genome.fa.s293.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold293
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1704560

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  6  of  12  ( 1341 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771033--771356	79	4.1	77	74	10	240	34	11	24	29	1.90
772619--772661	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
773603--773635	17	1.9	17	93	0	57	21	0	3	75	0.93
773600--773638	16	2.5	15	84	12	51	20	0	2	76	0.90
778293--778327	5	6.6	5	93	6	52	57	0	0	42	0.99
779062--779136	23	3.1	23	72	10	78	36	10	8	45	1.68
779236--779266	8	3.9	8	100	0	62	61	0	0	38	0.96
780552--780597	24	1.9	24	86	0	65	41	28	6	23	1.79
780592--780655	28	2.3	28	91	5	103	53	20	7	18	1.69
780602--780656	28	2.0	28	100	0	110	49	21	10	18	1.78
782559--782604	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
785129--785174	24	1.9	24	86	0	65	41	28	6	23	1.79
785169--785233	28	2.3	28	89	5	105	53	20	7	18	1.68
789576--789628	23	2.3	23	77	6	63	37	1	3	56	1.28
789901--790116	115	1.9	116	87	1	317	32	3	3	60	1.32
790663--790709	24	1.9	25	86	4	69	53	6	0	40	1.27
790754--790788	15	2.4	14	90	9	52	62	0	0	37	0.95
790794--790902	10	10.0	10	71	18	51	56	0	2	39	1.20
790794--790839	24	1.9	24	86	0	65	58	2	4	34	1.30
790846--790905	6	10.3	6	80	10	63	55	0	0	45	0.99
790794--790861	29	2.7	23	72	24	55	58	1	4	35	1.27
790846--790903	11	5.1	11	80	12	64	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790882--790934	26	2.0	26	82	13	65	50	0	0	49	1.00
793770--794057	50	5.8	50	89	0	441	28	21	18	30	1.97
798042--798323	50	5.6	50	86	0	339	31	19	15	32	1.93
798039--798323	100	2.8	100	87	0	381	31	19	16	32	1.94
803259--803283	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
806522--806566	2	22.5	2	90	0	72	46	0	4	48	1.22
807176--807230	20	2.9	17	84	13	56	30	0	3	65	1.10
807309--807354	23	2.0	23	87	8	67	50	0	2	47	1.13
807343--807431	19	4.8	18	72	14	56	60	0	0	39	0.97
807363--807389	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
807342--807432	32	2.8	33	78	6	96	59	0	0	40	0.97
807319--807447	50	2.6	52	80	9	137	56	0	0	42	1.04
814182--814215	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
816116--816157	2	21.0	2	90	0	66	47	0	2	50	1.14
820351--820389	20	2.0	20	90	10	62	61	0	0	38	0.96
820351--820387	9	3.9	10	82	13	51	62	0	0	37	0.96
820373--820410	17	2.3	16	90	4	58	47	2	0	50	1.15
823769--823814	22	2.2	22	77	11	53	17	2	13	67	1.33
825902--825940	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
826099--826154	29	1.9	29	85	7	78	30	12	0	57	1.36
826360--826401	21	2.0	21	86	9	59	45	0	2	52	1.13
826699--826755	16	3.6	16	82	0	78	10	15	31	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827110--827166	20	2.9	19	87	7	87	24	12	15	47	1.80
827149--827177	13	2.2	13	100	0	58	31	13	13	41	1.84
829456--829592	51	2.7	50	79	2	139	29	21	10	37	1.87
829557--829726	79	2.2	79	86	9	233	30	20	14	35	1.91
831432--831469	16	2.4	16	90	0	58	18	18	23	39	1.92
835920--835969	8	6.2	8	76	17	50	58	2	0	40	1.10
838768--838804	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
840916--840967	2	26.0	2	92	0	86	50	3	0	46	1.20
845580--845610	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
845887--845927	21	1.9	22	90	5	66	56	0	4	39	1.21
845937--845981	20	2.2	20	84	0	54	60	2	8	28	1.39
845989--846092	32	3.1	33	77	8	102	51	2	3	41	1.35
847286--847320	12	2.8	13	86	8	54	25	5	5	62	1.40
847264--847380	46	2.5	45	87	9	164	31	3	5	59	1.35
847292--847412	46	2.6	47	85	7	158	32	4	3	60	1.32
849450--849512	30	2.1	30	82	5	74	23	4	4	66	1.30
850138--850176	19	2.1	19	90	0	60	53	20	12	12	1.71
851081--851217	69	2.0	69	98	0	265	41	10	12	35	1.78
854877--854926	22	2.2	24	82	7	59	52	6	2	40	1.38
855457--855492	13	2.6	14	91	4	56	0	13	0	86	0.58
856736--857273	32	16.8	32	94	0	891	16	18	33	31	1.93
857256--857792	27	19.7	27	92	1	876	28	14	34	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857256--857792	164	3.3	163	93	2	916	28	14	34	22	1.93
860385--860420	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
861663--862137	32	14.8	32	93	0	772	16	18	33	31	1.93
862123--863021	27	32.9	27	89	3	1338	29	14	33	23	1.93
862123--863021	82	11.0	81	90	3	1365	29	14	33	23	1.93
862123--863021	109	8.2	109	91	2	1371	29	14	33	23	1.93
870844--870879	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
871779--872339	27	20.5	27	91	2	870	28	14	34	23	1.93
871779--872339	55	10.2	54	92	2	870	28	14	34	23	1.93
871779--872339	82	6.8	81	91	2	879	28	14	34	23	1.93
873390--873419	15	2.0	15	100	0	60	0	0	13	86	0.57
880171--880206	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
881348--881373	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
883913--883964	20	2.6	21	77	17	56	55	0	0	44	0.99
883930--883973	20	2.2	21	88	8	65	47	0	0	52	1.00
885589--885618	15	2.1	14	93	6	51	70	0	3	26	1.03
890227--890281	20	2.8	20	83	5	58	47	3	3	45	1.38
892641--892669	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
893016--893054	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
894378--894463	18	4.6	19	72	21	67	40	0	0	59	0.97
894386--894480	6	15.3	6	73	22	56	41	0	0	58	0.98
894349--894463	56	2.0	57	85	11	157	40	0	0	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894388--894489	32	3.0	33	78	13	100	42	0	0	57	0.98
894380--894481	21	5.0	20	69	24	63	42	0	0	57	0.98
894393--894486	15	6.1	15	67	25	54	41	0	0	58	0.98
894627--894659	17	2.1	16	88	11	50	42	0	0	57	0.98
894632--894669	17	2.1	17	90	9	58	39	2	0	57	1.12
895826--895870	15	3.0	15	80	0	54	44	2	20	33	1.63
895838--895872	18	1.9	18	100	0	70	51	2	17	28	1.59
895866--895908	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
896185--896223	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
896514--896538	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
897227--897274	20	2.4	20	85	0	60	39	10	14	35	1.80
898219--898282	28	2.2	29	86	10	96	51	9	4	34	1.55
898246--898437	58	3.3	58	73	9	176	48	11	7	32	1.66
898317--898476	58	2.8	57	78	5	142	47	14	10	27	1.77
898892--898955	30	2.0	32	82	8	78	48	14	12	25	1.78
901040--901085	24	2.0	23	86	4	65	21	13	0	65	1.26
901472--901529	2	28.5	2	88	10	82	48	3	1	46	1.29
901964--902015	2	26.0	2	96	0	95	51	0	0	48	1.00
902765--902868	53	2.0	53	90	3	165	33	18	3	44	1.68
902769--902883	53	2.2	53	85	6	153	34	18	2	44	1.64
902867--902901	18	1.9	18	88	0	52	42	14	8	34	1.76
903373--903398	12	2.2	12	100	0	52	38	26	7	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908762--908933	53	3.2	52	85	4	220	40	5	19	34	1.74
909504--909553	20	2.6	19	78	12	57	46	2	0	52	1.12
910619--910656	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
911520--911562	14	3.1	14	90	6	70	65	0	0	34	0.93
911520--911560	13	3.1	13	92	3	64	65	0	0	34	0.93
912471--912514	14	3.1	14	80	6	52	45	0	4	50	1.22
912780--912880	30	3.4	30	75	15	86	49	1	0	47	1.19
912805--912849	15	3.0	15	83	0	63	51	0	0	48	1.00
912792--912903	14	8.0	13	69	16	64	51	0	0	46	1.13
912862--912901	15	2.8	14	92	3	62	60	2	0	37	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12