genome.fa.s344.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold344
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1758742

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  9  of  11  ( 1257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449404--1449443	17	2.3	18	91	4	64	62	0	0	37	0.95
1449565--1449757	88	2.2	88	87	3	273	41	8	13	36	1.74
1449614--1449901	144	2.0	145	86	2	400	42	9	14	34	1.77
1449759--1450280	91	5.9	90	84	8	617	42	8	16	33	1.77
1449759--1450282	177	3.0	177	85	6	679	42	8	16	33	1.77
1449759--1450280	267	2.0	265	83	7	673	42	8	16	33	1.77
1450216--1450416	66	3.0	66	80	10	230	43	9	14	31	1.79
1450225--1450405	71	2.7	67	82	6	213	41	10	14	33	1.80
1450362--1450527	90	1.8	91	80	1	199	42	5	15	36	1.70
1454597--1454682	30	3.2	26	75	18	77	52	1	1	45	1.16
1454838--1454868	15	2.0	16	93	6	55	64	0	3	32	1.09
1454643--1455000	123	2.9	122	85	8	426	53	1	2	42	1.25
1454986--1455030	21	2.1	21	84	12	56	31	0	0	68	0.89
1455292--1455343	23	2.4	21	81	12	61	26	1	5	65	1.26
1455284--1455346	22	2.8	22	81	11	74	31	1	6	60	1.31
1455414--1455472	19	3.0	20	81	13	70	44	0	1	54	1.10
1455447--1455487	21	2.0	21	90	0	64	39	0	0	60	0.96
1455506--1455530	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1455319--1455594	115	2.4	108	82	9	304	43	2	1	52	1.24
1455419--1455645	115	2.0	113	79	11	248	45	1	1	51	1.20
1455899--1455954	19	2.9	19	84	5	67	35	1	3	58	1.26
1455911--1455954	20	2.2	20	88	4	63	38	0	2	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1455918--1456050	48	2.8	48	85	4	171	39	5	7	47	1.54
1455871--1456079	115	1.8	114	83	3	276	39	3	8	47	1.52
1456032--1456069	20	1.9	19	89	5	58	31	0	13	55	1.38
1457243--1457275	11	3.1	11	91	4	50	36	0	3	60	1.12
1458273--1458312	20	2.0	20	85	5	53	55	0	0	45	0.99
1458449--1458489	20	2.0	21	86	9	59	43	0	2	53	1.13
1459226--1459267	2	20.5	2	86	13	59	50	0	4	45	1.23
1459334--1459393	25	2.4	25	73	18	61	45	1	0	53	1.10
1459631--1459663	17	1.9	17	88	11	50	33	0	6	60	1.21
1474764--1475026	137	1.9	135	89	1	409	47	12	15	24	1.80
1474930--1475248	157	2.0	159	84	4	414	45	11	16	25	1.82
1478767--1478818	2	25.5	2	88	3	77	53	0	1	44	1.11
1479277--1479324	25	1.9	25	86	0	69	68	2	10	18	1.28
1479746--1479775	15	1.9	16	93	6	53	70	10	0	20	1.16
1482475--1482499	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1482586--1482616	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1482570--1482636	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
1490658--1490696	18	2.1	19	90	4	62	56	0	30	12	1.37
1490701--1490768	18	3.8	17	75	11	64	35	2	30	30	1.73
1490692--1490767	36	2.1	37	90	2	118	35	3	30	30	1.76
1490701--1490768	19	3.7	19	74	12	63	35	2	30	30	1.73
1492062--1492087	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1492042--1492106	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
1494120--1494162	20	2.1	20	82	4	50	9	27	41	20	1.83
1494603--1494680	13	6.0	13	100	0	156	38	15	15	30	1.88
1498591--1498635	22	2.1	21	84	8	56	22	15	6	55	1.63
1498580--1498635	21	2.7	21	75	13	62	23	14	7	55	1.63
1500846--1500871	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1500919--1500973	21	2.7	21	88	2	76	32	20	12	34	1.90
1501467--1501491	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1501476--1501533	19	2.9	19	82	5	71	37	15	17	29	1.90
1504571--1504953	79	4.8	78	74	11	230	36	13	22	27	1.91
1504571--1504955	158	2.4	158	77	7	368	36	13	22	27	1.92
1507298--1507429	50	2.6	50	85	9	180	40	9	18	31	1.83
1507991--1508614	42	15.3	41	71	15	322	40	13	25	21	1.89
1507986--1508220	86	3.0	76	77	13	215	41	13	25	20	1.88
1508061--1508618	86	6.8	85	72	10	390	40	13	24	21	1.89
1508146--1508496	120	2.9	119	73	11	315	41	13	24	20	1.88
1508107--1508580	162	2.9	161	74	12	464	41	12	24	21	1.88
1508630--1509406	62	12.5	62	83	2	923	31	18	24	25	1.98
1515554--1516534	79	12.4	79	79	4	872	33	12	24	29	1.92
1515555--1516534	237	4.1	237	81	4	1057	33	12	24	29	1.92
1519543--1519722	74	2.4	75	83	4	213	41	16	23	19	1.90
1519634--1519879	42	5.8	41	73	13	178	41	11	24	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1519652--1519879	41	5.4	41	76	7	197	39	11	24	23	1.88
1519652--1519884	126	1.8	128	84	3	319	40	11	24	23	1.87
1519919--1520240	61	5.4	60	83	5	368	26	16	28	28	1.97
1519864--1520240	120	3.1	118	81	8	418	27	16	27	28	1.97
1519864--1520253	181	2.1	183	84	5	513	28	16	27	27	1.97
1521083--1521656	61	9.4	60	82	6	645	24	26	20	27	1.99
1521083--1521655	182	3.1	181	83	5	724	24	26	20	27	1.99
1521085--1521656	122	4.7	122	85	4	737	25	26	20	27	1.99
1521695--1522540	61	13.9	61	82	5	881	23	27	20	28	1.99
1521697--1522552	122	7.0	121	84	4	1015	23	27	20	28	1.99
1522583--1523014	61	7.1	61	80	6	410	23	25	20	29	1.99
1522568--1523013	122	3.7	119	82	8	512	24	25	21	29	1.99
1521083--1522999	886	2.2	884	90	1	3014	24	26	20	28	1.99
1523060--1523167	41	2.6	43	81	8	116	20	22	16	40	1.91
1523062--1523171	43	2.6	42	80	9	127	20	21	16	40	1.91
1525536--1525621	24	3.8	24	70	17	76	40	2	46	10	1.51
1525527--1525645	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	8	1.47
1530653--1530706	20	2.7	19	83	8	72	27	18	12	40	1.87
1530690--1530718	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
1530670--1530732	33	1.9	33	87	6	92	26	22	15	34	1.94
1533051--1533168	51	2.3	52	83	2	141	31	26	12	29	1.93
1533152--1533206	28	2.0	28	88	0	83	21	21	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1533155--1533228	28	2.6	28	78	4	78	22	27	21	28	1.99
1533184--1533439	79	3.2	77	81	4	262	25	26	15	32	1.96
1535002--1535042	8	5.1	8	83	16	50	0	9	2	87	0.62
1540108--1540288	79	2.3	80	78	6	190	33	13	23	29	1.93
1540268--1540523	51	4.9	51	71	16	184	32	14	25	27	1.94
1540372--1540442	28	2.5	28	83	0	79	22	19	32	25	1.98
1540244--1540555	158	2.0	158	87	3	450	32	14	25	27	1.95
1540735--1540775	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1540815--1540885	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
1540855--1540991	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
1541015--1541055	10	4.1	10	93	0	73	21	29	7	41	1.80
1541043--1541098	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
1542349--1542374	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
1543183--1543296	51	2.2	51	85	0	147	29	10	28	30	1.90
1545594--1545632	20	2.0	20	100	0	78	38	10	15	35	1.81
1545703--1545739	13	2.8	13	87	0	56	48	10	16	24	1.77
1545719--1545777	20	2.9	20	76	2	64	50	13	10	25	1.72
1548337--1548362	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
1548340--1548386	18	2.6	18	93	0	85	82	0	4	12	0.80
1548390--1548446	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
1548502--1548569	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1548504--1548566	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1548523--1548547	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1548609--1548634	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1548589--1548655	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1551102--1551177	27	2.8	27	88	6	100	23	31	21	23	1.98
1550993--1551329	52	6.4	51	70	14	211	29	25	12	31	1.93
1551313--1551389	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
1550991--1551396	212	1.9	212	89	4	640	27	27	13	31	1.94
1558168--1558201	17	2.0	17	88	0	50	50	17	26	5	1.69
1563871--1563928	12	4.7	12	83	12	64	84	6	8	0	0.78
1564958--1565102	26	5.3	26	62	19	73	28	32	18	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11