529--359610	41	2.0	41	90	4	130	37	12	8	41	1.73
360045--360122	28	2.8	28	74	16	79	14	23	5	57	1.56
364590--364650	9	7.1	9	74	10	65	42	1	44	11	1.50
364560--364678	42	2.8	42	87	2	159	44	1	42	10	1.49
364611--364645	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
364569--364661	24	4.2	23	75	18	90	44	1	41	12	1.50
364614--364661	12	3.9	12	81	13	53	43	0	43	12	1.42
371661--371728	28	2.4	28	95	0	127	26	19	20	33	1.96
372055--372162	33	3.2	33	62	25	80	37	11	21	30	1.88
372028--372166	69	2.0	69	98	0	269	35	14	20	28	1.92
373509--373552	17	2.7	15	80	19	52	54	6	2	36	1.40
382224--382258	18	1.9	18	88	0	52	8	45	2	42	1.49
389315--389407	44	2.1	44	87	0	132	34	25	10	29	1.90
393698--393773	12	6.9	11	74	16	52	40	1	47	10	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
393697--393773	24	3.5	24	71	20	76	41	1	46	10	1.46
393718--393778	9	6.1	9	74	20	50	44	1	42	11	1.50
393688--393806	42	2.8	42	85	0	157	45	1	43	9	1.46
404492--404527	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
415175--415817	321	2.0	321	95	0	1162	32	12	27	27	1.93
421543--421603	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
421524--421635	42	2.6	42	90	1	170	42	1	45	9	1.47
425786--426167	190	2.0	189	96	0	701	19	19	14	46	1.84
427682--427752	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
427663--427785	42	2.9	42	90	1	183	8	46	2	42	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7