genome.fa.s311.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold311
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  800152

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
549--595	25	1.9	25	91	4	78	31	6	14	46	1.70
1223--1295	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1241--1316	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
1223--1316	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
1355--1380	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
3259--3317	29	2.0	29	96	0	109	30	10	23	35	1.88
6759--6792	3	11.3	3	93	0	59	32	0	2	64	1.08
7326--7395	28	2.6	28	74	19	76	64	0	0	35	0.94
7391--7448	30	1.9	29	83	13	73	55	0	0	44	0.99
7877--7901	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8795--8834	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
10347--10586	50	4.8	50	84	2	293	31	18	18	31	1.95
14957--15162	50	4.1	50	87	2	281	29	20	18	32	1.96
14957--15162	100	2.1	100	89	1	315	29	20	18	32	1.96
15883--15917	17	2.0	18	88	5	54	40	0	0	60	0.97
21131--21174	19	2.3	19	84	11	54	50	0	0	50	1.00
21123--21190	25	2.8	25	75	8	68	48	0	0	51	1.00
21172--21209	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
21387--21418	15	2.1	15	94	0	55	53	0	0	46	1.00
21499--21537	12	3.2	13	82	10	55	64	0	0	35	0.94
21599--21641	5	7.5	6	85	15	56	46	0	0	53	1.00
21601--21641	16	2.4	16	84	8	55	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21868--21909	21	2.0	21	86	9	59	52	0	0	47	1.00
21845--21963	49	2.4	49	81	13	129	52	0	0	46	1.06
21934--21966	13	2.5	14	90	9	52	66	0	0	33	0.92
21941--21985	10	4.6	10	84	15	51	66	2	0	31	1.04
23203--23231	10	2.9	10	100	0	58	58	0	0	41	0.98
23203--23267	20	3.3	20	73	14	55	58	1	0	40	1.07
23618--23658	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
24462--24519	23	2.5	22	86	5	71	48	1	0	50	1.11
25063--25113	20	2.6	18	77	22	50	37	1	1	58	1.20
30743--30776	2	17.5	2	87	6	52	50	0	2	47	1.16
33976--34032	22	2.6	22	94	2	98	64	8	8	17	1.46
34940--35014	20	3.8	19	75	12	71	42	13	12	32	1.80
35570--35638	32	2.1	33	83	2	86	37	15	20	26	1.93
35625--37120	257	5.8	256	90	3	2110	21	19	32	27	1.97
35624--37122	28	52.6	28	86	4	1826	21	19	32	27	1.97
38341--38416	12	6.7	11	77	19	68	1	5	10	82	0.87
38363--38415	1	53.0	1	78	0	52	0	1	9	88	0.58
38341--38415	24	3.2	23	83	9	89	1	5	9	84	0.84
38366--38413	8	5.9	8	86	13	71	0	2	10	87	0.62
51437--51494	23	2.6	22	89	7	91	65	8	8	17	1.45
51437--51494	22	2.7	23	92	7	95	65	8	8	17	1.45
52403--52476	20	3.8	19	77	10	78	40	13	13	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52770--52817	16	2.9	16	76	11	53	75	6	0	18	1.01
53212--53274	31	2.0	32	82	14	78	58	1	0	39	1.07
53270--53350	40	2.0	40	81	11	96	55	3	0	40	1.17
53675--53809	65	2.1	66	83	4	166	38	3	10	47	1.56
53825--53857	13	2.4	14	85	5	50	45	3	6	45	1.43
59541--59576	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
59581--59625	22	2.0	23	91	4	74	68	2	0	28	1.01
60057--60091	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
61902--61932	4	7.8	4	100	0	62	77	0	22	0	0.77
61977--62038	10	6.5	10	75	17	69	32	0	0	67	0.91
62242--62272	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48
62350--62411	4	15.5	4	83	6	72	79	0	20	0	0.74
62725--62760	2	18.0	2	88	0	54	47	2	0	50	1.15
63006--63055	23	2.2	22	82	6	64	22	2	2	74	1.03
63964--63993	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
64695--64740	15	3.1	15	76	17	51	23	4	0	71	1.03
64810--64873	2	32.0	2	96	0	119	48	0	1	50	1.10
66414--66466	15	3.5	16	80	12	51	62	0	1	35	1.06
66622--66713	32	3.0	30	78	10	80	56	0	0	43	0.99
66644--66711	21	3.5	20	77	20	72	58	0	0	41	0.98
69121--69262	70	2.0	70	98	0	275	36	19	23	21	1.95
72437--72526	37	2.4	37	83	0	117	33	20	22	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72659--72693	16	2.2	16	90	10	54	48	20	0	31	1.50
76087--76143	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
76067--76164	32	3.0	32	98	1	187	34	12	18	34	1.88
76066--76162	19	5.7	19	72	27	101	34	12	18	35	1.88
76207--76231	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
80405--80448	18	2.4	18	84	3	52	22	9	27	40	1.84
80869--80922	24	2.2	24	80	0	63	42	9	11	37	1.73
81112--81159	16	3.3	15	81	13	57	66	0	0	33	0.92
81476--81568	30	3.2	28	75	17	91	53	1	2	43	1.19
81476--81582	29	3.7	28	74	12	92	55	0	2	41	1.21
83308--83333	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
83989--84073	20	3.7	20	71	28	71	28	17	11	42	1.84
84496--84524	13	2.1	14	93	6	51	65	27	0	6	1.18
88135--88165	16	1.9	16	93	0	53	29	3	16	51	1.59
88940--88980	21	2.0	20	85	4	55	73	4	0	21	1.02
89591--89616	5	5.2	5	100	0	52	19	19	61	0	1.35
91947--92010	2	33.0	2	81	12	71	43	1	1	53	1.19
94473--94519	25	2.0	24	84	12	62	53	0	2	44	1.12
94667--94711	2	22.5	2	95	0	81	51	0	2	46	1.13
95382--95415	16	2.2	15	89	5	50	55	14	0	29	1.40
96583--96619	2	18.5	2	94	0	56	51	5	0	43	1.24
101724--101766	21	2.0	21	86	8	61	46	2	0	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101747--101810	30	2.1	30	94	0	110	48	0	0	51	1.00
101726--101805	24	3.2	25	75	16	76	47	1	0	51	1.08
101942--101981	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
101943--101991	21	2.3	21	82	6	55	44	0	0	55	0.99
106280--106332	27	2.0	26	82	10	63	41	0	0	58	0.98
106663--106715	29	1.9	26	81	11	61	54	0	0	45	0.99
106683--106726	17	2.5	17	79	13	54	59	0	0	40	0.98
107462--107506	23	2.0	23	82	8	56	35	0	4	60	1.17
108480--108541	28	2.2	28	83	11	74	22	4	1	70	1.14
110879--110976	44	2.2	44	77	13	105	39	1	0	59	1.04
111966--111995	10	3.0	10	90	0	51	60	0	3	36	1.14
116061--116085	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
116831--116872	20	2.1	20	86	8	59	33	0	2	64	1.07
124186--124254	7	10.6	7	73	17	51	49	1	2	46	1.25
124190--124252	6	10.0	6	76	21	58	50	1	3	44	1.27
124186--124252	13	5.2	13	73	20	61	49	1	2	46	1.26
127741--127780	21	1.9	21	89	0	62	32	0	2	65	1.06
127739--127780	22	2.0	21	90	4	66	33	0	2	64	1.07
127811--127899	26	3.3	26	74	20	101	40	3	8	47	1.52
128254--128307	11	5.0	11	77	11	58	25	0	0	74	0.83
128267--128324	26	2.2	27	81	12	75	32	0	0	67	0.91
128259--128340	37	2.2	37	80	4	94	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136590--136648	7	8.4	7	76	14	59	54	0	1	44	1.10
136590--136663	35	2.1	36	87	5	107	54	1	2	41	1.23
140525--140624	53	1.9	52	81	2	119	26	13	0	61	1.32
144480--144507	13	2.2	13	100	0	56	32	28	0	39	1.57
144524--144548	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
155771--155840	32	2.2	32	82	12	83	51	2	2	42	1.31
156566--156606	17	2.4	17	88	8	57	48	9	14	26	1.75
157326--157375	19	2.6	18	78	12	55	26	0	6	68	1.13
158574--158620	22	2.3	21	89	10	71	44	0	0	55	0.99
162274--162320	25	1.9	24	87	12	69	46	0	12	40	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7