genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold21
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2821038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  1  of  15  ( 1753 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92--141	20	2.5	20	77	9	57	0	58	0	42	0.98
216--254	19	2.0	20	90	5	62	0	58	0	41	0.98
269--363	28	3.6	27	70	19	83	0	48	1	50	1.07
374--424	21	2.5	20	78	9	57	0	70	0	29	0.87
421--461	21	2.0	21	90	0	64	0	78	0	21	0.76
802--845	20	2.2	20	80	4	54	2	81	0	15	0.78
808--851	22	2.0	22	82	13	54	4	77	0	18	0.94
1374--1404	15	2.0	16	93	6	55	70	12	0	16	1.16
2748--2792	14	3.1	14	81	15	56	60	0	0	40	0.97
2750--2805	29	1.9	29	85	7	78	60	3	0	35	1.14
4295--4326	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
4604--4677	16	4.2	16	73	17	58	41	1	1	55	1.17
4653--4687	16	2.2	16	89	0	52	45	0	0	54	0.99
4589--4694	39	2.8	37	80	13	101	44	0	0	53	1.13
5008--5038	16	1.9	16	93	0	53	74	0	0	25	0.82
8442--8470	12	2.3	13	94	5	51	55	0	0	44	0.99
8450--8495	17	2.9	17	78	12	53	47	0	0	52	1.00
9430--9613	34	5.4	34	84	3	237	40	25	7	27	1.82
14025--14206	34	5.4	34	84	3	233	40	25	7	26	1.82
14546--14589	22	2.0	22	91	8	72	43	0	0	56	0.99
18125--18165	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
18892--18931	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19273--19318	20	2.2	21	84	3	58	58	0	0	41	0.98
19572--19620	19	2.7	18	81	9	55	48	2	2	46	1.25
21475--21542	24	2.9	24	76	12	79	44	0	0	55	0.99
21807--21851	14	3.1	14	83	6	54	44	0	2	53	1.13
22170--22230	26	2.2	29	85	8	83	40	1	0	57	1.08
23266--23347	25	3.3	24	77	12	76	34	2	0	63	1.08
23281--23349	36	1.9	36	85	11	97	33	2	0	63	1.09
23281--23339	19	3.5	16	78	17	66	33	1	0	64	1.04
23279--23331	8	6.1	8	75	16	52	35	1	0	62	1.06
23958--23989	15	2.1	15	94	0	55	90	0	9	0	0.45
33330--33357	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
35985--36018	15	2.2	16	89	5	52	23	0	2	73	0.97
37756--37791	10	3.5	10	85	7	54	27	5	0	66	1.13
41309--41348	2	21.0	2	85	10	57	47	0	2	50	1.14
42073--42108	19	2.0	18	89	10	56	52	8	0	38	1.32
47483--47521	20	2.0	20	90	10	62	41	0	5	53	1.23
47891--47956	29	2.4	28	87	5	89	57	1	1	39	1.17
47927--48015	40	2.2	41	82	9	103	46	2	0	51	1.13
49413--49437	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
51674--51712	20	1.9	21	84	5	53	30	2	2	64	1.21
54112--54156	23	2.0	23	86	0	63	40	0	0	60	0.97
54098--54216	53	2.3	53	80	13	124	42	0	2	54	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54672--54740	24	3.0	23	72	16	61	60	0	1	37	1.06
54686--54758	13	5.8	12	73	14	58	65	1	1	31	1.09
55147--55190	17	2.5	18	82	14	56	54	0	0	45	0.99
56042--56097	28	1.9	30	82	7	71	55	0	0	44	0.99
57171--57195	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
57592--57624	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
57920--57948	13	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
57999--58042	15	3.0	14	78	12	52	63	0	0	36	0.95
58023--58058	19	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
58440--58465	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
58950--59028	25	3.2	25	77	8	65	40	1	0	58	1.06
59666--59715	21	2.4	21	71	21	52	38	0	0	62	0.96
59669--59726	30	1.9	30	82	10	73	41	1	0	56	1.09
59815--59856	19	2.2	19	87	8	59	50	2	0	47	1.14
59841--59874	16	2.2	16	90	10	54	38	2	0	58	1.13
60874--60928	2	27.5	2	81	7	58	41	3	3	50	1.37
61638--61670	12	2.7	13	90	9	52	54	0	0	45	0.99
61700--61730	13	2.3	14	94	5	55	54	0	0	45	0.99
62975--63014	19	2.2	19	86	4	55	62	0	5	32	1.17
63217--63258	22	1.9	22	85	0	57	21	9	7	61	1.50
63499--63537	21	1.9	20	84	5	51	41	2	5	51	1.38
64879--64917	19	1.9	19	85	10	51	15	5	5	74	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66167--66209	16	2.7	16	74	0	50	46	13	11	27	1.78
67079--67132	16	3.4	16	84	0	72	42	29	11	16	1.83
67242--67268	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
68421--68446	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
68667--68710	22	2.0	23	86	4	63	56	0	4	38	1.20
68791--68843	15	3.5	15	80	15	65	67	0	0	32	0.91
68735--68843	28	3.7	29	78	12	114	60	2	0	35	1.17
68803--68841	10	3.7	11	83	10	55	66	0	0	33	0.92
68814--68881	19	3.6	19	78	4	84	66	2	0	30	1.07
68811--68884	37	2.0	37	94	0	130	64	2	0	32	1.07
72218--72244	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
72234--72287	17	3.3	17	72	25	53	59	1	0	38	1.08
73703--73729	12	2.2	12	100	0	54	40	11	7	40	1.69
78967--79015	17	3.1	16	77	11	57	38	4	0	57	1.18
78957--79015	31	1.9	31	89	6	93	38	3	0	57	1.15
79617--79656	18	2.2	18	90	0	62	52	0	0	47	1.00
80104--80150	19	2.5	19	82	6	60	42	0	0	57	0.98
80144--80367	123	1.8	124	80	8	278	50	1	6	41	1.37
80970--81038	19	3.6	18	73	19	59	68	0	2	28	1.04
80966--81046	33	2.5	31	80	13	85	66	0	2	30	1.05
80948--81041	19	4.8	19	66	25	54	65	0	2	31	1.04
80976--81073	32	3.1	33	81	8	89	65	1	1	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80997--81104	21	5.3	21	71	18	59	61	0	1	36	1.13
82176--82274	5	20.6	5	71	13	66	59	0	0	40	0.97
82173--82252	22	3.2	24	79	17	83	57	0	0	42	0.98
82180--82293	28	4.1	28	70	21	87	59	0	0	40	0.97
82244--82307	20	3.3	19	73	18	60	64	0	0	35	0.94
82244--82319	38	2.1	38	80	9	86	64	0	1	34	1.02
82296--82329	17	1.9	18	94	5	61	70	0	2	26	1.01
82282--82343	23	2.5	25	75	17	58	66	0	1	32	1.02
82569--82633	19	3.4	19	75	19	55	41	0	4	53	1.21
82757--82798	16	2.6	17	81	11	52	40	0	0	59	0.97
82787--82830	23	1.9	23	86	9	63	52	2	0	45	1.13
83133--83167	15	2.2	16	90	5	54	40	0	0	60	0.97
83141--83192	21	2.6	21	82	11	56	44	0	0	55	0.99
83168--83249	19	4.4	19	69	18	55	56	0	0	43	0.99
83576--83668	47	2.0	47	97	0	177	30	5	7	56	1.49
83740--83830	25	3.8	25	77	15	93	47	0	1	51	1.07
83738--83876	14	11.1	14	66	23	62	44	0	1	53	1.14
83786--83846	23	2.6	24	80	12	74	45	0	0	54	1.00
83737--83858	25	4.4	26	74	19	88	44	0	1	54	1.10
84007--84049	14	3.2	13	77	9	50	55	0	0	44	0.99
84770--84901	63	2.2	60	88	4	192	27	5	14	53	1.62
85235--85292	30	2.0	29	86	10	82	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85258--85316	20	3.0	19	82	7	64	54	3	1	40	1.27
85835--85889	28	1.9	29	85	10	78	43	0	0	56	0.99
85857--85892	18	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
87456--87543	34	2.6	36	78	12	96	47	0	2	50	1.13
89166--89218	21	2.5	22	84	9	65	56	0	1	41	1.10
89184--89226	17	2.5	17	81	7	52	53	0	0	46	1.00
91584--91620	16	2.2	18	85	9	51	24	10	21	43	1.84
94542--94576	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
94786--94828	22	2.0	22	95	0	77	51	11	6	30	1.65
97497--97526	6	5.0	6	100	0	60	50	0	16	33	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15