genome.fa.s256.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold256
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1244454

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  5  of  8  ( 886 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721821--721883	19	3.6	19	70	24	66	36	17	11	34	1.85
721808--721883	32	2.4	32	93	0	125	35	17	13	34	1.88
727290--727353	33	2.0	33	87	3	94	39	14	14	32	1.85
730269--730294	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
730249--730312	32	2.0	33	87	3	94	28	12	15	43	1.83
732370--732412	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
732771--732808	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
734882--734912	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
738961--738986	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
738941--739004	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
739480--739510	16	1.9	16	93	0	53	41	16	19	22	1.89
740111--740185	20	3.8	20	77	10	82	32	14	13	40	1.85
748585--748641	30	1.9	30	82	7	71	26	26	14	33	1.94
748622--748930	66	4.7	66	80	5	322	25	28	10	35	1.89
748612--749043	99	4.3	100	78	9	325	24	28	11	36	1.89
748675--749141	165	2.8	165	86	4	599	23	28	11	36	1.90
748656--749155	66	7.6	66	78	7	365	24	28	11	36	1.90
748612--749155	98	5.5	99	75	11	337	24	27	11	36	1.90
748656--749145	231	2.1	232	85	3	677	23	28	11	36	1.90
748612--749155	132	4.1	132	81	7	527	24	27	11	36	1.90
749150--749233	28	3.0	28	83	0	105	32	22	15	29	1.95
749223--749377	32	4.8	33	79	9	160	29	31	18	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750701--750792	19	4.7	19	90	5	123	27	15	18	39	1.90
750701--750792	39	2.3	40	87	7	127	27	15	18	39	1.90
750822--750874	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
755292--755343	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
755781--755847	37	1.9	35	88	11	102	34	11	23	29	1.91
760372--760397	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
760354--760417	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
760855--760921	37	1.9	35	88	11	102	34	11	23	29	1.91
763271--763296	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
763251--763314	32	2.0	33	93	3	112	29	14	15	40	1.86
766945--766995	20	2.6	20	81	3	59	31	15	17	35	1.92
767040--767070	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
771046--771087	21	2.0	21	85	0	57	30	14	16	38	1.89
771123--771190	19	3.9	19	78	21	76	35	11	16	36	1.85
771144--771168	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
771125--771187	32	2.0	32	93	0	108	34	12	17	34	1.88
771230--771255	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
771210--771276	33	2.0	33	85	0	89	25	13	17	43	1.86
773681--773753	27	2.7	27	86	2	92	23	32	21	21	1.98
773736--773906	52	3.3	51	78	7	166	29	25	12	32	1.92
773889--773965	28	2.8	28	86	4	93	23	31	19	25	1.98
787417--788323	55	16.3	55	79	13	907	27	29	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787411--788323	116	8.2	110	80	12	949	27	29	20	22	1.99
787417--788303	171	5.3	167	81	12	968	27	29	20	22	1.98
788167--788249	27	3.0	28	64	22	75	28	31	20	19	1.97
790194--790219	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
790174--790240	33	2.0	33	85	0	89	25	13	17	43	1.86
792623--792695	27	2.7	27	86	2	92	23	32	21	21	1.98
792678--792847	52	3.3	52	77	8	161	28	26	12	31	1.93
792835--792901	28	2.4	28	84	0	80	23	32	19	23	1.97
799385--799418	17	2.0	17	88	0	50	50	17	26	5	1.69
806095--806784	55	12.3	55	87	5	911	28	28	20	23	1.99
806180--806267	29	3.1	29	61	26	71	26	35	19	19	1.95
806197--806286	26	3.3	26	69	19	85	28	34	17	18	1.94
806121--806785	171	3.9	171	90	3	1015	27	28	20	23	1.99
806508--806593	27	3.1	27	62	15	68	27	24	19	27	1.99
808579--808646	19	3.9	19	78	21	76	35	11	16	36	1.85
808581--808643	32	2.0	32	93	0	108	34	12	17	34	1.88
808600--808624	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
808666--808728	33	1.9	33	86	0	90	25	12	17	44	1.84
811192--811362	52	3.3	52	77	10	163	28	26	12	32	1.93
811345--811421	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
815520--816129	334	1.8	333	85	1	862	24	23	26	26	2.00
816944--816989	20	2.2	21	92	3	76	34	19	6	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817797--817856	19	3.5	19	74	25	78	30	11	20	38	1.88
817783--817867	32	2.7	32	94	0	152	30	14	18	36	1.91
817783--817841	13	4.1	13	73	23	55	32	13	16	37	1.88
817912--817937	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
828107--828174	19	3.9	19	78	21	76	35	11	16	36	1.85
828109--828171	32	2.0	32	93	0	108	34	12	17	34	1.88
828128--828152	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
828194--828256	33	1.9	33	86	0	90	25	12	17	44	1.84
830720--830890	52	3.3	52	79	8	170	28	26	12	32	1.93
830873--830949	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
833371--833583	97	2.2	96	79	6	216	34	10	23	30	1.89
835049--835658	334	1.8	333	85	1	871	24	23	26	26	2.00
836474--836519	20	2.2	21	92	3	76	34	19	6	39	1.78
837328--837387	19	3.5	19	74	25	78	30	11	20	38	1.88
837314--837398	32	2.7	32	94	0	152	30	14	18	36	1.91
837314--837372	13	4.1	13	73	23	55	32	13	16	37	1.88
837443--837468	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
843729--843884	71	2.2	71	90	0	240	39	12	14	33	1.84
844598--844801	49	4.3	47	79	11	197	32	17	26	23	1.96
844646--844801	45	3.4	45	80	6	204	32	18	25	23	1.97
844621--844802	94	1.9	94	95	0	328	32	17	26	23	1.96
844866--845357	30	16.6	28	80	8	410	23	16	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844853--845333	121	4.1	116	82	6	488	23	17	28	29	1.97
845362--845435	26	2.8	26	78	8	87	36	16	13	33	1.88
845362--845435	13	5.6	13	73	13	62	36	16	13	33	1.88
849212--849739	153	3.4	157	79	8	531	40	15	10	33	1.82
850764--850819	5	11.0	5	78	3	58	1	21	1	75	0.99
850981--851067	30	2.9	29	80	11	113	14	13	17	54	1.72
851196--851312	54	2.2	52	89	4	189	23	22	13	41	1.89
851434--851581	52	2.8	52	87	0	233	39	18	17	23	1.92
852264--853174	42	21.6	42	74	7	328	42	13	24	19	1.87
852306--853140	84	9.9	84	72	8	439	42	12	25	19	1.87
852768--853157	168	2.3	168	83	5	484	43	12	24	18	1.86
852271--853060	294	2.7	293	78	4	822	42	13	24	19	1.87
852480--853178	294	2.4	294	79	4	694	42	12	24	20	1.86
853159--853191	17	1.9	17	100	0	66	45	12	12	30	1.78
853174--853481	42	7.3	42	76	5	194	43	13	22	20	1.86
854123--854173	19	2.6	19	78	9	50	35	1	5	56	1.35
857163--857216	20	2.7	20	91	0	81	35	20	14	29	1.93
857831--857876	22	2.2	22	84	7	60	34	19	4	41	1.71
863375--863413	22	1.9	20	85	15	53	41	10	5	43	1.61
863535--863559	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
863549--863601	20	2.7	20	85	2	72	33	15	16	33	1.90
863548--863598	19	2.6	19	84	3	66	33	15	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865168--865210	17	2.5	17	88	3	59	48	6	0	44	1.29
867025--867078	20	2.7	20	91	5	83	25	16	14	42	1.87
869416--869535	51	2.4	51	87	2	179	30	26	13	30	1.94
869519--869591	28	2.6	28	88	0	101	19	32	23	24	1.97
869543--869804	79	3.3	78	78	6	251	25	25	17	31	1.97
875310--875365	27	2.1	27	89	0	85	26	16	32	25	1.96
876820--877640	28	28.1	28	80	8	651	23	16	29	30	1.96
876820--877640	60	14.0	56	80	8	647	23	16	29	30	1.96
876871--877640	88	8.8	84	80	7	691	22	16	30	30	1.96
878865--878945	15	5.4	14	80	11	90	1	1	13	83	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8