genome.fa.s322.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold322
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1390506

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128546--128619	20	3.7	20	78	3	94	29	20	14	35	1.93
128526--128619	41	2.3	41	96	0	179	28	19	13	38	1.90
128912--129139	44	5.2	44	68	8	158	42	12	19	25	1.86
128911--129286	88	4.3	88	80	3	389	45	12	18	23	1.84
128911--129286	176	2.1	176	81	2	443	45	12	18	23	1.84
130263--130304	16	2.4	17	80	15	50	14	14	0	71	1.15
131425--131703	144	1.9	143	84	3	364	49	7	15	26	1.72
133606--133645	19	2.2	17	86	8	53	47	0	0	52	1.00
136147--136199	6	8.7	6	80	12	63	69	1	0	28	0.99
136338--136403	22	3.0	22	76	14	64	42	4	1	51	1.31
136504--136574	33	2.2	33	92	5	117	43	2	14	39	1.59
137455--137479	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
139148--139186	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
139239--139278	20	2.0	20	95	4	73	45	15	10	30	1.78
144824--144877	20	2.7	20	100	0	108	29	14	20	35	1.93
144906--144958	19	2.7	20	85	5	72	41	13	13	32	1.82
148477--148501	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
150073--150352	85	3.3	84	79	4	305	36	9	22	31	1.86
151442--151508	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
151988--152013	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
152033--152141	45	2.4	47	80	11	122	38	8	24	28	1.84
152111--152141	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152165--152301	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
152271--152341	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
152381--152421	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
156306--156343	13	2.9	13	92	0	58	31	15	15	36	1.90
158154--158198	22	2.0	23	83	8	58	37	2	26	33	1.69
158754--158778	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
158766--158816	20	2.5	21	87	3	68	39	13	17	29	1.88
161398--161423	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
163645--163694	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
167601--167639	13	3.0	13	92	0	69	33	15	12	38	1.85
167760--167805	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
170196--170221	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
180981--181121	52	2.7	52	90	2	221	31	17	17	33	1.93
181110--181134	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
181178--181244	33	2.0	33	82	5	82	40	13	11	34	1.81
181200--181224	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
181282--181323	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
181836--182210	169	2.2	169	81	8	418	36	15	25	22	1.93
182186--182254	22	3.2	21	66	25	54	30	17	26	26	1.97
182120--182884	49	15.7	49	88	2	1134	29	18	27	25	1.98
182884--183057	33	5.2	33	89	5	278	20	16	35	28	1.94
183039--183790	34	22.4	34	81	13	739	32	12	34	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183092--183759	134	5.1	131	85	8	810	32	12	33	20	1.90
183094--183796	202	3.5	192	80	14	754	32	12	33	20	1.90
183039--183796	168	4.6	167	81	12	857	32	12	34	20	1.90
183393--183792	98	4.1	96	83	11	488	32	12	33	21	1.90
183490--183797	71	4.5	70	83	11	385	35	12	32	20	1.90
183669--183720	27	1.9	27	96	0	95	21	17	38	23	1.93
183434--183803	61	5.7	63	81	12	344	32	13	32	21	1.91
183435--183855	130	3.2	129	80	11	321	32	13	32	21	1.92
192074--192214	52	2.7	52	90	2	221	31	17	17	34	1.93
192203--192227	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192294--192318	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
192272--192338	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
192376--192417	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
197365--197441	28	2.8	28	81	0	91	28	16	31	23	1.96
197420--197719	105	2.8	106	75	8	288	33	12	26	28	1.92
197429--197599	51	3.3	51	75	7	173	33	11	26	28	1.91
197582--197657	27	2.8	28	80	6	84	23	21	31	23	1.98
200125--200150	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
200104--200170	33	2.0	33	88	0	98	43	14	14	26	1.85
200190--200256	19	3.8	19	72	22	74	37	11	11	38	1.79
200193--200253	32	1.9	32	93	0	104	36	11	13	39	1.80
200313--200369	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202632--202657	13	2.0	13	100	0	52	23	7	30	38	1.83
202756--202793	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
203483--203516	14	2.5	14	90	4	52	50	8	2	38	1.49
209735--209788	25	2.2	25	96	0	99	20	25	33	20	1.97
210962--210986	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
211009--211058	20	2.5	20	80	0	64	36	28	8	28	1.85
216857--216894	20	1.9	20	94	0	67	42	10	15	31	1.81
216931--217003	20	3.7	19	81	7	92	38	12	15	34	1.84
216807--216983	70	2.5	73	88	2	252	41	12	15	29	1.84
216857--217034	90	2.0	91	87	3	261	40	13	16	29	1.87
217761--218017	48	5.4	48	90	1	358	34	15	28	21	1.94
217870--217944	23	3.2	23	62	20	55	37	12	32	18	1.88
218126--218590	28	16.4	28	83	4	443	22	17	29	30	1.97
218577--218605	15	1.9	15	100	0	58	13	13	20	51	1.75
218551--218633	42	1.9	44	90	4	134	20	16	26	36	1.94
218592--218701	28	4.0	28	96	1	186	24	16	30	29	1.96
218523--218661	70	2.0	72	88	2	210	21	16	28	33	1.95
218493--218689	98	2.0	100	90	2	317	22	16	28	32	1.96
220001--220048	9	5.8	9	80	9	50	2	2	12	83	0.83
219973--220038	8	8.9	7	79	17	55	1	1	13	83	0.79
219998--220039	12	3.6	12	83	6	59	2	2	9	85	0.77
225590--225707	58	2.0	58	98	0	227	23	23	11	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233823--233935	50	2.2	51	90	1	174	44	14	13	28	1.82
233887--233945	31	1.9	31	96	0	109	45	10	18	25	1.81
235781--236120	79	4.3	78	79	8	285	31	14	27	27	1.95
236093--236148	28	2.0	28	92	0	94	30	16	32	21	1.95
236126--236243	51	2.3	51	85	9	170	33	9	27	30	1.88
238618--238740	62	2.0	63	86	1	176	38	13	18	30	1.89
239407--240182	61	13.4	55	85	5	720	25	19	28	26	1.99
239718--239804	28	3.1	28	63	21	74	29	19	22	27	1.98
241257--241304	18	2.6	17	84	12	60	2	2	8	87	0.70
241257--241306	13	3.9	12	85	12	64	2	2	8	88	0.68
241257--241305	19	2.6	19	83	6	64	2	2	8	87	0.69
251522--251550	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
253632--253880	79	3.2	79	82	5	256	32	14	24	27	1.95
253747--253962	79	2.7	78	86	2	272	32	16	23	27	1.96
253914--253990	28	2.7	29	75	11	88	25	20	25	27	1.99
253972--254088	51	2.3	51	77	1	137	29	12	25	31	1.93
256977--257002	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
259218--259262	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
261066--261096	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
263321--263366	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
265755--265780	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
267007--267432	164	2.7	156	80	7	403	30	11	10	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267164--267495	164	2.0	163	83	5	411	30	11	9	48	1.71
268104--268158	20	2.8	20	94	2	94	36	7	16	40	1.76
268900--269154	130	2.0	130	84	1	341	33	9	12	45	1.73
269248--270265	155	6.6	154	80	7	975	25	17	18	37	1.93
269275--270262	312	3.2	304	80	9	1010	26	17	18	37	1.93
276243--276929	328	2.1	330	87	4	992	30	22	12	34	1.91
276783--277005	80	2.7	81	82	2	268	26	30	12	31	1.93
276487--277323	413	2.0	409	90	3	1322	28	24	13	33	1.93
277112--277502	87	4.5	87	76	10	305	29	24	12	33	1.92
277339--277510	88	2.0	87	84	1	227	30	22	11	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9