genome.fa.s344.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold344
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1758742

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769924--769972	26	1.9	26	84	12	66	2	24	0	73	0.94
773946--773992	20	2.3	21	88	3	69	38	10	19	31	1.86
778091--778164	6	11.8	6	75	22	64	77	0	20	2	0.90
778091--778151	20	3.1	20	80	17	74	77	0	19	3	0.91
778096--778163	24	2.8	24	80	10	84	76	0	22	1	0.87
778101--778164	22	2.6	24	80	16	78	78	0	20	1	0.84
778105--778166	20	3.3	18	82	14	72	79	0	19	1	0.82
784684--784769	44	2.0	43	86	2	118	53	5	0	40	1.25
796397--796437	2	20.5	2	94	0	73	2	48	0	48	1.14
797063--797101	20	2.0	20	89	0	60	30	0	7	61	1.24
800096--800147	13	4.5	11	79	18	52	69	0	0	30	0.89
800099--800150	22	2.3	22	83	9	61	67	0	0	32	0.91
800100--800157	14	4.6	13	77	16	52	65	0	0	34	0.93
800876--800973	37	2.6	37	76	12	112	41	9	9	39	1.69
805458--805514	28	2.0	28	100	0	114	33	14	14	38	1.85
808981--809632	126	5.2	127	74	8	397	45	11	19	23	1.83
808977--809317	125	2.7	125	78	5	339	45	10	19	24	1.82
808982--809684	63	11.2	63	70	9	265	45	12	19	23	1.83
809291--809687	126	3.2	124	75	6	370	46	13	18	21	1.83
809901--809963	29	2.2	29	94	0	108	52	12	12	22	1.73
810104--810246	63	2.3	64	80	8	152	47	11	17	23	1.80
810758--810955	60	3.3	60	75	3	193	46	16	16	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810758--810846	30	3.0	29	75	15	83	47	16	17	17	1.83
812523--812587	16	3.9	16	74	16	53	60	3	1	35	1.22
817241--817273	15	2.1	16	88	5	50	36	0	3	60	1.12
818107--818139	14	2.2	16	89	10	52	33	0	0	66	0.92
818113--818155	22	2.0	20	91	8	68	32	0	0	67	0.91
819411--819452	16	2.6	16	84	0	57	42	0	0	57	0.99
819537--819576	20	2.0	21	85	5	55	42	0	0	57	0.98
819555--819654	33	3.2	31	78	14	98	39	0	0	61	0.96
819537--819621	38	2.2	37	77	6	89	40	0	0	60	0.97
819927--819997	17	3.9	18	71	15	56	42	1	0	56	1.08
819964--819996	17	1.9	17	93	0	57	48	0	0	51	1.00
820953--820994	14	2.8	15	89	10	68	50	0	0	50	1.00
822890--822936	13	3.6	13	80	8	51	19	0	2	78	0.85
822888--822935	18	2.6	18	86	3	69	18	0	2	79	0.84
823032--823072	14	2.9	14	85	0	55	73	0	0	26	0.84
823679--823733	26	2.0	27	82	10	67	10	3	12	72	1.24
824079--824130	27	1.9	27	88	0	77	25	11	1	61	1.40
829380--829418	18	2.1	19	90	4	62	43	0	2	53	1.14
829393--829474	25	3.3	26	71	26	70	39	2	0	58	1.11
829413--829480	28	2.4	28	79	18	79	36	2	0	60	1.12
829393--829603	90	2.4	88	76	15	213	41	2	0	55	1.19
829697--829759	21	3.0	20	78	17	58	39	6	1	52	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829962--830179	112	2.0	111	89	0	337	38	11	9	39	1.75
831322--831362	20	2.0	22	90	9	68	58	7	0	34	1.26
836159--836211	27	2.0	27	100	0	106	37	7	30	24	1.83
836161--836237	27	2.9	27	86	7	95	38	10	27	23	1.87
837119--837301	34	5.4	34	88	0	260	25	7	26	39	1.83
837609--837671	19	3.3	19	86	0	81	28	15	19	36	1.92
841737--841921	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
842613--842730	57	2.1	58	91	1	193	44	6	0	48	1.35
843055--843107	15	3.2	17	77	20	51	41	0	1	56	1.10
843082--843137	29	2.0	28	82	10	69	35	3	0	60	1.14
843082--843137	28	2.0	29	82	10	71	35	3	0	60	1.14
843091--843147	27	2.1	28	81	15	66	33	3	1	61	1.23
843342--843395	17	3.1	18	79	17	60	42	0	0	57	0.98
843704--843736	15	2.2	15	89	10	50	75	0	24	0	0.80
846141--846180	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
846604--846781	87	2.0	87	93	0	302	49	22	7	20	1.73
847500--847539	3	13.3	3	100	0	80	65	0	35	0	0.93
849091--849374	157	1.8	156	98	0	550	38	9	16	34	1.82
849820--849864	24	2.0	23	86	8	65	42	8	4	44	1.56
852687--852711	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
852666--852738	32	2.3	32	90	4	112	35	9	17	36	1.83
855172--855515	51	6.6	52	70	10	227	29	26	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855287--855363	28	2.8	28	83	0	82	23	33	19	23	1.97
855172--855515	52	6.6	51	69	10	203	29	26	12	31	1.93
855179--855623	211	2.1	210	92	1	739	28	27	13	31	1.93
855532--855762	79	2.9	78	79	5	250	26	27	12	33	1.92
855238--855653	107	3.9	106	73	12	377	27	27	13	31	1.94
857774--857802	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
868102--868162	1	61.0	1	75	0	50	86	8	3	1	0.73
868102--868162	16	3.6	16	80	14	61	86	8	3	1	0.73
869132--869314	100	1.8	100	91	0	303	24	29	19	26	1.98
869235--870068	61	14.3	61	82	11	894	26	28	20	24	1.99
869261--870076	120	7.0	115	85	8	1056	26	28	19	25	1.99
869261--870071	235	3.5	231	91	5	1203	26	28	20	25	1.99
870859--870920	19	3.2	19	69	13	54	43	14	14	27	1.84
870908--870932	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
870887--870957	32	2.2	32	97	0	133	35	11	16	36	1.85
870889--870951	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
870976--871016	21	2.0	21	100	0	82	43	9	19	26	1.82
873281--873624	52	6.6	52	70	12	204	29	26	12	31	1.92
873607--873683	28	2.8	28	82	4	84	23	32	19	24	1.97
873288--873734	211	2.1	210	92	1	734	28	27	13	31	1.94
873637--873836	79	2.5	79	83	4	244	25	28	16	31	1.96
879067--879108	17	2.3	19	80	8	52	35	0	4	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879404--879433	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
880145--880188	12	3.8	12	78	3	54	63	0	0	36	0.95
880477--880506	2	15.0	2	92	0	51	0	46	3	50	1.18
884139--884164	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
884544--884593	25	2.0	25	88	7	75	46	0	2	52	1.12
885901--885953	20	2.5	20	76	11	54	66	0	0	33	0.92
886012--886058	25	1.9	24	86	4	67	46	2	2	48	1.25
888536--888575	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
888814--888847	12	3.0	12	87	12	54	88	0	11	0	0.52
891665--891696	15	2.3	15	89	10	50	34	15	0	50	1.45
893731--893778	12	4.1	12	78	5	53	35	0	6	58	1.23
894188--894299	26	4.0	27	74	14	95	65	3	3	27	1.26
894220--894306	18	5.2	18	68	27	66	64	3	3	28	1.26
894312--894375	8	8.2	8	80	16	57	31	0	1	67	1.00
894310--894382	28	2.6	29	80	4	87	30	1	1	67	1.08
894965--895043	29	2.8	28	74	14	81	49	0	3	46	1.19
895544--895578	18	1.9	18	88	0	52	74	2	0	22	0.95
895662--895809	11	13.4	11	65	22	62	66	2	0	30	1.11
895662--895740	23	3.5	22	71	22	65	68	5	1	25	1.17
895631--895749	46	2.5	47	80	13	120	64	4	0	30	1.18
895714--895790	36	2.1	36	80	4	84	62	1	1	35	1.12
895738--895811	21	3.8	21	71	20	61	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895694--895808	17	6.5	17	72	9	61	65	1	0	32	1.09
895776--895809	12	2.8	12	86	13	52	73	0	0	26	0.83
895863--895908	18	2.3	21	75	10	53	47	6	0	45	1.28
899610--899685	31	2.5	31	82	4	82	44	3	0	51	1.20
903611--903682	20	3.6	20	77	7	83	40	11	13	34	1.81
903608--903686	40	2.0	39	90	2	122	39	12	12	35	1.81
904205--904263	31	1.9	31	85	0	82	11	20	35	32	1.89
904253--904439	28	6.6	28	86	1	230	23	14	31	30	1.94
904398--904476	40	2.0	39	92	2	131	25	15	31	27	1.95
904370--904507	68	2.0	67	90	4	215	23	15	32	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11