genome.fa.s265.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold265
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  864291

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  2  of  6  ( 713 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145354--145404	22	2.4	21	87	9	68	58	0	0	41	0.98
146055--146100	6	7.7	6	80	9	58	65	0	0	34	0.93
146065--146097	17	1.9	17	100	0	66	60	0	0	39	0.97
146683--146721	2	19.5	2	100	0	78	48	0	51	0	1.00
147552--147587	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
148369--148412	2	22.0	2	85	0	61	47	2	0	50	1.13
148951--149033	41	2.0	41	81	9	98	43	1	0	55	1.07
149667--149705	20	2.0	20	85	14	55	43	0	2	53	1.14
152985--153059	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
152982--153059	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
153586--154037	32	14.1	32	90	3	689	17	17	32	31	1.94
154037--155402	82	16.7	79	89	3	1778	28	14	33	23	1.93
154037--155402	27	50.0	27	90	1	2048	28	14	33	23	1.93
156430--156454	9	2.8	9	100	0	50	0	0	16	84	0.63
156740--156786	24	2.0	24	86	0	67	4	12	10	72	1.25
162903--162957	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
163872--163946	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
163869--163946	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
164311--164347	2	19.0	2	88	5	58	51	0	0	48	1.00
168065--168107	21	2.0	21	100	0	86	32	13	39	13	1.85
174420--174489	20	3.8	20	71	24	64	30	15	11	42	1.82
174456--174509	20	2.7	20	88	5	74	29	16	12	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176807--176944	51	2.7	51	83	5	172	30	26	9	34	1.88
176796--176972	51	3.5	50	76	11	164	29	25	10	33	1.89
176909--177198	79	3.7	77	83	6	327	30	24	13	32	1.93
177113--177441	158	2.1	158	80	5	362	29	23	13	33	1.92
177268--177605	130	2.6	127	75	8	331	28	24	13	34	1.93
188044--188073	15	2.0	15	100	0	60	20	20	13	46	1.83
188688--188720	6	5.5	6	96	0	57	18	3	36	42	1.66
189255--189300	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
191327--191372	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
195108--195141	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
197671--197778	47	2.3	46	87	6	148	62	12	4	21	1.48
198099--198131	15	2.2	15	100	0	66	57	6	0	36	1.23
198839--199094	50	5.1	50	91	0	413	30	20	19	30	1.97
203481--203641	50	3.2	50	85	3	225	32	18	18	30	1.95
203887--203958	34	2.1	34	97	0	135	44	23	13	18	1.85
204167--204214	21	2.3	21	78	7	53	37	0	4	58	1.18
204485--204529	3	15.0	3	90	9	74	31	2	0	66	1.04
204701--204751	22	2.4	21	87	9	68	58	0	0	41	0.98
205407--205439	17	1.9	17	100	0	66	54	6	3	36	1.41
208879--208914	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
209510--209540	16	1.9	16	93	0	53	45	0	3	51	1.17
209614--209640	12	2.2	12	100	0	54	77	0	7	14	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209764--209793	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
210587--210618	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
211029--211079	19	2.6	20	87	3	68	27	17	15	39	1.90
211111--211163	20	2.7	20	91	5	81	35	13	18	32	1.90
217405--217460	21	2.7	21	78	13	62	28	21	0	50	1.49
219172--219228	18	2.9	18	76	18	60	38	3	28	29	1.73
219159--219226	22	3.3	21	74	17	70	33	4	25	36	1.76
219801--219827	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
219813--219865	19	2.7	20	88	8	74	32	15	16	35	1.90
219899--219964	33	2.0	33	88	5	98	34	12	18	34	1.88
221120--221200	41	2.0	41	81	11	96	43	0	0	56	0.99
221888--221926	20	2.0	19	85	5	51	48	0	0	51	1.00
223065--223093	15	1.9	15	100	0	58	27	0	3	68	1.05
223661--223693	12	2.8	12	95	0	57	45	0	3	51	1.16
228963--229011	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
231498--231523	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
235258--235307	19	2.5	20	83	6	66	36	4	14	46	1.63
240132--240176	21	2.1	21	100	0	90	40	15	4	40	1.67
240944--240983	21	1.9	21	90	10	64	37	0	0	62	0.95
240970--241010	21	1.9	22	85	14	59	51	0	0	48	1.00
242044--242085	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
242199--242276	40	2.0	40	100	0	156	34	14	15	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257124--257154	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
259443--259479	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
264120--264165	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
266042--266130	24	3.6	24	72	6	79	26	6	20	46	1.75
267245--267304	18	3.3	17	77	13	57	78	11	3	6	1.06
268853--268926	36	2.1	36	97	0	139	36	14	28	20	1.92
273643--273716	24	3.0	23	78	5	67	21	5	24	48	1.71
274552--274582	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
280272--280382	56	2.0	56	83	0	141	30	27	16	25	1.96
280278--280394	56	2.1	56	81	0	135	30	29	16	23	1.96
280410--281996	31	52.2	31	76	8	826	30	27	16	25	1.97
280410--281982	92	17.2	93	75	10	819	30	27	16	25	1.97
280410--281996	123	13.0	122	74	11	837	30	27	16	25	1.97
280410--281468	61	17.3	60	74	10	400	30	27	16	26	1.97
281454--281786	28	11.6	28	79	8	262	29	28	17	24	1.97
281377--281817	57	7.6	56	75	10	298	29	29	17	22	1.97
281681--281993	32	10.1	31	76	8	221	30	28	16	24	1.97
281714--282000	63	4.6	63	80	6	262	31	28	16	23	1.96
281731--281961	96	2.4	95	84	5	297	30	28	17	23	1.97
282113--282357	61	4.0	60	77	8	226	23	23	13	39	1.90
282185--282386	62	3.3	59	75	15	162	24	22	14	38	1.92
283628--283682	15	3.4	16	80	14	60	70	0	29	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283632--283685	6	8.3	6	82	10	54	74	0	25	0	0.83
283628--283684	21	3.0	18	79	18	62	71	0	28	0	0.86
284527--284555	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
292349--292446	49	2.0	49	100	0	196	46	14	8	30	1.73
294454--294489	15	2.4	15	90	9	56	41	0	2	55	1.14
294492--294529	6	6.5	6	81	6	51	44	0	2	52	1.14
294488--294529	18	2.3	19	84	12	61	47	0	2	50	1.14
294745--294821	27	2.9	26	79	12	68	67	9	1	22	1.26
295413--295470	23	2.4	22	80	13	53	46	1	6	44	1.40
295723--295782	29	2.1	29	90	3	95	65	3	6	25	1.33
296938--297012	27	2.7	27	79	2	87	44	20	10	25	1.83
301505--301568	27	2.3	28	83	2	76	42	18	10	28	1.84
304520--304544	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
304501--304567	33	2.0	33	85	5	91	38	13	17	29	1.88
304585--304642	13	4.0	13	74	23	53	32	15	15	36	1.89
304599--304661	19	3.7	18	74	25	73	36	15	12	34	1.86
304586--304663	32	2.4	32	95	0	138	34	15	14	35	1.87
305325--305995	49	14.0	49	75	9	555	30	17	26	26	1.97
305661--305738	39	2.0	39	89	0	120	25	21	24	28	1.99
305981--306114	34	4.1	32	83	4	160	36	14	31	17	1.90
305989--306114	68	1.9	66	86	3	180	34	14	32	19	1.91
306130--306486	30	11.3	33	80	8	361	33	14	28	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306130--306486	159	2.3	156	85	3	450	33	14	28	23	1.94
306143--306486	63	5.5	64	82	7	370	33	14	29	22	1.94
314724--314798	20	3.8	20	92	3	116	37	12	17	33	1.86
315319--315355	15	2.5	15	90	0	56	35	0	8	56	1.29
317137--317208	27	2.7	27	80	0	81	25	6	19	48	1.73
319484--319543	20	3.0	20	77	2	66	31	18	11	38	1.87
319504--319639	51	2.7	51	90	2	211	31	16	13	38	1.87
321274--321302	10	2.7	11	94	5	51	34	10	0	55	1.34
323978--324845	287	3.0	286	94	1	1522	32	19	22	26	1.97
331889--331913	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6