genome.fa.s311.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold311
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  800152

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164531--164563	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
164774--164917	74	1.9	75	94	1	254	34	15	17	32	1.92
165741--165808	29	2.3	29	80	7	77	36	4	1	57	1.28
166337--166376	20	2.0	20	100	0	80	50	5	10	35	1.58
171113--171173	28	2.2	28	82	11	72	52	1	4	40	1.33
173429--173475	23	2.0	24	91	4	78	19	0	14	65	1.26
173780--174106	146	2.2	145	81	5	365	32	2	12	53	1.51
173780--174097	74	4.4	73	80	7	306	32	2	12	52	1.52
176996--177035	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
178202--178263	2	31.0	2	93	0	106	50	0	0	50	1.00
178513--178549	19	1.9	19	89	10	58	43	0	0	56	0.99
178518--178558	19	2.1	20	82	13	50	43	0	0	56	0.99
178517--178571	18	3.0	20	74	15	55	52	0	0	47	1.00
180718--180763	23	2.0	24	91	4	76	54	13	0	32	1.39
183113--183491	117	3.2	116	81	5	424	41	12	15	29	1.85
183113--183491	58	6.5	59	77	6	378	41	12	15	29	1.85
183993--184070	20	3.8	20	75	12	86	44	11	11	32	1.76
183992--184094	20	4.9	20	72	16	84	41	11	11	34	1.78
183992--184093	42	2.4	42	95	0	177	42	11	11	34	1.78
187783--187819	9	3.9	9	86	13	56	0	13	0	86	0.57
187775--187823	10	4.8	10	87	2	71	2	14	0	83	0.73
189034--189070	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192701--192748	19	2.6	18	83	6	51	56	0	2	41	1.11
194482--194547	33	2.0	33	91	2	107	57	4	6	31	1.43
194460--194674	113	1.9	111	86	3	306	44	7	10	37	1.67
194434--194723	113	2.6	110	79	9	293	45	8	9	35	1.68
195240--195289	15	2.9	18	74	17	61	38	6	6	50	1.52
195263--195369	29	3.7	29	75	19	114	41	8	2	47	1.48
200844--200952	56	1.9	56	81	7	132	43	13	4	38	1.65
203851--204011	59	2.7	59	84	0	198	44	14	12	28	1.81
209259--209298	18	2.2	18	91	8	64	65	0	2	32	1.06
209448--209487	17	2.3	18	87	12	57	30	2	0	67	1.04
209562--209594	16	2.0	17	88	5	50	57	6	0	36	1.23
210206--210269	15	4.2	15	73	11	58	60	3	0	35	1.12
210501--210538	19	2.0	19	94	0	67	50	0	7	42	1.31
211189--211348	79	2.0	79	84	2	205	43	10	9	36	1.70
211739--211821	36	2.3	35	78	11	89	46	0	6	46	1.27
215930--216051	53	2.3	54	79	10	128	38	1	0	59	1.13
215856--216237	126	3.2	122	77	17	370	42	1	1	54	1.19
216036--216077	21	1.9	23	85	9	61	38	2	0	59	1.10
216293--216344	16	2.9	17	77	11	52	34	0	0	65	0.93
216291--216335	22	2.0	22	84	16	58	28	0	0	71	0.87
216351--216417	22	3.1	22	81	12	77	64	1	1	32	1.12
217001--217058	24	2.4	24	82	5	64	50	8	12	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217345--217394	22	2.2	23	89	3	75	40	14	0	46	1.44
220798--221109	166	1.9	166	85	4	441	51	7	9	31	1.63
222154--223179	85	12.2	83	71	11	407	41	16	23	19	1.90
222154--223182	42	24.4	42	71	11	240	41	16	23	19	1.90
222154--222923	127	6.1	124	72	11	410	40	15	24	19	1.90
223074--223179	43	2.5	41	79	10	115	45	16	19	17	1.86
223536--223702	88	1.9	88	81	2	201	40	16	22	20	1.91
223706--223910	48	4.3	48	78	4	218	43	17	18	20	1.88
223702--223960	96	2.7	96	81	6	285	44	16	18	20	1.87
225063--225486	222	1.9	222	97	0	794	37	13	16	32	1.88
225818--225863	16	2.8	16	96	3	83	8	17	0	73	1.07
226145--226184	16	2.6	16	88	4	55	17	22	2	57	1.52
229750--230219	155	3.0	150	74	10	403	39	20	15	24	1.91
234422--234552	52	2.5	52	93	0	226	29	16	18	35	1.93
234561--234585	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
234623--234691	32	2.1	33	89	7	106	36	18	10	34	1.85
234647--234671	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
235831--236261	166	2.6	165	77	10	396	50	8	10	30	1.66
236080--236133	21	2.7	20	80	11	56	57	5	14	22	1.58
237533--237607	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
237533--237610	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
238517--238572	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238525--238579	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
240178--240202	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
244999--245033	11	3.2	11	100	0	70	77	22	0	0	0.78
246046--246222	27	6.5	27	91	2	246	23	32	14	30	1.94
246210--246234	12	2.1	12	100	0	50	24	28	8	40	1.83
246182--246259	39	2.0	41	89	5	124	23	25	12	38	1.90
246155--246283	67	1.9	67	90	3	206	23	25	13	37	1.91
246127--246720	82	6.9	96	83	11	364	22	31	13	31	1.93
246222--247434	28	43.0	27	87	5	889	26	32	15	25	1.96
246222--247434	54	21.5	54	85	6	889	26	32	15	25	1.96
246353--248476	28	73.8	28	88	4	1926	27	32	17	22	1.96
249087--249161	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
249087--249164	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
250071--250126	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
250079--250133	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
251731--251755	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
252901--253071	58	3.0	55	83	8	202	43	14	12	29	1.83
252942--253089	54	2.6	54	80	15	142	45	12	12	30	1.78
259778--259803	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
265355--265380	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
265337--265400	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
266774--266814	21	1.9	22	85	14	59	63	7	2	26	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267499--267579	32	2.5	33	80	6	103	51	8	7	32	1.60
267506--267564	16	3.7	16	74	0	55	50	10	5	33	1.58
268478--268545	33	2.1	33	94	0	118	39	25	1	33	1.65
269425--269468	19	2.3	19	84	0	61	40	0	2	56	1.11
269591--269635	20	2.2	21	88	7	67	68	0	0	31	0.89
269591--269639	19	2.5	20	87	6	66	65	0	0	34	0.93
270817--270849	16	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
270818--270879	22	2.8	21	76	16	54	40	0	0	59	0.97
272235--272301	33	2.0	33	85	0	89	50	1	0	47	1.10
272666--272698	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
275567--275675	18	6.1	17	70	20	62	43	0	0	55	1.05
275560--275616	19	2.7	22	76	20	68	42	0	0	57	0.98
275565--275650	28	3.1	27	76	17	86	40	1	0	58	1.06
275560--275628	23	3.1	22	77	8	68	42	1	0	56	1.08
278669--278758	44	2.1	43	95	2	162	14	20	2	63	1.41
291970--291994	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
291983--292127	52	2.8	53	86	4	188	34	18	17	29	1.94
299278--299349	29	2.3	31	86	13	96	81	6	9	1	0.92
299278--299337	25	2.4	23	74	17	50	83	8	6	1	0.88
299291--299340	24	2.1	24	85	7	66	82	8	8	2	0.93
300339--300424	30	2.8	31	81	12	104	23	27	15	33	1.94
300401--301037	34	19.8	34	72	15	294	19	31	13	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300550--300685	27	4.7	27	76	13	128	22	34	15	27	1.94
300633--300987	61	5.5	62	80	10	410	20	32	12	34	1.90
300632--300984	126	2.7	126	81	8	435	20	32	13	33	1.91
300846--301037	70	2.7	70	84	7	239	19	31	10	37	1.87
301024--301250	33	7.0	33	90	5	356	28	33	17	20	1.96
301024--301246	65	3.4	66	93	1	387	28	33	17	20	1.96
301023--301250	98	2.3	97	91	6	356	28	33	17	21	1.96
301248--301918	52	13.9	51	79	12	546	25	25	17	32	1.97
301352--301855	43	10.9	43	79	13	497	25	25	18	30	1.98
301352--301809	92	5.0	92	91	4	691	25	25	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7