genome.fa.s269.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold269
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1389591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706384--706419	14	2.6	14	95	0	63	30	25	8	36	1.85
706832--707863	31	32.7	31	81	7	1016	23	28	14	33	1.94
707708--708255	34	16.8	32	76	12	420	20	31	12	35	1.90
707844--707897	27	2.0	27	96	0	99	22	35	14	27	1.93
707742--708189	130	3.4	127	78	8	325	20	31	12	36	1.90
707969--708026	27	2.2	26	87	3	89	18	29	13	37	1.90
707407--708243	34	25.9	30	75	14	313	21	30	13	34	1.92
707819--708255	65	6.8	65	79	10	407	20	32	11	35	1.89
708246--708473	43	5.1	43	75	15	212	25	25	19	29	1.99
708303--708513	39	5.0	40	75	14	176	27	24	18	28	1.98
708246--708469	88	2.5	89	84	6	290	25	24	19	30	1.98
708300--708564	131	2.0	131	87	2	381	26	24	18	30	1.98
709324--709353	15	2.0	15	100	0	60	33	6	6	53	1.53
709561--709586	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
709635--709659	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
714087--714298	96	2.2	97	83	2	257	34	12	25	27	1.92
714120--714299	97	1.9	96	86	1	261	36	13	23	26	1.92
716637--716689	19	2.7	20	91	2	81	30	16	16	35	1.92
718341--718373	3	11.0	3	93	0	57	36	0	33	30	1.58
722851--722889	13	3.0	13	80	0	51	33	12	10	43	1.77
726629--726706	32	2.4	32	89	0	120	42	16	11	29	1.83
726661--726780	52	2.3	51	91	1	186	45	13	10	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726576--726758	84	2.2	83	86	1	249	42	14	14	28	1.85
726818--726864	20	2.3	20	92	0	76	31	19	12	36	1.89
726830--726875	20	2.3	20	92	0	74	30	19	10	39	1.86
728561--728867	80	3.9	77	79	7	255	34	8	27	29	1.86
730358--730583	97	2.3	97	83	6	262	34	11	25	27	1.91
733728--733812	20	3.7	20	71	28	71	30	14	10	44	1.78
733704--733812	51	2.1	51	94	0	191	29	15	10	44	1.79
737670--738333	79	8.4	79	87	3	735	37	12	22	27	1.90
740463--740599	51	2.7	51	84	0	175	43	10	16	29	1.81
740564--740620	21	2.8	20	82	10	71	49	8	14	28	1.72
743049--743089	21	2.0	21	85	9	57	31	14	12	41	1.83
754676--754739	22	2.9	22	86	11	78	84	12	3	0	0.74
754678--754739	27	2.3	28	86	13	94	85	11	3	0	0.71
756169--756243	28	2.7	28	91	0	132	36	32	17	14	1.90
756246--756479	60	3.8	60	79	14	267	18	30	14	36	1.91
756254--756542	34	9.0	31	74	16	186	19	32	14	33	1.91
756255--756506	27	7.9	32	77	14	238	19	33	13	34	1.90
756355--756479	59	2.1	60	89	1	189	18	31	13	36	1.90
756232--756506	129	2.2	129	86	4	380	19	32	14	33	1.92
756521--756616	28	3.3	28	74	12	79	36	28	17	17	1.93
756638--757150	49	10.8	49	72	13	304	26	25	17	30	1.97
756643--756900	87	3.0	86	85	4	322	27	25	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756823--757150	150	2.2	148	81	5	365	24	26	17	31	1.97
757559--757584	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
757540--757604	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
759165--759219	20	2.8	20	94	0	101	34	18	9	38	1.82
763206--763231	10	2.6	10	100	0	52	19	7	0	73	1.07
765840--766503	157	4.2	154	80	9	670	22	28	14	34	1.94
765921--766409	189	2.6	189	90	2	745	24	27	14	33	1.94
765840--766537	31	22.2	32	79	9	583	22	28	14	34	1.94
766382--766929	34	16.8	32	76	12	420	20	31	12	35	1.90
766518--766571	27	2.0	27	96	0	99	22	35	14	27	1.93
766416--766863	130	3.4	127	78	8	325	20	31	12	36	1.90
766643--766700	27	2.2	26	87	3	89	18	29	13	37	1.90
766082--766917	34	25.9	30	75	14	304	21	30	13	34	1.91
766493--766929	65	6.8	65	79	10	407	20	32	11	35	1.89
766920--767145	87	2.5	88	84	6	294	25	24	19	29	1.99
766977--767185	39	5.0	39	74	14	161	28	24	19	28	1.98
766974--767236	129	2.0	131	87	4	381	26	24	18	30	1.98
767991--768019	14	2.1	14	100	0	58	34	6	6	51	1.55
772780--772956	97	1.8	97	85	1	248	35	14	23	26	1.93
775309--775368	19	3.1	19	85	2	84	30	15	16	38	1.89
777019--777055	3	12.3	3	94	0	65	35	0	35	29	1.58
781542--781580	13	3.0	13	80	0	51	33	12	10	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785320--785397	32	2.4	32	91	0	129	42	15	11	30	1.82
785267--785449	84	2.2	83	87	1	258	42	14	14	28	1.84
785352--785471	52	2.3	51	91	1	186	45	13	10	30	1.78
785509--785580	20	3.5	20	86	1	90	31	18	13	36	1.90
787250--787556	80	3.9	77	79	8	273	35	7	27	29	1.85
789047--789250	97	2.1	97	83	5	252	35	13	23	27	1.92
792420--792504	20	3.7	20	71	28	71	30	14	10	44	1.78
792396--792504	51	2.1	51	94	0	191	29	15	10	44	1.79
796362--796946	79	7.4	79	85	1	636	37	11	22	27	1.89
798915--799056	51	2.8	51	83	0	176	45	10	15	28	1.80
799016--799072	21	2.8	20	82	10	71	49	8	14	28	1.72
801503--801543	21	2.0	21	85	9	57	31	14	12	41	1.83
801740--801797	20	2.8	20	81	2	62	37	15	15	31	1.89
813389--813450	22	2.9	21	85	7	79	83	12	3	0	0.75
813391--813450	27	2.2	28	86	13	90	85	11	3	0	0.72
814882--814964	28	3.0	28	92	0	139	32	33	18	15	1.92
814949--815118	33	5.2	33	75	16	158	21	30	12	36	1.90
814972--815159	27	6.2	27	72	20	101	21	30	12	34	1.91
814949--815192	60	3.9	60	77	11	231	20	29	13	36	1.90
814999--815219	34	6.8	34	73	12	144	20	31	13	34	1.91
814999--815254	34	7.8	34	72	10	133	20	31	14	34	1.92
814945--815228	129	2.2	132	79	9	338	20	30	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815234--815329	28	3.3	28	74	12	79	36	28	17	17	1.93
815346--815863	49	10.9	49	72	12	330	25	25	17	31	1.97
815356--815613	87	3.0	87	84	2	331	27	25	18	29	1.98
815539--815863	150	2.2	148	81	5	350	24	25	17	31	1.97
816271--816296	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
816252--816316	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
816285--816336	20	2.6	20	100	0	104	46	15	11	26	1.80
822627--822672	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
826616--826670	20	2.8	20	94	0	101	34	18	9	38	1.82
830638--830663	11	2.4	11	100	0	52	15	7	0	76	0.99
841955--842011	21	2.7	21	91	8	89	84	14	1	0	0.71
841958--842023	27	2.4	27	80	14	80	83	12	4	0	0.79
841957--842020	8	7.8	8	80	13	60	84	12	3	0	0.74
843235--843367	28	4.7	28	81	5	169	33	29	17	19	1.95
843382--843603	27	7.2	27	72	21	111	19	32	12	35	1.89
843410--843654	35	7.4	34	75	12	174	19	33	12	35	1.89
843355--843640	62	4.4	66	76	14	249	19	32	12	34	1.90
843454--843638	94	2.0	95	84	3	248	17	32	13	35	1.89
843378--843653	35	8.6	32	73	17	159	18	33	12	35	1.89
843539--843667	34	3.9	34	78	7	95	17	34	15	32	1.92
843824--843975	39	3.7	39	76	14	160	25	26	21	26	1.99
843766--844024	87	3.0	86	89	2	365	27	25	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843951--844220	49	5.4	49	79	6	292	23	24	20	32	1.98
843941--844274	101	3.3	99	82	5	386	23	25	19	32	1.98
847221--847283	19	3.6	19	72	24	75	33	11	19	36	1.87
847219--847291	32	2.3	32	95	0	137	34	10	19	35	1.87
847313--847369	20	2.8	20	89	5	80	31	14	14	40	1.85
850093--850117	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
850103--850155	20	2.7	20	75	0	61	32	15	16	35	1.90
849970--850275	137	2.2	136	91	2	497	33	16	17	32	1.92
850230--850254	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
850210--850277	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7