genome.fa.s191.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold191
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  842153

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116296--116482	48	3.9	48	81	4	207	20	20	18	40	1.92
116296--116482	96	1.9	96	86	2	268	20	20	18	40	1.92
116562--116658	43	2.3	43	78	8	108	15	28	19	36	1.93
116577--116743	43	3.9	43	79	0	138	14	30	20	34	1.92
116694--118073	126	11.0	126	75	8	866	20	29	16	33	1.95
116677--118465	42	42.5	42	70	9	579	20	28	17	33	1.95
117525--117879	85	4.2	84	77	4	216	19	29	17	33	1.95
117976--118213	43	5.6	43	75	4	169	20	30	17	31	1.96
117987--118217	128	1.8	128	83	3	313	19	30	16	32	1.95
117968--118169	85	2.4	86	77	0	217	20	31	16	31	1.95
118763--118926	84	2.0	84	85	4	224	21	29	14	34	1.93
119996--120041	20	2.3	20	81	3	67	36	21	8	32	1.84
124405--125741	157	8.5	157	77	10	921	23	18	20	36	1.94
124719--125740	316	3.3	312	77	9	805	24	18	20	36	1.94
126971--127356	79	4.9	78	79	7	341	34	14	23	27	1.94
127050--127358	159	1.9	159	84	2	406	34	15	22	26	1.94
135614--135658	20	2.2	20	84	0	54	66	8	4	20	1.36
137391--137547	20	7.8	20	71	23	116	27	16	14	41	1.87
137391--137527	49	2.7	53	82	12	169	26	16	15	41	1.88
137458--137527	33	2.1	33	94	0	122	28	17	12	41	1.86
137478--137509	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
139863--140006	51	2.8	51	80	0	171	30	25	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140075--140145	28	2.5	28	81	2	79	21	29	22	26	1.99
140259--140419	79	2.0	80	90	3	254	27	22	12	36	1.91
140273--140454	79	2.3	79	85	1	240	28	24	13	34	1.93
145269--145467	97	2.1	96	83	2	247	29	30	19	21	1.97
145512--145790	79	3.6	76	74	8	231	26	27	15	30	1.96
146661--146711	20	2.5	21	90	3	77	47	9	7	35	1.66
146819--146927	52	2.1	52	98	0	209	32	13	12	41	1.83
150531--150582	20	2.5	21	87	3	70	36	15	19	28	1.92
155196--155235	21	2.0	20	90	5	62	32	0	5	62	1.17
155195--155235	11	3.8	11	75	18	50	31	0	4	63	1.15
155366--155404	19	2.1	19	90	0	60	61	0	0	38	0.96
156101--156144	12	3.9	11	82	14	54	40	0	0	59	0.98
156092--156147	22	2.5	24	80	11	73	46	0	0	53	1.00
156923--156953	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
166147--166185	20	2.0	20	100	0	78	28	15	10	46	1.78
166803--166975	87	2.0	87	91	0	283	24	24	22	28	1.99
166955--167159	31	6.6	31	78	4	191	15	22	30	32	1.94
166946--167159	62	3.5	61	77	6	216	15	21	30	32	1.94
166948--167159	92	2.3	93	78	9	225	15	22	30	32	1.94
167171--167323	43	3.7	41	74	12	134	41	14	26	17	1.88
167171--167285	42	2.8	40	77	11	115	41	14	26	17	1.88
168486--168527	14	2.9	15	82	7	59	0	4	11	83	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180608--180669	27	2.3	27	94	0	106	17	22	41	17	1.90
191260--191310	25	2.1	24	85	10	68	29	1	5	62	1.29
193449--193503	20	2.7	21	85	5	76	30	14	16	38	1.89
193444--193522	21	3.8	20	83	3	86	31	15	15	37	1.88
193469--193522	20	2.7	20	91	2	81	33	16	12	37	1.87
194000--194045	18	2.5	20	75	17	53	2	26	0	71	0.97
194599--194623	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
195653--195700	21	2.2	21	77	3	51	54	2	0	43	1.12
195685--195730	18	2.6	18	83	12	60	50	2	0	47	1.13
195663--195712	21	2.4	22	83	10	68	44	2	0	54	1.11
197329--197383	20	2.8	20	88	0	74	40	10	12	36	1.79
202510--202570	28	2.3	26	88	5	86	50	9	21	18	1.75
203789--203834	20	2.2	20	84	3	56	36	17	6	39	1.76
204967--205052	39	2.2	39	82	0	109	40	16	9	33	1.80
208434--208483	16	3.1	16	78	18	50	56	2	0	42	1.11
210581--210662	42	1.9	44	82	5	105	40	1	1	57	1.14
210609--210693	19	4.5	20	71	23	69	44	0	0	55	0.99
210624--210711	37	2.5	35	77	14	108	42	0	0	57	0.98
210627--210704	21	3.8	20	71	17	63	44	0	0	55	0.99
210657--210714	27	2.2	26	84	9	73	43	0	0	56	0.99
212141--212189	15	3.2	16	80	16	59	44	0	10	44	1.37
213325--213367	16	2.6	18	82	14	56	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216051--216088	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
220015--220153	71	2.0	71	98	0	269	32	18	25	23	1.97
223099--223165	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
223121--223145	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
225252--225305	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
225336--225411	33	2.3	34	84	4	102	32	14	15	36	1.88
225987--226031	22	2.1	22	84	8	58	37	20	6	35	1.79
226151--226187	19	1.9	19	88	0	56	48	18	8	24	1.75
237543--237632	19	5.1	18	71	22	75	35	12	15	36	1.85
237589--237613	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
237568--237640	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
237684--237709	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
237666--237730	34	1.9	33	87	9	96	26	15	12	46	1.81
240072--240194	51	2.4	52	85	8	162	32	26	11	30	1.91
240072--240194	53	2.4	51	85	8	160	32	26	11	30	1.91
240181--240253	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
240202--240384	76	2.3	79	87	6	257	25	28	16	30	1.97
243164--243202	12	3.2	12	85	0	51	87	5	5	2	0.75
244780--244992	92	2.3	91	87	4	306	28	24	16	30	1.96
245409--246236	42	19.7	42	67	14	281	19	22	12	45	1.83
245413--246279	85	10.3	85	78	8	780	20	22	12	45	1.84
247217--247607	166	2.4	166	82	6	447	29	11	9	49	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247224--247710	166	2.9	161	77	10	391	28	11	10	49	1.72
249296--249680	166	2.3	166	82	1	441	31	13	14	40	1.84
249936--250569	150	4.3	150	77	10	599	26	18	18	36	1.94
250083--250508	154	3.0	136	74	16	342	26	20	18	34	1.95
250219--250663	149	2.9	153	81	7	512	25	19	19	35	1.95
250966--250992	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
251082--251106	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
259770--259805	13	2.8	13	100	0	72	38	16	13	30	1.88
259861--259898	20	2.0	20	94	5	69	31	15	13	39	1.86
263042--263075	12	3.1	11	91	8	52	17	0	0	82	0.67
263040--263072	16	2.1	16	94	0	57	21	0	0	78	0.75
264587--265082	154	3.3	150	81	5	500	52	9	7	31	1.60
264643--265084	150	2.9	149	81	4	431	51	8	7	32	1.61
265229--265604	158	2.3	164	78	7	394	48	7	10	33	1.65
267352--267377	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
267853--268308	44	10.3	44	73	10	297	42	17	21	19	1.89
268652--268676	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
268632--268697	32	2.0	33	94	2	116	34	10	18	36	1.85
268738--268762	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
268771--268900	51	2.5	51	91	1	206	36	19	15	28	1.92
272556--272755	92	2.2	92	80	3	215	31	12	27	30	1.92
287715--287848	50	2.6	51	85	1	189	41	13	16	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288771--288867	48	2.0	48	100	0	194	18	29	12	39	1.87
290766--290888	42	2.9	43	79	6	142	19	25	11	43	1.84
291108--291194	44	2.0	44	86	4	122	28	26	27	17	1.97
291728--291767	20	2.0	20	100	0	80	25	15	15	45	1.84
291751--291830	33	2.4	33	100	0	160	35	17	12	35	1.88
291767--291831	20	3.6	20	69	26	72	35	18	13	32	1.90
291860--291925	20	3.7	20	69	26	74	31	16	18	33	1.93
291861--291958	33	3.0	33	91	5	155	33	15	18	32	1.92
291914--291938	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
297863--297967	53	2.0	53	84	0	138	37	7	28	26	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6