genome.fa.s1822.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1822
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013428

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  5  of  7  ( 722 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
632308--632389	42	2.0	42	82	4	103	7	40	1	51	1.38
640250--640359	42	2.6	42	92	0	184	9	48	2	40	1.49
643187--643305	42	2.8	42	88	0	175	8	44	3	43	1.51
643187--643295	21	5.1	23	69	16	76	9	45	3	41	1.53
650704--650836	29	4.6	28	80	9	99	23	17	31	27	1.97
650727--650840	29	3.9	29	87	0	147	23	16	30	28	1.96
650978--651365	62	6.1	67	79	7	221	24	21	25	28	1.99
651085--651411	31	10.4	31	79	4	305	22	20	28	28	1.98
651081--651411	62	5.3	62	81	5	353	22	20	27	29	1.99
651081--651418	93	3.6	93	82	6	360	23	19	28	28	1.99
651391--651495	37	2.8	37	84	2	131	26	14	23	35	1.93
651762--651797	13	2.8	13	86	0	54	36	13	13	36	1.85
651747--651805	23	2.5	23	83	10	75	38	10	15	35	1.81
651747--651813	12	5.6	12	77	19	68	40	8	14	35	1.78
651909--651938	15	1.9	16	93	6	53	23	16	13	46	1.82
653193--653259	34	2.0	34	96	0	125	20	17	13	47	1.81
655763--655829	34	2.0	34	96	0	125	20	17	13	47	1.81
670996--671105	58	1.9	58	92	0	184	29	21	23	25	1.99
677169--677385	31	6.9	31	73	10	172	24	27	20	27	1.99
677169--677388	64	3.5	63	82	6	250	24	28	20	26	1.99
677183--677388	32	6.6	32	75	10	158	24	28	20	26	1.99
677369--677495	65	2.0	65	81	6	150	37	29	17	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685047--685100	15	3.4	15	76	14	63	11	46	0	42	1.39
685045--685100	18	3.3	18	72	23	66	10	46	0	42	1.38
685048--685118	33	2.2	33	92	0	115	14	43	0	42	1.45
685114--685148	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
686034--686127	48	2.0	48	91	4	154	38	14	21	25	1.92
690888--690995	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
690891--691009	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
690924--690999	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
692627--693342	379	1.9	379	92	1	1211	41	18	16	23	1.90
697922--698040	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
697955--698030	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
697946--698031	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
697937--698007	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
702160--703306	379	3.0	379	96	0	2039	41	18	16	23	1.90
707264--707296	11	2.8	12	90	4	50	3	51	0	45	1.16
707889--708007	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
707913--707998	24	3.8	24	70	17	76	11	44	2	41	1.53
707904--707974	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
709799--709917	42	2.8	42	90	0	184	42	2	45	9	1.49
709808--709893	24	3.8	24	72	17	76	41	2	44	11	1.53
717835--717941	42	2.7	39	85	8	160	9	47	2	40	1.50
723873--723910	16	2.6	14	88	12	51	0	23	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723847--723910	6	10.7	6	74	12	51	1	18	1	78	0.92
728728--728794	12	5.9	11	78	18	66	38	1	50	8	1.43
728745--728813	21	3.3	21	75	15	70	42	1	47	8	1.43
728757--728803	24	2.0	24	86	0	67	42	2	44	10	1.51
728748--728827	42	1.9	42	89	0	124	41	2	47	8	1.48
728718--728799	33	2.5	33	91	0	128	43	1	46	8	1.42
729278--729303	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
729260--729323	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
731515--731564	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
733358--733388	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
735450--735488	13	3.0	13	96	0	69	33	15	20	30	1.94
738044--738069	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
738026--738089	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
752660--752778	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
752684--752769	24	3.8	24	70	17	76	11	44	2	41	1.53
752675--752745	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
762303--762363	9	7.1	9	72	10	56	13	42	0	44	1.43
762311--762384	12	6.7	12	76	20	65	12	45	1	40	1.50
762266--762394	42	3.1	42	87	1	170	9	43	2	44	1.49
767667--768975	159	8.3	159	77	6	1038	31	18	11	37	1.87
767779--768928	317	3.6	318	77	6	898	31	18	12	37	1.88
768998--769680	159	4.3	157	76	9	516	30	20	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769889--770319	161	2.7	158	80	5	449	31	18	11	38	1.86
774176--774261	24	3.8	24	70	17	85	43	2	44	10	1.51
774167--774276	42	2.6	42	91	0	175	44	1	44	9	1.46
785294--785337	21	2.1	21	100	0	88	22	22	15	38	1.92
792827--792915	18	4.6	18	73	17	63	11	44	0	43	1.39
792862--792942	12	6.2	12	71	23	58	11	43	0	45	1.39
792849--792942	24	4.1	24	75	17	101	11	41	0	46	1.40
792833--792939	42	2.5	42	98	0	205	12	43	0	43	1.41
797288--797355	34	2.0	34	91	0	109	42	11	22	23	1.86
797498--797909	159	2.6	155	80	7	429	29	19	12	38	1.89
797989--798052	30	2.2	30	94	2	112	32	20	6	40	1.77
800290--801208	158	5.9	157	72	11	401	31	18	12	37	1.88
801251--801280	15	2.0	15	100	0	60	33	6	20	40	1.78
806203--806251	9	5.1	9	79	13	53	12	38	2	46	1.53
806203--806281	21	4.4	18	72	19	67	11	40	1	46	1.48
806208--806272	12	5.9	12	71	23	54	12	43	1	43	1.51
806191--806281	30	2.9	30	83	4	101	10	40	1	47	1.46
807480--807604	61	2.0	61	96	0	232	33	32	8	25	1.87
813823--813932	42	2.6	42	92	0	184	10	46	2	40	1.52
813856--813931	12	6.9	11	75	15	52	10	47	2	39	1.52
815890--816008	42	2.8	42	89	0	184	8	45	2	43	1.47
815909--816002	24	4.1	24	71	17	83	9	43	2	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815905--815975	18	3.6	18	69	20	52	9	42	2	45	1.52
819610--820056	158	2.8	155	75	10	422	32	19	12	35	1.90
820116--820411	158	1.9	157	82	4	371	29	20	13	37	1.91
820273--820544	140	1.9	140	78	7	293	30	21	12	34	1.91
822367--822418	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
826626--826669	21	2.1	21	87	4	63	36	9	27	27	1.87
829453--829487	17	2.1	17	94	0	61	40	25	11	22	1.88
831920--831963	21	2.1	21	87	8	63	9	40	0	50	1.34
834314--834374	9	6.1	9	78	17	59	42	0	42	14	1.46
834284--834405	42	2.9	42	85	2	156	43	2	41	12	1.55
834338--834386	12	4.2	13	85	12	54	42	0	40	16	1.48
840196--840256	12	4.6	12	71	28	52	42	1	44	11	1.50
840187--840281	30	3.1	30	80	8	93	45	2	43	9	1.48
840214--840284	33	2.2	33	89	0	106	40	2	46	9	1.52
847912--849558	316	5.2	316	76	8	822	30	18	13	37	1.89
847916--849544	317	5.1	318	76	8	845	31	18	13	37	1.89
847912--849626	159	10.8	159	75	7	1209	31	18	13	36	1.89
850532--850821	158	1.8	158	79	5	336	34	20	8	36	1.83
851217--851281	35	2.0	33	88	11	98	30	24	12	32	1.92
852460--852505	21	2.2	21	84	7	58	26	30	4	39	1.75
856501--856567	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
857026--857051	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857006--857069	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
858405--858817	160	2.6	155	77	6	415	31	19	13	35	1.90
861876--862004	52	2.5	52	96	0	231	28	18	18	34	1.95
863734--863862	52	2.5	51	93	2	222	30	16	18	34	1.93
863938--864035	19	5.8	19	73	26	112	35	18	12	33	1.88
863959--864015	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
863940--864034	32	3.0	32	100	0	190	34	18	12	33	1.89
864844--865426	159	3.7	156	72	8	448	34	17	13	34	1.90
866915--867084	91	1.9	91	81	4	209	30	16	14	39	1.88
868448--868830	156	2.5	153	80	7	398	31	17	11	39	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7