genome.fa.s191.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold191
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  842153

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 628 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
636475--637028	136	4.2	135	82	6	632	29	18	24	27	1.98
636351--636869	223	2.3	216	82	7	533	30	18	25	26	1.98
636751--636993	124	1.9	126	88	1	364	26	18	26	28	1.98
636615--637039	87	4.9	87	75	11	352	29	18	25	27	1.98
637053--637140	31	3.0	32	74	19	100	19	15	30	34	1.93
637066--637161	30	3.3	30	80	12	119	16	13	33	36	1.88
637152--637318	33	5.0	33	82	8	160	34	12	31	21	1.91
637152--637327	67	2.7	66	78	8	160	34	13	30	22	1.92
637234--637355	33	3.8	33	84	6	144	36	15	27	21	1.93
638652--638704	21	2.5	22	80	17	67	0	0	16	83	0.66
638659--638707	24	2.0	24	88	7	73	0	0	18	81	0.69
645581--645632	21	2.6	20	76	8	61	36	15	11	36	1.84
655644--655768	20	5.7	20	72	18	106	41	12	16	29	1.85
657713--658096	74	5.2	74	73	11	236	30	26	13	28	1.94
657898--658116	72	2.9	74	71	20	193	30	28	12	28	1.93
657970--658189	78	3.0	73	78	11	180	30	25	11	31	1.92
657898--658167	150	1.8	150	81	4	330	30	27	11	30	1.92
659011--659060	23	2.3	21	82	6	55	36	14	16	34	1.88
663349--663387	13	2.9	14	92	7	64	23	0	0	76	0.78
663349--663388	21	1.9	21	90	10	64	22	0	0	77	0.77
664605--665184	165	3.5	162	79	8	511	46	8	12	32	1.72
666376--666401	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
666354--666421	33	2.1	32	89	8	102	33	13	17	35	1.89
666454--666506	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
666494--666518	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
668679--668725	21	2.3	20	82	10	51	46	4	19	29	1.68
669073--669098	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
675005--675030	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
674983--675050	33	2.1	33	86	8	95	33	11	17	36	1.86
675082--675134	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
675122--675146	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
676840--677079	107	2.3	106	83	3	297	33	20	7	37	1.82
679273--679855	290	2.0	290	98	0	1139	35	14	15	34	1.88
681572--681649	34	2.3	34	97	0	147	25	24	12	37	1.91
683728--683778	9	5.4	9	81	9	66	82	1	13	1	0.85
683742--683785	21	2.1	21	95	4	81	81	4	13	0	0.83
684496--684628	69	1.9	70	87	4	198	29	13	12	45	1.80
684635--684998	79	4.6	78	76	9	249	31	11	18	38	1.86
684664--684936	79	3.5	77	80	5	253	30	10	19	38	1.86
684712--684995	156	1.8	158	80	9	348	30	10	19	39	1.85
687714--687779	27	2.4	27	94	0	114	25	43	15	15	1.85
690093--690196	51	2.0	51	96	0	190	35	13	3	47	1.61
691068--691127	13	4.8	13	75	17	56	38	1	1	58	1.18
691089--691153	28	2.3	28	84	5	78	40	0	1	58	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691088--691130	15	3.1	14	83	6	52	39	0	2	58	1.11
691292--691340	11	4.4	11	74	5	53	24	0	0	75	0.80
691286--691338	27	1.9	28	88	3	81	28	0	0	71	0.86
691272--691399	34	3.7	34	90	2	193	31	3	0	64	1.11
695565--695691	65	2.0	65	91	0	209	46	11	10	32	1.73
695809--695875	32	2.1	33	88	8	102	46	0	0	53	1.00
696144--696175	14	2.4	14	94	5	57	31	0	0	68	0.90
697137--697189	20	2.6	21	74	14	58	39	0	0	60	0.97
697137--697188	21	2.5	20	80	14	61	38	0	0	61	0.96
700206--700546	175	1.9	175	89	0	529	35	17	14	31	1.91
714036--714101	21	3.1	21	93	2	105	27	7	30	34	1.85
718111--718159	14	3.4	15	77	5	57	36	8	0	55	1.30
718347--718371	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
720261--720302	4	10.5	4	80	19	52	71	0	26	2	0.98
720261--720317	16	3.9	15	77	22	59	75	0	22	1	0.90
720257--720317	24	2.6	23	82	12	79	73	0	22	3	0.97
720292--720321	9	3.2	9	95	4	51	86	0	13	0	0.57
720261--720319	15	3.7	17	78	10	63	76	0	22	1	0.88
728089--729519	28	51.5	28	89	2	1869	25	33	14	26	1.95
729311--729684	86	4.2	90	82	9	380	30	30	19	20	1.97
728089--729519	55	25.7	56	88	3	1869	25	33	14	26	1.95
729364--729766	32	13.2	32	83	5	346	30	30	18	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729311--729677	58	6.2	59	84	9	392	30	30	19	20	1.97
729311--729766	96	5.0	92	79	10	337	30	30	18	20	1.97
729311--729766	64	7.5	61	81	10	374	30	30	18	20	1.97
731002--731047	4	11.5	4	82	17	60	71	0	26	2	0.97
731037--731066	9	3.2	9	95	4	51	86	0	13	0	0.57
731002--731064	16	3.9	17	80	10	71	76	0	22	1	0.88
731405--731434	14	2.2	13	94	5	51	16	0	0	83	0.65
731591--731639	23	2.3	23	82	10	59	40	2	6	51	1.38
734103--734838	167	4.4	166	81	4	707	29	10	9	50	1.68
734645--734692	21	2.3	21	81	0	51	18	8	6	66	1.39
734103--734838	332	2.2	329	80	4	784	29	10	9	50	1.68
736675--737412	147	5.0	147	81	4	758	24	16	19	39	1.92
736673--737412	295	2.5	295	83	4	856	24	16	19	39	1.92
742262--742302	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
742681--742711	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
748710--748783	36	2.1	36	82	7	89	71	8	12	8	1.30
750134--750652	27	19.0	27	92	1	849	22	34	14	28	1.93
750134--750652	272	1.9	273	95	0	950	22	34	14	28	1.93
750635--751236	32	18.8	32	95	0	1001	31	34	18	15	1.93
752474--752514	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
752893--752933	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
755972--756261	97	3.0	97	87	3	406	37	12	21	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758458--758483	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
758438--758505	33	2.1	32	88	2	100	33	14	17	33	1.91
759902--759940	20	2.0	20	89	0	60	33	17	7	41	1.79
760614--760655	18	2.4	17	84	7	57	52	0	0	47	1.00
760795--760836	21	2.0	21	81	9	50	47	0	0	52	1.00
760816--760864	17	2.9	17	75	19	50	46	0	0	53	1.00
760869--760901	17	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
762724--762861	49	2.9	49	90	5	230	23	23	18	33	1.97
762844--762881	20	1.9	20	88	0	58	26	28	10	34	1.90
765042--765093	13	4.5	13	71	26	53	38	17	11	32	1.85
765137--765190	19	2.8	19	86	10	74	35	16	14	33	1.90
766630--766708	27	2.9	27	88	0	113	44	22	7	25	1.79
768049--768117	27	2.6	27	92	0	111	18	13	20	47	1.81
769768--769797	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
770875--770935	32	1.9	32	83	6	79	44	19	14	21	1.86
772264--772353	39	2.3	40	78	16	100	40	2	0	57	1.11
772283--772355	22	3.5	22	70	20	59	42	2	0	54	1.14
775630--775672	21	2.0	21	90	0	68	48	2	0	48	1.14
776731--776771	11	3.6	11	80	6	55	65	4	0	29	1.13
776726--776776	23	2.3	23	96	3	95	64	3	0	31	1.11
776724--776783	23	2.3	27	71	28	67	61	3	0	35	1.12
778122--778173	19	2.7	20	88	8	72	28	15	13	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786295--786368	38	1.9	38	91	0	121	41	6	33	17	1.76
787017--787070	20	2.8	19	80	2	63	29	12	12	44	1.80
788186--788257	35	2.1	35	97	0	135	33	13	9	43	1.77
789545--789570	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
789526--789590	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
795757--795795	13	3.0	13	88	0	60	30	15	15	38	1.88
798378--798403	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
798359--798423	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
800544--800818	79	3.5	78	78	7	297	34	12	24	28	1.92
800550--800838	158	1.8	159	83	5	379	35	13	23	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6