genome.fa.s269.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold269
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1389591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179747--179784	13	2.9	13	88	0	58	34	13	18	34	1.89
181648--181691	21	2.0	21	86	4	61	36	2	29	31	1.70
182235--182259	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
182247--182299	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
182359--182384	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
182341--182404	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
183613--183638	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
183593--183671	33	2.4	33	81	14	92	27	16	16	39	1.90
183637--183669	14	2.3	15	94	5	59	24	21	18	36	1.95
183691--183763	20	3.6	20	81	9	76	30	16	13	39	1.87
183711--183766	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
184358--184455	32	3.1	32	100	0	196	40	15	3	40	1.62
186230--186254	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
188313--188343	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
190147--190191	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
194935--194978	21	2.1	21	86	0	61	63	0	15	20	1.31
194951--194993	21	2.0	21	86	0	59	62	0	20	16	1.32
198457--198481	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
198509--198554	10	4.8	10	84	5	51	17	28	8	45	1.78
198590--198660	17	4.2	17	73	20	67	23	32	5	38	1.78
198631--198661	10	3.1	10	100	0	62	29	29	0	41	1.56
199337--199381	14	3.2	14	83	0	63	46	8	17	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206138--206850	166	4.4	163	73	11	461	28	11	9	50	1.69
206486--206786	156	1.9	157	86	4	430	26	11	9	52	1.68
207001--207049	23	2.1	22	85	7	62	20	0	8	71	1.11
207366--207402	10	3.9	10	86	10	51	78	0	21	0	0.75
207366--207402	19	1.9	19	88	0	56	78	0	21	0	0.75
208732--209071	155	2.2	155	80	4	357	24	18	18	38	1.93
209492--209554	32	1.9	33	87	9	94	30	19	14	36	1.91
211669--211710	15	2.8	15	82	10	59	47	2	16	33	1.60
217743--217787	22	2.1	22	95	4	83	46	0	26	26	1.53
218386--218427	20	2.0	21	90	9	68	40	23	14	21	1.90
220488--220529	20	2.1	20	86	0	57	28	16	9	45	1.79
222133--222188	29	1.9	29	96	0	103	32	16	21	30	1.95
226240--226265	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
226220--226283	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
228835--228874	14	2.9	14	96	3	73	35	15	20	30	1.93
230903--230933	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
235074--235130	20	2.8	21	84	7	82	29	14	14	42	1.84
238652--238702	15	3.6	14	78	10	59	1	21	0	76	0.88
240088--240276	96	1.9	99	93	4	330	46	12	11	30	1.76
241593--241661	20	3.5	20	71	11	70	62	10	1	26	1.35
241579--241663	39	2.2	39	95	0	152	56	9	5	28	1.54
241612--241675	19	3.3	19	68	14	51	56	9	3	31	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241634--241972	153	2.2	154	78	5	366	51	9	8	30	1.64
258320--258962	52	13.0	49	72	14	321	33	16	25	25	1.96
258581--258674	44	2.2	43	88	1	134	32	14	26	25	1.95
258483--258908	96	4.4	94	80	10	436	31	16	26	25	1.97
258729--258904	88	2.0	88	88	4	262	28	18	26	26	1.98
258818--258962	51	2.8	52	84	3	184	33	18	23	24	1.97
259031--259336	27	10.3	27	68	23	118	36	12	29	21	1.90
259014--259178	62	2.7	61	82	6	201	35	12	29	22	1.91
259119--259355	32	7.6	33	73	15	198	37	11	29	20	1.89
259159--259333	60	3.0	60	80	5	196	36	12	29	22	1.90
259109--259349	92	2.6	89	80	8	254	36	12	29	21	1.90
259690--259715	8	3.2	8	100	0	52	11	0	15	73	1.11
262277--262599	79	4.1	79	83	3	337	34	13	24	27	1.93
262589--262870	79	3.6	79	83	2	316	34	12	26	27	1.92
262459--262731	130	2.1	130	82	2	334	32	13	26	26	1.94
262380--262764	209	1.8	209	86	2	558	32	14	26	26	1.94
262374--262806	209	2.1	208	83	3	555	33	13	26	26	1.93
262302--262873	288	2.0	287	81	3	677	34	12	25	27	1.93
276324--276380	18	3.5	18	73	26	72	52	0	3	43	1.18
276336--276397	12	5.8	11	71	21	60	56	0	1	41	1.09
276324--276392	30	2.3	30	97	0	129	53	0	2	43	1.15
277173--277215	22	2.0	22	86	4	61	34	4	0	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277223--277266	15	2.9	15	86	6	61	45	0	2	52	1.13
277257--277307	19	2.7	19	93	0	84	52	1	0	45	1.12
278527--278562	18	2.0	18	89	10	56	72	0	0	27	0.85
278601--278650	20	2.5	20	96	0	91	64	4	18	14	1.44
279134--279166	17	1.9	17	88	11	50	60	3	0	36	1.12
279883--280010	54	2.4	54	95	0	229	39	7	13	39	1.71
286975--287159	96	1.9	95	84	1	244	37	10	21	30	1.87
291311--292730	28	49.6	29	82	7	1464	23	17	30	28	1.97
291300--292730	58	24.9	56	85	4	1497	23	17	29	28	1.97
291343--292700	201	6.8	200	85	4	1657	23	17	29	28	1.97
291300--292729	516	2.8	515	87	3	2011	23	17	29	28	1.97
293949--294036	12	7.5	12	76	19	64	1	3	12	82	0.84
293950--294035	8	10.9	8	75	9	70	1	3	12	82	0.85
293963--294036	17	4.2	17	78	13	71	0	4	12	83	0.77
293962--294036	9	7.9	9	80	15	80	0	4	12	84	0.76
305991--306110	51	2.4	51	80	2	152	35	11	22	30	1.90
305805--306137	130	2.5	128	74	10	316	35	11	23	29	1.90
306095--306166	28	2.6	27	85	14	94	25	18	30	26	1.98
306152--306319	51	3.3	49	82	5	210	31	11	26	29	1.92
306252--306473	76	2.8	79	85	6	301	32	13	27	26	1.94
306410--306589	51	3.5	49	81	8	175	35	10	26	28	1.89
306439--306576	52	2.7	51	85	3	179	34	9	26	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308873--308946	20	3.7	19	83	7	94	41	12	16	29	1.84
312404--312528	20	5.7	20	71	22	74	40	12	16	30	1.85
315148--315189	21	2.0	21	90	0	66	40	14	23	21	1.90
318981--319137	75	2.1	75	80	4	174	33	11	15	38	1.84
320888--320930	22	2.0	22	85	0	59	72	0	11	16	1.13
320881--320953	29	2.5	29	82	6	76	72	4	9	13	1.24
321973--322025	23	2.3	23	90	6	81	69	13	7	9	1.35
326485--326517	13	2.5	14	90	9	52	33	6	15	45	1.70
327791--328230	79	5.5	81	74	8	335	35	12	23	28	1.92
327827--328207	158	2.4	159	79	8	380	35	11	23	28	1.90
332047--332073	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
332123--332202	33	2.4	33	85	0	97	35	12	15	37	1.85
332572--332615	23	1.9	23	81	9	54	29	6	20	43	1.78
336600--336638	20	1.9	20	89	5	60	41	0	25	33	1.56
340553--340697	69	2.1	70	85	3	195	40	9	21	28	1.85
340580--340710	70	1.9	69	85	1	181	41	9	18	29	1.83
343521--343580	32	1.9	31	86	3	84	35	18	18	28	1.94
343580--343969	28	13.8	28	84	4	424	24	17	28	29	1.97
343580--343963	86	4.5	85	83	6	440	24	16	28	29	1.97
343529--343997	114	4.1	111	80	8	464	25	17	28	28	1.97
343580--344127	56	9.8	56	81	6	387	25	15	29	28	1.96
343692--344157	28	16.6	28	82	5	361	27	15	30	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343899--344116	110	2.0	110	87	1	312	27	14	32	25	1.94
350899--350927	12	2.4	12	100	0	58	51	6	0	41	1.28
351298--351327	9	3.2	9	95	4	51	0	13	0	86	0.57
352602--352969	32	11.5	32	93	0	603	16	18	33	31	1.93
352962--354702	27	64.0	27	91	2	2761	28	14	34	22	1.93
352962--354702	82	21.3	81	91	2	2761	28	14	34	22	1.93
352962--354702	109	16.0	108	91	2	2761	28	14	34	22	1.93
361937--361971	2	17.5	2	87	0	52	51	5	0	42	1.25
361937--361971	16	2.2	16	100	0	70	51	5	0	42	1.25
362340--362369	9	3.2	9	95	4	51	0	13	0	86	0.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7