genome.fa.s285.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold285
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  926752

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725460--725540	25	3.2	25	74	13	78	49	0	0	50	1.00
726045--726077	11	3.3	10	84	16	50	51	0	0	48	1.00
731351--731406	22	2.4	25	80	14	66	46	1	0	51	1.11
731363--731518	74	2.1	75	81	1	188	47	3	8	39	1.53
731987--732030	15	2.9	16	83	6	56	36	2	0	61	1.09
732546--732574	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
734849--734897	26	1.9	25	83	4	62	46	0	0	53	1.00
734913--734956	18	2.5	17	88	3	61	68	0	2	29	1.02
734890--734938	23	2.2	23	81	3	55	63	2	2	32	1.17
736379--736427	25	1.9	26	84	12	66	51	4	2	42	1.32
738418--738443	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
738503--738575	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
738482--738575	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
738482--738557	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
739208--739261	27	2.0	27	100	0	108	44	18	3	33	1.67
741033--741070	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
741059--741135	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
743145--743175	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
747238--747263	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
747323--747395	20	3.6	20	81	3	92	32	19	12	35	1.89
747302--747395	41	2.3	41	94	0	161	31	18	11	38	1.86
747302--747377	21	3.7	21	78	3	91	31	17	10	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750320--750355	18	2.0	18	88	0	54	33	33	11	22	1.89
752555--752641	42	2.1	42	97	0	165	47	16	4	32	1.67
753256--753343	39	2.3	39	75	13	92	50	0	1	48	1.08
753293--753367	33	2.3	32	84	11	98	48	1	1	49	1.18
753556--753597	21	2.0	21	85	4	57	28	2	0	69	1.01
753537--753614	27	2.8	27	77	16	79	32	2	0	65	1.06
753571--753612	17	2.6	16	85	7	57	26	0	0	73	0.83
753567--753626	12	5.5	11	76	18	54	25	0	0	75	0.81
753661--753685	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
755678--755707	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
762923--762976	24	2.2	24	90	0	81	27	11	40	20	1.86
766345--766379	18	1.9	18	88	11	54	25	2	0	71	1.00
766446--766484	19	2.2	17	90	9	60	76	0	0	23	0.78
766445--766491	16	2.8	16	77	20	51	72	0	0	27	0.85
767871--767920	25	2.1	23	85	7	64	56	0	2	42	1.11
767896--767924	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
769420--769449	13	2.4	12	89	10	51	83	0	0	16	0.65
769595--769663	22	3.2	22	70	13	54	47	1	0	50	1.09
769632--769697	2	35.0	2	79	11	68	53	0	0	46	1.00
774774--774833	22	2.7	22	75	10	59	63	0	1	35	1.05
774774--774829	11	5.1	11	76	8	51	64	0	1	33	1.04
774823--774874	24	2.2	24	86	6	70	51	0	3	44	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774812--774878	25	2.6	25	75	13	66	53	0	4	41	1.21
775112--775169	29	2.0	28	93	3	98	53	6	1	37	1.38
775838--775876	13	3.0	13	85	10	53	43	0	2	53	1.14
775876--775932	18	3.2	18	78	11	55	57	1	0	40	1.09
775838--775937	17	5.9	17	72	15	55	52	1	1	46	1.14
775863--775933	29	2.4	27	75	22	72	54	1	0	43	1.08
775958--776149	90	2.1	91	92	4	316	48	6	1	42	1.39
776101--776131	10	3.1	10	90	0	53	74	0	0	25	0.82
776410--776446	14	2.5	15	83	16	51	72	0	0	27	0.84
789087--789113	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
789599--790904	659	2.0	657	96	0	2414	40	10	7	41	1.67
791014--791082	11	6.1	11	75	17	52	33	2	1	62	1.19
791042--791087	16	2.9	15	78	9	56	32	0	2	65	1.05
791203--791265	23	2.7	23	79	18	67	23	0	6	69	1.11
794325--794371	22	2.1	22	84	7	60	36	0	4	59	1.17
795499--795523	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
795841--795896	21	2.6	22	83	11	71	33	0	7	58	1.25
797137--797195	27	2.2	27	81	6	66	35	15	13	35	1.87
798638--798673	18	2.0	18	100	0	72	22	16	22	38	1.93
809526--809617	41	2.2	41	94	0	157	28	11	7	52	1.65
809547--809614	20	3.3	20	67	18	59	32	11	4	51	1.58
814855--815231	190	2.0	192	96	2	706	30	9	18	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815224--815257	18	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
815297--815338	18	2.3	19	87	4	59	47	2	0	50	1.14
815422--815450	12	2.3	13	94	5	51	62	0	0	37	0.96
815502--815571	36	2.0	36	81	10	83	58	0	1	40	1.07
817043--817196	50	3.0	50	82	8	168	42	16	14	26	1.87
821687--821788	31	3.0	36	79	11	99	54	0	0	44	1.06
822075--822124	21	2.4	21	80	9	59	32	0	4	64	1.12
822121--822221	29	3.5	29	72	10	73	51	0	0	48	1.00
832490--832542	14	4.0	14	80	14	76	41	0	1	56	1.10
832488--832547	14	4.9	11	77	18	57	41	0	1	56	1.09
832488--832547	25	2.4	25	97	0	111	41	0	1	56	1.09
836980--837020	2	20.5	2	89	0	64	46	2	2	48	1.28
840187--840288	27	3.6	28	73	17	77	48	0	0	50	1.07
840193--840284	18	5.1	18	74	16	64	48	0	1	50	1.08
840204--840292	18	4.8	18	72	14	65	47	0	1	51	1.08
840842--840870	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
841522--841558	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
842014--842060	14	3.5	13	80	13	51	40	0	0	59	0.97
842007--842053	14	3.3	14	82	11	60	48	0	0	51	1.00
842227--842261	16	2.2	16	90	10	54	51	0	2	45	1.16
842312--842362	10	4.8	11	81	18	56	43	0	0	56	0.99
842312--842362	6	9.5	6	80	20	60	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842310--842357	16	3.1	15	82	11	62	39	0	0	60	0.97
842301--842394	30	3.1	31	74	19	90	46	0	0	53	1.00
843113--843140	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
844173--844224	19	2.6	20	80	19	56	30	1	11	55	1.46
844632--844660	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
844801--844839	11	3.6	11	86	3	53	28	0	2	69	1.02
844797--844862	27	2.5	28	83	11	77	30	0	4	65	1.13
845883--845912	14	2.1	14	93	0	51	60	0	0	40	0.97
848746--848772	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
852024--852071	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
852071--852107	2	18.5	2	94	0	65	45	0	0	54	1.00
853508--853565	20	2.8	20	75	14	55	22	1	3	72	1.09
853527--853567	11	3.6	11	87	6	64	21	0	2	75	0.92
855396--855465	36	1.9	37	85	8	99	65	2	2	28	1.21
856441--856471	14	2.2	14	94	0	53	48	3	0	48	1.17
856977--857013	2	18.5	2	94	0	65	45	0	0	54	1.00
858288--858312	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
858320--858365	20	2.3	20	85	7	58	63	0	0	36	0.95
858942--859004	11	5.7	11	77	19	60	57	4	0	38	1.20
858942--859081	21	6.6	21	81	8	142	53	7	2	36	1.43
858942--859114	42	4.1	42	79	6	136	52	6	4	36	1.47
858963--859114	21	7.2	21	79	5	101	51	7	4	36	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859038--859181	74	1.9	74	85	2	200	52	4	6	36	1.50
859144--859250	21	5.4	21	70	15	68	57	4	1	36	1.31
859147--859220	37	2.0	37	86	0	103	52	2	2	41	1.29
859144--859229	12	7.5	11	71	23	63	56	2	2	38	1.25
859187--859266	10	7.8	11	76	21	59	57	8	1	32	1.37
859186--859266	21	4.0	21	76	12	78	58	8	1	32	1.37
859653--859687	2	18.0	2	88	5	54	48	0	2	48	1.16
860017--860054	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
860780--860818	20	2.0	20	90	10	62	12	15	35	35	1.86
861437--861604	34	4.9	34	93	0	255	41	34	0	24	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6