genome.fa.s322.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold322
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1390506

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1817--1867	17	2.8	18	79	11	59	33	17	13	35	1.89
1937--1961	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2865--2923	19	3.0	19	74	13	57	47	3	5	44	1.42
3530--3556	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
3627--3652	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
3609--3672	33	1.9	32	87	12	94	37	12	17	32	1.87
5868--5908	21	2.0	21	90	0	64	60	4	9	24	1.47
10224--10249	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
10203--10272	33	2.1	34	86	7	99	32	10	22	34	1.88
11062--11257	97	2.0	97	87	2	277	36	12	21	29	1.90
13622--13667	19	2.4	19	85	7	58	54	0	6	39	1.26
14711--14763	13	4.5	13	71	26	55	39	15	13	32	1.85
14711--14779	33	2.1	33	89	5	104	39	17	13	30	1.87
17317--17356	13	3.1	13	88	0	62	40	15	15	30	1.87
22886--22956	20	3.6	19	84	3	79	39	15	14	30	1.87
23924--24342	224	1.8	229	92	3	713	49	7	5	37	1.56
24624--24675	16	3.2	16	81	8	61	61	0	1	36	1.07
24808--24917	16	6.9	15	80	10	94	57	5	0	37	1.22
25113--25161	3	16.3	3	87	8	73	32	0	0	67	0.91
30251--30370	30	4.0	30	94	0	204	31	23	15	30	1.95
30410--30435	6	4.3	6	100	0	52	30	15	0	53	1.42
30469--30502	16	2.2	16	89	5	52	55	0	2	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30969--31346	189	2.0	194	88	4	577	36	10	12	40	1.77
32597--32637	22	1.9	21	90	5	64	68	0	7	24	1.15
32607--32639	16	2.1	16	88	11	50	69	0	6	24	1.10
32607--32639	15	2.1	16	88	5	50	69	0	6	24	1.10
45885--45917	16	2.1	16	94	0	57	60	15	0	24	1.35
46492--46542	5	10.0	5	83	8	59	78	0	0	21	0.75
46491--46541	6	8.7	6	83	12	54	80	0	0	19	0.71
46492--46530	14	2.7	14	88	4	51	79	0	0	20	0.73
50442--50498	21	2.8	21	83	2	80	35	15	17	31	1.92
50483--50507	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
50557--50619	32	1.9	33	87	3	92	34	15	14	34	1.88
53666--53768	33	3.1	33	95	0	188	29	18	13	38	1.89
53648--53768	20	6.8	20	72	24	117	28	17	14	40	1.88
53686--53749	13	5.4	13	77	21	77	29	17	14	39	1.88
56091--56206	51	2.3	51	89	4	180	33	25	11	30	1.90
56144--56435	79	3.7	79	80	6	306	28	23	14	33	1.94
59069--59113	20	2.1	21	84	8	56	55	4	20	20	1.60
63026--63064	13	3.0	13	92	0	69	28	15	17	38	1.91
65600--65625	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
72754--72784	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
76814--76865	19	2.7	20	88	11	81	30	15	15	38	1.88
77798--78073	33	8.8	33	71	17	144	23	30	13	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77783--77903	62	2.0	60	80	9	138	23	33	13	30	1.93
77782--78176	30	13.0	30	71	16	142	23	29	13	33	1.93
77859--78011	63	2.4	65	77	10	181	25	27	13	33	1.93
77968--78410	32	14.4	31	71	16	169	22	30	12	34	1.91
78043--78153	27	4.0	27	80	6	100	24	30	15	29	1.95
78153--78286	66	2.0	66	84	5	173	22	32	8	37	1.84
77932--78412	186	2.6	178	78	8	455	22	30	12	34	1.91
78184--78622	158	2.8	155	80	4	513	20	29	12	36	1.90
78348--78440	33	2.7	34	82	8	109	19	27	13	38	1.90
78498--78597	32	3.0	33	85	4	130	20	25	11	44	1.84
78570--78627	27	2.1	27	87	0	80	22	31	13	32	1.93
78617--78823	63	3.3	60	86	7	265	28	32	18	20	1.96
78617--78823	31	6.7	30	87	8	265	28	32	18	20	1.96
78617--78823	93	2.2	92	86	8	301	28	32	18	20	1.96
78811--79000	49	4.0	44	75	15	157	24	26	18	31	1.98
78856--79198	52	6.7	52	77	6	251	24	22	16	35	1.95
78856--79191	101	3.3	101	79	7	283	24	22	16	35	1.95
79153--79346	61	3.2	61	91	2	293	23	24	12	39	1.89
80907--80947	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
82604--82644	22	1.9	21	95	5	73	34	14	17	34	1.90
82673--82774	33	3.1	33	92	2	152	30	12	19	37	1.89
82705--82772	20	3.8	20	70	25	78	32	11	19	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82691--82748	13	4.9	13	72	23	56	29	13	18	37	1.90
89247--89271	3	8.3	3	100	0	50	0	68	0	32	0.90
89705--89802	50	2.0	49	84	8	126	38	9	15	36	1.79
90380--90436	19	2.9	19	78	2	69	33	19	12	35	1.89
99227--99275	19	2.7	18	79	14	57	85	14	0	0	0.59
99228--99273	16	2.9	15	84	15	58	84	15	0	0	0.62
99230--99274	15	2.9	15	87	12	65	84	15	0	0	0.62
99228--99267	8	4.9	8	87	6	62	85	15	0	0	0.61
106103--106128	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
106083--106146	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
106780--106875	47	2.0	47	96	4	176	34	19	9	36	1.84
108248--108290	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
108731--108768	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
109959--109983	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
109938--110001	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
110728--110754	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
112515--112545	16	1.9	16	93	0	53	38	0	22	38	1.54
112470--112612	69	2.1	69	93	2	243	37	6	20	34	1.78
113190--113246	19	2.9	19	86	2	78	31	14	17	36	1.89
113275--113341	20	3.7	19	74	25	74	34	13	16	35	1.88
113289--113343	13	4.7	13	72	25	59	34	12	18	34	1.89
113276--113340	33	2.0	33	93	6	114	35	13	16	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114099--114230	33	4.2	32	75	14	105	24	28	12	34	1.91
114099--114230	64	2.1	62	84	2	165	24	28	12	34	1.91
114173--114539	58	6.1	58	72	15	250	20	28	14	35	1.93
114369--114522	32	4.9	32	76	12	138	19	25	13	40	1.88
114140--114805	27	21.6	33	71	15	195	20	29	14	35	1.92
114441--114498	28	2.1	27	87	3	80	20	25	13	39	1.90
114585--114682	33	2.9	33	77	7	108	19	28	12	39	1.88
114465--114847	157	2.5	155	85	5	508	20	31	13	33	1.92
114734--114812	34	2.4	34	86	2	115	17	31	11	39	1.85
114780--114848	27	2.6	27	80	0	75	26	40	10	23	1.86
114617--114868	124	2.0	125	80	5	287	21	32	13	32	1.92
114835--115017	31	5.9	31	82	7	228	28	32	19	19	1.96
114839--115017	93	1.9	93	89	2	279	29	32	20	18	1.96
114835--115017	61	2.9	63	82	9	214	28	32	19	19	1.96
119702--119856	82	1.9	82	80	9	183	34	12	23	28	1.92
119956--120014	28	2.1	28	84	3	75	22	20	32	25	1.98
119867--120098	108	2.1	109	81	3	272	31	13	26	28	1.94
119985--120261	81	3.4	81	82	3	263	35	13	23	27	1.93
120220--120289	28	2.5	28	79	4	88	22	24	31	21	1.98
120146--120426	108	2.6	110	84	5	295	32	14	24	28	1.95
122516--122590	20	3.8	20	92	0	123	38	14	13	33	1.85
122516--122592	40	1.9	40	94	0	136	38	14	12	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122553--122694	51	2.8	52	76	11	139	45	14	13	27	1.82
123440--123643	74	2.7	75	83	1	221	46	11	24	18	1.82
123813--124166	105	3.4	105	82	3	410	45	11	22	20	1.83
124507--124639	41	3.3	41	75	8	119	48	14	17	20	1.81
125674--125699	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
126328--126741	76	5.4	76	72	13	260	42	12	18	26	1.86
126440--126477	20	1.9	20	88	0	58	52	18	7	21	1.70
128462--128488	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
128442--128505	32	2.0	33	87	3	94	28	15	14	42	1.86
128526--128601	21	3.7	21	78	3	100	27	18	13	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9