genome.fa.s207.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold207
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1047254

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  6  of  6  ( 713 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872672--872715	23	1.9	23	81	9	54	38	22	9	29	1.85
873220--873281	19	3.6	18	73	24	62	41	16	12	29	1.85
873238--873262	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
873220--873315	32	3.0	32	89	1	147	42	15	12	29	1.84
877406--877443	5	7.4	5	90	3	58	78	0	18	2	0.86
877415--877452	15	2.5	15	91	0	58	71	0	26	2	1.00
882739--882780	22	1.9	22	95	0	75	21	35	4	38	1.75
882830--882871	22	1.9	22	95	0	75	21	35	4	38	1.75
882714--882881	91	1.8	91	97	0	318	31	25	4	38	1.76
885249--885544	147	2.0	147	100	0	592	31	14	16	37	1.89
890973--891146	69	2.4	70	90	5	269	36	13	13	35	1.85
891112--891180	33	2.1	33	89	5	104	37	18	11	31	1.87
891137--891163	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
891209--891264	19	2.9	18	84	10	67	39	16	14	30	1.88
896789--896844	20	2.8	20	94	0	94	32	12	17	37	1.88
896955--896994	20	2.0	20	90	0	62	37	10	15	37	1.80
896977--897002	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
896957--897025	33	2.1	33	86	5	95	36	11	17	34	1.86
896804--897138	181	1.9	181	94	1	600	41	17	14	26	1.88
897316--897391	24	3.2	24	94	0	134	9	7	14	68	1.38
897316--897373	11	4.8	13	71	14	52	10	6	13	68	1.37
905778--905826	20	2.5	20	100	0	98	22	16	18	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
910052--910786	166	4.4	164	78	7	544	49	8	9	31	1.66
913665--914248	166	3.5	163	79	6	448	50	8	9	32	1.65
913836--914394	166	3.4	166	78	5	531	49	8	10	31	1.66
923259--923294	15	2.2	18	85	14	51	27	0	2	69	1.02
924493--924524	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
924547--924811	141	1.9	141	95	1	478	31	6	16	44	1.74
928077--928123	13	3.5	13	75	16	51	21	0	2	76	0.89
929020--929065	24	1.9	24	81	0	56	17	17	23	41	1.90
929104--929192	31	2.9	31	87	0	115	26	17	38	16	1.92
929737--929797	31	2.0	31	93	6	106	18	26	19	36	1.94
930425--930663	20	10.9	20	68	18	127	29	14	12	43	1.81
930414--930546	71	1.9	71	91	0	221	30	12	12	44	1.80
930464--930691	91	2.5	91	97	0	420	29	15	11	43	1.82
935124--935149	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
935106--935169	33	2.0	33	84	3	85	43	18	10	26	1.83
941273--941352	20	3.7	20	72	18	70	30	16	13	40	1.87
941339--941377	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
941499--941545	22	2.3	20	78	10	51	34	17	4	44	1.68
943197--943233	19	1.9	19	94	0	65	29	0	29	40	1.57
943248--943288	20	2.0	22	90	9	68	36	2	26	34	1.70
943929--943954	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
943911--943974	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948550--948592	22	2.0	22	95	0	77	37	2	4	55	1.33
949214--949259	20	2.3	21	81	11	60	41	0	6	52	1.27
949828--949907	39	2.1	39	81	9	92	42	2	0	55	1.13
950913--950945	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
952109--952171	26	2.4	25	76	10	65	58	3	3	34	1.30
952129--952184	26	2.2	26	83	3	69	58	8	1	30	1.39
952415--952455	7	5.7	7	85	2	55	80	2	2	14	0.92
955013--955094	41	2.0	41	87	0	119	48	1	7	42	1.38
957765--957789	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
957954--958012	29	1.9	31	86	10	86	33	1	0	64	1.04
958400--958462	19	3.4	19	71	16	53	58	0	0	41	0.98
958394--958469	12	6.2	12	75	15	66	59	0	0	40	0.98
958406--958469	24	2.6	26	78	16	73	60	0	0	39	0.97
958394--958469	18	4.1	19	71	20	63	59	0	0	40	0.98
963310--963347	19	2.0	20	85	15	53	34	7	10	47	1.67
964773--964803	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
965395--965430	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
969673--969702	11	2.7	11	94	0	51	30	16	10	43	1.81
970277--970311	15	2.5	14	90	9	54	51	0	2	45	1.16
970650--970698	26	2.0	26	84	8	66	48	4	0	46	1.20
972542--972623	24	3.6	22	78	18	71	74	1	1	23	0.96
972535--972596	34	1.9	31	83	9	79	80	1	0	17	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
972865--972899	12	2.8	12	91	4	52	20	22	14	42	1.88
972998--973057	29	2.1	29	83	0	75	48	18	18	15	1.81
973582--973628	22	2.1	22	96	0	85	44	38	10	6	1.65
987469--987554	44	1.9	44	88	2	127	19	19	16	44	1.87
987602--988226	42	14.9	42	74	7	329	16	26	19	37	1.93
987621--988228	169	3.6	168	78	5	575	16	25	19	37	1.93
987818--988217	209	1.9	210	83	2	527	16	26	20	37	1.93
987597--988242	84	7.7	83	77	4	553	16	26	19	37	1.92
988986--989015	5	6.0	5	92	0	51	20	20	16	43	1.88
989642--989696	22	2.5	22	81	0	74	47	34	10	7	1.66
996323--996366	22	2.0	23	90	4	72	79	0	13	6	0.92
997260--997696	145	3.0	148	82	7	557	36	11	8	42	1.72
997556--998085	141	3.9	132	77	10	528	36	10	10	43	1.73
997260--998092	273	2.9	281	80	7	866	36	11	9	42	1.74
997277--998112	282	3.0	278	79	7	805	36	11	9	42	1.74
1001884--1001924	20	2.0	20	86	9	57	43	14	14	26	1.84
1004325--1004688	79	4.6	79	81	3	392	28	21	12	38	1.89
1009125--1009868	237	3.1	235	81	5	804	33	12	24	29	1.92
1009140--1009859	79	9.1	79	79	6	674	32	12	24	29	1.92
1012269--1012306	20	1.9	20	88	0	58	52	15	7	23	1.69
1012945--1013051	42	2.5	42	89	4	153	37	14	24	23	1.93
1012946--1013089	41	3.4	42	86	5	168	36	15	27	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1013073--1013554	120	4.0	121	84	5	593	27	17	28	27	1.98
1013073--1013551	61	7.9	60	80	7	497	27	17	27	27	1.98
1014528--1014582	7	7.6	7	80	15	58	1	14	3	80	0.94
1026982--1027044	32	1.9	32	87	3	90	28	15	15	39	1.89
1027017--1027064	20	2.5	20	86	3	62	29	14	16	39	1.88
1033221--1033253	13	2.5	13	95	0	57	30	15	15	39	1.88
1034799--1034863	33	2.0	33	93	0	112	38	13	13	33	1.85
1035803--1036056	130	2.0	130	87	1	366	31	12	26	29	1.92
1035860--1035978	51	2.3	51	79	9	127	30	11	26	31	1.92
1035912--1036224	79	4.0	78	82	5	362	32	12	25	29	1.92
1035739--1036139	209	1.9	208	85	4	558	32	12	25	29	1.93
1035914--1036221	156	2.0	158	88	1	467	32	12	25	29	1.93
1040979--1041159	52	3.5	52	96	0	308	29	17	17	34	1.93
1041233--1041299	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1041255--1041279	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1042160--1042339	91	1.9	93	89	3	283	31	17	24	26	1.97
1042247--1042391	49	3.0	49	84	4	186	31	16	26	25	1.96
1042160--1042388	48	4.8	47	79	10	243	31	17	24	26	1.97
1042432--1042662	30	7.7	30	74	12	181	25	16	28	29	1.96
1042432--1042662	60	3.8	59	72	11	200	25	16	28	29	1.96
1042606--1042667	27	2.2	28	85	2	90	17	14	35	32	1.90
1044099--1044240	1	142.0	1	73	0	104	0	1	11	85	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1044099--1044239	10	13.7	10	79	10	144	0	1	12	85	0.70
1044101--1044240	26	5.5	24	86	10	163	0	1	12	85	0.70
1044101--1044240	51	2.7	51	87	7	185	0	1	12	85	0.70

Tables:   1   2   3   4   5   6

The End!