genome.fa.s369.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold369
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1106593

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
534848--540212	476	11.3	476	85	1	7067	30	18	14	36	1.91
534860--543115	158	52.1	158	65	14	1776	30	18	14	36	1.91
539917--540544	331	1.9	332	89	1	990	31	18	13	37	1.89
540217--543340	475	6.6	472	85	3	3843	30	18	14	36	1.90
543382--545257	475	4.0	470	83	7	2226	30	18	14	35	1.91
544230--545117	462	1.9	459	85	4	1234	29	17	15	36	1.91
543382--545257	937	2.0	939	85	4	2504	30	18	14	35	1.91
546033--546058	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
546013--546076	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
548569--548606	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
550685--550715	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
551662--552468	421	1.9	422	84	4	1065	37	13	18	30	1.90
552084--553904	474	3.8	475	88	2	2523	35	13	19	30	1.91
553507--554313	421	1.9	422	84	4	1074	37	13	18	30	1.89
553929--558127	475	8.8	475	93	0	6771	35	14	19	30	1.92
553929--558123	949	4.4	949	95	0	6788	35	14	19	30	1.92
555096--558121	159	19.1	157	64	15	618	35	14	19	30	1.92
558126--559478	475	2.8	470	86	3	1782	36	14	18	30	1.91
559474--563722	475	9.0	475	93	0	7014	35	14	19	30	1.92
559474--563722	949	4.5	950	95	0	6969	35	14	19	30	1.92
560695--563720	159	19.1	157	64	15	618	35	14	19	30	1.92
563725--565076	475	2.8	469	86	3	1771	36	14	18	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
565072--568845	475	8.0	475	94	0	6136	35	14	19	30	1.92
565072--572075	949	7.5	951	83	6	8643	35	14	19	30	1.92
566767--568831	158	13.0	156	65	15	561	35	14	19	30	1.92
565230--568843	159	22.9	158	64	15	860	35	14	19	30	1.92
568848--570199	475	2.8	469	86	4	1766	36	14	18	30	1.91
570195--572071	474	4.0	475	89	1	2669	35	15	19	29	1.92
572074--573426	475	2.8	470	86	3	1782	36	14	17	30	1.91
573422--576724	474	7.0	475	93	0	5311	35	14	19	30	1.92
573422--576720	949	3.5	950	94	0	5483	35	14	19	30	1.92
576723--578075	475	2.8	471	86	3	1802	36	14	18	30	1.91
578071--585118	475	15.0	476	84	5	8582	35	14	19	30	1.92
578819--581430	159	16.5	157	64	16	635	35	14	20	30	1.92
582801--585122	949	2.4	948	87	1	3215	35	15	18	30	1.92
585542--586043	269	1.9	267	89	2	792	38	15	17	28	1.91
585807--588077	906	2.5	895	85	3	3040	35	14	18	30	1.91
587158--588219	158	6.7	157	67	12	469	35	14	18	30	1.92
587158--588312	473	2.4	470	87	4	1697	35	14	18	30	1.91
588109--588517	205	2.0	205	87	1	588	36	12	19	31	1.89
588314--589176	431	2.0	430	85	2	1160	36	13	18	31	1.90
588742--593183	159	27.9	155	66	13	1106	36	14	18	31	1.91
588742--593217	475	9.4	475	85	3	5464	36	14	18	31	1.91
593237--594559	707	1.9	700	84	4	1764	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
597768--597794	13	2.1	13	100	0	54	37	18	14	29	1.91
598493--599767	49	27.8	48	72	13	861	29	18	25	26	1.98
598970--599568	39	13.9	39	69	18	316	26	18	26	27	1.98
598833--599619	88	9.0	88	91	0	1150	27	18	25	27	1.98
599361--599765	48	8.9	46	75	14	331	29	20	24	25	1.99
599534--599759	43	4.7	48	80	10	230	31	19	24	24	1.98
599579--599773	92	2.1	94	89	1	295	32	17	24	24	1.97
599767--600177	34	12.8	33	74	12	349	34	13	32	19	1.90
599935--599987	27	2.0	27	96	0	97	33	15	26	24	1.95
599989--600142	27	5.1	28	71	20	132	33	12	32	21	1.91
599830--600177	61	5.5	62	85	9	406	35	13	31	19	1.90
600017--600232	95	2.3	95	80	9	253	34	12	31	21	1.90
600221--600473	31	8.0	30	81	7	200	30	15	31	22	1.95
600241--600454	96	2.2	95	82	5	270	29	15	30	23	1.96
600206--600472	65	4.2	64	75	9	235	31	15	31	22	1.95
600759--600783	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
600742--600816	33	2.3	32	95	2	132	33	14	17	34	1.90
600742--600803	20	3.5	19	73	26	73	33	12	17	35	1.88
600835--600900	33	2.0	33	82	5	80	30	15	15	39	1.88
605074--605771	48	15.0	47	73	13	480	30	17	26	25	1.98
605128--605768	87	7.0	87	74	10	430	29	18	26	26	1.98
605310--605766	92	4.8	96	76	6	315	31	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
605495--605775	43	6.1	43	75	12	238	30	18	26	24	1.98
605412--605766	140	2.5	140	94	0	611	30	17	25	25	1.97
605768--606852	34	33.8	33	75	13	867	35	12	31	20	1.90
605768--606736	127	7.5	126	75	14	670	35	12	31	20	1.89
606025--606250	33	7.1	28	70	22	85	35	12	31	19	1.90
606684--606852	61	2.8	61	91	1	259	31	13	31	23	1.92
606799--607011	95	2.2	94	81	8	245	30	14	30	25	1.95
606848--607014	31	5.4	31	85	3	219	29	13	30	25	1.94
606856--607018	64	2.6	63	86	2	222	31	13	30	24	1.93
612776--612839	33	2.0	32	84	9	85	42	14	12	31	1.82
614884--614916	16	2.1	16	88	5	50	54	3	9	33	1.47
618416--618478	20	3.0	21	84	15	85	46	9	20	23	1.80
618805--618883	20	3.7	21	75	15	72	29	15	15	40	1.87
621348--621372	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
621325--621390	33	2.0	33	87	0	96	30	15	16	37	1.90
621445--621508	33	2.0	32	84	9	85	42	14	12	31	1.82
627797--627908	52	2.2	52	85	3	145	30	16	19	33	1.94
627897--627921	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
627966--628068	32	3.2	32	90	0	161	36	17	11	33	1.86
627970--628036	19	3.9	17	69	23	52	38	16	11	32	1.85
628775--630486	49	35.8	52	72	16	654	32	18	24	24	1.97
628976--630616	92	17.5	92	81	9	1364	32	18	24	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
628824--630617	424	4.2	421	85	6	2201	32	18	24	24	1.97
628824--630616	332	5.4	326	83	7	1866	32	18	24	24	1.97
629872--629939	21	3.2	21	63	19	50	32	19	25	23	1.97
630406--630568	43	3.8	42	78	4	166	31	19	25	23	1.98
630406--630568	85	1.9	85	92	0	272	31	19	25	23	1.98
630622--630777	33	4.9	32	85	5	192	19	17	33	29	1.95
630622--630765	65	2.2	64	91	3	227	18	18	34	29	1.95
630787--631093	27	10.0	27	72	21	184	34	13	31	20	1.91
630834--631186	34	10.8	34	82	9	400	35	13	31	19	1.90
630841--631185	67	5.3	66	81	12	419	35	13	31	19	1.91
630813--631185	194	1.9	192	91	3	615	34	13	31	19	1.91
631166--631209	23	1.9	23	95	0	79	15	22	31	29	1.95
631187--631372	33	5.9	32	78	12	172	31	15	29	24	1.96
631132--631243	56	2.0	56	86	8	156	28	17	30	23	1.97
631187--631372	63	3.0	63	77	10	193	31	15	29	24	1.96
631471--631508	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
641732--642581	472	1.8	468	83	4	1145	36	14	17	31	1.90
651397--652469	55	18.9	54	84	7	1047	27	27	20	24	1.99
651885--651970	27	3.1	27	62	15	68	25	27	20	25	1.99
651401--652469	226	4.7	223	82	8	1220	27	27	20	24	1.99
651455--652469	171	6.0	166	86	6	1203	27	27	20	24	1.99
652337--652423	26	3.2	26	65	15	68	28	31	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
653286--653335	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
653387--653412	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
655760--655895	52	2.6	53	77	8	152	29	27	9	33	1.88
655878--655954	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
655829--656033	107	1.9	107	81	6	245	25	29	15	29	1.96
655908--656109	79	2.6	78	78	9	187	24	28	16	30	1.97
657099--660148	472	6.3	473	78	8	2973	35	14	18	32	1.91
665525--665568	21	2.1	22	91	8	74	4	15	4	75	1.14
666393--671519	476	10.8	476	85	2	6251	35	14	18	31	1.91
667013--671486	159	28.3	155	64	15	517	35	14	18	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6