genome.fa.s191.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold191
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  842153

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2194--2219	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7499--7550	20	2.6	20	93	0	86	34	17	13	34	1.89
7691--7744	28	1.9	28	96	0	99	40	14	12	31	1.84
8213--8265	20	2.5	22	84	6	65	45	16	5	32	1.71
8218--8265	22	2.3	20	85	7	60	50	18	4	27	1.65
9219--9248	15	2.0	15	100	0	60	40	13	26	20	1.89
9984--10033	21	2.4	21	83	9	59	46	2	20	32	1.62
9991--10033	21	2.0	22	86	4	61	48	2	20	27	1.62
16303--16327	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
16283--16347	33	2.0	33	90	6	105	32	16	13	36	1.89
16396--16422	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
16751--16823	21	3.6	21	76	14	64	28	15	12	43	1.82
17405--17746	48	7.4	48	76	9	291	20	20	15	42	1.88
17410--17565	84	1.9	84	86	2	224	19	21	14	45	1.85
17727--18676	44	22.2	44	71	12	516	21	21	14	42	1.88
17727--18373	163	3.9	163	74	13	474	21	22	14	42	1.88
17754--18198	130	3.5	129	80	8	412	21	22	14	41	1.90
18473--18675	87	2.3	87	83	4	248	23	21	14	41	1.89
17732--18676	425	2.2	425	79	7	957	21	21	14	42	1.88
18629--18816	101	1.9	101	88	2	288	23	20	13	41	1.89
18887--21006	42	50.9	42	78	2	1712	17	24	18	40	1.91
18909--21016	334	6.3	334	86	2	2328	17	24	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21554--21591	3	12.3	3	94	5	67	65	0	0	34	0.93
21795--21837	17	2.5	17	92	0	68	23	27	6	41	1.80
22458--22519	28	2.2	28	88	0	88	69	9	12	8	1.37
26541--26661	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
26541--26681	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
26670--26694	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
26759--26783	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26737--26803	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
27641--27798	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
27570--27963	170	2.3	171	95	2	700	36	14	24	24	1.93
27921--28004	43	2.0	43	95	0	150	28	20	23	27	1.99
27982--28025	21	2.1	21	91	0	70	31	20	25	22	1.98
27939--28066	64	2.0	64	96	0	238	28	20	26	25	1.99
28025--28416	49	7.9	49	88	2	568	31	17	26	23	1.97
28003--28416	98	4.2	100	95	2	686	31	17	26	23	1.97
28416--28481	33	2.0	34	96	3	125	16	18	37	27	1.92
28488--29788	34	40.0	34	76	17	1046	32	12	33	20	1.91
28495--29788	62	19.9	68	77	13	674	32	12	33	20	1.91
28878--28931	27	2.0	27	92	0	90	22	14	40	22	1.90
28838--29085	61	4.0	61	78	15	179	31	13	35	20	1.91
28591--29613	95	10.5	96	73	19	379	32	13	33	20	1.91
38022--38142	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38022--38162	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
38151--38175	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
38240--38264	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
38218--38284	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
46209--46383	61	2.9	63	77	10	152	24	32	16	26	1.96
46328--46934	33	19.0	33	73	13	425	21	31	14	32	1.93
46561--46667	29	3.8	28	73	3	79	23	35	15	25	1.94
46234--46796	251	2.2	251	86	2	756	22	31	14	31	1.94
46928--47656	32	23.9	32	74	13	493	21	31	12	34	1.90
46909--47707	91	8.9	91	75	12	527	21	32	12	33	1.91
46928--47656	60	11.9	59	75	12	302	21	31	12	34	1.90
46916--47457	60	8.9	60	77	11	424	20	32	12	34	1.90
47354--47656	61	4.9	60	82	9	303	22	30	12	34	1.90
47639--47673	18	1.9	18	88	0	52	28	40	14	17	1.88
47745--47888	51	2.8	52	81	2	173	25	25	16	31	1.96
47855--47967	39	2.9	39	83	0	145	30	24	17	26	1.97
47889--48057	88	1.9	88	87	0	248	27	25	18	28	1.98
47805--48055	127	2.0	128	83	2	315	27	24	17	29	1.98
50972--50999	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
50954--51019	33	2.0	32	85	11	89	42	12	13	31	1.81
56439--56480	20	2.0	20	86	4	66	38	14	11	35	1.83
56544--56595	20	2.5	21	87	3	70	32	15	11	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60694--60726	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
61278--61318	19	2.2	19	90	0	64	68	0	0	31	0.90
63402--63440	16	2.5	16	87	4	53	33	20	7	38	1.81
65003--65042	21	1.9	21	89	0	62	40	15	25	20	1.90
66206--66289	15	5.2	16	71	18	68	48	0	1	50	1.08
66211--66272	29	2.1	29	82	11	74	53	0	1	45	1.10
66208--66290	14	6.4	14	68	18	54	50	0	1	48	1.08
67366--67416	25	2.0	25	88	7	77	60	0	0	39	0.97
67342--67414	13	5.5	13	73	12	60	54	0	1	43	1.08
67378--67446	20	3.3	20	72	18	61	62	0	0	37	0.96
68024--68071	24	2.0	24	83	0	60	45	0	0	54	0.99
68653--68767	8	12.8	9	68	21	55	45	0	0	54	0.99
68656--68723	8	8.6	8	75	22	56	48	0	0	51	1.00
68649--68820	32	5.3	30	71	21	98	40	0	0	59	0.97
68653--68747	17	5.4	17	70	21	63	46	0	0	53	1.00
68649--68753	30	3.4	31	74	17	85	45	0	0	54	0.99
68663--68794	10	12.8	10	67	17	56	41	0	0	58	0.98
68694--68773	21	3.8	21	72	8	56	45	0	0	55	0.99
68741--68819	11	6.9	11	70	18	63	31	0	0	68	0.90
68762--68817	18	3.4	18	65	29	52	28	0	0	71	0.86
68721--68815	20	4.6	22	75	17	80	34	0	0	65	0.93
69466--69496	11	2.8	11	90	0	53	41	0	3	54	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70139--70198	21	2.9	21	80	5	68	35	3	26	35	1.73
72384--72410	13	2.1	13	100	0	54	44	14	18	22	1.86
73150--73201	26	2.0	27	92	3	88	26	23	1	48	1.62
73148--73210	26	2.6	23	80	12	72	25	23	1	49	1.59
76855--76931	39	2.0	39	94	0	136	18	28	14	38	1.89
78894--78931	12	3.5	11	85	7	51	7	15	0	76	1.01
78968--79325	155	2.3	155	83	4	418	22	20	22	35	1.96
83213--83240	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
83195--83260	33	2.0	33	88	5	98	40	13	15	30	1.85
83744--84171	49	9.0	47	75	10	333	31	17	25	24	1.97
83744--84171	98	4.5	96	79	10	420	31	17	25	24	1.97
83833--84171	91	3.7	90	80	9	355	32	17	24	25	1.97
84180--84449	28	9.5	29	83	7	274	20	17	30	31	1.95
84180--84449	57	4.8	56	82	7	264	20	17	30	31	1.95
84221--84452	28	8.1	28	83	10	301	21	17	31	30	1.96
99944--99981	20	1.9	20	100	0	76	39	10	13	36	1.79
100010--100063	21	2.7	19	69	8	54	31	14	11	42	1.81
100491--100543	19	2.7	20	88	2	72	39	15	15	30	1.87
100510--100561	19	2.7	19	87	3	68	38	17	17	26	1.92
101172--101204	16	2.1	16	94	0	57	39	33	0	27	1.57
108959--108983	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
108939--109003	33	2.0	33	84	6	87	32	16	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109031--109068	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
109032--109086	20	2.8	19	86	8	67	38	16	12	32	1.86
109094--109132	20	1.9	21	89	5	62	20	12	20	46	1.83
109458--110293	305	2.7	317	78	5	713	24	16	20	38	1.93
109458--110293	158	5.4	156	76	7	599	24	16	20	38	1.93
110300--110695	158	2.5	156	85	6	462	22	17	20	39	1.92
114161--114224	15	4.3	15	78	4	58	78	1	15	4	1.00
115262--115534	87	3.2	87	74	7	207	22	18	14	44	1.86
115790--116006	90	2.4	91	86	3	305	27	28	12	31	1.93
116199--116267	35	2.0	35	91	0	111	21	30	13	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6