genome.fa.s317.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold317
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  576627

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  2  of  7  ( 806 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144806--145411	95	6.3	89	82	10	523	32	12	35	19	1.89
145326--145440	60	1.9	61	90	1	187	28	13	34	22	1.93
146423--146473	24	2.1	24	85	7	68	1	9	7	80	0.98
146724--146759	15	2.4	15	85	0	54	0	2	13	83	0.76
153095--153168	36	2.1	36	100	0	148	18	21	25	33	1.96
153100--153176	36	2.1	36	95	0	136	23	22	23	31	1.99
153734--153862	52	2.5	52	97	0	240	28	17	17	36	1.93
153868--153895	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
153938--154035	19	5.8	17	71	28	77	37	18	12	31	1.88
153956--154014	13	4.1	13	73	23	55	37	18	13	30	1.90
153938--154034	32	3.0	32	90	1	158	37	18	12	31	1.88
155084--155122	21	1.9	20	89	5	60	79	2	12	5	1.00
156356--156634	90	3.1	90	86	0	362	28	28	16	26	1.97
156867--157036	35	4.9	35	89	3	254	21	23	12	42	1.86
157006--157441	47	9.3	47	77	9	363	25	23	12	38	1.90
157508--157716	47	4.5	47	77	5	174	21	24	15	39	1.91
157803--157957	82	1.9	82	86	2	222	15	32	15	36	1.89
157815--158081	87	3.1	87	78	9	230	18	32	13	35	1.90
159268--159594	165	2.0	165	89	3	498	30	11	6	50	1.65
159268--159655	165	2.4	165	85	3	480	30	11	7	50	1.67
161599--161728	67	2.0	65	89	4	199	23	10	20	45	1.81
162381--162442	32	1.9	33	90	3	99	29	12	14	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162495--162579	19	4.7	19	80	18	101	31	10	18	38	1.85
162532--162581	13	4.3	13	72	27	58	32	12	18	38	1.87
162513--162581	33	2.1	32	94	2	120	31	11	18	37	1.87
164755--164807	19	2.7	20	80	11	65	43	0	0	56	0.99
164968--165029	14	4.4	14	85	2	70	53	1	1	43	1.20
164997--165034	15	2.6	15	91	4	60	63	0	0	36	0.95
166323--166356	15	2.1	17	89	10	54	61	0	2	35	1.11
166488--166531	18	2.5	18	81	3	54	43	0	9	47	1.35
169138--169190	16	3.3	16	73	17	56	20	24	0	54	1.44
176090--176132	13	3.1	14	86	10	61	46	0	0	53	1.00
176093--176139	15	3.3	15	82	11	62	44	0	0	55	0.99
176324--176357	14	2.4	14	95	0	59	32	0	2	64	1.08
179863--179917	20	2.8	20	88	0	83	40	14	12	32	1.84
181193--181234	14	3.0	14	85	0	57	61	0	2	35	1.09
182812--182867	21	2.6	22	76	18	64	58	0	0	41	0.98
182813--182861	19	2.7	18	81	12	55	59	0	0	40	0.98
182964--183037	35	2.1	35	89	0	112	51	1	4	43	1.29
184273--184323	12	4.5	11	80	11	59	37	0	0	62	0.95
184277--184319	21	2.0	22	90	4	70	37	0	0	62	0.95
184455--184506	26	2.0	27	85	10	74	34	0	0	65	0.93
185021--185055	18	2.0	18	88	5	54	54	0	0	45	0.99
185498--185560	16	3.9	16	78	19	60	77	0	12	9	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185581--185666	43	2.0	41	91	4	136	32	6	22	38	1.81
190274--190309	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
192230--192265	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
193329--193368	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
193369--193396	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
193626--193654	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
194395--194432	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
195102--195172	37	1.9	36	83	8	90	49	1	0	49	1.09
196201--196264	33	2.0	32	87	3	92	34	10	15	39	1.83
196883--196928	21	2.2	21	96	0	83	30	32	0	36	1.58
198232--198274	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
198718--198743	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
198904--198956	16	3.6	15	75	12	56	50	22	0	26	1.49
200818--200855	15	2.4	16	82	8	51	15	18	18	47	1.83
204341--204408	19	3.9	19	76	21	76	35	11	13	39	1.81
204362--204386	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
204343--204405	32	2.0	32	93	0	108	34	12	14	38	1.84
204394--204474	34	2.4	34	97	0	153	37	17	16	29	1.91
204482--204507	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
204462--204524	33	1.9	33	86	0	90	25	14	17	42	1.87
206877--207024	81	1.9	80	84	4	201	29	27	14	28	1.95
206958--207178	52	4.3	53	79	8	206	31	25	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207161--207242	28	2.9	28	83	7	96	24	32	17	25	1.96
216849--217033	79	2.4	78	82	2	219	31	16	28	23	1.96
216985--217056	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
216936--217434	263	1.9	263	87	2	734	31	13	26	28	1.93
217248--217323	27	2.8	26	90	6	107	22	21	32	23	1.98
217044--217429	52	7.4	52	71	9	223	32	12	25	30	1.92
219781--219835	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
219855--219922	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
219877--219901	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
219858--219920	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
220606--221569	55	17.4	55	89	4	1394	22	19	29	28	1.98
222570--222599	12	2.5	12	94	0	51	0	10	3	86	0.67
227820--227868	14	3.5	13	81	10	53	85	8	6	0	0.73
228853--229845	55	17.3	59	84	8	1077	25	28	20	24	1.99
228848--229845	119	8.7	119	84	8	1104	25	28	20	24	1.99
230638--230662	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
230705--230730	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
230685--230751	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
233094--233431	52	6.4	51	72	14	233	30	27	12	29	1.93
233151--233226	27	2.8	28	85	2	100	25	34	19	21	1.96
233211--233431	105	2.1	103	83	3	264	30	26	11	31	1.91
234999--235023	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234976--235043	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
235763--235818	21	2.8	21	81	5	62	37	12	14	35	1.84
236439--236493	12	4.3	12	82	13	58	85	1	3	9	0.79
236439--236494	20	2.8	20	86	7	71	85	1	3	8	0.78
236450--236500	14	3.7	13	85	15	50	86	0	5	7	0.71
237309--237558	115	2.2	118	76	9	255	26	11	16	46	1.80
237212--237854	59	11.3	57	73	13	321	25	11	17	46	1.80
237611--237779	60	2.9	58	82	5	187	25	8	18	47	1.77
238282--238309	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
238349--238455	20	5.7	20	75	18	88	28	15	12	42	1.83
238366--238435	33	2.1	33	89	0	104	28	17	11	42	1.83
241709--241734	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
241689--241752	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
242601--242639	20	1.9	21	94	5	71	30	10	12	46	1.75
242685--242710	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
240935--242907	976	2.0	984	93	3	3353	31	17	17	34	1.93
243411--243506	48	2.0	48	97	0	183	37	22	5	34	1.77
245004--245028	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
245135--245181	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
245303--245341	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
251526--251550	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
254260--254298	13	3.0	13	92	0	60	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258254--258292	20	1.9	21	94	5	71	35	10	10	43	1.73
258327--258378	19	2.7	20	84	6	70	28	13	21	36	1.91
258328--258384	19	2.9	18	80	12	60	26	12	24	36	1.91
260385--260415	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
262209--262253	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
264452--264516	20	3.6	20	73	26	81	27	12	18	41	1.86
264472--264530	13	4.0	13	73	26	55	28	13	16	40	1.87
264452--264548	33	3.0	33	95	1	169	27	13	18	40	1.88
267082--267107	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
269176--269206	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7