genome.fa.s207.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold207
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1047254

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 713 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739649--739936	154	1.8	156	87	5	429	26	19	29	24	1.99
739523--740258	276	2.6	279	82	8	826	26	20	27	25	1.99
739797--740252	55	8.0	55	85	6	565	24	20	27	26	1.99
743528--743861	106	3.1	107	74	11	312	37	6	20	35	1.79
743712--744142	194	2.2	194	78	8	464	35	10	22	32	1.88
747760--747784	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
747846--747870	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
747822--747890	32	2.1	33	91	2	113	36	17	13	33	1.88
754409--754490	28	3.0	27	81	10	87	62	9	17	10	1.54
754545--754588	9	4.9	9	88	0	61	0	9	4	86	0.70
755262--755386	58	2.1	60	80	5	137	30	20	18	31	1.96
755660--755705	21	2.2	20	85	11	58	32	17	13	36	1.88
758375--758521	51	2.8	51	78	8	154	33	10	26	29	1.89
758405--758651	131	1.9	132	83	4	320	31	10	27	29	1.91
758271--758844	183	3.1	183	88	3	811	31	11	27	29	1.92
758535--758707	52	3.4	51	81	7	206	32	10	26	31	1.90
758718--758840	51	2.4	51	80	6	131	33	12	24	30	1.92
758588--758835	131	1.9	129	81	7	304	32	12	25	29	1.92
761181--761245	34	1.9	33	90	3	103	44	10	16	27	1.81
761279--761343	19	3.7	19	68	29	63	36	15	13	33	1.87
761278--761339	32	1.9	32	96	0	115	33	14	14	37	1.87
761400--761444	12	3.9	11	78	21	56	13	0	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761402--761444	17	2.5	17	89	10	70	11	0	0	88	0.52
761400--761441	7	6.0	7	84	15	52	14	0	0	85	0.59
762250--762395	29	5.2	28	63	19	90	21	19	30	28	1.98
762319--762406	29	3.1	28	69	26	78	15	19	30	34	1.93
762936--763077	28	5.1	28	60	19	73	26	20	25	27	1.99
762176--764346	55	37.3	60	85	6	2382	26	19	26	26	1.99
763345--763486	28	5.1	28	61	16	80	26	19	26	27	1.99
770451--770723	79	3.5	80	77	5	241	32	13	26	27	1.94
770655--770824	52	3.3	51	83	2	205	31	12	27	28	1.93
770690--770824	51	2.6	52	84	1	173	32	13	27	26	1.94
770756--770904	79	1.9	80	84	1	201	28	14	29	27	1.95
770576--771119	183	3.0	181	86	4	720	33	11	25	29	1.91
770835--771013	52	3.5	51	83	5	225	32	9	26	31	1.88
770939--771093	80	2.0	78	87	2	220	29	12	25	32	1.92
771021--771126	53	2.0	51	83	7	133	34	10	22	32	1.88
773505--773530	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
773484--773550	34	2.0	33	91	2	107	44	11	16	26	1.82
773582--773646	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
773601--773625	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
773578--773644	32	2.1	32	97	0	125	37	17	11	32	1.87
773739--773773	4	8.8	4	87	12	54	20	0	0	80	0.72
773729--773774	12	3.9	12	81	13	51	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775488--775602	61	1.9	61	88	0	176	26	26	17	28	1.98
775483--775602	31	3.9	31	83	2	152	25	27	16	30	1.97
775579--775624	23	2.0	23	87	8	67	30	32	19	17	1.95
775604--776490	100	8.9	98	78	10	660	20	34	14	30	1.92
775602--776485	131	6.7	131	84	7	887	20	34	14	30	1.92
775604--776485	231	3.8	229	85	5	1003	20	34	14	30	1.92
776492--776589	32	3.1	32	90	0	160	30	34	17	17	1.93
776492--776602	32	3.5	32	88	2	154	30	35	16	18	1.92
776595--777342	92	8.0	92	87	3	1019	25	25	18	30	1.98
777144--777342	52	3.9	52	88	2	278	23	24	18	33	1.96
778193--778290	32	3.0	32	92	1	160	35	11	17	35	1.85
778191--778288	19	5.8	18	67	28	72	34	11	17	36	1.85
778245--778269	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
778331--778356	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
778344--778472	52	2.5	52	97	0	240	35	18	17	27	1.94
781864--782523	31	20.5	30	73	15	160	20	33	14	30	1.93
781973--782859	100	8.9	98	81	9	710	20	34	13	31	1.92
781971--782846	131	6.6	130	87	6	910	20	34	13	31	1.92
781973--782854	231	3.8	232	87	4	1015	20	34	14	31	1.92
781973--782879	31	27.3	33	74	14	237	20	34	13	31	1.92
782861--782962	32	3.2	32	95	0	177	27	34	17	20	1.95
783010--783941	92	10.0	90	87	6	1042	24	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783011--783944	276	3.3	276	88	5	1226	24	25	18	31	1.97
783746--783944	52	3.9	52	90	2	296	23	25	18	32	1.97
784796--784893	32	3.0	32	93	1	160	33	10	18	37	1.84
784829--784891	19	3.7	18	72	24	64	33	11	17	38	1.85
784934--784958	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
784967--785095	52	2.5	52	97	0	240	36	17	17	28	1.93
790391--790430	20	2.0	20	90	0	62	37	2	27	32	1.70
791160--791197	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
794195--794270	20	3.7	21	78	15	70	44	10	11	32	1.75
795504--795528	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
795483--795545	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
795597--795664	33	2.1	33	88	2	102	38	14	14	32	1.87
796296--796333	20	1.9	20	89	10	60	36	7	23	31	1.84
801308--801396	28	3.2	29	79	9	87	62	7	17	11	1.51
801456--801488	9	3.8	9	88	4	50	0	6	3	90	0.52
801444--801483	11	3.6	11	86	6	55	0	10	2	87	0.63
801444--801488	20	2.2	20	85	11	65	0	8	2	88	0.58
801444--801486	22	1.9	23	90	4	70	0	9	2	88	0.60
802923--802993	33	2.1	35	84	5	92	35	19	19	25	1.96
804766--804816	20	2.6	19	87	9	68	25	17	17	39	1.92
807529--807555	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
807622--807692	13	5.9	13	75	18	73	33	12	18	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807647--807712	20	3.7	20	73	26	83	36	12	18	33	1.88
807634--807714	33	2.5	33	100	0	162	34	12	18	34	1.88
810640--810695	20	2.8	19	78	7	67	42	8	14	33	1.77
812020--812087	33	2.1	32	88	2	100	38	14	14	32	1.87
818235--818272	13	2.9	13	88	0	58	31	13	18	36	1.89
820825--820852	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
822223--822456	80	2.9	80	77	5	233	35	11	25	27	1.90
822578--822723	79	1.8	79	79	2	168	36	10	26	26	1.89
825788--826853	70	15.4	67	74	12	643	37	15	22	24	1.93
825788--826853	137	7.7	137	79	7	873	37	15	22	24	1.93
839088--839540	80	5.7	80	72	9	262	35	11	24	27	1.90
839124--839528	160	2.5	156	80	4	409	37	10	24	28	1.88
839486--839539	28	1.9	28	85	7	74	29	20	29	20	1.98
841363--841449	36	2.6	31	77	12	86	29	20	14	34	1.93
841901--841925	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
841938--841964	14	1.9	14	100	0	54	48	14	14	22	1.81
842793--842846	27	2.0	27	88	0	81	7	31	7	53	1.56
842895--842951	30	1.9	30	88	0	87	31	28	7	33	1.84
845153--845208	20	2.8	20	88	2	76	21	17	0	60	1.36
846763--846858	36	3.0	31	77	16	97	27	28	14	30	1.95
846773--846858	32	2.6	33	75	13	95	29	26	16	27	1.97
846773--846860	36	2.6	35	83	7	110	28	27	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848519--848543	13	1.9	13	100	0	50	0	8	8	84	0.79
848832--848879	20	2.5	20	86	3	62	41	14	14	29	1.85
849749--849796	20	2.3	20	89	10	71	31	18	10	39	1.85
855361--855385	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
855426--855489	33	1.9	33	87	6	94	37	12	15	34	1.85
862005--862057	20	2.7	20	96	0	97	41	15	11	32	1.82
862192--862247	19	2.8	20	86	2	78	35	16	17	30	1.92
862232--862258	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
863203--863269	33	2.0	33	85	0	89	28	13	29	28	1.94
869993--870017	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6