genome.fa.s293.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold293
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1704560

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1229--1274	15	2.9	17	78	12	53	28	0	0	71	0.86
1990--2060	21	3.3	22	79	15	78	47	0	0	52	1.00
2618--2714	27	3.7	27	78	5	83	46	16	10	26	1.79
4555--4609	24	2.3	24	81	9	60	49	12	7	30	1.68
4584--4687	27	3.8	27	83	9	122	47	14	7	30	1.72
4595--4687	27	3.5	26	88	8	125	46	13	7	32	1.72
5161--5201	16	2.6	16	88	7	57	36	0	7	56	1.27
5208--5277	30	2.3	30	80	4	79	42	0	4	52	1.20
9196--9228	13	2.4	14	90	10	50	24	0	3	72	0.98
13157--13464	162	1.9	163	86	0	438	29	15	10	44	1.79
16036--16067	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19231--19268	20	1.9	20	88	0	58	39	15	15	28	1.89
19255--19280	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
24337--24417	42	1.9	42	100	0	162	28	22	17	32	1.96
26161--26259	19	4.9	20	73	19	73	66	0	0	33	0.92
26176--26258	7	11.7	7	74	23	68	66	0	0	33	0.92
26159--26205	24	2.0	24	87	8	69	72	0	0	27	0.85
26176--26257	33	2.3	37	85	12	118	65	0	0	34	0.93
26180--26290	33	3.4	34	84	9	115	61	0	0	37	1.02
26908--26945	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
31394--31433	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
40345--40399	28	2.0	28	96	0	101	20	10	20	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42948--42993	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
46499--46613	30	3.7	31	83	3	115	22	29	18	29	1.97
46650--46708	27	2.3	25	83	11	82	22	35	15	27	1.94
46684--47678	34	28.8	34	84	9	1180	19	34	12	33	1.89
46527--47696	70	17.2	69	82	10	1220	20	34	12	32	1.90
46684--47678	104	9.6	104	84	9	1175	19	34	12	33	1.89
47196--47255	27	2.2	27	90	0	93	16	38	16	28	1.91
46529--47696	104	11.4	99	80	13	1034	20	34	12	32	1.90
47750--48016	43	5.9	43	83	10	336	25	25	19	29	1.98
47750--48125	43	7.9	48	76	13	332	25	24	17	31	1.97
47750--48073	92	3.5	92	92	1	522	25	24	18	31	1.97
48076--48202	67	1.9	68	85	1	175	24	25	12	37	1.90
48925--48991	33	2.0	33	88	0	98	35	11	11	40	1.79
48945--48969	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49035--49059	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49068--49198	52	2.5	52	93	0	217	35	17	16	31	1.92
52420--52462	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
56120--56146	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
57422--57536	30	3.7	31	83	3	115	22	29	18	29	1.97
57573--57631	27	2.3	25	83	11	82	22	35	15	27	1.94
57607--58601	34	28.8	34	84	9	1173	19	34	12	33	1.89
57450--58619	70	17.2	69	82	11	1213	20	34	12	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57607--58601	104	9.6	104	84	9	1168	19	34	12	33	1.89
58119--58178	27	2.2	27	90	0	93	16	38	16	28	1.91
57452--58619	104	11.4	99	79	13	1025	20	34	12	33	1.90
58673--58939	43	5.9	43	83	10	336	25	25	19	29	1.98
58673--59048	43	7.9	48	76	13	332	25	24	17	31	1.97
58673--58996	92	3.5	92	92	1	522	25	24	18	31	1.97
58999--59125	67	1.9	68	85	1	175	24	25	12	37	1.90
59848--59914	33	2.0	33	88	0	98	35	11	11	40	1.79
59868--59892	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
59958--59982	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
59991--60121	52	2.5	52	93	0	217	35	17	16	31	1.92
65317--65410	1	94.0	1	78	0	80	87	5	7	0	0.68
65318--65411	34	2.8	34	92	7	149	86	5	8	0	0.71
68656--68738	28	3.0	28	98	0	157	19	10	20	49	1.78
69740--69773	13	2.5	13	90	4	50	67	0	2	29	1.05
69799--69882	30	3.0	30	78	16	90	36	1	2	59	1.18
69826--69889	15	4.3	15	73	13	53	40	0	1	57	1.08
70222--70262	16	2.5	17	84	8	57	39	0	0	60	0.96
71626--71676	22	2.4	22	83	3	68	35	11	11	41	1.78
71867--71928	27	2.3	27	85	0	79	33	4	4	56	1.42
71978--72047	26	2.6	27	75	6	70	30	8	10	51	1.65
71997--72081	27	3.1	28	85	9	106	36	9	7	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71936--72081	27	5.4	27	74	11	104	33	10	6	49	1.63
82888--82914	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
88684--88737	20	2.7	20	82	0	63	35	7	14	42	1.74
94558--94596	19	2.1	19	100	0	78	48	10	25	15	1.76
104464--104491	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
104446--104508	33	1.9	33	90	6	101	36	12	14	36	1.84
105289--106286	49	21.8	48	72	15	701	29	19	26	25	1.98
105289--105611	150	2.2	148	84	2	396	34	18	25	21	1.96
105385--106048	88	7.3	98	90	3	314	28	18	26	25	1.98
105583--106230	39	14.9	39	72	19	387	26	19	27	26	1.99
105534--106143	88	7.0	88	94	0	1017	26	19	27	26	1.99
105886--106286	48	8.9	46	75	15	367	27	20	26	25	1.99
105975--106286	135	2.3	136	91	1	493	28	20	25	25	1.99
106111--106283	87	2.0	87	93	2	294	28	21	25	24	1.99
106283--106896	33	18.8	33	79	9	623	35	12	32	19	1.90
106283--107023	34	22.8	32	75	11	560	35	13	31	20	1.91
106283--106896	67	9.4	65	79	10	506	35	12	32	19	1.90
106283--106896	161	3.8	158	81	8	669	35	12	32	19	1.90
106749--106869	61	2.0	60	93	1	206	30	14	34	20	1.92
106283--107053	94	7.9	93	75	12	461	34	13	31	20	1.91
106283--107056	128	6.0	128	80	9	540	34	13	31	20	1.91
106908--107056	30	4.7	33	80	7	132	32	14	27	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106549--107056	33	15.9	31	76	12	221	34	13	30	22	1.92
115205--115260	20	2.6	22	88	8	80	39	14	16	30	1.88
115223--115260	13	3.2	13	78	21	55	36	15	15	31	1.90
116850--116944	10	9.9	10	78	11	76	83	12	2	2	0.83
116853--116943	9	9.9	9	82	5	103	83	12	2	2	0.83
116850--116944	19	5.0	19	75	14	97	83	12	2	2	0.83
116852--116922	1	71.0	1	74	0	52	85	11	1	1	0.72
118163--119002	28	29.5	28	83	3	955	27	30	18	24	1.98
118158--119002	171	4.9	169	85	4	1038	27	30	18	24	1.98
118167--119053	143	6.2	144	85	5	1133	27	29	18	24	1.98
119338--119392	28	2.0	28	92	0	92	34	38	5	21	1.77
119962--120036	20	3.8	20	80	0	96	32	13	13	41	1.83
120899--120931	16	2.1	16	100	0	66	30	12	12	45	1.78
124379--124471	41	2.2	41	84	1	123	29	17	7	46	1.75
126738--126779	12	3.6	12	84	15	61	26	45	9	19	1.80
129307--129350	22	2.0	22	100	0	88	22	22	4	50	1.67
130865--130915	25	2.0	25	100	0	102	37	15	19	27	1.92
130867--130909	13	3.4	13	75	18	54	32	13	23	30	1.93
131586--131621	18	2.0	19	89	10	58	41	5	0	52	1.24
136162--136277	58	2.0	58	83	3	144	37	14	14	33	1.87
148072--149383	49	27.9	49	74	13	933	31	17	24	25	1.97
148410--149386	43	21.3	43	72	16	564	31	17	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148410--148853	195	2.4	187	84	9	519	30	17	25	26	1.97
148594--148661	21	3.2	20	66	25	50	32	16	25	26	1.96
148637--148762	52	2.5	52	84	8	170	32	17	25	24	1.97
148168--149009	326	2.6	325	89	2	1226	31	17	24	26	1.97
148689--149192	92	5.4	92	78	12	467	31	17	25	25	1.97
149110--149386	92	3.1	91	87	3	380	31	18	24	25	1.98
149382--149822	33	13.6	33	78	10	385	36	12	30	20	1.90
149382--149822	34	13.6	33	77	11	376	36	12	30	20	1.90
149608--149714	27	3.7	27	77	16	115	38	14	27	20	1.91
149575--149822	61	4.0	61	84	5	295	36	12	29	21	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12