genome.fa.s207.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold207
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1047254

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085--2210	51	2.4	53	82	6	150	30	23	10	35	1.88
2253--2474	104	2.1	103	79	8	236	29	25	11	33	1.91
5250--5424	79	2.2	82	83	7	218	32	14	24	28	1.95
5148--5424	78	3.5	81	77	10	234	33	14	25	27	1.94
5355--5576	52	4.3	51	82	2	264	32	13	25	28	1.93
5618--5747	51	2.5	51	81	10	156	33	10	25	31	1.89
6460--6590	51	2.5	53	82	9	160	32	9	25	32	1.87
5575--7260	843	2.0	842	95	0	3066	34	15	21	28	1.94
8950--8975	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8929--8995	34	2.0	33	88	2	98	46	13	16	23	1.82
9015--9081	19	3.8	19	70	22	65	37	14	10	37	1.81
9018--9080	32	2.0	32	90	0	99	36	15	11	36	1.84
14350--14387	19	2.0	19	100	0	76	36	42	5	15	1.70
18324--18348	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18336--18388	20	2.6	21	84	3	72	39	13	16	30	1.87
18430--18454	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18410--18477	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
20834--21066	96	2.4	96	79	6	242	38	13	20	27	1.90
26437--26555	51	2.3	51	82	1	139	47	10	10	30	1.73
26611--26663	20	2.6	21	93	3	90	28	16	13	41	1.86
27786--27851	28	2.4	27	85	5	87	53	1	1	43	1.19
29997--30027	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30663--30743	5	16.6	5	73	19	57	60	1	1	37	1.13
30665--30738	28	2.7	26	80	12	78	60	1	1	36	1.13
30673--30745	13	5.8	13	75	15	57	61	0	1	36	1.05
30691--31039	34	10.6	34	66	22	112	58	1	0	39	1.10
30691--31039	36	9.6	36	68	21	108	58	1	0	39	1.10
30692--31039	8	42.4	8	66	23	79	58	1	0	39	1.10
30882--30937	26	2.1	27	83	9	71	60	0	1	37	1.07
30922--30989	11	6.5	11	77	16	58	67	0	0	32	0.91
30919--31043	21	5.9	22	68	22	70	64	0	0	35	0.94
30912--31041	48	2.8	46	70	20	110	63	0	0	36	0.94
31561--31598	21	1.9	20	89	10	60	39	0	0	60	0.97
31561--31599	20	1.9	21	94	5	71	38	0	0	61	0.96
32446--32475	15	2.0	15	93	0	51	0	10	6	83	0.81
32897--32930	17	2.0	17	88	0	50	5	11	0	82	0.83
39548--39577	15	1.9	16	93	6	53	23	0	0	76	0.78
39550--39584	18	1.9	18	88	0	52	20	2	0	77	0.90
39706--39773	29	2.3	29	80	5	84	36	0	1	61	1.05
39708--39775	28	2.4	29	85	2	84	35	0	1	63	1.04
39911--39973	6	10.8	6	72	13	51	1	19	0	79	0.82
40261--40308	17	2.8	18	81	9	64	77	0	6	16	0.97
40339--40371	17	1.9	17	88	11	50	42	0	3	54	1.15
40358--40395	17	2.2	17	86	9	51	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40846--40883	18	2.1	18	85	9	51	42	0	2	55	1.14
41413--41481	26	2.6	27	70	13	70	46	0	1	52	1.09
41483--41559	29	2.5	30	77	12	77	40	1	2	55	1.22
43624--43680	29	2.1	28	87	9	82	43	10	0	45	1.38
52397--52454	29	2.0	29	96	0	107	29	13	15	41	1.86
53973--54024	22	2.4	22	87	6	70	40	15	3	40	1.65
58288--58312	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60475--60507	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
64133--64164	16	2.1	16	94	5	57	56	18	0	25	1.42
64253--64287	16	2.2	16	89	0	52	60	17	0	22	1.37
72562--72606	22	2.0	23	86	4	65	44	2	2	51	1.26
72963--72996	15	2.3	15	89	0	50	61	0	2	35	1.11
73308--73346	15	2.6	15	87	0	51	56	2	0	41	1.13
73307--73356	16	3.2	16	82	5	57	56	2	0	42	1.11
74000--74031	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
74903--74931	7	4.3	7	91	8	51	13	27	27	31	1.94
74964--74998	12	3.0	12	91	4	54	25	0	0	74	0.82
74966--74998	9	3.8	9	92	4	50	24	0	0	75	0.80
79749--79888	52	2.7	51	87	4	208	31	17	18	32	1.94
79877--79901	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
79964--79988	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
80611--80894	42	5.7	52	78	10	197	32	16	24	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80718--80902	48	4.1	43	76	13	192	31	16	24	27	1.97
80761--80905	49	3.0	49	83	4	186	31	15	25	26	1.96
80674--80894	91	2.3	93	85	6	284	31	17	23	27	1.97
80946--81176	30	7.7	30	75	12	190	25	16	29	29	1.96
81120--81181	27	2.2	28	82	2	81	19	14	33	32	1.92
82632--82757	1	126.0	1	71	0	90	0	1	12	85	0.66
82610--82756	64	2.3	61	87	8	197	0	1	14	83	0.71
82612--82757	49	2.9	49	82	14	183	0	1	15	83	0.71
82610--82757	71	2.1	71	85	11	196	0	1	14	83	0.71
96547--96747	52	3.9	52	93	1	332	30	17	18	32	1.94
96736--96760	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
96801--96867	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
96823--96847	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
98437--98477	20	2.0	20	100	0	82	60	9	4	24	1.47
99342--99378	18	2.1	18	94	0	65	21	13	10	54	1.69
104798--104825	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
104856--104915	19	3.1	19	75	13	59	30	11	13	45	1.79
106497--106618	62	2.0	61	85	4	165	48	5	2	43	1.40
106732--106812	26	2.9	26	77	17	74	51	0	0	48	1.00
106766--106816	16	3.2	17	74	20	56	56	0	0	43	0.99
106767--106808	17	2.5	17	81	11	50	57	0	0	42	0.99
107189--107329	32	4.5	32	75	6	126	39	14	14	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107190--107310	62	1.9	64	81	9	151	40	13	14	32	1.84
108168--108235	16	4.2	16	70	20	52	42	1	0	55	1.08
108991--109233	79	3.1	79	95	0	432	36	16	13	32	1.89
112735--112761	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
120070--120143	39	1.9	37	81	13	87	25	5	14	54	1.62
122404--122431	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
122851--122906	29	1.9	30	89	7	89	55	1	7	35	1.38
126752--126880	52	2.5	52	93	0	231	29	17	17	35	1.93
126922--127017	19	5.7	18	73	26	95	37	16	12	33	1.86
126942--127030	13	5.9	13	72	27	70	34	16	13	34	1.88
126923--127032	32	3.4	32	97	0	211	37	16	12	33	1.87
129403--129465	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
129422--129446	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
129401--129473	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
132008--132493	52	9.3	52	68	11	242	30	26	11	31	1.92
131895--132417	159	3.3	158	93	0	859	29	26	12	31	1.93
132166--132603	211	2.1	210	89	1	671	28	27	13	31	1.93
132506--132740	79	3.0	79	79	4	276	26	26	14	32	1.95
141114--141242	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
141251--141275	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
141299--141369	32	2.2	32	92	0	124	36	16	12	33	1.87
141307--141370	19	3.7	19	70	23	68	37	15	12	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148738--148781	1	44.0	1	81	0	52	90	6	0	2	0.51
148740--148781	11	3.7	11	93	3	66	90	7	0	2	0.53
148738--148781	12	3.7	12	88	8	63	90	6	0	2	0.51
152511--152635	52	2.4	52	93	0	205	27	17	18	36	1.93
152511--152655	52	2.8	51	87	4	193	28	17	18	35	1.94
152644--152668	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
152732--152756	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
152711--152776	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
153483--153728	55	4.5	55	92	1	354	27	28	21	22	1.99
153742--154225	55	8.6	55	84	7	557	26	27	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6