genome.fa.s269.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold269
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1389591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
545226--545251	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
545237--545315	20	3.7	20	78	15	77	44	13	15	26	1.84
549155--549199	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
551402--551427	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
551466--551541	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
551486--551559	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
551466--551559	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
551999--552060	30	2.1	30	81	0	70	22	30	14	32	1.94
552063--552287	63	3.6	63	87	3	332	23	26	18	32	1.97
552625--552679	20	2.8	20	91	0	83	36	14	14	34	1.87
561377--561401	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
561360--561427	33	2.1	32	86	10	93	32	13	19	35	1.90
562166--563147	62	15.9	62	80	6	1012	24	24	19	30	1.98
562166--563147	123	7.9	123	80	7	981	24	24	19	30	1.98
563131--564275	42	27.5	42	74	8	736	21	25	11	41	1.87
563131--564275	124	9.2	125	74	11	377	21	25	11	41	1.87
563131--563827	289	2.4	290	95	0	1247	20	24	12	42	1.86
563131--564251	289	3.8	288	84	5	1118	21	25	11	41	1.86
563127--564273	166	6.9	168	76	7	767	21	25	11	41	1.87
564129--564254	41	3.2	38	81	9	130	23	27	8	39	1.84
564852--564987	51	2.7	51	89	3	195	26	18	12	42	1.86
567320--567524	79	2.6	78	83	6	243	28	22	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
567459--567576	51	2.3	51	78	8	132	28	25	11	33	1.91
567512--567760	79	3.2	77	73	12	227	26	23	14	34	1.94
567380--567662	130	2.2	130	79	7	308	28	23	12	36	1.90
567511--567742	78	3.0	79	75	12	212	26	23	14	35	1.93
574166--574205	10	4.2	10	90	9	66	22	22	10	45	1.82
574166--574205	19	2.1	19	100	0	80	22	22	10	45	1.82
574212--574284	34	2.1	33	87	12	101	35	19	9	35	1.84
574757--574823	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
575914--575955	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
577952--577976	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
578832--578934	46	2.2	46	96	0	188	30	3	33	32	1.76
579758--579793	9	3.9	9	85	7	54	22	25	11	41	1.86
580305--580371	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
585416--585607	61	3.3	61	74	12	186	35	14	26	24	1.93
585425--585657	113	2.1	113	85	2	308	35	15	24	24	1.94
585441--586141	52	13.0	52	73	10	399	36	15	23	24	1.93
585766--585942	61	2.9	61	86	0	219	37	14	22	25	1.92
585502--586131	330	1.9	329	82	4	786	36	15	23	24	1.94
585953--586140	103	1.8	103	82	2	243	34	15	23	25	1.95
586198--586465	33	8.3	33	80	5	264	22	16	32	28	1.96
586555--586675	30	4.1	29	81	8	136	35	16	28	19	1.94
586571--586842	64	4.3	65	80	7	312	37	13	26	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
586578--586800	30	7.2	30	69	19	120	36	14	25	22	1.93
586571--586838	65	4.3	62	80	8	278	37	14	26	22	1.92
595453--595524	21	3.5	21	82	3	101	33	15	9	41	1.80
596462--597387	52	17.3	52	70	12	441	38	13	22	25	1.91
596637--596848	113	1.9	113	83	3	275	35	14	23	26	1.93
596547--597034	269	1.8	269	81	5	619	36	14	23	25	1.93
596449--597387	381	2.5	372	81	5	984	38	13	22	24	1.91
596945--597213	112	2.4	112	81	1	297	37	13	24	24	1.91
597435--597666	31	7.3	31	75	5	180	20	16	33	29	1.95
597444--597678	97	2.4	95	76	6	224	22	16	32	28	1.96
597453--597679	64	3.6	63	77	8	192	22	17	32	28	1.96
597684--597792	33	3.3	33	85	2	148	37	12	28	21	1.90
597788--597848	30	2.1	30	84	9	81	29	16	29	24	1.96
608590--609153	30	18.0	30	74	14	277	21	29	13	34	1.92
608590--608947	61	5.8	61	80	9	372	22	29	14	34	1.93
608656--608981	154	2.1	150	87	3	447	22	30	15	32	1.94
608805--609153	66	5.5	64	75	12	283	20	30	13	35	1.91
609150--609640	39	10.8	48	68	19	214	25	26	18	29	1.98
609213--609640	87	4.8	87	85	3	577	25	26	19	28	1.98
609246--609640	178	2.2	178	91	0	637	25	26	19	28	1.99
609555--609751	52	3.9	49	79	4	178	24	25	17	32	1.97
610568--610666	43	2.3	43	100	0	198	37	18	18	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
614305--614371	33	2.0	33	85	0	89	37	16	11	34	1.85
614403--614453	19	2.6	20	87	3	68	37	15	13	33	1.87
616920--616946	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
617083--617155	31	2.4	30	82	13	78	57	21	1	19	1.48
621881--622815	156	5.9	155	74	8	636	38	20	17	23	1.93
625356--625382	13	2.1	13	100	0	54	40	22	14	22	1.90
625800--625844	17	2.7	17	86	3	65	0	15	2	82	0.77
625800--625842	8	5.2	8	81	13	52	0	13	2	83	0.74
626142--626173	13	2.4	14	94	5	57	59	0	3	37	1.13
628388--628414	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
632231--632596	164	2.3	158	82	8	426	41	10	11	36	1.76
634032--634108	20	3.8	20	77	13	68	31	16	12	38	1.87
640763--640819	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
640805--640833	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
640821--640873	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
640925--640950	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
640905--640972	33	2.1	32	91	2	109	35	14	14	35	1.87
641852--641885	3	11.3	3	93	0	59	38	0	32	29	1.58
642338--642389	22	2.3	22	78	18	54	69	0	19	11	1.18
642416--642456	21	2.0	21	85	9	57	51	9	19	19	1.74
645647--645701	19	2.8	20	88	2	76	36	20	12	30	1.90
645687--645713	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
646257--646329	22	3.5	22	71	17	75	27	30	4	38	1.75
654414--654463	19	2.5	20	90	3	75	38	18	12	32	1.87
656321--656357	13	2.8	13	87	0	56	32	13	18	35	1.90
658208--658270	26	2.5	26	92	2	110	46	4	30	19	1.70
661078--661127	26	1.9	26	95	0	91	42	12	14	32	1.82
661344--661376	11	3.0	11	100	0	66	45	0	9	45	1.35
662486--662534	19	2.5	21	75	15	52	57	6	2	34	1.35
665073--665110	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
667267--667328	29	2.1	29	87	6	88	30	22	1	45	1.62
668879--668915	16	2.2	17	90	4	58	37	0	2	59	1.12
668842--668994	43	3.6	43	92	0	243	33	0	8	57	1.34
671959--672019	31	2.0	30	84	12	79	50	1	1	45	1.21
671933--672014	33	2.5	31	82	7	92	53	2	1	42	1.21
674558--674605	22	2.2	22	85	3	62	18	8	4	68	1.31
676000--676343	173	2.0	173	98	0	670	26	17	21	34	1.96
680215--680779	164	3.5	160	79	9	520	40	13	11	35	1.80
680787--680998	80	2.7	78	82	4	255	29	25	10	34	1.89
680937--681051	51	2.3	50	86	1	167	26	27	13	31	1.94
681006--681153	79	1.9	79	88	1	226	26	24	14	35	1.93
681350--681398	23	2.2	22	81	3	53	14	2	16	67	1.33
684185--684621	33	13.4	33	78	6	428	19	31	12	36	1.89
684185--684621	97	4.5	98	82	5	483	19	31	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
684725--685076	49	7.4	48	72	11	185	27	26	16	30	1.97
684754--684878	43	3.0	43	82	5	132	31	28	16	24	1.96
684666--684930	131	2.0	131	89	1	406	27	25	17	29	1.97
684844--685075	101	2.3	100	76	5	218	26	26	15	31	1.96
685687--685716	15	2.0	15	100	0	60	33	6	6	53	1.53
685998--686022	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
691259--691310	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
696866--696917	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
702472--702523	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
705511--705540	11	2.7	11	94	0	51	90	10	0	0	0.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7