genome.fa.s322.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold322
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1390506

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
638072--638163	44	2.0	46	91	4	152	33	20	15	30	1.93
637805--638221	207	2.0	207	96	0	762	37	13	17	30	1.89
654080--654106	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
654138--654228	20	4.6	19	79	5	74	30	15	14	39	1.87
654793--654829	17	2.2	17	100	0	74	16	37	0	45	1.47
656889--656914	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
662843--662868	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
662821--662888	33	2.1	32	94	2	118	32	13	17	36	1.89
662921--662971	20	2.5	20	90	0	75	31	15	13	39	1.87
662959--662983	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
662973--663024	20	2.6	19	79	8	59	34	15	11	38	1.83
665871--665899	14	2.1	14	100	0	58	44	6	34	13	1.71
671900--671974	20	3.8	20	85	0	114	38	16	10	34	1.83
671903--671993	40	2.3	40	98	0	173	42	15	8	32	1.78
671903--671993	20	4.6	20	81	0	101	42	15	8	32	1.78
672777--673262	28	17.0	28	84	3	558	23	17	29	30	1.97
674525--674615	1	91.0	1	77	0	83	0	1	10	87	0.59
674525--674615	14	7.3	13	83	10	95	0	1	10	87	0.59
674525--674616	9	9.9	9	82	12	98	0	1	11	86	0.61
675313--675340	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
691999--692123	20	5.7	20	70	22	90	40	11	16	32	1.83
691999--692185	51	3.9	51	75	14	207	42	11	17	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691999--692172	91	1.9	91	92	0	294	41	11	17	29	1.84
693760--693806	23	2.0	23	84	8	60	82	8	8	0	0.83
694142--694203	18	3.4	18	80	8	72	80	1	12	4	0.94
694143--694187	23	2.0	23	90	0	72	84	0	13	2	0.72
699395--699419	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
699407--699459	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
699519--699544	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
699501--699564	33	2.0	32	90	3	101	39	20	12	28	1.89
710073--710097	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
710136--710204	32	2.1	33	94	2	122	36	17	11	34	1.86
710160--710184	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
711161--711658	43	10.8	44	77	11	466	30	17	26	25	1.97
711116--711658	92	5.9	92	90	1	834	30	17	26	25	1.97
711049--711658	184	3.2	184	88	3	842	31	17	26	24	1.97
711665--711929	32	8.2	32	93	2	442	18	18	35	27	1.94
711930--712873	100	9.6	98	82	8	898	31	14	34	19	1.92
711936--712873	131	7.2	130	80	10	880	31	14	34	19	1.92
711965--712873	296	3.1	295	89	5	1283	31	14	34	19	1.92
712431--712682	61	4.0	62	81	11	280	29	14	35	20	1.92
714089--714138	14	3.5	14	81	5	55	2	4	10	84	0.84
714100--714138	17	2.3	17	86	8	53	2	2	7	87	0.73
714103--714140	13	2.9	13	88	7	51	5	2	10	81	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715494--715536	22	2.0	22	86	8	63	37	0	27	34	1.57
715490--715617	62	2.1	62	94	2	222	47	0	24	27	1.57
715557--715598	22	2.0	22	86	9	61	35	2	28	33	1.70
716154--716178	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
716166--716218	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
716278--716303	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
716260--716323	33	2.0	32	87	3	92	39	18	12	29	1.88
718573--718801	112	2.0	111	84	6	293	32	18	13	34	1.91
719052--719259	88	2.4	88	77	4	206	22	17	13	46	1.83
720294--720367	20	3.8	19	82	8	78	29	14	17	37	1.90
720395--720448	20	2.7	20	83	11	67	29	11	20	38	1.87
728024--728064	13	3.1	13	96	3	73	31	14	14	39	1.87
728114--728163	20	2.6	19	87	9	66	32	10	22	36	1.87
729345--729515	35	4.9	35	78	8	177	23	22	9	43	1.83
729479--729928	49	9.4	48	81	3	322	25	23	14	37	1.92
729573--729877	97	3.1	98	81	3	296	28	22	12	36	1.91
729998--730405	168	2.4	166	79	5	439	19	29	14	36	1.91
729998--730380	84	4.6	84	71	7	319	19	29	14	36	1.91
730342--730426	42	2.0	42	88	0	125	20	32	12	34	1.90
730496--730615	42	2.9	42	74	7	111	22	30	10	35	1.89
732026--732619	165	3.6	165	85	6	790	30	11	8	49	1.69
731945--732619	165	4.1	165	83	7	755	29	12	9	49	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732026--732656	329	1.9	330	84	6	850	30	12	8	49	1.70
732023--732736	329	2.2	331	80	6	772	30	12	8	49	1.70
733264--733307	22	2.0	22	86	8	63	75	0	25	0	0.81
733281--733307	9	3.0	9	100	0	54	77	0	22	0	0.76
734322--734367	16	2.9	16	90	6	67	71	0	6	21	1.08
735482--735507	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
737321--737480	87	1.8	86	81	7	198	21	16	15	47	1.82
738662--738832	79	2.2	79	88	0	252	37	13	21	27	1.91
741927--742039	42	2.7	42	77	2	129	42	15	21	21	1.89
742047--742561	61	8.4	61	79	5	461	29	19	25	26	1.98
742066--742533	123	3.8	121	76	11	330	30	18	25	26	1.98
742066--742533	185	2.5	183	82	6	581	30	18	25	26	1.98
753631--753665	4	8.8	4	93	0	61	74	0	2	22	0.95
755704--755881	79	2.3	79	85	1	232	34	14	25	25	1.93
755869--756172	79	3.9	79	84	1	342	31	15	26	26	1.95
755733--756014	130	2.2	130	84	6	374	34	13	24	26	1.93
755871--756171	157	1.9	157	84	2	408	31	14	26	26	1.95
756108--756223	51	2.3	51	86	0	151	32	15	23	28	1.95
756029--756283	130	2.0	130	87	1	368	33	13	24	27	1.93
755713--756283	287	2.0	287	86	2	790	33	14	25	26	1.94
760328--760973	29	22.1	29	78	10	486	32	11	29	25	1.91
760328--760973	89	7.4	87	78	9	478	32	11	29	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760328--760973	60	11.1	58	77	10	566	32	11	29	25	1.91
760328--760973	203	3.2	202	81	5	655	32	11	29	25	1.91
760465--760973	232	2.2	230	86	8	694	32	11	29	25	1.92
760958--760989	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
760929--761016	44	2.0	44	84	6	115	35	11	22	30	1.90
760977--761227	28	8.7	28	73	13	93	32	15	27	25	1.95
760974--761184	28	7.4	29	75	10	161	32	15	25	26	1.95
761005--761162	57	2.7	59	81	7	182	35	14	24	25	1.94
761159--761508	29	11.9	29	83	1	367	27	15	31	25	1.96
761159--761457	118	2.5	119	86	1	404	27	16	33	23	1.95
762921--762970	23	2.3	23	89	6	77	46	18	4	32	1.67
764667--764716	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
764674--764716	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
765558--765583	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
765622--765698	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
765643--765715	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
765622--765715	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
766266--766361	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
770293--770323	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
774385--774410	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
774449--774525	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
774470--774542	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774449--774542	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
774852--774877	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
781069--781093	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
781049--781113	33	2.0	32	85	11	87	32	16	15	35	1.91
782896--782976	39	2.1	39	97	0	153	19	12	18	49	1.79
787062--787387	168	2.0	165	83	1	418	53	7	11	27	1.64
787217--787518	155	1.9	156	81	7	364	51	7	11	29	1.65
789140--789197	30	1.9	30	89	0	89	31	6	34	27	1.83
793496--793567	20	3.6	20	75	14	69	38	12	16	31	1.86
795471--795537	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9