genome.fa.s256.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold256
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1244454

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1437	476	3.0	476	88	1	2004	34	14	19	31	1.92
1170--1708	271	2.0	270	86	4	744	34	15	18	31	1.93
687--2184	747	2.0	748	89	1	2274	34	15	19	31	1.92
1471--5175	476	7.8	476	90	1	5668	34	14	19	30	1.92
5197--11725	476	13.8	476	90	1	9897	34	14	19	30	1.92
6826--8419	158	10.1	155	65	15	384	34	14	19	30	1.92
13337--13408	12	6.5	11	75	22	62	41	0	44	13	1.44
13327--13445	42	2.8	42	93	0	193	44	0	43	10	1.45
13326--13469	42	3.5	41	84	7	166	47	0	42	9	1.41
18385--42507	476	50.9	476	87	2	33305	35	14	19	30	1.92
18385--66362	951	50.0	949	78	8	33658	35	14	19	30	1.92
41637--43380	869	2.0	868	92	1	2933	35	14	19	31	1.91
43056--48481	476	11.4	476	88	1	7586	35	14	19	30	1.91
48103--48855	374	2.0	374	87	1	1096	36	13	18	31	1.90
48478--49658	476	2.5	476	87	2	1671	34	14	19	31	1.92
52907--52958	19	2.8	19	91	2	88	38	17	11	32	1.85
52910--52975	19	3.5	19	85	2	71	37	16	12	33	1.86
53224--61188	476	16.8	475	88	2	11192	35	14	19	30	1.92
61192--66366	476	10.9	476	87	1	7034	35	14	19	30	1.92
67077--67205	52	2.5	52	90	0	186	27	18	17	36	1.93
67110--67226	52	2.3	49	81	12	144	29	18	17	33	1.95
67251--67318	31	2.2	32	86	2	93	36	16	10	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67290--67331	19	2.2	19	91	0	66	30	16	11	40	1.85
67290--67338	19	2.6	18	84	12	62	34	16	12	36	1.86
67586--69346	476	3.7	475	89	1	2627	35	13	19	30	1.91
70961--71831	49	18.7	49	73	12	624	32	18	24	24	1.97
70961--71182	101	2.2	101	90	1	338	33	17	26	22	1.96
71143--71221	39	2.0	39	87	0	113	25	16	25	32	1.96
71046--71831	136	5.7	136	88	2	1067	32	18	24	24	1.97
71279--71357	39	2.0	39	90	0	122	29	20	22	27	1.98
71415--71493	39	2.0	39	92	0	131	26	20	24	29	1.99
71638--71820	92	2.0	92	93	2	314	33	18	24	24	1.97
71893--71946	27	2.0	27	100	0	108	25	14	37	22	1.93
71913--72075	66	2.4	69	84	3	224	34	11	33	19	1.88
72063--72217	33	4.8	33	80	10	124	34	12	30	22	1.91
72045--72217	64	2.7	65	81	10	196	35	12	31	20	1.90
71882--72217	34	10.4	33	74	11	187	35	12	32	20	1.89
72062--72211	31	4.7	31	79	10	135	34	12	30	22	1.91
80489--80513	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80849--96499	476	32.9	476	88	1	22002	35	14	19	30	1.92
97970--98013	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
99818--99843	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
101922--101952	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
103756--103800	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107854--107974	52	2.3	52	95	0	215	28	19	18	34	1.95
108071--108095	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
108049--108115	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
108829--109583	49	15.2	52	73	15	335	33	16	25	24	1.96
109125--109592	49	9.9	49	83	8	603	31	18	25	24	1.97
109078--109593	92	5.5	92	94	3	861	31	18	25	24	1.97
109663--110390	33	21.8	34	77	14	664	32	13	33	20	1.91
109663--110362	71	10.4	70	86	7	728	32	12	33	20	1.91
109663--110423	34	22.8	33	79	13	683	32	13	32	20	1.91
110054--110362	62	4.9	62	88	5	419	31	13	33	21	1.92
110148--110331	28	6.2	28	71	15	120	31	13	33	21	1.92
109909--110448	123	4.2	122	75	14	432	31	14	32	21	1.93
110370--110483	59	1.9	60	91	5	187	28	18	27	26	1.98
110370--110480	31	3.7	31	89	8	167	26	18	27	27	1.98
111481--111521	15	2.9	14	80	20	50	0	7	7	85	0.75
111483--111515	16	1.9	17	88	11	50	0	9	6	84	0.76
111488--111531	19	2.2	20	88	4	63	0	6	6	86	0.71
111483--111531	19	2.6	18	81	9	53	0	8	8	83	0.81
111488--111533	20	2.3	20	81	7	58	0	6	8	84	0.77
118727--118847	52	2.3	52	95	0	215	28	19	18	34	1.95
118944--118968	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
118922--118988	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120539--120564	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
120947--126879	476	12.5	476	86	2	7918	34	14	19	30	1.92
120947--126879	953	6.3	952	87	2	8074	34	14	19	30	1.92
120947--145790	951	25.8	950	79	8	19153	34	15	19	30	1.93
129192--145790	476	34.9	475	84	3	20112	34	14	19	30	1.93
131352--131438	43	2.0	43	100	0	174	34	18	21	25	1.96
150792--150852	9	6.1	9	80	14	59	13	44	1	40	1.53
150797--150872	12	6.9	11	81	15	79	13	47	1	38	1.51
150766--150882	42	2.8	42	93	0	189	11	45	0	41	1.47
151618--151671	28	1.9	28	85	7	74	3	18	5	72	1.20
152503--160900	476	17.7	476	88	1	11846	34	14	19	31	1.92
160595--161197	307	2.0	307	88	3	892	36	15	17	30	1.91
161194--173165	476	25.2	475	87	2	15590	34	14	19	30	1.92
161194--173165	951	12.6	952	86	2	15827	34	14	19	30	1.92
173049--173281	116	2.0	116	100	0	466	30	13	21	33	1.92
172579--174300	592	2.9	590	86	2	2415	34	14	19	31	1.92
173689--183842	476	21.3	476	88	1	13700	35	14	19	30	1.92
173743--183842	951	10.6	952	88	1	13860	35	14	19	30	1.92
186456--186500	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
188303--188341	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
190412--190437	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
190558--190603	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191384--193744	476	5.0	474	82	3	2885	35	14	18	31	1.91
199002--199055	20	2.7	20	85	5	74	31	20	14	33	1.93
199084--199139	19	2.9	19	81	10	69	41	14	14	30	1.85
202966--203107	72	2.0	72	94	0	248	26	9	13	50	1.71
203897--203936	11	3.6	12	86	10	50	80	0	20	0	0.72
204764--204826	29	2.1	30	82	2	74	49	3	14	33	1.59
205567--206212	155	4.2	155	81	1	706	24	16	18	40	1.91
205538--206226	310	2.2	309	82	4	859	25	15	18	40	1.90
208601--208674	21	3.6	20	85	7	78	40	12	16	31	1.85
208709--208851	52	2.8	52	84	2	173	30	15	11	41	1.83
210475--210514	21	1.9	21	85	10	55	42	10	0	47	1.37
216185--216219	11	3.3	10	88	11	52	2	8	2	85	0.79
218321--218635	164	1.9	165	83	5	406	28	10	7	53	1.63
218319--218683	164	2.2	163	81	6	405	29	10	8	50	1.67
218321--218729	164	2.5	163	78	8	368	29	10	8	50	1.67
218751--218798	18	2.6	18	80	9	53	31	2	6	60	1.33
219126--219169	21	2.1	21	84	16	56	68	2	20	9	1.28
222242--222370	52	2.5	52	93	0	222	28	17	17	36	1.93
222448--222533	32	2.7	32	92	0	145	37	15	12	34	1.85
222475--222531	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
223345--223778	49	8.9	49	83	3	507	32	15	24	26	1.96
223345--223776	146	3.0	146	93	0	704	33	15	24	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223796--224141	49	7.0	49	76	8	292	33	16	25	25	1.96
223796--224141	98	3.5	97	78	10	346	33	16	25	25	1.96
224143--224197	28	2.0	28	81	0	65	20	20	25	34	1.96
224146--224222	30	2.7	29	85	4	93	18	19	28	33	1.95
224196--224309	34	3.4	34	85	6	142	36	14	31	17	1.89
224195--224304	35	3.2	34	87	5	150	37	12	32	17	1.87
224405--224490	29	3.0	29	71	8	86	24	15	30	30	1.95
225925--226000	4	20.2	4	84	12	74	0	1	15	82	0.73
225933--225996	32	2.0	33	93	3	112	0	1	14	84	0.70
225923--225998	36	2.1	36	90	4	118	0	1	14	84	0.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8