genome.fa.s269.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold269
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1389591

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  7  of  7  ( 840 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1064056--1064155	52	1.9	52	85	6	139	36	12	23	29	1.90
1064067--1064203	52	2.6	52	80	8	154	34	13	24	27	1.93
1063920--1064313	107	3.7	106	71	13	304	30	14	27	27	1.95
1064249--1064376	51	2.4	51	78	11	132	32	10	25	32	1.89
1066741--1066766	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1066720--1066786	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1066806--1066873	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1066828--1066852	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1066809--1066871	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1067366--1068018	55	11.8	55	88	3	891	20	20	30	28	1.98
1068927--1068997	34	2.0	37	84	13	96	0	11	7	81	0.86
1068964--1068995	12	2.7	12	95	0	55	0	9	3	87	0.64
1068964--1068997	13	2.7	13	90	4	52	0	8	5	85	0.75
1071071--1076818	474	12.0	475	82	4	6492	30	18	14	36	1.91
1075911--1075958	20	2.4	20	92	0	78	22	22	25	29	1.99
1076858--1078441	472	3.4	474	82	5	1890	29	17	14	37	1.90
1078212--1078723	264	1.9	264	85	6	716	30	17	15	36	1.91
1078467--1079674	475	2.5	475	84	4	1549	31	17	14	36	1.91
1080136--1081700	473	3.3	471	82	4	1866	31	17	14	36	1.90
1081524--1081834	159	2.0	160	83	1	401	32	17	11	38	1.86
1081557--1081890	160	2.1	159	79	2	348	31	18	12	37	1.88
1081683--1084390	475	5.7	475	83	3	3280	30	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1083985--1084817	427	2.0	425	83	4	1050	31	17	14	36	1.90
1084411--1087153	475	5.8	474	81	3	3034	30	17	14	37	1.90
1087885--1087949	32	2.0	33	90	3	105	30	18	16	33	1.94
1087982--1088036	19	2.8	20	83	5	76	36	16	14	32	1.89
1088571--1088626	22	2.5	22	91	0	85	23	37	3	35	1.72
1094445--1094483	20	1.9	21	94	5	71	35	10	10	43	1.73
1094538--1094563	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1096943--1096989	22	2.3	20	76	23	53	40	4	19	36	1.71
1097110--1097148	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1097134--1097212	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
1099227--1099257	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1101061--1101105	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1104358--1104400	21	2.0	21	81	0	50	30	11	4	53	1.57
1108133--1108795	159	4.2	160	68	9	413	31	19	13	35	1.90
1106874--1115603	475	18.5	474	82	4	9628	30	18	14	36	1.90
1115978--1116030	19	2.7	20	85	8	72	43	15	13	28	1.84
1119635--1119665	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1121748--1121785	13	2.9	13	92	0	58	31	18	18	31	1.95
1121909--1121951	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
1123408--1123433	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1123390--1123453	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1124187--1125288	476	2.3	474	81	4	1342	30	19	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1124867--1125703	421	2.0	421	84	3	1094	29	19	14	36	1.91
1125285--1130883	947	5.9	950	82	3	6479	30	18	14	36	1.91
1132391--1132419	10	2.7	11	94	5	51	51	0	13	34	1.42
1135052--1135728	28	23.9	28	82	5	711	21	17	30	29	1.96
1136952--1137059	7	15.0	7	72	18	64	1	3	15	78	0.97
1144095--1144120	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1144572--1144972	200	2.0	200	91	0	651	29	18	15	36	1.92
1144772--1149651	474	10.3	475	87	2	6886	29	19	14	36	1.92
1144772--1149651	950	5.1	950	87	2	7197	29	19	14	36	1.92
1149264--1150028	380	2.0	380	88	2	1151	29	19	14	36	1.91
1148794--1150393	856	1.9	856	90	0	2558	29	19	14	36	1.91
1150791--1150816	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1150772--1150836	33	2.0	33	87	6	96	41	16	15	26	1.88
1157053--1157098	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1159399--1159424	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1159380--1159444	33	2.0	33	87	6	96	41	16	15	26	1.88
1160185--1160568	206	1.9	206	99	0	759	31	16	13	38	1.88
1160986--1181212	159	127.2	158	62	14	617	28	19	15	36	1.92
1160407--1183558	476	48.5	476	91	0	34943	28	18	15	36	1.92
1185657--1185775	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
1185690--1185765	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1185681--1185766	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1185673--1185742	18	3.6	18	68	20	50	10	42	2	44	1.52
1187448--1266647	159	499.3	157	65	15	21988	28	19	15	36	1.92
1187385--1257499	477	147.3	477	92	1	110524	28	19	15	36	1.92
1256664--1258291	794	2.1	792	91	1	2643	28	19	16	35	1.93
1257140--1257881	317	2.3	313	86	5	893	28	19	16	36	1.93
1257458--1273315	476	33.4	476	91	1	25013	29	18	15	36	1.92
1257458--1273315	951	16.7	951	92	1	24980	29	18	15	36	1.92
1267385--1270898	159	22.2	156	64	16	558	29	18	15	36	1.92
1273308--1275032	476	3.6	476	90	0	2736	35	16	19	28	1.93
1273308--1274410	159	6.9	158	62	15	374	35	16	18	29	1.93
1274274--1275783	758	2.0	762	90	1	2413	35	15	19	28	1.93
1275405--1276042	159	4.0	158	63	16	344	36	14	18	29	1.91
1275036--1276906	476	3.9	476	92	0	3035	35	15	19	29	1.93
1276473--1278290	476	4.0	431	79	10	1656	35	16	19	28	1.93
1276905--1278605	476	3.6	476	91	0	2713	35	15	19	28	1.93
1277238--1277876	159	4.0	157	63	18	352	35	15	19	29	1.92
1278339--1278881	283	1.9	283	90	0	863	35	16	19	28	1.94
1278609--1281265	476	5.6	475	91	0	4246	36	15	19	29	1.93
1278609--1286985	950	8.8	949	72	13	4787	35	15	19	29	1.93
1280987--1281549	284	2.0	284	90	1	878	35	16	18	29	1.93
1280509--1282025	760	2.0	760	91	1	2439	35	15	19	29	1.93
1281282--1283882	908	2.8	910	90	2	3964	35	15	19	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1282186--1283882	476	3.6	476	91	0	2701	35	15	19	29	1.93
1283606--1284165	284	2.0	284	91	0	915	34	15	19	30	1.93
1283890--1284809	477	1.9	477	93	0	1563	35	15	19	29	1.93
1284376--1285717	432	3.0	432	85	6	1663	35	16	19	28	1.94
1284809--1286981	477	4.6	476	90	0	3407	35	15	19	29	1.93
1284809--1286981	953	2.3	953	90	0	3454	35	15	19	29	1.93
1286705--1287262	284	2.0	284	91	0	900	34	15	19	30	1.93
1286231--1287742	761	2.0	759	90	0	2389	35	15	19	29	1.93
1286989--1302497	477	32.5	477	92	0	24804	35	15	19	29	1.93
1286989--1326013	953	40.4	952	80	8	34295	35	17	18	29	1.93
1287438--1302372	159	94.0	157	62	16	1316	35	15	19	29	1.93
1307046--1307164	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
1307079--1307154	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1307070--1307155	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1307061--1307131	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1308777--1326013	476	36.2	475	91	0	26717	36	15	18	29	1.92
1325739--1326293	280	2.0	280	89	0	860	35	15	18	30	1.92
1325263--1326769	756	2.0	755	90	1	2360	35	15	18	30	1.92
1326018--1328196	476	4.6	474	91	1	3382	36	15	18	29	1.92
1327922--1328476	280	2.0	280	89	0	851	35	15	18	30	1.92
1327446--1328952	756	2.0	755	90	1	2362	35	15	18	30	1.92
1328201--1330379	476	4.6	474	91	1	3364	36	15	18	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1330105--1330659	280	2.0	280	89	0	860	35	15	18	30	1.92
1329629--1331135	756	2.0	755	90	1	2380	35	15	18	30	1.92
1330384--1334944	476	9.6	476	91	0	7218	36	15	18	29	1.92
1330546--1334943	159	27.7	154	64	15	860	36	15	18	29	1.92
1334670--1335224	280	2.0	280	89	2	866	35	15	18	30	1.92
1334194--1335700	756	2.0	755	90	2	2348	35	15	18	29	1.92
1334949--1345319	476	21.8	476	92	0	16663	36	15	18	29	1.92
1335111--1389290	159	341.4	155	65	15	12864	36	15	18	29	1.92
1345135--1345478	157	2.2	157	87	1	483	38	16	15	29	1.90
1345292--1389590	476	93.0	477	93	0	72053	36	15	18	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7

The End!