genome.fa.s369.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold369
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1106593

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801862--806131	476	9.0	473	82	5	4433	35	13	18	32	1.89
802157--806130	159	25.1	159	66	11	949	36	13	17	32	1.89
801862--806131	950	4.5	946	84	5	4827	35	13	18	32	1.89
806134--807790	476	3.5	474	82	4	1875	36	14	17	32	1.89
810052--810109	13	4.9	13	70	23	56	31	17	15	36	1.91
810032--810129	33	3.0	33	93	3	162	31	17	14	36	1.90
810065--810130	20	3.7	20	73	26	83	31	18	15	34	1.92
810508--811867	474	2.9	474	85	3	1910	30	18	14	35	1.92
810638--811792	159	7.3	156	67	15	469	31	19	14	34	1.92
812605--812706	33	3.1	33	90	2	134	36	18	9	35	1.84
812668--812705	20	1.9	20	88	0	58	39	18	7	34	1.80
812630--812685	13	4.8	13	75	20	52	35	17	10	35	1.85
812734--812807	20	3.8	20	84	12	82	36	16	16	31	1.91
813623--813653	12	2.5	13	89	10	55	48	16	9	25	1.76
821392--821439	21	2.3	21	85	0	60	18	20	0	60	1.36
821400--821443	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
822906--822943	20	1.9	20	94	0	67	31	21	10	36	1.87
824271--824336	33	2.0	33	81	0	78	34	13	9	42	1.76
829196--829236	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
829317--829465	53	2.8	53	93	1	244	34	18	19	26	1.95
829511--829535	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
833382--833440	28	2.1	29	78	15	70	77	1	15	5	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833381--833422	7	7.0	6	82	17	52	83	0	14	2	0.75
833455--833497	20	2.2	20	95	4	79	81	0	13	4	0.84
833453--833497	9	4.7	10	79	15	51	80	0	15	4	0.87
834276--834306	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
834956--834990	17	2.1	17	89	5	54	31	34	0	34	1.58
836845--836873	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
843107--843186	20	4.1	19	78	10	63	35	18	16	30	1.93
843134--843186	19	2.7	20	91	2	81	39	18	16	24	1.91
848960--849041	28	2.9	27	80	10	78	26	17	31	24	1.97
849021--849193	52	3.4	51	80	5	204	32	12	25	30	1.92
849235--849369	51	2.6	51	78	12	150	32	9	25	32	1.88
848968--849357	211	1.8	211	86	3	570	31	12	26	29	1.93
851712--851737	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
851691--851757	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
851777--851844	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
851799--851823	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
851780--851842	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
851900--851977	21	3.7	21	94	0	138	37	21	10	30	1.87
851988--852021	17	2.0	17	100	0	68	17	5	0	76	0.98
853789--853841	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
853871--853927	19	2.9	19	86	5	69	36	17	14	31	1.89
856119--856614	79	6.2	79	79	2	501	29	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856119--856584	158	2.9	158	83	2	567	28	25	11	33	1.91
856467--856725	134	1.9	133	84	3	342	28	23	11	35	1.91
856547--856667	53	2.3	53	88	0	170	31	21	10	36	1.88
858297--858857	89	6.2	90	75	12	379	29	25	14	31	1.94
859335--859601	35	7.6	35	81	0	282	20	22	13	43	1.87
859328--859601	105	2.6	106	84	0	352	20	22	13	43	1.87
859751--859878	43	3.0	43	74	10	127	20	25	11	42	1.85
859672--859957	85	3.4	84	81	4	274	19	24	12	44	1.85
866026--866070	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
867874--867904	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
869984--870008	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
870129--870174	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
871812--871855	21	2.1	21	87	8	63	40	4	29	25	1.75
871812--871851	20	2.0	21	85	5	55	40	5	27	27	1.77
872553--872578	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
873342--873705	156	2.3	156	82	4	419	26	18	18	35	1.94
873759--873838	26	3.0	26	69	7	79	48	3	10	37	1.55
874455--874506	20	2.6	20	82	11	63	32	13	13	40	1.83
874537--874606	33	2.1	33	81	5	79	31	11	18	38	1.86
874572--874611	20	2.0	20	85	0	53	35	12	20	32	1.90
878349--878384	17	2.1	18	89	5	56	2	19	0	77	0.88
878360--878396	14	2.7	15	88	12	53	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881920--881972	20	2.6	20	88	8	72	32	15	11	41	1.82
885039--885066	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
885021--885086	33	2.0	33	88	5	98	40	13	15	30	1.85
885053--885108	20	2.8	20	100	0	112	39	10	14	35	1.81
885929--886898	49	20.8	49	75	12	640	30	18	26	24	1.98
885975--886898	87	9.9	98	79	11	591	30	18	26	24	1.98
885929--886451	202	2.6	194	85	4	645	33	18	25	22	1.97
885929--886898	150	6.9	147	78	10	615	30	18	26	24	1.98
886420--886894	39	11.0	39	69	17	239	26	19	26	27	1.99
886373--886624	126	2.0	125	92	0	414	26	20	27	25	1.99
886587--886898	48	6.9	48	72	13	273	28	18	25	27	1.98
886587--886898	136	2.3	135	88	0	462	28	18	25	27	1.98
886228--886895	223	3.0	223	83	7	838	28	18	25	26	1.98
886895--887833	33	29.8	33	74	14	713	34	12	31	20	1.91
887001--887738	27	24.0	27	70	20	299	34	13	31	20	1.91
886963--887743	60	12.6	60	74	15	585	35	12	30	20	1.90
886926--887834	94	9.7	93	78	10	729	35	12	31	20	1.90
887021--887738	121	5.8	120	78	12	514	35	12	31	20	1.90
886898--887833	34	29.7	33	72	15	548	34	13	31	20	1.91
887808--888089	31	9.2	30	84	5	316	30	15	30	24	1.96
887808--888089	92	3.1	91	85	3	361	30	15	30	24	1.96
887814--888082	123	2.2	123	88	4	393	28	16	30	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899309--899349	15	2.8	14	85	10	55	85	14	0	0	0.60
899311--899359	11	4.6	10	92	7	71	85	14	0	0	0.59
900636--901194	31	17.7	31	83	8	623	24	28	14	32	1.94
900636--901194	95	5.9	95	83	9	619	24	28	14	32	1.94
901047--901601	95	5.8	91	84	7	406	22	30	13	33	1.93
901049--901995	34	29.8	32	74	14	594	21	29	13	34	1.92
901291--901995	62	11.1	61	69	19	292	20	30	13	35	1.91
901196--901995	95	8.3	96	80	9	696	20	30	13	35	1.91
901518--901576	28	2.1	28	90	0	91	22	32	13	32	1.92
901545--901796	93	2.7	94	86	4	339	21	29	13	35	1.92
901671--901729	27	2.2	26	85	5	82	22	32	15	30	1.94
901175--901972	61	12.5	66	75	12	418	21	29	13	35	1.92
902108--902325	48	4.7	46	72	16	175	26	23	20	29	1.99
902014--902444	136	3.2	135	81	4	389	26	25	19	27	1.99
902161--902353	87	2.2	87	88	0	287	25	24	21	27	1.99
902294--902404	39	2.8	39	90	0	177	26	29	21	22	1.99
902380--902602	49	4.5	47	72	9	160	26	26	17	30	1.97
902380--902507	52	2.6	49	78	6	132	25	28	17	28	1.98
902367--902649	101	2.8	99	81	4	282	25	27	16	30	1.96
902376--902698	150	2.2	147	79	8	341	25	26	16	31	1.96
911538--912062	31	16.7	31	80	12	538	24	29	15	31	1.95
911538--912061	157	3.3	155	83	7	648	24	29	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911538--912390	31	26.9	32	76	13	405	23	29	14	32	1.93
912043--912096	27	2.0	27	88	0	81	24	31	14	29	1.95
911918--912796	34	27.6	32	72	16	452	22	31	12	33	1.92
911916--912769	192	4.5	189	75	12	618	22	30	12	34	1.92
912099--912769	96	7.0	96	81	8	532	21	30	12	35	1.91
912324--912513	61	3.1	61	81	10	242	22	33	11	32	1.90
912420--912478	27	2.2	26	85	5	82	22	33	13	30	1.92
912385--912793	94	4.2	92	80	10	317	20	31	12	34	1.91
911918--912796	62	13.8	63	74	15	520	22	31	12	33	1.92
912917--913132	48	4.7	49	73	12	197	25	25	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6