genome.fa.s322.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold322
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1390506

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795491--795515	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
795581--795605	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
795614--795733	52	2.3	52	97	0	222	35	18	17	29	1.94
802620--802684	10	7.2	9	77	16	64	86	13	0	0	0.58
802620--802683	13	4.6	14	81	11	87	85	14	0	0	0.59
802620--802683	29	2.3	27	86	7	94	85	14	0	0	0.59
802924--802954	16	1.9	16	93	0	53	87	6	6	0	0.68
803940--804296	34	10.7	34	82	11	391	20	34	12	32	1.91
803970--804322	131	2.6	134	85	8	470	20	34	12	32	1.89
804107--804322	34	6.4	35	82	10	186	20	36	12	31	1.89
804237--804322	35	2.4	36	84	9	122	20	36	10	32	1.87
804304--804444	34	4.2	34	93	0	241	27	36	17	19	1.93
804444--805111	49	13.7	49	88	2	965	25	26	17	29	1.98
804930--805067	43	3.1	43	91	5	204	25	26	18	28	1.98
805021--805159	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
805989--806055	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
806009--806033	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
806099--806123	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
806132--806251	52	2.3	52	97	0	222	35	18	17	29	1.94
809680--809735	20	2.8	20	86	0	85	7	28	42	21	1.79
810174--810209	13	2.8	13	82	0	54	33	11	19	36	1.87
817476--817503	14	2.0	14	100	0	56	57	14	0	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818137--818171	3	11.7	3	87	0	52	28	31	0	40	1.57
820729--820948	79	2.8	76	78	8	219	33	15	25	26	1.95
820883--820997	51	2.3	51	86	6	162	29	11	28	30	1.91
820981--821054	28	2.6	28	84	0	94	25	18	31	24	1.98
823811--823878	20	3.8	20	69	28	71	32	22	10	35	1.88
823815--823876	32	1.9	33	93	3	108	33	22	9	33	1.87
828251--828386	51	2.6	51	82	4	139	43	12	14	29	1.82
828425--828498	21	3.6	20	83	7	78	31	17	12	39	1.86
831832--831871	18	2.2	18	90	0	62	60	2	22	15	1.47
832265--832621	166	2.2	165	76	8	357	41	17	8	33	1.78
833807--834157	163	2.1	163	81	5	386	47	6	14	32	1.70
836378--836420	19	2.1	21	87	8	63	51	13	11	23	1.74
838341--838379	20	1.9	21	84	5	53	66	0	0	33	0.92
838493--838520	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
838884--838908	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
846952--846995	23	2.0	22	81	4	52	38	2	11	47	1.52
850856--850898	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
853418--853448	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
865105--865223	51	2.3	52	83	1	159	31	13	12	42	1.82
867622--867882	81	3.2	80	79	4	258	29	26	11	32	1.92
867834--867900	28	2.4	28	87	0	89	31	31	16	20	1.95
874500--874579	38	2.0	40	83	4	101	33	23	6	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874584--874627	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
876431--876456	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
878535--878565	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
880370--880414	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
882629--882654	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
890189--890243	6	8.0	7	73	18	53	83	10	3	1	0.84
890191--890280	20	4.3	21	72	12	78	81	8	7	2	0.96
890192--890249	20	2.8	20	89	2	80	82	8	6	1	0.90
890192--890279	6	13.8	6	71	15	52	80	9	7	2	0.98
890422--890478	24	2.4	24	85	11	89	29	12	26	31	1.92
891873--891902	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
891948--892000	19	2.7	19	85	2	61	37	16	15	30	1.90
894300--894350	21	2.5	21	81	9	61	49	0	19	31	1.49
895483--895710	79	2.9	79	79	5	203	33	13	25	28	1.93
895651--895880	51	4.5	51	84	6	277	33	11	23	30	1.91
895646--895881	102	2.3	103	86	2	332	33	11	24	30	1.91
898195--898220	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
898175--898238	20	3.1	21	84	6	69	40	14	15	29	1.86
899065--899166	42	2.4	42	90	4	152	45	12	26	15	1.82
898943--899157	119	1.8	116	82	8	274	40	13	25	20	1.89
899065--899199	42	3.1	42	85	5	146	41	13	27	17	1.87
899188--899410	121	1.8	121	90	1	358	26	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899182--899415	60	3.9	60	83	5	303	26	20	26	25	1.99
899455--900304	61	14.4	60	88	4	1010	26	20	27	26	1.99
901289--901336	19	2.5	19	83	12	62	0	2	16	81	0.79
914331--914356	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
916575--916619	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
918423--918453	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
920464--920542	20	3.8	20	73	16	70	26	13	15	44	1.84
920528--920566	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
920687--920733	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
920689--920731	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
923107--923132	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
927837--928091	141	1.8	140	83	0	339	32	10	7	50	1.64
928993--929055	25	2.7	24	85	7	85	41	15	30	12	1.85
932888--933017	52	2.5	53	92	1	226	28	17	17	36	1.93
933112--933136	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
933091--933156	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
933678--934089	227	1.8	228	86	4	600	37	13	24	24	1.92
933996--934109	52	2.1	55	83	4	144	38	13	21	26	1.90
934014--934254	43	5.1	47	76	12	246	33	17	23	25	1.96
934010--934254	92	2.6	92	90	3	359	34	17	23	24	1.96
934304--934918	59	10.4	58	93	0	789	24	16	30	28	1.97
936363--936453	1	91.0	1	72	0	65	0	2	12	85	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936351--936448	18	5.5	17	76	15	76	0	2	14	83	0.73
936351--936450	43	2.2	45	89	5	150	0	2	14	84	0.72
936357--936453	17	5.6	17	81	12	94	0	2	13	84	0.71
950304--950432	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
950441--950465	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
950508--950560	20	2.7	20	91	2	90	39	16	11	32	1.85
951694--951738	24	2.0	22	86	8	63	66	4	0	28	1.11
955131--955170	13	2.8	15	81	14	57	32	17	12	37	1.87
955155--955229	20	3.8	19	77	7	62	30	18	10	40	1.85
955255--955310	20	2.8	20	84	7	78	39	12	21	26	1.89
961478--961517	13	3.1	13	81	0	53	35	12	15	37	1.85
964063--964118	19	2.9	19	87	10	78	30	14	17	37	1.90
964143--964192	20	2.5	19	78	9	55	40	12	20	28	1.87
968426--968451	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
970079--970117	19	2.1	19	100	0	78	46	0	30	23	1.53
970577--970618	22	1.9	22	85	9	59	40	0	0	59	0.97
971366--971398	17	1.9	17	93	0	57	42	18	6	33	1.75
975893--975948	13	3.8	13	75	24	58	33	17	10	37	1.85
975901--975988	19	4.9	19	77	17	98	32	19	11	36	1.87
975890--975967	32	2.4	32	100	0	156	30	17	12	38	1.88
976018--976062	20	2.2	20	84	0	54	35	13	22	28	1.92
977610--977640	15	2.1	15	93	0	53	45	0	25	29	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
980810--980848	21	2.0	21	85	10	55	23	20	10	46	1.81
987679--987726	20	2.3	21	85	3	62	31	2	25	41	1.67
988349--988402	19	2.8	20	85	2	83	31	18	12	37	1.89
988432--988483	20	2.6	20	87	0	68	36	13	21	28	1.91
988880--988923	23	1.9	23	81	9	54	34	4	18	43	1.70
990349--990415	33	2.0	33	88	0	98	34	13	11	40	1.81
990369--990393	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
990456--990480	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
990489--990618	52	2.5	51	86	6	181	33	17	16	32	1.92
1000380--1000510	65	2.0	65	100	0	262	29	13	23	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9