genome.fa.s269.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold269
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1389591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
679--733	20	2.8	19	88	5	74	41	16	12	29	1.85
805--830	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
786--851	33	2.0	34	87	3	98	42	16	13	27	1.86
2034--2078	21	2.1	21	84	8	56	33	0	11	55	1.35
2045--2084	21	2.0	21	85	5	55	30	2	10	57	1.45
2009--2130	60	2.0	60	81	6	140	36	2	10	50	1.50
2296--2343	19	2.5	20	83	6	64	35	4	14	45	1.64
2302--2345	20	2.1	21	83	8	54	36	4	11	47	1.60
2452--2492	19	2.1	19	86	4	55	46	2	4	46	1.37
3073--3102	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
4838--4890	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
6265--6330	21	3.3	21	72	18	61	57	1	6	34	1.33
6533--6591	29	2.0	29	83	6	75	52	0	1	45	1.10
8335--8378	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
10185--10223	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
10209--10288	20	3.8	20	76	15	79	42	12	15	30	1.83
16407--16432	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
19861--19903	23	1.9	23	85	4	61	41	0	9	48	1.35
32755--32805	19	2.5	20	82	14	61	76	3	1	17	1.03
32755--32821	15	3.8	17	73	22	57	76	2	1	19	1.00
32755--32819	21	3.2	21	78	8	64	76	3	1	18	0.99
32753--32821	28	2.5	26	74	6	66	75	2	1	20	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33192--33224	8	4.1	8	92	0	57	42	12	33	12	1.79
35572--35760	96	2.0	95	90	1	297	28	24	13	33	1.93
35694--35825	70	1.9	70	93	0	228	31	17	10	40	1.84
35582--35963	166	2.3	165	85	2	525	29	22	11	36	1.90
35844--36002	69	2.3	69	93	2	268	27	21	12	38	1.89
39116--39194	23	3.3	23	70	7	68	81	6	10	2	0.97
39164--39198	18	2.0	18	88	5	54	82	5	8	2	0.91
39446--39481	16	2.2	16	90	0	54	86	2	8	2	0.77
40503--41021	28	18.5	28	80	6	516	30	30	16	21	1.96
40503--41028	56	9.4	56	81	4	585	30	30	17	21	1.96
40503--41220	112	6.4	111	78	6	639	30	29	17	23	1.97
41103--41172	29	2.4	29	90	0	104	27	20	21	31	1.98
41166--41220	27	2.0	27	89	6	85	30	25	23	20	1.98
43043--43068	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
47563--47588	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
47543--47606	32	2.0	32	90	9	103	28	15	15	40	1.88
47637--47713	20	3.8	20	79	8	75	28	16	14	40	1.88
48301--48360	30	2.0	30	100	0	120	33	33	3	30	1.74
50194--50232	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
55807--55832	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
55787--55850	32	2.0	32	90	9	103	28	15	15	40	1.88
57281--57335	20	2.8	20	83	10	76	38	14	7	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57397--57444	20	2.5	20	82	3	62	41	14	12	31	1.83
59192--59239	20	2.4	20	92	0	78	27	14	12	45	1.81
61558--61902	130	2.7	131	85	3	457	31	25	10	33	1.89
61813--62027	79	2.7	79	80	5	220	30	24	10	34	1.89
69255--69405	61	2.5	61	87	1	203	23	25	20	29	1.99
69411--69566	45	3.5	45	76	16	164	19	25	10	44	1.82
69380--69585	86	2.4	84	83	6	279	18	24	12	44	1.85
69550--69755	61	3.4	62	89	4	319	25	26	20	28	1.99
69581--69975	216	1.8	218	91	2	661	25	27	20	27	1.99
69798--70253	61	7.5	60	86	3	592	25	25	19	28	1.99
69798--70253	121	3.7	121	83	5	587	25	25	19	28	1.99
69798--70273	182	2.6	184	86	4	658	25	26	19	28	1.99
70857--70986	70	1.9	69	86	1	188	29	16	14	40	1.88
70908--70961	20	2.7	20	88	0	81	31	14	11	42	1.81
73237--73644	131	3.1	131	87	2	588	28	24	13	33	1.93
73500--73723	79	2.8	78	80	8	213	29	24	14	32	1.94
82787--82900	54	2.1	54	95	0	201	32	20	25	21	1.98
83052--83224	86	2.0	86	96	0	319	19	26	18	35	1.95
87449--87897	27	16.4	27	83	4	508	25	30	14	29	1.94
87449--87897	83	5.5	81	88	4	562	25	30	14	29	1.94
87453--87897	110	4.1	109	83	4	538	25	30	14	29	1.95
87832--88679	28	29.2	28	79	8	675	30	28	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87450--87897	137	3.3	134	81	7	524	25	30	14	29	1.94
87917--88380	32	15.5	32	77	10	341	31	28	17	21	1.97
87873--88683	238	3.5	235	80	7	787	30	27	17	23	1.97
87873--88679	143	5.5	143	76	11	516	30	28	17	23	1.97
88995--89019	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
89006--89157	82	1.9	82	95	0	277	31	17	20	30	1.95
89181--89248	33	2.1	33	89	8	104	33	16	16	33	1.91
97505--97529	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
97516--97715	93	2.2	93	92	0	328	30	17	20	32	1.95
97722--97747	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
97702--97769	33	2.1	32	89	8	102	35	16	14	33	1.89
98508--98680	32	5.6	32	82	6	155	32	30	17	19	1.95
98609--98693	28	3.0	28	89	5	127	29	31	17	21	1.96
99611--99685	20	3.8	20	83	3	89	38	10	13	37	1.79
99591--99688	20	4.9	20	81	5	83	35	13	11	39	1.80
103387--103426	13	3.1	13	81	0	53	40	15	15	30	1.87
110862--110901	18	2.2	18	86	0	53	37	15	22	25	1.93
119283--119316	13	2.6	13	100	0	68	23	14	20	41	1.89
123158--123248	42	2.2	42	91	0	146	39	12	12	36	1.80
124454--124479	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127038--127073	13	2.8	13	91	0	54	38	19	16	25	1.92
127059--127137	20	3.7	20	76	15	77	44	13	15	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133228--133253	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133208--133271	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
136863--136899	19	2.0	18	89	5	56	78	0	16	5	0.93
137397--137482	43	2.0	44	81	6	104	53	24	16	5	1.64
139086--139693	155	3.9	154	80	4	557	24	16	20	38	1.93
139086--139671	310	1.9	310	80	5	684	24	16	20	38	1.92
139666--139786	60	2.0	60	96	0	224	26	19	21	33	1.97
139735--140134	202	2.0	202	98	0	782	26	18	17	37	1.93
141732--141891	79	2.0	79	96	0	293	28	27	5	38	1.78
145769--145799	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
147591--147635	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
152433--152483	4	13.0	4	76	19	54	72	1	3	21	1.11
152585--153263	153	4.4	152	78	5	571	39	18	16	25	1.91
152584--153261	305	2.2	308	80	3	733	39	18	16	25	1.91
153325--153393	29	2.4	28	80	7	75	34	20	8	36	1.83
156948--156985	19	2.0	19	89	0	58	13	15	7	63	1.51
159070--159263	81	2.4	80	80	12	204	46	12	19	21	1.83
159206--159296	45	2.1	41	80	9	94	42	17	20	18	1.89
159328--159740	46	9.5	45	72	15	228	42	14	21	21	1.88
159367--159738	127	2.9	127	80	3	435	43	14	20	21	1.88
159229--159611	173	2.2	172	82	3	466	43	15	21	19	1.88
159413--159566	81	1.9	82	88	6	233	43	15	20	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166689--166774	36	2.6	33	74	15	97	32	23	13	30	1.93
167252--167316	24	2.7	24	92	0	103	47	9	18	24	1.77
168134--168392	88	2.9	88	97	0	473	25	33	2	37	1.71
168453--168651	66	3.0	66	89	0	299	33	27	4	35	1.76
169236--169271	18	2.0	18	88	0	54	41	11	19	27	1.85
170497--170537	21	1.9	22	85	5	57	19	21	2	56	1.54
172117--172186	36	2.0	36	85	2	97	27	28	11	32	1.91
172854--172904	24	2.1	24	88	0	75	29	23	7	39	1.83
173454--173478	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
173466--173518	20	2.6	21	76	8	56	39	15	15	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7