genome.fa.s344.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold344
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1758742

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7444--7518	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
7441--7518	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
9773--9811	18	2.2	18	86	4	53	58	0	0	41	0.98
9983--10030	24	2.1	22	84	7	60	45	0	0	54	0.99
16069--16113	22	2.1	21	88	8	65	20	8	0	71	1.12
16238--16293	24	2.4	23	77	11	60	21	1	3	73	1.08
16979--17016	18	2.1	18	85	9	51	65	2	5	26	1.27
17105--17151	21	2.4	19	75	24	53	46	0	0	53	1.00
17099--17167	20	3.3	20	78	11	68	42	0	1	56	1.08
17111--17165	23	2.6	21	81	13	60	43	0	1	54	1.10
18156--18195	21	1.9	21	94	0	71	47	7	0	45	1.31
19325--19358	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
21749--21778	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23691--23717	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
27458--27500	22	2.0	21	81	4	50	51	0	4	44	1.22
27534--27583	20	2.5	20	76	3	55	50	0	0	50	1.00
28813--28892	32	2.4	32	83	4	88	42	3	0	53	1.18
28850--28906	16	3.4	16	75	17	62	40	3	0	56	1.17
28845--28923	20	4.2	20	71	23	73	39	3	0	56	1.17
28850--28915	34	1.9	35	90	3	107	40	3	0	56	1.15
28888--28932	20	2.2	20	92	0	72	44	4	0	51	1.21
28971--29012	2	20.5	2	95	4	75	47	2	0	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31662--31705	22	2.0	23	86	13	65	75	0	6	18	1.02
36750--36812	19	3.7	18	74	24	64	33	9	17	39	1.82
36736--36820	32	2.7	32	92	0	143	32	10	17	38	1.84
36737--36793	13	3.9	13	74	24	51	35	10	17	36	1.84
45817--45879	20	3.5	18	81	12	76	39	1	0	58	1.07
45829--45886	20	3.1	19	76	16	66	43	0	0	56	0.99
46047--46260	34	6.4	34	86	1	261	23	8	27	40	1.83
46047--46260	67	3.2	68	84	2	288	23	8	27	40	1.83
46047--46260	101	2.1	101	89	0	329	23	8	27	40	1.83
58427--58472	21	2.2	21	92	3	76	36	19	8	34	1.83
58822--58882	20	3.0	20	79	11	70	34	6	22	36	1.81
61902--62034	50	2.7	50	83	0	176	27	14	13	45	1.82
64443--64556	51	2.2	51	82	10	135	33	21	9	35	1.86
64495--64853	79	4.5	79	82	4	395	29	24	11	34	1.90
64495--64854	158	2.3	157	82	5	438	29	24	11	35	1.90
77050--77083	13	2.6	13	90	9	52	88	0	11	0	0.52
78054--78439	61	6.4	61	85	5	450	27	27	17	26	1.98
78055--78450	120	3.3	118	82	7	501	27	27	17	27	1.98
78094--78499	61	6.6	64	77	12	309	27	27	17	27	1.98
78489--78592	43	2.4	43	90	1	156	22	22	17	38	1.93
78489--78613	42	3.0	42	85	5	146	19	23	15	42	1.88
78523--78850	75	4.4	74	79	6	329	20	23	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78522--78811	151	1.9	151	87	2	431	19	23	15	41	1.90
79439--79551	50	2.3	50	87	3	165	26	15	14	44	1.84
79439--79571	50	2.7	49	82	6	160	27	15	13	43	1.84
81984--82097	51	2.2	51	84	6	142	32	26	8	32	1.87
81921--82176	130	2.0	130	81	6	304	30	25	10	33	1.90
82034--82362	79	4.2	78	80	5	342	29	27	13	30	1.94
82034--82362	157	2.1	157	81	5	369	29	27	13	30	1.94
86236--86282	21	2.2	21	84	0	58	46	0	0	53	1.00
88946--89004	29	2.0	29	96	0	109	20	13	15	50	1.77
91473--91502	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
91492--91561	29	2.6	27	80	12	74	35	1	5	57	1.32
93278--93324	24	2.0	24	87	8	69	44	2	2	51	1.25
93319--93357	14	2.7	14	88	4	51	28	0	2	69	1.02
95347--95463	35	3.3	35	93	0	198	27	38	17	17	1.91
96269--96308	8	4.9	8	84	6	53	80	2	0	17	0.83
96269--96308	16	2.4	16	87	4	62	80	2	0	17	0.83
107162--107451	88	3.3	88	80	4	343	41	13	14	29	1.85
112697--112742	16	3.3	14	82	14	51	41	0	0	58	0.98
112746--112793	17	2.6	17	81	18	53	50	0	0	50	1.00
112740--112790	26	2.0	25	84	7	66	52	0	0	47	1.00
112841--112897	28	2.0	29	93	3	98	57	3	1	36	1.26
113014--113047	16	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116858--116935	7	10.9	7	80	10	79	55	1	2	41	1.22
116898--116964	14	5.0	13	78	5	71	55	2	1	40	1.24
118007--118205	99	2.0	99	94	1	346	30	14	9	45	1.77
121206--121241	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
121265--121294	10	2.9	10	95	5	51	80	0	0	20	0.72
122747--122773	10	2.7	10	100	0	54	25	0	11	62	1.28
127791--127900	42	2.6	42	84	5	116	14	36	0	48	1.50
130620--130661	18	2.3	18	95	0	75	59	9	7	23	1.53
130851--130959	54	2.0	54	92	0	182	35	21	10	33	1.87
132007--132038	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
132656--132695	11	3.5	11	80	6	53	40	5	12	42	1.64
132657--132701	23	2.0	23	90	0	72	40	6	11	42	1.67
132927--132955	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
132955--133033	2	39.5	2	100	0	158	50	0	49	0	1.00
136545--136585	15	2.7	15	82	17	57	58	4	0	36	1.20
145376--145404	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
151908--151937	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
154718--154756	20	2.0	20	94	0	69	35	30	7	25	1.84
159280--159324	21	2.0	23	83	8	58	71	13	4	11	1.29
160643--160702	18	3.3	18	86	6	86	38	0	11	50	1.39
167411--167487	24	3.2	24	78	8	68	62	2	1	33	1.17
167442--167521	27	3.1	24	75	18	72	61	3	1	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167685--167778	11	8.5	11	71	14	52	62	1	0	36	1.02
167684--167745	11	5.9	11	75	16	60	66	0	0	33	0.92
167684--167807	38	3.2	38	75	17	114	63	0	0	35	1.00
167684--167836	20	8.0	20	69	18	69	64	1	0	34	1.02
167697--167758	21	3.1	19	76	17	54	69	0	0	30	0.89
167779--167840	12	5.2	12	75	11	56	66	1	0	32	1.02
167709--167840	23	5.7	24	71	14	89	64	1	0	34	1.03
167774--167841	31	2.2	30	82	17	86	67	1	0	30	0.99
168668--168732	32	2.0	32	93	0	112	32	16	23	27	1.96
168849--168891	19	2.3	18	88	4	59	44	2	0	53	1.13
170142--170176	18	1.9	18	94	0	61	77	8	0	14	0.99
170142--170184	17	2.4	18	88	3	61	76	9	0	13	1.01
173095--173120	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
176904--176946	22	2.0	22	81	4	52	39	6	11	41	1.68
177064--177090	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
177045--177109	33	2.0	32	88	8	96	29	13	15	41	1.86
177074--177130	19	2.9	19	89	2	87	31	17	15	35	1.92
177160--177222	33	1.9	32	84	12	83	34	12	17	34	1.88
178892--178944	20	2.6	21	90	3	81	26	16	15	41	1.88
179506--179551	21	2.1	22	92	4	76	32	26	2	39	1.68
181389--181426	13	2.9	13	96	0	67	34	15	18	31	1.92
181609--181634	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187574--187599	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
187651--187703	20	2.6	21	90	3	81	26	16	15	41	1.88
190235--190261	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
190354--190394	10	3.9	11	83	6	50	34	17	0	48	1.47
191741--191803	33	1.9	33	93	0	108	25	26	17	30	1.97
191743--191813	33	2.2	33	86	0	97	25	26	18	29	1.98
192404--192688	144	2.0	143	87	6	416	39	10	13	36	1.79
192863--192919	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
199152--199178	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
201655--201681	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11