genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold21
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2821038

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085391--2085419	13	2.3	13	94	5	51	62	0	0	37	0.96
2093982--2094113	68	1.9	68	96	0	246	38	16	20	24	1.92
2102475--2102512	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2103719--2103753	17	2.1	17	88	0	52	37	5	11	45	1.64
2106927--2106963	2	19.0	2	91	5	58	54	0	0	45	1.00
2109654--2109697	23	2.0	23	86	4	63	29	2	0	68	1.02
2109647--2109698	23	2.3	23	80	6	61	30	1	0	67	1.02
2110040--2110070	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2111474--2111532	23	2.5	24	81	13	68	54	1	5	38	1.33
2111875--2112078	101	2.0	101	93	1	347	41	5	4	48	1.46
2112308--2112376	32	2.1	33	84	7	88	56	0	0	43	0.99
2112352--2112417	27	2.4	27	82	7	71	60	0	0	39	0.97
2112321--2112415	24	3.8	25	72	16	72	60	0	0	40	0.97
2112373--2112410	20	2.0	20	84	5	51	57	0	0	42	0.98
2113087--2113141	18	3.1	18	75	12	60	54	0	3	41	1.18
2116319--2116344	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2116582--2116613	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2117779--2117804	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
2118061--2118091	6	5.2	6	96	0	53	45	3	0	51	1.17
2118908--2118943	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2118948--2118985	19	2.0	19	94	0	67	21	13	36	28	1.91
2119175--2119330	50	3.1	50	83	0	195	32	17	19	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123714--2123912	50	4.0	50	83	5	217	34	17	16	31	1.92
2123735--2123884	48	3.1	48	87	1	201	33	18	16	31	1.94
2129383--2129451	21	3.3	21	64	8	59	27	13	27	31	1.93
2129379--2129478	42	2.4	42	100	0	200	27	13	26	34	1.93
2129404--2129472	21	3.3	21	64	8	59	24	8	28	37	1.85
2136021--2136061	20	2.1	20	82	13	50	56	9	14	19	1.66
2144012--2144036	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2144229--2144269	21	2.0	21	85	0	55	43	7	2	46	1.44
2146406--2146557	46	3.3	45	72	12	137	45	2	1	50	1.27
2146395--2146569	94	1.9	92	89	2	269	46	2	2	48	1.29
2148468--2148510	22	2.0	22	100	0	86	13	18	23	44	1.86
2155775--2155810	9	4.1	9	89	7	56	0	11	0	88	0.50
2155774--2155810	13	2.8	14	84	12	51	0	13	0	86	0.57
2155775--2155810	16	2.2	17	90	5	56	0	11	0	88	0.50
2155775--2155810	17	2.1	17	89	0	54	0	11	0	88	0.50
2159742--2159801	29	2.1	29	81	9	70	26	6	5	61	1.42
2164391--2164426	17	2.2	17	90	9	58	33	0	2	63	1.08
2165203--2165240	20	1.9	20	88	0	58	10	18	15	55	1.68
2176403--2176460	18	3.2	18	100	0	116	32	22	12	32	1.91
2187835--2187896	16	3.9	16	77	12	56	37	0	20	41	1.53
2187918--2187967	15	3.5	15	78	10	52	56	0	2	42	1.11
2188035--2188076	21	2.0	20	86	4	57	40	0	4	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188084--2188128	16	2.8	17	86	10	67	57	0	6	35	1.25
2188073--2188141	16	4.3	15	80	10	66	53	0	5	40	1.25
2188084--2188145	32	1.9	32	84	12	83	56	0	4	38	1.21
2188880--2188922	3	14.3	3	100	0	86	0	34	0	65	0.93
2189669--2189706	20	1.9	20	88	0	58	2	18	13	65	1.37
2190195--2190228	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2191707--2191776	29	2.4	28	80	13	79	60	0	0	40	0.97
2191698--2191786	31	2.9	30	75	15	85	56	0	0	43	0.99
2194464--2194508	23	2.0	23	82	8	56	48	8	4	37	1.55
2196040--2196080	15	2.6	16	85	14	50	60	0	0	39	0.96
2197180--2197220	17	2.4	18	80	12	50	36	0	0	63	0.95
2197334--2197371	18	2.0	20	90	10	62	36	0	2	60	1.11
2198795--2198827	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
2199203--2199256	28	1.9	28	92	0	90	51	12	11	24	1.72
2199591--2199638	24	2.0	24	84	8	62	47	0	0	52	1.00
2212498--2212535	15	2.5	16	79	12	53	50	0	0	50	1.00
2213220--2213266	16	3.1	16	82	17	64	42	0	0	57	0.98
2213231--2213266	7	4.9	7	87	12	54	41	0	0	58	0.98
2215001--2215046	20	2.3	20	88	0	65	32	0	0	67	0.91
2215090--2215133	18	2.5	17	82	17	54	52	6	0	40	1.28
2216415--2216447	6	5.5	6	100	0	66	15	0	0	84	0.61
2217058--2217118	32	1.9	32	90	3	97	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217082--2217141	20	2.9	21	80	14	72	46	0	0	53	1.00
2217086--2217131	23	2.0	23	87	8	67	47	0	0	52	1.00
2217123--2217177	20	2.8	21	76	20	64	58	0	0	41	0.98
2217143--2217181	15	2.6	15	83	0	51	64	0	0	35	0.94
2218240--2218301	9	6.7	9	74	20	56	43	1	0	54	1.09
2218240--2218301	17	3.4	17	75	22	54	43	1	0	54	1.09
2218240--2218308	19	3.6	18	77	16	59	42	1	1	55	1.18
2219598--2219633	18	2.1	18	89	5	56	41	0	8	50	1.33
2226439--2226514	33	2.3	33	100	0	152	39	18	22	19	1.92
2230399--2230430	14	2.3	14	100	0	64	50	15	6	28	1.68
2233351--2233389	20	1.9	20	89	5	60	41	0	0	58	0.98
2240736--2240785	24	2.1	24	92	0	82	36	28	14	22	1.92
2251349--2251401	27	2.0	27	96	0	97	47	16	24	11	1.80
2251607--2251655	15	3.0	17	72	22	59	55	0	0	44	0.99
2251595--2251640	24	1.9	24	91	8	76	56	0	0	43	0.99
2251599--2251646	25	1.9	25	87	8	71	58	0	0	41	0.98
2255107--2255139	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
2269254--2269333	32	2.5	32	82	8	83	42	2	3	51	1.33
2269665--2269704	17	2.4	17	86	0	62	30	0	0	70	0.88
2270197--2270230	12	2.7	13	86	4	52	55	0	0	44	0.99
2285101--2285133	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
2285622--2285667	9	4.9	10	78	10	53	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285639--2285694	26	2.2	25	83	3	67	41	0	0	58	0.98
2289051--2289394	187	1.8	186	96	0	634	33	20	18	27	1.96
2297369--2297395	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2298214--2298280	26	2.5	28	85	7	93	34	2	2	59	1.28
2298214--2298289	26	2.8	28	78	13	86	39	2	2	55	1.28
2300604--2300640	17	2.2	17	90	9	58	0	10	2	86	0.67
2300606--2300632	11	2.5	11	100	0	54	0	7	0	92	0.38
2303647--2303677	3	10.3	3	100	0	62	64	0	35	0	0.94
2309848--2309934	18	4.9	17	68	17	52	41	1	0	57	1.06
2309925--2309976	19	2.9	18	75	16	54	40	3	0	55	1.18
2311156--2311199	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2312078--2312102	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2313946--2313993	23	2.3	22	86	13	66	54	0	0	45	0.99
2313946--2313993	19	2.3	20	82	17	62	54	0	0	45	0.99
2321676--2321720	16	2.8	16	86	10	56	40	0	0	60	0.97
2321676--2321710	8	4.4	8	89	10	54	40	0	0	60	0.97
2321676--2321721	25	1.9	23	82	8	56	39	0	0	60	0.97
2323827--2323873	21	2.2	22	84	3	60	44	4	0	51	1.21
2324163--2324207	14	3.1	14	78	15	56	46	2	0	51	1.13
2324419--2324470	26	2.0	26	85	7	70	57	5	15	21	1.58
2324840--2324882	21	2.0	21	86	8	61	46	0	0	53	1.00
2325377--2325422	23	2.1	21	88	11	67	60	0	2	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326811--2326850	3	13.3	3	94	0	62	62	5	32	0	1.17
2332001--2332050	26	1.9	26	84	8	66	46	6	0	48	1.27
2332089--2332130	21	2.0	21	90	9	68	28	11	2	57	1.47
2333108--2333133	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
2337361--2337395	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2342080--2342180	25	3.8	26	76	14	84	48	3	0	47	1.20
2342101--2342168	28	2.6	25	77	11	75	50	2	0	47	1.16
2342135--2342177	21	2.0	23	86	9	63	51	0	0	48	1.00
2345575--2345611	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2350100--2350182	40	2.1	40	97	0	157	37	7	2	53	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15