genome.fa.s1822.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1822
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1013428

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 722 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207--623	166	2.5	170	81	9	460	30	10	9	49	1.69
1290--1354	18	3.7	17	74	11	60	81	4	13	0	0.84
2228--2262	14	2.6	14	90	4	54	74	0	2	22	0.95
4441--4616	41	4.3	41	73	11	135	44	14	24	17	1.85
4664--5102	123	3.6	123	77	4	370	40	14	25	19	1.89
4664--5139	41	11.7	41	73	6	250	40	13	25	19	1.89
6323--6521	105	1.9	104	86	1	281	36	14	21	28	1.92
8294--8325	16	2.1	16	88	11	50	68	6	6	18	1.32
11570--11623	26	2.1	26	96	0	99	48	1	12	37	1.53
14084--14216	51	2.6	52	84	1	160	43	11	15	30	1.81
14276--14314	20	2.0	20	89	0	60	30	20	10	38	1.86
15202--15578	29	12.9	28	74	10	253	29	17	22	29	1.97
15202--15578	57	6.5	55	75	11	281	29	17	22	29	1.97
15316--15579	90	3.0	90	76	10	213	32	17	20	29	1.96
15204--15579	28	12.9	28	71	16	105	30	17	22	29	1.97
15602--15781	29	6.2	28	72	11	103	37	11	26	25	1.90
15575--15661	27	3.2	26	72	4	66	35	13	25	25	1.93
15602--15841	30	8.2	29	76	8	139	37	11	25	25	1.90
15563--15719	55	2.8	56	78	9	158	32	12	27	28	1.92
15687--15751	33	2.0	32	90	3	103	44	10	23	21	1.83
15862--15936	29	2.5	30	82	2	89	33	13	25	28	1.93
15920--15953	17	2.0	17	94	0	59	32	17	26	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15890--15983	47	2.0	47	89	0	143	30	14	28	25	1.95
15937--16062	30	4.2	30	80	11	127	30	15	28	25	1.96
15943--16063	60	2.1	58	81	12	140	31	15	28	23	1.96
27164--27208	21	2.2	20	84	11	56	42	22	17	17	1.89
29162--29211	26	1.9	26	87	0	73	20	22	2	56	1.53
31039--31123	38	2.2	39	87	6	120	34	28	9	28	1.88
40766--40791	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
40965--41006	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
41093--41214	64	1.9	64	98	0	235	56	11	13	18	1.67
42243--42300	25	2.4	25	80	11	66	63	12	12	12	1.52
47324--47364	21	1.9	22	85	5	57	17	14	12	56	1.68
50235--50260	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
52572--52633	31	2.0	30	84	9	81	29	3	6	61	1.37
57939--58000	31	2.0	30	84	9	81	29	3	6	61	1.37
59375--59436	31	2.0	30	84	9	81	29	3	6	61	1.37
61013--61084	20	3.7	19	88	3	81	27	15	16	40	1.89
61032--61085	20	2.8	20	91	2	83	29	12	18	38	1.88
61115--61189	20	3.7	21	77	11	77	41	13	13	32	1.83
67481--67527	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
71162--71192	13	2.4	13	94	0	53	35	6	16	41	1.74
71237--71292	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
71277--71303	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71258--71322	32	2.0	33	87	3	96	41	13	16	27	1.87
72143--72230	1	88.0	1	70	0	59	85	10	3	1	0.77
72143--72199	28	2.1	27	96	3	105	87	12	0	0	0.54
72143--72219	14	4.9	15	77	16	68	85	11	1	1	0.72
72143--72230	10	8.6	10	83	10	90	85	10	3	1	0.77
72143--72230	21	4.3	20	78	15	83	85	10	3	1	0.77
73305--73484	55	3.3	55	91	0	288	28	26	21	23	1.99
73553--73660	56	1.9	56	100	0	216	27	24	22	25	2.00
73231--73895	197	3.3	198	86	6	843	26	26	20	26	1.99
73551--73841	150	1.9	151	89	4	449	26	26	19	27	1.99
73726--74011	55	4.9	60	84	7	340	26	27	20	25	1.99
73706--74011	116	2.6	114	83	7	352	27	27	20	24	1.99
73556--74222	327	2.1	322	89	2	1012	26	26	20	26	1.99
74032--74222	55	3.3	55	82	9	229	28	22	20	28	1.98
73827--74235	211	1.9	206	83	7	509	26	26	19	27	1.99
75512--75600	1	89.0	1	75	0	79	87	10	1	1	0.65
75512--75599	23	3.6	24	77	16	92	87	10	1	1	0.65
75520--75600	19	4.3	19	81	12	96	87	9	1	1	0.65
75512--75600	9	9.8	9	84	11	96	87	10	1	1	0.65
76687--76866	55	3.3	55	91	0	288	28	26	21	23	1.99
76734--77016	149	1.9	150	91	0	460	26	26	19	27	1.99
76613--77285	204	3.3	203	89	3	961	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76883--77075	55	3.5	55	89	2	271	27	26	21	23	1.99
76943--77231	150	1.9	151	89	4	445	26	26	20	27	1.99
77116--77401	55	4.9	60	84	7	340	26	27	20	25	1.99
77096--77401	116	2.6	114	83	7	352	27	26	21	24	1.99
76891--77612	327	2.2	321	89	2	1077	26	26	20	26	1.99
77268--77557	156	1.9	155	86	0	418	26	26	20	26	1.99
77422--77612	55	3.3	55	82	9	238	28	23	20	28	1.99
77213--77625	211	2.0	206	83	7	517	26	26	20	27	1.99
78902--78989	1	88.0	1	74	0	77	87	10	1	1	0.65
78902--78988	8	10.9	8	81	15	92	87	10	1	1	0.66
78902--78989	9	9.8	9	83	11	94	87	10	1	1	0.65
78902--78979	29	2.7	29	92	2	122	88	10	0	1	0.57
80037--80135	39	2.5	39	100	0	198	23	34	20	22	1.97
80115--80294	55	3.3	55	91	0	288	28	26	21	23	1.99
80162--81260	149	6.9	148	75	13	782	26	26	19	26	1.99
80311--80441	55	2.4	55	87	2	174	27	29	21	22	1.99
80071--80447	204	1.9	203	89	0	592	26	28	20	24	1.99
80371--80550	94	1.9	94	90	2	290	24	26	20	28	1.99
80489--80772	55	4.9	60	84	7	354	27	26	20	26	1.99
80345--81316	326	3.0	325	84	5	1201	26	26	19	27	1.99
80793--81081	61	4.9	60	79	9	285	27	24	20	27	1.99
80794--81082	116	2.4	117	82	6	332	27	24	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81153--81330	61	2.9	61	86	1	232	26	24	18	29	1.98
80911--81360	216	2.1	216	84	4	570	25	26	19	28	1.98
81326--81490	87	1.9	86	84	8	219	19	27	12	40	1.88
81326--81599	42	6.6	42	74	17	195	19	27	12	41	1.86
81499--81597	41	2.4	40	80	8	110	18	28	11	42	1.84
83958--84289	79	4.2	79	80	6	395	29	26	11	32	1.92
83958--84288	158	2.1	157	86	5	461	29	26	11	32	1.92
84162--84392	107	2.2	108	87	3	324	27	26	15	30	1.96
84242--84318	28	2.8	28	90	4	111	22	32	20	24	1.98
84270--84529	79	3.3	78	81	7	310	26	26	15	32	1.95
84084--84476	186	2.1	187	80	7	444	27	26	13	31	1.94
84005--84529	265	2.0	265	89	2	813	27	26	13	32	1.94
86967--87117	68	2.2	68	97	0	284	26	25	13	35	1.93
88571--88646	21	3.7	21	84	5	93	35	11	18	34	1.87
88747--88772	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
88727--88793	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
91159--91519	51	6.9	50	70	8	204	29	25	11	33	1.91
91533--91717	79	2.3	78	83	5	221	25	25	16	32	1.96
95095--95158	32	2.0	33	87	3	94	28	12	15	43	1.83
98721--100803	55	36.3	60	81	11	1863	26	27	20	25	1.99
98715--100803	450	4.5	451	85	7	2457	26	27	20	25	1.99
100588--100731	29	5.2	29	62	24	85	28	31	18	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100782--100875	42	2.2	42	84	5	118	18	22	13	45	1.84
100812--100891	42	1.9	42	84	0	106	18	20	16	45	1.86
101553--101628	21	3.7	21	84	5	93	36	10	17	35	1.84
101709--101775	33	2.0	33	85	0	89	23	16	16	43	1.87
104139--104505	51	7.0	51	71	11	224	29	25	11	32	1.92
104288--104506	102	2.1	102	86	5	298	30	26	10	32	1.90
104517--104754	80	3.0	79	74	7	221	26	26	14	32	1.95
107780--107804	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107760--107828	32	2.1	33	94	2	122	34	11	17	36	1.86
107866--107890	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7