genome.fa.s207.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold207
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1047254

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  2  of  6  ( 713 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153742--153828	26	3.3	26	65	16	70	26	31	20	21	1.98
153386--154155	259	2.9	259	90	4	1101	26	29	20	23	1.99
154200--154289	42	2.1	42	78	8	94	17	30	13	38	1.88
154196--154411	120	1.8	116	81	10	267	20	26	12	39	1.88
155090--155139	19	2.6	19	93	0	82	30	12	18	40	1.86
155171--155196	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
157830--157886	28	2.0	29	86	3	80	29	28	15	26	1.96
157944--158359	107	3.9	108	76	8	420	28	28	13	29	1.94
157575--158145	159	3.6	159	94	1	968	29	27	12	30	1.93
157894--158331	211	2.1	210	90	1	698	28	28	12	29	1.93
158204--158280	28	2.8	28	83	0	91	24	35	18	22	1.96
158234--158438	79	2.6	79	85	1	259	25	29	16	29	1.96
158234--158467	79	2.9	78	81	4	254	27	27	14	31	1.95
160311--160443	50	2.7	50	85	3	180	25	19	13	41	1.88
162798--163433	79	8.1	79	78	7	537	28	24	12	34	1.92
162791--163436	158	4.1	157	81	6	642	28	24	12	34	1.92
170629--170679	20	2.5	21	81	15	63	45	19	7	27	1.78
172829--172903	39	1.9	39	94	2	134	41	12	14	32	1.83
176546--176657	37	3.0	36	79	10	118	26	1	16	55	1.51
176546--176657	39	2.9	37	79	12	113	26	1	16	55	1.51
176764--176831	33	2.1	33	91	0	109	44	7	8	39	1.64
177741--177804	20	3.2	20	77	16	69	46	18	4	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181830--181893	33	1.9	32	84	12	85	32	17	10	39	1.84
181916--181958	21	2.2	19	88	12	61	32	18	13	34	1.90
181944--181970	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
183701--183740	22	1.9	19	85	14	53	50	0	20	30	1.49
183867--183895	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
189064--189138	20	3.8	20	75	7	80	33	14	9	42	1.78
193601--193631	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
193581--193647	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
193698--193758	13	5.1	13	73	18	69	36	16	16	31	1.91
193677--193758	34	2.4	34	100	0	164	34	17	17	31	1.93
197388--197608	93	2.4	93	79	1	219	47	10	19	22	1.81
197541--197602	31	2.0	31	83	3	79	48	9	19	22	1.78
197460--197823	92	3.9	93	74	12	245	46	11	19	22	1.82
197460--197709	93	2.7	93	79	7	226	46	11	19	22	1.82
197901--197958	31	1.9	31	82	10	75	53	8	15	22	1.69
197873--198124	93	2.7	90	78	12	262	50	11	16	21	1.77
197941--198151	31	6.9	30	70	11	99	50	11	17	19	1.77
197879--198152	93	3.0	88	76	13	250	50	11	17	20	1.76
199665--199691	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
201888--201933	22	2.1	22	95	0	83	34	19	6	39	1.78
203470--203510	19	2.2	19	86	8	57	78	0	0	21	0.76
203776--203813	14	2.6	15	87	4	51	0	15	2	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203780--203813	16	2.2	15	89	5	50	0	11	2	85	0.71
206206--206246	2	20.5	2	84	0	55	53	0	0	46	1.00
206287--206342	22	2.5	23	82	2	69	41	16	10	32	1.82
207217--207259	22	1.9	23	90	4	70	34	13	2	48	1.56
213093--213597	155	3.3	151	82	7	502	36	19	19	25	1.94
215102--215151	10	4.6	10	81	13	55	0	18	2	80	0.82
215681--216697	155	6.4	154	77	11	816	52	8	11	28	1.66
215599--216717	312	3.5	307	79	10	1006	52	8	11	28	1.65
217590--217630	20	2.0	20	100	0	82	34	14	4	46	1.66
223171--223220	22	2.4	22	86	6	68	46	12	12	30	1.77
223267--223423	70	2.2	70	91	0	251	33	10	13	42	1.79
225930--225979	20	2.5	20	93	0	82	32	18	8	42	1.79
227506--227662	20	7.8	20	72	23	116	26	16	14	42	1.87
227573--227642	33	2.1	33	97	0	131	27	17	14	41	1.87
227506--227662	53	3.0	53	81	11	173	26	16	14	42	1.87
227593--227623	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
229943--230133	51	3.8	51	84	3	219	27	26	10	36	1.89
229953--230134	102	1.8	100	84	4	249	27	26	10	35	1.90
230067--230248	80	2.3	78	83	4	229	28	25	12	33	1.92
232131--232365	97	2.4	97	93	0	391	25	29	15	28	1.96
244019--244062	9	4.8	9	88	5	70	88	9	0	2	0.59
244018--244062	19	2.4	19	92	0	72	88	8	0	2	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245341--246012	28	23.4	28	82	10	720	30	31	16	21	1.96
245341--246012	88	7.8	86	84	6	757	30	31	16	21	1.96
246854--246978	20	5.7	20	77	18	115	29	16	10	43	1.81
246854--246930	40	1.9	40	91	0	127	29	15	10	44	1.80
249130--249366	97	2.5	97	91	0	395	26	31	12	29	1.93
254118--254170	14	3.7	14	82	12	63	41	0	1	56	1.10
254139--254189	18	2.6	20	81	12	70	37	1	1	58	1.20
258617--258680	30	2.2	29	78	10	67	51	14	6	28	1.66
258632--258695	30	2.1	30	82	5	76	43	18	10	26	1.83
259359--259467	14	7.9	14	82	10	109	0	19	2	77	0.88
259373--259467	17	5.6	16	76	20	61	0	17	3	78	0.87
259370--259475	43	2.5	45	82	14	127	0	19	3	76	0.94
259397--259464	30	2.2	30	89	5	100	0	20	4	75	0.98
259405--259467	30	2.0	31	93	6	110	0	19	3	77	0.90
259414--259475	13	4.5	13	82	11	70	0	20	4	74	1.00
260985--261037	24	2.5	20	79	14	61	56	3	0	39	1.17
263757--263786	15	2.0	15	100	0	60	20	6	6	66	1.38
264523--264596	38	1.9	39	81	13	91	43	2	2	51	1.30
266150--266215	20	3.2	20	74	16	62	33	15	10	40	1.81
269885--269910	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
272129--272173	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
276087--276113	13	2.1	13	100	0	54	22	18	14	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277908--277945	19	2.0	19	94	0	67	31	5	7	55	1.51
281676--281855	61	2.9	61	79	10	215	21	32	12	33	1.90
281699--281821	27	4.2	28	76	15	115	21	33	12	32	1.91
281672--282139	34	14.8	33	66	23	154	21	29	12	36	1.90
281733--281950	96	2.3	96	84	4	280	21	31	11	34	1.90
281867--282010	61	2.4	60	85	3	198	22	30	11	36	1.89
281900--282381	95	5.2	94	78	8	461	21	28	12	36	1.90
282015--282072	27	2.1	27	90	0	89	22	20	13	43	1.87
282108--282347	27	8.2	27	74	16	83	23	30	12	34	1.92
282144--282234	35	2.6	34	82	3	119	25	31	7	35	1.84
282217--282347	26	4.7	26	76	18	120	22	30	15	32	1.94
282178--282315	60	2.3	61	85	1	188	25	31	12	31	1.92
282274--282347	27	2.8	26	89	4	112	20	33	17	28	1.95
282299--282441	60	2.4	60	79	9	164	22	28	16	32	1.95
282217--282401	87	2.1	86	85	3	255	23	29	14	31	1.94
282503--282736	32	7.2	32	82	7	258	29	34	14	21	1.93
282531--282736	65	3.2	64	88	6	290	28	34	15	20	1.94
282503--282736	97	2.4	95	82	6	281	29	34	14	21	1.93
283777--283958	42	4.3	42	95	0	328	34	15	10	39	1.82
290506--290557	26	2.0	26	92	0	86	38	13	9	38	1.77
294296--294344	21	2.3	21	86	6	64	32	18	16	32	1.93
296117--296142	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296095--296162	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
296232--296256	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
296835--296949	47	2.5	47	93	5	193	26	23	1	47	1.61
298766--298796	13	2.4	13	94	0	53	38	16	9	35	1.81
303776--303801	12	2.2	12	100	0	52	34	15	15	34	1.89
306144--306276	50	2.6	50	86	1	185	31	28	12	27	1.92
306256--306331	27	2.8	27	86	9	102	25	32	19	22	1.97
306283--306489	79	2.6	79	89	1	308	24	27	17	29	1.98
309016--309041	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
309142--309166	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6