genome.fa.s369.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold369
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1106593

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222114--222171	27	2.2	26	81	6	71	32	12	31	24	1.91
222080--222544	60	7.5	60	74	17	239	30	13	34	21	1.92
222208--222296	27	3.2	27	81	6	124	30	15	34	19	1.93
222127--222482	124	2.9	123	83	9	424	29	13	35	21	1.92
222179--222483	64	4.9	63	78	12	274	28	14	35	20	1.92
222518--222846	31	10.7	31	73	7	224	29	16	28	25	1.96
222519--222724	92	2.2	93	89	5	312	28	15	30	25	1.96
222517--222848	62	5.4	60	75	7	260	29	15	28	25	1.96
223774--223825	1	52.0	1	76	0	50	0	0	11	88	0.52
223774--223823	14	3.5	13	84	15	64	0	0	12	88	0.53
223776--223825	17	2.8	18	82	17	77	0	0	12	88	0.53
223784--223825	16	2.5	17	96	3	77	0	0	11	88	0.53
231093--231204	33	3.4	33	63	9	84	37	13	16	33	1.87
231094--231270	66	2.7	66	92	3	286	36	12	15	34	1.86
231224--231290	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
231246--231270	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
232085--232211	67	1.9	68	85	1	175	38	11	25	24	1.89
232504--240304	159	49.2	158	66	12	1363	31	18	14	35	1.91
232355--240603	476	17.3	475	91	1	12083	31	18	14	35	1.91
240360--240848	243	2.0	243	83	2	624	34	18	14	32	1.91
240607--255457	158	93.9	156	66	14	4439	31	19	14	34	1.92
240603--289653	475	103.0	475	85	5	61739	31	19	14	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256859--256984	63	2.0	63	98	0	243	31	21	12	34	1.91
257633--267351	158	61.4	157	65	14	2525	31	19	14	34	1.92
268753--268878	64	2.0	62	95	3	225	30	22	12	34	1.91
268984--279306	158	64.9	156	64	14	2238	31	18	14	34	1.92
280708--280833	63	2.0	63	98	0	243	31	21	12	34	1.91
280771--284214	158	21.8	157	65	10	1032	31	19	14	34	1.92
284627--285298	159	4.2	157	67	10	373	30	17	14	37	1.90
285487--285612	63	2.0	63	96	0	234	30	21	12	34	1.91
285940--288985	158	19.3	157	65	11	475	31	19	14	34	1.92
294625--294743	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
294658--294733	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
297318--297358	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
297398--297468	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
297545--297575	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
297563--297619	22	2.6	22	94	0	105	26	24	10	38	1.88
297648--297673	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
297905--297943	9	4.2	9	83	6	51	56	7	33	2	1.41
298161--298227	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
299741--299901	84	1.9	84	82	5	200	53	3	18	25	1.59
301037--301076	19	2.1	19	90	0	62	20	5	5	70	1.26
301419--301443	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
303058--303098	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303138--303208	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
303285--303315	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
303303--303359	22	2.6	22	94	0	105	26	24	10	38	1.88
303388--303413	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
303645--303683	9	4.2	9	83	6	51	56	7	33	2	1.41
303901--303967	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
305181--305218	20	1.9	19	89	5	58	23	13	5	57	1.56
304250--311068	158	43.3	155	66	10	1972	31	18	14	34	1.91
306122--306159	20	1.9	19	89	5	58	23	13	5	57	1.56
308484--308521	20	1.9	19	89	5	58	23	13	5	57	1.56
309425--309462	20	1.9	19	89	5	58	23	13	5	57	1.56
311094--335329	475	51.0	475	89	2	34075	31	18	14	35	1.92
311416--315414	158	25.3	156	66	12	1463	31	19	15	34	1.92
315475--316607	159	7.1	158	67	10	488	30	19	14	35	1.92
317496--317656	78	2.1	79	95	1	288	34	18	19	27	1.95
317970--335222	158	109.0	157	65	11	2897	31	18	14	35	1.92
323165--323196	15	2.2	15	94	5	57	6	9	18	65	1.42
336954--337029	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
336953--337038	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
336944--337062	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
342400--344113	158	10.9	154	66	14	633	31	18	14	35	1.92
342035--344124	475	4.4	474	89	1	3199	30	18	15	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344470--345140	158	4.2	158	68	11	404	35	15	18	30	1.92
346784--346848	12	5.9	11	79	17	57	40	0	47	12	1.41
346799--346830	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
346782--346887	42	2.5	42	90	0	167	40	1	46	11	1.51
350347--350628	144	2.0	144	99	0	555	25	15	28	30	1.96
352087--418274	158	418.8	155	65	13	14978	31	19	14	34	1.92
352008--443882	475	192.7	473	85	4	111125	31	19	14	34	1.92
423558--423665	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
423561--423679	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
423594--423669	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
425295--443882	949	19.6	946	92	0	30016	31	19	14	34	1.92
444115--449641	158	34.9	157	66	11	1762	31	19	14	34	1.92
444005--449641	475	11.9	474	91	1	9040	31	19	14	34	1.92
444005--449641	949	5.9	948	92	0	9161	31	19	14	34	1.92
451269--451344	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
451259--451377	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
451334--451383	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
456539--458166	158	10.3	156	66	12	685	30	19	14	35	1.92
456363--458457	475	4.4	475	92	1	3459	31	19	14	34	1.92
456363--458457	949	2.2	949	92	1	3466	31	19	14	34	1.92
459234--459259	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
460087--460120	16	2.1	17	88	5	52	55	11	2	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
461328--461370	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
463061--463086	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
463544--463610	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
465136--465300	84	2.0	84	82	7	201	51	3	20	24	1.63
468087--468112	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
468570--468636	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
473895--473919	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
476187--476304	41	2.8	42	89	2	184	42	2	46	8	1.47
484396--484471	12	6.9	11	77	15	61	40	0	44	14	1.45
484416--484476	9	6.1	9	72	20	50	44	0	40	14	1.46
484386--484504	42	2.8	42	88	0	175	43	0	43	11	1.46
489742--490422	159	4.3	157	68	11	404	30	17	15	35	1.91
489469--490695	475	2.6	475	91	1	2023	30	17	15	36	1.91
495669--495787	42	2.8	41	86	5	157	9	43	2	44	1.49
495680--495754	18	3.8	18	68	19	51	10	41	2	45	1.53
497378--503788	476	13.5	476	88	2	8675	31	18	14	36	1.91
498576--500663	159	13.1	159	66	14	615	31	18	14	36	1.90
500679--503446	159	17.5	159	66	12	783	30	18	14	36	1.91
503805--514562	159	68.4	156	65	14	1588	30	18	14	36	1.91
503789--514788	476	23.3	477	85	3	14266	30	18	14	36	1.91
515032--516163	158	7.2	159	68	13	533	31	18	14	36	1.90
514823--517562	476	5.8	475	86	4	3649	30	17	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
514941--517501	159	16.4	157	65	14	704	30	17	14	37	1.90
517642--520647	159	19.0	157	66	11	632	30	17	14	36	1.91
517597--521028	475	7.2	475	86	2	4657	30	18	15	36	1.91
517597--521028	949	3.6	945	86	3	4682	30	18	15	36	1.91
521175--522000	422	2.0	423	84	2	1079	31	17	13	36	1.89
521577--525769	476	8.8	476	86	2	5510	31	18	14	36	1.91
522625--533535	159	69.1	156	64	14	1667	30	18	14	36	1.91
527491--528203	158	4.5	158	69	10	479	30	19	14	35	1.91
527491--528293	158	5.1	159	68	9	408	30	19	14	35	1.91
529017--533765	475	10.0	475	86	2	6340	30	18	14	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6