genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold21
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2821038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720220--720258	2	19.5	2	89	0	60	48	0	2	48	1.15
720715--720763	2	24.0	2	80	12	55	46	4	2	46	1.33
720705--720758	27	2.0	26	96	3	99	46	7	3	42	1.49
723265--723495	117	2.0	118	97	0	437	40	7	7	44	1.61
726047--726073	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
728896--729089	99	1.9	100	87	4	284	37	4	6	52	1.46
731602--731656	24	2.2	25	84	12	69	56	0	1	41	1.10
734073--734115	10	3.4	14	70	29	51	58	0	0	41	0.98
734068--734115	23	2.1	23	96	0	87	56	0	0	43	0.99
738207--738237	3	10.3	3	92	0	53	64	3	0	32	1.09
740180--740228	20	2.5	20	83	9	57	28	4	2	65	1.22
740354--740407	22	2.5	22	79	8	65	38	0	1	59	1.08
740757--740793	15	2.4	16	82	13	51	59	2	0	37	1.12
741174--741259	27	3.1	25	78	15	73	37	1	3	58	1.23
741188--741256	19	3.7	19	75	19	56	37	1	1	59	1.15
741198--741239	23	1.9	23	85	9	61	35	2	0	61	1.09
747289--747334	12	3.4	13	82	17	58	36	0	0	63	0.95
747289--747323	6	5.5	6	93	6	52	40	0	0	60	0.97
749968--750022	24	2.2	25	84	9	69	41	1	0	56	1.10
750522--750555	11	2.9	12	86	8	52	50	0	0	50	1.00
750580--750628	8	5.9	8	78	7	53	30	2	0	67	1.02
751088--751126	19	2.0	21	90	10	64	56	0	43	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751085--751129	19	2.4	17	80	20	54	62	0	37	0	0.96
751816--751869	21	2.6	21	80	14	58	37	7	1	53	1.40
752019--752093	22	3.4	21	78	14	71	49	4	4	42	1.40
752062--752212	81	1.8	82	90	2	241	45	6	0	47	1.34
756203--756240	14	2.7	14	88	8	51	50	5	0	44	1.24
756674--756716	15	2.9	14	86	6	50	32	0	4	62	1.15
757657--757685	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
759317--759343	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
762772--762862	24	3.9	24	77	12	91	49	3	0	47	1.18
762795--762867	21	3.4	20	75	15	67	50	1	0	47	1.09
763948--763982	17	2.1	17	100	0	70	40	5	22	31	1.78
766714--766747	15	2.3	15	90	10	52	26	5	2	64	1.30
766936--766989	28	1.9	28	92	0	90	38	0	33	27	1.57
767169--767211	6	6.8	6	79	10	50	55	2	0	41	1.12
767169--767241	31	2.3	32	81	9	87	53	2	0	43	1.15
767653--767695	17	2.6	16	81	7	50	27	6	0	65	1.18
767803--767894	26	3.6	27	78	11	72	36	0	0	63	0.95
767782--767892	21	5.1	21	73	18	86	38	0	0	61	0.96
767747--767918	91	1.9	90	80	11	203	36	1	0	61	1.08
769909--769966	26	2.2	26	81	9	64	53	0	0	46	1.00
769952--769990	20	2.0	20	84	0	51	43	0	5	51	1.24
775830--775868	18	2.2	18	100	0	78	28	10	10	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776894--776937	19	2.3	18	81	14	52	70	0	0	29	0.88
786284--786391	11	9.7	11	69	19	64	60	0	2	36	1.18
786355--786472	20	6.2	20	67	20	83	55	0	0	44	0.99
786384--786461	36	2.2	35	83	2	93	55	0	0	44	0.99
786358--786464	42	2.6	39	76	12	99	55	0	0	44	0.99
786348--786463	14	8.6	14	67	16	59	56	0	0	43	0.99
788032--788073	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
788816--788911	26	3.7	25	72	17	72	41	0	1	57	1.06
788895--788927	12	2.8	12	86	4	50	30	0	0	69	0.88
789660--789791	24	6.2	22	75	18	97	50	0	0	48	1.11
789694--789791	42	2.3	42	82	6	119	46	1	0	52	1.07
789719--789791	19	3.7	19	77	17	69	45	1	0	53	1.09
789721--789799	42	1.9	42	89	2	124	44	2	0	53	1.14
791354--791386	8	4.2	8	92	7	59	90	9	0	0	0.44
791354--791386	15	2.2	15	94	0	57	90	9	0	0	0.44
797438--797471	5	6.6	5	86	6	50	52	0	0	47	1.00
797700--797739	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
798164--798211	15	2.9	16	81	15	53	35	2	0	62	1.07
807943--807972	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
811411--811452	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
816409--816530	36	3.5	36	74	18	116	42	0	0	57	0.98
816402--816538	25	5.6	24	71	19	97	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816508--816569	31	2.1	31	84	6	83	45	0	0	54	0.99
817391--817435	20	2.2	20	80	11	56	66	4	0	28	1.11
825966--826060	26	3.6	26	68	21	72	62	2	1	34	1.14
825976--826011	18	2.0	18	89	10	56	72	0	0	27	0.85
825996--826078	39	2.2	37	82	16	93	55	2	1	40	1.21
826765--826814	24	2.1	23	82	14	57	44	0	8	48	1.32
829592--829625	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
835776--835880	53	2.0	53	86	0	147	47	4	9	38	1.57
837208--837284	37	2.1	37	100	0	154	29	11	18	40	1.86
837223--837295	37	2.1	34	80	14	80	31	12	15	41	1.84
839376--839405	8	3.6	8	95	4	51	76	0	3	20	0.92
840389--840429	19	2.1	20	86	4	57	24	2	2	70	1.11
840775--840836	32	1.9	32	87	6	90	41	6	4	46	1.51
840705--841081	194	1.9	193	88	4	573	44	9	7	39	1.65
842633--842731	14	6.9	14	69	19	60	35	3	1	60	1.19
842688--842733	24	1.9	24	86	8	67	32	6	2	58	1.36
842713--842763	19	2.9	19	75	19	56	35	1	0	62	1.06
842977--843017	2	20.5	2	89	0	64	51	0	4	43	1.23
843129--843167	13	2.9	14	81	11	55	43	0	5	51	1.24
845023--845050	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
845435--845493	28	2.1	28	81	6	66	44	5	5	45	1.47
856597--856622	9	2.9	9	100	0	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857102--857164	32	1.9	33	87	9	94	39	0	3	57	1.15
858054--858098	3	15.0	3	81	9	56	33	0	2	64	1.06
858193--858218	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
858990--859015	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
858992--859112	47	2.6	47	81	11	140	57	0	0	41	1.04
859034--859113	12	6.8	12	69	22	62	60	1	0	38	1.05
859043--859124	20	3.8	21	75	21	80	62	1	0	36	1.03
859039--859112	21	3.3	23	77	22	77	62	1	0	36	1.04
860178--860217	20	1.9	22	90	10	66	40	0	0	60	0.97
861379--861410	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
861409--861434	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
865253--865337	39	2.3	39	82	8	97	55	1	2	41	1.20
866790--866842	15	3.7	14	76	11	54	47	0	1	50	1.12
866791--866839	21	2.3	21	85	3	62	48	0	2	48	1.12
866802--866849	21	2.3	21	89	3	71	45	0	2	52	1.12
868989--869031	19	2.3	19	80	8	52	41	0	2	55	1.12
869231--869284	17	2.8	19	75	13	58	46	0	0	53	1.00
869253--869338	42	2.0	42	84	4	111	55	0	0	44	0.99
874388--874426	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
874389--874432	10	4.4	10	94	0	61	47	4	2	45	1.35
874592--874639	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
882020--882163	50	2.9	50	74	15	145	31	13	16	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882288--882343	22	2.6	21	78	16	60	25	0	0	75	0.81
883902--883934	15	2.1	16	88	5	50	51	0	0	48	1.00
883894--883938	18	2.6	19	74	25	55	51	0	0	48	1.00
886868--886900	8	4.1	8	100	0	66	87	0	12	0	0.53
887460--887494	12	2.6	14	86	13	56	31	0	5	62	1.18
887753--887778	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
887850--887892	20	2.1	21	86	4	61	53	0	0	46	1.00
887828--887927	49	2.0	49	84	7	132	55	0	0	45	0.99
887797--887909	56	2.1	56	88	6	169	53	0	0	45	1.06
887849--887946	48	2.0	47	81	14	112	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15