genome.fa.s344.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold344
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1758742

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  2  of  11  ( 1257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201638--201700	32	1.9	33	90	3	101	30	15	12	41	1.85
201665--201721	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
201751--201815	33	2.0	33	90	6	105	33	13	18	33	1.90
202707--202779	20	3.7	19	87	7	85	28	16	16	38	1.90
202829--202853	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
202809--202873	33	2.0	32	88	11	96	33	15	18	32	1.92
211927--212041	39	2.9	38	78	5	122	42	4	9	43	1.57
214024--214476	157	2.9	156	76	5	448	38	18	16	26	1.92
215215--215254	12	3.5	12	83	13	57	65	0	0	35	0.93
215215--215261	22	2.1	22	88	0	67	61	2	2	34	1.20
215287--215332	21	2.2	21	88	7	67	63	15	2	19	1.41
220761--220795	17	2.1	17	89	10	54	68	0	0	31	0.90
222257--222329	35	2.1	35	84	0	92	45	6	17	30	1.75
224595--224627	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
224596--224635	18	2.3	17	86	4	53	47	2	0	50	1.14
224949--225266	156	2.0	156	82	2	379	38	18	14	27	1.90
227541--227638	41	2.4	42	73	14	105	44	13	24	17	1.84
227642--227751	41	2.7	41	78	12	104	40	15	18	25	1.89
227499--227712	82	2.6	82	77	9	197	43	14	21	20	1.87
227665--227751	41	2.1	41	83	12	108	41	16	17	25	1.89
227721--227849	41	3.1	42	81	6	140	47	13	20	19	1.82
227889--228134	131	1.9	131	81	6	302	43	16	19	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227884--228158	131	2.1	130	80	7	299	42	16	21	19	1.89
228125--228190	32	2.1	32	82	5	80	42	15	25	16	1.87
227979--228322	162	2.1	163	80	6	385	43	16	20	18	1.87
228151--228496	132	2.6	130	81	5	363	46	15	19	18	1.84
231724--231776	23	2.4	23	84	9	67	33	1	7	56	1.38
238044--238107	30	2.1	30	85	5	85	39	4	7	48	1.53
238679--238722	16	2.8	15	83	10	61	29	2	0	68	1.02
238690--238751	21	3.0	22	75	20	71	32	0	1	66	1.02
238688--238752	18	3.1	23	73	26	72	33	0	1	64	1.03
239422--239474	18	3.0	17	79	15	63	43	7	0	49	1.31
240549--240581	15	2.2	15	94	0	57	18	3	18	60	1.49
249128--249256	52	2.5	52	100	0	258	29	17	18	34	1.94
249128--249276	52	2.9	51	94	4	246	30	17	18	32	1.94
249265--249289	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
249330--249396	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
249352--249376	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
250323--251128	49	16.6	49	83	3	1051	31	17	26	25	1.97
250323--251133	98	8.4	98	94	1	1277	31	17	26	25	1.97
251128--251197	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
251182--251899	34	21.5	36	81	13	587	33	12	33	20	1.90
251182--251946	71	11.6	66	79	12	680	33	12	33	20	1.90
251272--251393	61	2.0	60	82	7	149	34	13	31	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251413--251534	61	2.1	56	80	10	129	30	11	35	22	1.90
251202--251930	138	5.5	135	82	11	742	34	12	33	20	1.90
251736--251923	34	6.1	28	77	13	151	32	12	32	21	1.91
251699--251923	62	3.5	62	86	7	283	32	12	33	21	1.91
251900--251984	30	2.8	31	85	3	118	30	17	27	24	1.97
252919--252950	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
253273--253302	1	30.0	1	93	0	51	0	0	3	96	0.21
260289--260313	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
260354--260420	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
260376--260400	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
265783--265836	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
271475--271513	21	1.9	20	89	5	60	38	15	10	35	1.81
271635--271662	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
273863--273915	27	2.0	27	96	0	97	22	37	15	24	1.92
277990--278019	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
287422--287447	13	2.0	13	100	0	52	15	7	15	61	1.55
290283--290316	17	1.9	18	88	5	52	32	0	2	64	1.08
292766--292809	18	2.4	18	85	7	54	52	2	2	43	1.26
293106--293173	15	4.5	16	75	12	56	38	0	0	61	0.96
293171--293208	15	2.4	16	86	4	51	21	0	5	73	1.02
293304--293353	25	2.0	24	85	11	66	28	2	2	68	1.12
293881--293907	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295370--295459	46	2.0	46	100	0	180	32	18	8	40	1.82
300944--300972	7	4.1	7	100	0	58	72	0	13	13	1.13
304171--304243	37	1.9	39	86	5	105	30	16	9	43	1.80
313672--313770	49	2.0	49	100	0	198	44	8	12	35	1.71
316455--316494	13	3.1	13	85	0	53	32	15	17	35	1.91
318323--318400	36	2.2	36	92	0	129	39	2	23	34	1.68
319560--319793	117	2.0	117	89	0	360	23	14	13	47	1.80
326058--326258	21	9.3	22	68	23	108	52	2	0	44	1.18
326058--326258	32	6.2	33	71	14	116	52	2	0	44	1.18
326052--326254	52	3.8	53	78	14	154	52	2	0	44	1.18
326109--326254	11	13.5	11	67	24	64	52	2	0	45	1.12
327751--327800	20	2.5	20	90	3	75	84	2	12	2	0.80
327751--327808	19	2.7	21	84	12	66	82	1	13	1	0.82
328398--328458	20	2.8	21	82	12	70	81	1	14	1	0.84
328399--328450	20	2.6	20	90	0	77	82	1	13	1	0.84
331421--331503	42	2.0	42	95	0	148	34	13	9	42	1.77
337077--337106	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
337122--337229	20	5.8	20	67	22	81	31	18	10	39	1.84
337137--337208	33	2.2	33	94	0	126	31	19	9	38	1.84
339717--339835	51	2.3	51	88	5	186	30	25	11	32	1.91
339767--340072	79	3.9	78	78	6	314	26	25	14	33	1.95
344029--344055	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
350316--350355	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
352706--352732	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
352721--352772	20	2.7	20	87	3	70	32	15	19	32	1.93
352716--352772	19	2.9	19	84	2	78	33	15	17	33	1.92
358064--358089	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
358267--358304	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
358707--358780	33	2.2	33	80	0	85	51	2	4	41	1.35
366838--366863	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
369960--370002	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
374581--374621	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
374948--374996	18	2.6	19	87	3	73	55	2	0	42	1.11
375007--375036	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
391532--391816	58	4.9	58	80	6	283	45	14	11	28	1.79
391532--391826	115	2.5	114	80	7	308	46	14	11	27	1.79
391734--391827	29	3.2	28	75	12	91	47	14	8	28	1.74
392310--392367	10	5.5	10	79	8	62	3	15	1	79	0.95
396558--396586	12	2.5	12	94	5	51	6	13	0	79	0.93
399740--399781	18	2.3	18	84	11	59	83	0	14	2	0.75
399738--399779	11	3.7	11	84	6	57	83	0	14	2	0.75
400529--400726	58	3.4	57	79	5	168	28	15	12	43	1.83
400566--400726	57	2.8	58	81	3	173	27	16	12	43	1.84
401183--401393	76	2.8	76	81	5	214	32	13	18	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
402874--402919	21	2.2	21	85	11	60	39	4	19	36	1.72
405430--405634	96	2.1	97	85	4	272	29	23	11	35	1.90
412555--412784	97	2.4	97	84	0	289	35	12	23	29	1.91
415884--415929	20	2.3	19	82	14	56	26	23	6	43	1.78
416603--416651	22	2.2	21	82	10	62	28	6	6	59	1.46
417220--417255	17	2.2	17	90	5	56	66	16	0	16	1.25
417323--417348	6	4.3	6	100	0	52	53	46	0	0	1.00
417937--417969	16	2.1	16	88	11	50	69	0	3	27	1.03
419493--419566	16	4.6	16	71	19	55	58	2	0	39	1.13
419512--419553	16	2.7	16	92	3	68	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11