genome.fa.s298.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold298
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1060864

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  2  of  7  ( 780 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164328--164358	14	2.2	14	94	0	53	12	16	6	64	1.47
165077--165296	34	6.5	34	80	8	243	40	25	8	25	1.83
165078--165296	68	3.2	68	84	1	271	40	25	8	26	1.83
165077--165296	102	2.2	101	88	1	332	40	25	8	25	1.83
169706--169923	34	6.4	34	81	8	248	40	25	8	25	1.83
169706--169923	102	2.1	101	88	1	328	40	25	8	25	1.83
170907--170991	40	2.1	40	82	8	102	55	0	1	43	1.07
177763--177797	17	2.1	17	100	0	70	31	17	11	40	1.85
178672--178740	16	4.5	14	72	24	50	40	1	0	57	1.07
178685--178786	24	4.2	24	75	15	77	38	2	0	58	1.13
178700--178791	42	2.2	41	79	7	98	38	3	0	58	1.14
179643--179889	123	2.0	123	96	1	451	38	4	7	49	1.52
179687--179942	123	2.1	122	79	5	266	41	6	9	42	1.63
181294--181351	28	2.2	26	82	17	66	60	1	0	37	1.07
181334--181407	15	4.9	15	77	14	62	58	1	0	40	1.07
181334--181402	5	13.8	5	80	11	52	57	0	0	42	0.98
181859--181893	18	1.9	18	88	0	52	20	2	0	77	0.90
182175--182222	14	3.4	14	78	16	53	52	0	0	47	1.00
182164--182251	21	4.1	22	73	16	78	46	0	2	51	1.13
188186--188248	29	2.3	26	76	13	65	55	1	0	42	1.09
188186--188240	28	2.0	29	82	7	69	58	0	0	41	0.98
188923--188969	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189519--189567	20	2.4	22	80	13	59	51	2	8	38	1.43
189519--189557	19	2.0	20	85	5	53	48	2	7	41	1.45
190573--190614	16	2.5	17	84	3	59	50	0	0	50	1.00
194005--194050	21	2.1	23	92	8	78	54	0	0	45	0.99
194020--194060	15	2.7	15	84	3	55	58	0	0	41	0.98
194109--194191	36	2.2	37	83	12	100	49	2	0	48	1.14
194110--194192	37	2.2	37	79	12	91	50	2	0	46	1.14
195678--195715	2	19.0	2	94	0	67	0	47	2	50	1.15
201686--201731	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
202347--202378	15	2.1	16	94	5	57	71	0	18	9	1.12
202573--202631	14	4.2	14	75	0	64	49	0	1	49	1.11
202572--202647	28	2.7	28	93	2	125	50	0	2	47	1.15
202595--202642	14	3.4	14	76	0	60	52	0	2	45	1.12
203316--203353	20	1.9	20	94	0	67	44	10	0	44	1.38
208985--209021	16	2.3	17	81	13	51	45	0	0	54	1.00
211617--211653	14	2.7	14	84	15	51	35	0	0	64	0.94
214936--214991	29	1.9	29	82	7	69	37	0	1	60	1.07
214906--215002	35	2.8	33	74	9	88	39	0	1	59	1.04
215276--215323	17	2.8	17	84	15	64	56	0	2	41	1.11
215383--215424	19	2.2	20	79	12	52	61	0	0	38	0.96
215389--215425	19	2.0	18	89	5	56	67	0	0	32	0.91
215850--215885	19	1.9	19	88	5	56	50	11	0	38	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216359--216427	37	1.9	34	82	8	84	56	1	2	39	1.23
216613--216679	25	2.6	23	75	22	62	70	0	1	28	0.96
216650--216682	17	1.9	17	100	0	66	66	0	0	33	0.92
216903--216953	20	2.5	20	79	17	61	45	0	0	54	0.99
217047--217093	16	2.8	17	83	6	60	70	0	0	29	0.88
217029--217166	69	2.0	70	80	9	158	59	2	0	36	1.18
217968--218010	18	2.6	16	85	7	59	65	0	0	34	0.93
218496--218539	2	22.0	2	95	0	79	50	0	2	47	1.13
224808--224838	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
225256--225296	21	2.0	21	90	9	66	39	4	0	56	1.21
228412--228451	19	2.1	19	90	9	64	50	0	0	50	1.00
228504--228548	13	3.6	13	74	20	51	37	0	0	62	0.96
228501--228531	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
228629--228687	11	5.3	11	71	18	50	38	0	1	59	1.08
228862--228886	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
229208--229251	14	3.2	14	78	15	56	70	0	0	29	0.88
229203--229252	25	2.1	23	88	7	73	72	0	0	28	0.86
229749--229834	23	3.7	23	78	10	77	56	2	1	39	1.19
229790--229857	12	5.7	12	73	16	61	55	0	0	44	0.99
230536--230619	31	2.6	34	78	16	90	50	0	0	50	1.00
230535--230591	14	3.9	14	75	15	53	49	0	0	50	1.00
230524--230626	29	3.7	27	76	12	82	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230565--230652	39	2.3	38	77	14	92	46	0	0	53	1.00
231161--231271	27	4.3	26	72	20	90	60	0	1	37	1.07
231806--231847	22	2.0	21	86	13	59	33	0	0	66	0.92
232062--232139	38	2.1	37	80	7	86	48	6	1	43	1.36
233488--233531	21	2.1	21	86	0	61	38	0	20	40	1.53
233613--233676	28	2.4	26	80	17	78	54	0	0	45	0.99
233619--233707	32	2.7	32	84	8	101	52	0	2	44	1.13
234574--234614	2	20.5	2	94	0	73	46	0	0	53	1.00
235992--236034	15	3.0	14	80	12	52	32	2	0	65	1.06
236128--236152	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
236787--236837	13	3.8	13	70	14	50	64	9	1	23	1.34
236762--236832	27	2.5	28	79	16	76	66	9	1	22	1.29
239197--239248	23	2.3	23	83	12	63	40	1	1	55	1.22
241212--241243	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
242765--243534	389	2.0	388	82	5	939	42	6	8	42	1.60
244657--244689	4	8.8	4	87	12	52	72	0	0	27	0.85
245197--245263	13	4.7	15	75	15	63	47	0	0	52	1.00
245198--245259	23	2.9	22	81	9	74	50	0	0	50	1.00
246195--246230	2	18.0	2	94	0	54	44	0	5	50	1.25
250818--251098	139	2.0	139	96	0	517	37	9	12	39	1.77
251413--251482	11	6.5	11	78	15	65	37	2	0	60	1.12
251409--251450	20	2.2	19	95	4	75	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251845--251904	17	3.5	16	80	13	57	51	0	0	48	1.00
251842--251923	18	4.8	16	73	13	56	53	1	0	45	1.08
252006--252045	21	2.0	20	90	5	62	45	0	0	55	0.99
251999--252065	18	3.6	18	75	16	57	41	0	0	58	0.98
252002--252069	25	2.8	24	77	20	77	41	0	0	58	0.98
252062--252099	19	2.0	20	84	5	51	44	5	0	50	1.24
255307--255345	18	2.2	18	90	0	60	17	46	15	20	1.84
256161--256226	17	3.9	16	76	7	51	53	3	0	43	1.16
256182--256226	18	2.5	18	78	10	56	53	0	0	46	1.00
256191--256226	17	2.1	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
257495--257535	2	20.5	2	89	0	64	48	4	0	46	1.23
257976--258091	60	1.9	60	91	0	187	29	34	25	10	1.89
258151--258197	24	2.0	24	82	0	58	23	46	17	12	1.82
265213--265249	20	1.9	20	88	5	58	13	2	5	78	1.03
266639--266703	25	2.7	25	81	9	64	47	1	0	50	1.10
266830--266931	33	3.3	32	80	11	115	37	2	0	58	1.20
267935--267976	16	2.6	17	81	7	52	52	4	0	42	1.22
267928--268025	23	4.3	22	72	8	70	58	3	2	36	1.25
269253--269292	16	2.6	16	85	14	57	50	0	2	47	1.14
270204--270497	60	4.9	60	93	0	444	11	26	33	29	1.91
270952--270988	17	2.2	17	90	0	56	70	0	0	29	0.88
270949--270988	13	3.1	13	82	10	55	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271364--271408	13	3.5	13	79	11	56	55	0	0	44	0.99
276550--276590	20	2.0	20	85	4	55	60	0	7	31	1.24
276910--276980	7	9.9	7	77	17	58	53	1	4	40	1.29
278511--278540	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
278684--278710	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
279737--279791	2	27.5	2	81	0	65	41	0	1	56	1.10
279737--279791	16	3.4	16	82	0	74	41	0	1	56	1.10
279737--279791	20	2.8	20	82	0	74	41	0	1	56	1.10
279954--279984	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
280858--280898	21	1.9	22	85	5	57	43	0	4	51	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7