genome.fa.s285.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold285
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  926752

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235--264	15	1.9	16	93	6	53	76	0	23	0	0.78
774--814	17	2.5	17	84	7	59	43	0	0	56	0.99
1082--1136	30	1.9	29	85	10	78	54	3	0	41	1.18
2273--2309	19	2.0	18	94	5	65	29	16	5	48	1.68
3889--3928	16	2.4	18	80	19	52	35	0	2	62	1.09
5571--5616	6	8.0	6	76	9	51	71	0	0	28	0.86
5574--5616	16	2.6	16	81	7	50	74	0	0	25	0.82
5572--5649	12	6.4	12	72	16	54	71	0	0	28	0.86
5573--5645	24	2.9	25	83	6	85	71	0	0	28	0.87
6492--6521	13	2.4	13	94	5	53	76	0	16	6	0.99
8374--8450	31	2.5	30	80	14	84	42	1	1	54	1.16
8430--8484	18	3.1	18	75	17	53	30	0	3	65	1.10
9365--9395	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
9403--9440	13	3.1	13	85	11	53	26	0	0	73	0.83
9353--9464	43	2.6	45	82	9	119	33	0	0	66	0.98
9442--9485	18	2.3	20	88	7	65	36	0	4	59	1.18
10229--10265	19	2.0	18	94	5	65	29	16	5	48	1.68
11979--12009	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
11989--12143	20	7.5	19	70	20	73	32	2	3	61	1.28
11989--12080	41	2.2	43	79	7	102	34	2	1	61	1.15
12844--12888	24	2.0	22	86	8	63	62	0	0	37	0.96
12841--12909	28	2.6	27	80	15	81	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13824--13852	13	2.3	13	94	5	51	75	0	17	6	1.01
16404--16449	24	1.9	24	82	8	58	19	2	4	73	1.10
16815--16844	15	1.9	16	93	6	53	76	0	23	0	0.78
17355--17395	17	2.5	17	84	7	59	43	0	0	56	0.99
19741--19779	19	2.0	20	85	5	53	7	30	5	56	1.49
20047--20089	16	2.7	16	88	0	50	20	25	18	34	1.96
20260--20299	16	2.4	18	80	19	52	35	0	2	62	1.09
21958--21991	18	1.9	17	88	5	50	64	2	0	32	1.08
21961--22026	29	2.3	29	79	10	73	68	1	0	30	0.99
27351--27390	21	1.9	21	84	0	53	35	5	25	35	1.78
28268--28300	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
28874--28917	22	2.0	21	82	4	52	22	36	11	29	1.89
30219--30259	3	13.3	3	89	5	64	63	0	2	34	1.08
30253--30309	23	2.5	21	79	20	62	64	0	0	35	0.93
30474--30520	24	2.0	24	84	12	62	51	0	0	48	1.00
31691--31727	19	1.9	19	88	0	56	40	18	8	32	1.80
33404--33495	47	2.0	47	95	0	166	38	9	18	33	1.84
35137--35207	32	2.2	32	94	0	124	25	16	21	36	1.94
35754--35808	27	2.0	27	83	13	69	43	0	1	54	1.10
36787--36833	21	2.2	22	82	17	64	53	0	0	46	1.00
37076--37119	19	2.2	21	84	8	56	59	11	0	29	1.32
44379--44426	21	2.3	22	78	10	55	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45265--45306	16	2.5	17	81	14	52	40	0	2	57	1.12
45238--45334	32	2.9	32	76	19	85	43	1	1	54	1.14
45291--45347	25	2.4	25	77	14	66	42	0	0	57	0.98
45238--45364	64	1.9	67	81	7	154	40	0	0	58	1.09
45254--45351	32	3.1	32	77	7	101	39	0	1	59	1.04
45305--45371	24	2.8	25	77	6	68	38	0	0	61	0.96
46639--46672	2	17.5	2	93	6	61	50	0	50	0	1.00
46990--47029	17	2.3	18	80	20	50	52	7	2	37	1.43
51071--51099	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
51450--51544	11	9.5	11	70	21	75	62	0	0	37	0.96
51721--51759	20	2.0	20	94	0	69	66	0	0	33	0.92
52532--52595	28	2.2	28	81	15	78	51	0	0	48	1.00
52535--52605	24	2.9	25	71	12	76	47	0	0	52	1.00
52773--52865	45	2.1	45	100	0	186	16	19	10	53	1.71
57099--57155	17	3.4	16	74	11	60	47	0	0	52	1.00
57870--57903	15	2.3	15	89	0	50	35	0	2	61	1.11
59374--59402	13	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
59365--59419	18	3.1	18	75	12	51	60	0	0	40	0.97
59388--59438	27	1.9	26	88	4	75	62	0	0	37	0.95
59383--59443	33	1.9	32	83	9	81	62	0	0	37	0.96
59372--59434	20	3.1	20	77	8	65	63	0	0	36	0.95
61419--61464	21	2.1	22	84	11	60	71	2	0	26	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61410--61514	40	2.7	39	79	8	106	66	2	0	30	1.06
61442--61523	40	2.0	39	83	6	101	63	2	1	32	1.15
61964--62004	17	2.4	17	87	4	55	43	2	0	53	1.13
62459--62631	7	22.6	7	68	18	62	60	1	0	37	1.09
62457--62525	19	3.5	19	77	14	68	66	0	1	31	1.00
62477--62556	26	3.0	26	77	15	74	58	0	1	40	1.06
62535--62631	45	2.1	46	81	16	112	57	2	0	40	1.10
63045--63115	32	2.2	33	87	5	101	45	0	0	54	0.99
63049--63096	14	3.1	14	73	21	51	47	0	0	52	1.00
63100--63160	14	4.1	16	70	23	53	31	0	0	68	0.89
63059--63148	39	2.3	38	86	5	117	38	0	0	61	0.96
63111--63159	16	2.8	17	82	17	57	28	0	0	71	0.86
63940--63989	21	2.5	19	84	15	66	44	0	0	56	0.99
65731--65765	18	1.9	18	88	0	52	51	0	5	42	1.25
65815--65868	12	4.3	12	78	17	56	42	0	1	55	1.10
65803--65846	20	2.2	20	84	8	54	38	0	0	61	0.96
65814--65873	26	2.3	26	81	13	70	41	0	1	56	1.09
71887--71911	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
73855--73912	24	2.3	27	80	19	81	46	0	0	53	1.00
73868--73910	12	3.6	12	78	9	52	44	0	0	55	0.99
78460--78496	16	2.3	17	81	13	51	62	0	0	37	0.96
78523--78564	16	2.5	17	80	3	50	57	7	2	33	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78800--78834	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
79217--79329	20	5.4	21	71	22	71	38	1	0	59	1.08
79224--79328	46	2.3	46	76	14	110	39	1	0	59	1.09
79402--79432	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
84155--84264	35	3.0	36	76	12	100	55	0	0	44	0.99
84864--84910	20	2.2	22	82	17	64	57	6	0	36	1.24
86030--86055	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
91449--91486	4	10.0	4	83	11	53	0	28	0	71	0.87
92331--92386	20	2.8	20	86	13	87	8	12	0	78	0.96
93272--93318	20	2.3	20	82	10	60	42	0	2	55	1.12
94280--94304	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
94661--94694	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
95122--95160	19	2.2	17	86	9	51	58	5	2	33	1.33
95199--95234	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
96103--96160	23	2.6	22	81	10	55	48	1	1	48	1.22
96432--96461	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
96804--96833	12	2.5	12	94	0	51	70	0	0	30	0.88
97043--97081	18	2.1	19	85	4	53	51	2	0	46	1.14
97421--97472	27	1.9	27	84	7	70	19	5	3	71	1.22
98048--98087	20	2.0	21	85	5	55	35	0	7	57	1.27
98311--98408	18	5.1	18	68	25	58	56	1	0	42	1.06
98315--98395	25	3.2	26	76	18	82	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98312--98401	40	2.3	38	81	12	103	55	0	0	44	0.99
98715--98761	21	2.0	24	84	15	64	42	0	0	57	0.98
99068--99093	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
99885--99951	17	3.9	19	70	29	62	44	0	0	55	0.99
99889--99965	31	2.6	28	84	13	109	44	1	0	54	1.08
99885--99942	17	3.6	17	77	17	70	44	0	0	55	0.99
99876--99950	31	2.7	26	75	23	73	45	0	0	54	0.99
99889--99989	17	5.9	17	68	23	54	41	0	0	57	1.05
99883--99986	30	3.5	30	74	21	96	41	0	0	57	1.05
100062--100119	31	2.0	29	90	10	91	70	1	20	6	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6